1. 사실관계

○ 질의법인은 ’88.11.30. 종교단체로 설립 후, ’10.4.30. 종교법인 등록 함

○ 20년 이상 점유하여 취득시효 완성된 토지를 고유목적사업에 사용하던 중 공공주택지구 조성사업용으로 강제 수용되어 각각 보상금 수령

 - 취득시효 완성으로 소유권이전등기 청구소송에서 승소하였으나, 등기 전 수용으로 이전등기를 완료하지 못 함

2. 질의내용

○ 고유목적사업에 사용하던 부동산의 점유 취득시효가 완성되었으나, 소유권이전등기 전 수용되어 보상금을 수령한 경우

 - 동 보상금은 고유목적사업에 직접 사용하던 자산의 처분수입으로 비영리내국법인의 법인세 과세소득에서 제외하는 지

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

 3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. <개정 2018.2.13., 2019.2.12.>

○ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 6. 「민법」제245조제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해 부동산의 점유를 개시한 날

 7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

○ 민법 제245조【점유로 인한 부동산소유권의 취득기간】

① 20년간 소유의 의사로 평온, 공연하게 부동산을 점유하는 자는 등기함으로써 그 소유권을 취득한다.