질의요지

○ △△항만공사가 ｢경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따라 ‘남컨테이너 항만배후단지 조성사업’을 시행하는 경우에

 1. △△항만공사가 항만배후단지를 준공하고 조성된 토지 및 항만시설을 취득할 경우, 부가가치세가 과세되는지 여부

 2. 부가가치세가 과세되는 경우 과세표준 산정 방법·용역의 공급시기·세금계산서 발급 시 공급받는 자는 누구인지 여부

사실관계

○ △△항만공사(이하 “공사”)는 ｢항만공사법｣에 따라 2004년 설립된 공공기관으로 ●● 및 ◆◆공사가 각각 87.31%, 12.69%의 지분을 보유하고 있음

○ 공사는 ｢경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법｣(이하 “경자법”)에 따라 ◇◇경제자유구역청(이하 “경자청”)으로부터

- ‘남컨테이너 항만배후단지 조성사업’(이하 “본건사업”, 관련 용역은 이하 “쟁점용역”) 실시계획을 승인^* 받음

  * 경자법에 따라 실시계획 또는 준공검사 등의 승인을 받은 경우 항만공사법 등에 따른 실시계획 또는 준공검사 등의 승인도 받은 것으로 의제됨

○ 본건사업은 ☆☆건설사무소(이하 “건설사무소”)와 공동으로 시행하며, 총 사업비는 공사와 건설사무소가 5:5로 부담하고,

- 공사는 토지 및 항만시설을 준공 후 총 사업비 분담률에 따라 토지 및 항만시설 50%를 취득함

<◇◇경제자유구역 신항 배후지(남측) 실시계획 주요내용>

관련 법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

 ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

  4. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 매립용역을 제공하는 경우: ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 산정한 해당 매립공사에 든 총사업비

○ 부가가치세법 시행령 제62조【시가의 기준】

법 제29조제3항 및 제4항에 따른 시가는 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제3조의4【경제자유구역발전계획 수립 등】

① 시ㆍ도지사는 경제자유구역기본계획의 효율적인 추진을 위하여 5년마다 경제자유구역발전계획(이하 "발전계획"이라 한다)을 수립하고 시행하여야 한다. 이 경우 시ㆍ도지사는 미리 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)의 의견을 들어야 한다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3【개발사업시행자의 지정】

① 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구(제4조제6항에 따라 분할하여 개발하는 경우에만 해당한다)에 대한 개발사업시행자를 지정한다.

  3. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 시행령 제6조의6【개발사업시행자의 지정】

① 법 제8조의3제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호와 같다.

  7. ｢항만공사법｣에 따른 항만공사

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제9조【경제자유구역개발사업 실시계획의 승인】

 ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. <이하 생략>

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제11조【인가ㆍ허가 등의 의제】

① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등(이하 "허가 등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가 등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.

  7. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용허가, 같은 법 제17조에 따른 점용ㆍ사용 실시계획의 승인(매립면허를 받은 매립예정지는 제외한다), 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제33조에 따른 고시, 같은 법 제35조에 따른 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인ㆍ고시

  19의2. ｢항만공사법｣ 제22조에 따른 실시계획의 승인

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제14조【준공검사】

① 개발사업시행자는 개발사업의 전부 또는 일부를 완료한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 관할 시ㆍ도지사의 준공검사를 받아야 한다. 이 경우 관할 시ㆍ도지사는 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

 ② 개발사업시행자가 제1항에 따라 준공검사를 받은 경우에는 제11조제1항 각 호의 허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다.

 ③ 제1항에 따른 준공검사 전에는 개발된 토지나 설치된 시설을 사용할 수 없다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 시ㆍ도지사의 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제27조의2【경제자유구역의 행정기구】

① 시ㆍ도지사는 제3조의4ㆍ제27조ㆍ제30조의 사무를 처리하기 위하여 이를 전담하는 행정기구를 설치한다. 이 경우 경제자유구역이 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 협의하여 공동 행정기구를 설치한다.

 ② 제1항에 따른 행정기구(이하 "경제자유구역청"이라 한다)의 장은 시ㆍ도지사가 임명하되, 산업통상자원부장관과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 경제자유구역이 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 협의하여 공동 임명한다.

 ③ 경제자유구역청의 장(이하 "경제자유구역청장"이라 한다)의 임기는 3년으로 하되, 연임할 수 있으며, 그 밖에 임용기준 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제30조【권한의 위임 및 위탁】

③ 시ㆍ도지사는 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역청장에게 위임하거나 위탁할 수 있다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 시행령 제31조【권한의 위임】

③ 시ㆍ도지사는 법 제30조제3항에 따라 다음 각 호의 권한을 경제자유구역청장에게 위임한다.

  8. 법 제8조의3제1항 및 제2항에 따른 개발사업시행자의 지정

  16. 법 제9조제1항에 따른 실시계획의 승인과 변경승인

  24. 법 제14조제1항에 따른 준공검사 및 같은 조 제3항 단서에 따른 준공검사 전 토지 등의 사용허가(관계 행정기관의 장과의 사전협의 포함)

○ 항만공사법 제22조【실시계획의 승인】

① 공사가 항만시설공사 또는 신항만건설사업을 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업의 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 수립하여 해양수산부장관의 승인을 받아야 하고, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <이하 생략>

○ 항만공사법 제23조【다른 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의의제】

① 공사가 제22조에 따른 항만시설공사의 실시계획의 승인을 받았을 때에는 다음 각 호의 인가ㆍ허가ㆍ면허ㆍ승인ㆍ결정ㆍ지정ㆍ협의ㆍ신고 또는 해제 등(이하 "인가ㆍ허가 등"이라 한다)에 관하여 해양수산부장관이 인가ㆍ허가 등의 관계 행정기관의 장과 미리 협의한 사항에 대해서는 해당 인가ㆍ허가 등을 받은 것으로 본다.

  4. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용허가, 같은 법 제17조에 따른 공유수면 점용ㆍ사용 실시계획의 승인 또는 신고, 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제35조에 따른 국가 등이 시행하는 공유수면 매립의 협의ㆍ승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인

  14. ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣ 제9조제1항에 따른 실시계획의 승인

○ 항만공사법 제24조【준공확인】

① 공사는 제22조에 따른 실시계획의 승인을 받은 항만시설공사 또는 신항만건설사업에 관한 공사를 완료하면 지체 없이 공사준공보고서를 해양수산부장관에게 제출하고 준공확인을 받아야 한다.

 ④ 누구든지 제2항에 따른 준공확인증명서를 발급받기 전에는 항만시설공사 또는 신항만건설사업으로 조성ㆍ설치된 토지나 시설을 사용할 수 없다. 다만, 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 신고를 한 경우에는 이를 사용할 수 있다.

○ 항만공사법 시행규칙 제7조【준공 전 사용신고】

1. 해당 토지 또는 시설의 공정 현황

  2. 해당 토지 또는 시설의 사용 가능성 및 안전성 등에 관한 공사감리자의 의견서

  3. 해당 토지 또는 시설의 완성단계 도면 및 사진

  4. 해당 토지 또는 시설에 대한 경비·보안이 필요한 경우에는 그 경비·보안에 관한 대책

○ 항만공사법 제25조【항만시설의 귀속 등】

① 공사가 공사의 재원으로 제22조제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사 또는 신항만건설사업을 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 공사에 귀속된다.

○ 항만법 제15조【항만시설의 귀속 등】

① 제9조제2항 본문에 따른 비관리청의 항만개발사업으로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 시ㆍ도에 귀속된다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.

② ｢항만공사법｣에 따라 설립된 항만공사가 그 재원으로 같은 법 제22조제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사를 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 제1항 본문에도 불구하고 항만공사에 귀속된다.