1. 사실관계

○’16.11.A다세대주택(경기 수원 팔달) 3호 취득 후 주택임대(단기, 4년) 등록 및 세무서사업자등록하고 임대 개시

○’20.11. A다세대주택 3호 임대의무기간 경과로 자동말소^*

* 임대개시 당시 각 호별 주택 및 부수토지의 합계액이 6억원 이하이며, 자동말소일까지 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니한 것으로 전제

○향후 A다세대주택 3호를 A¹다가구주택으로 용도변경 후 양도예정

  * 각 호별 면적 등 변화 없이 공부상 용도변경만 한 것으로 전제함

 ** A¹다가구주택 외 1주택을 소유하고 있음

*** 2024.5.10. 이후 양도하는 것을 전제함

2. 질의내용

1) A주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우 소득령§167의3①(2)가목 및 소득령§167의10①(2)에 따라 중과배제를 적용받을 수 있는지

2) 1)에 따라 중과배제를 적용받을 수 있다면, 장기보유특별공제 표1의 공제율 적용 시의 보유기간

-건물의 취득일부터 양도일까지인지, 용도변경일부터 양도일까지인지 여부

3. 관련법령

□소득세법 제88조 【정의】

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

□소득세법제95조 【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. <개정 2012.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2017.2.8, 2017.12.19, 2020.8.18>

□소득세법제104조 【양도소득세의 세율】

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19, 2020.8.18>

1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

□소득세법 시행령제155조 【1세대1주택의 특례】

⑮ 제154조제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. <개정 2012.2.2, 2015.2.3>

□소득세법 시행령제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2005.2.19, 2005.5.31, 2005.12.31, 2006.2.9, 2008.2.29, 2008.7.24, 2008.10.7, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.9.20, 2011.3.31, 2011.10.14, 2011.12.8, 2012.2.2, 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.12.28, 2016.8.11, 2016.8.31, 2018.2.13, 2018.7.16, 2018.10.23, 2019.2.12, 2020.2.11, 2020.10.7, 2021.2.17, 2022.2.15, 2022.5.31., 2023.2.28>

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

② 제1항을 적용할 때 주택수의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다. <개정 2012.2.2, 2014.2.21, 2018.2.13>

1. 다가구주택 : 제155조제15항을 준용하여 주택수를 계산한다. 이 경우 제155조제15항 단서는 거주자가 선택하는 경우에 한정하여 적용한다.

□소득세법 시행령제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2018.10.23, 2020.2.11, 2021.2.17, 2022.5.31, 2023.2.28>

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

② 제1항을 적용할 때 제167조의3제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.