○질의법인은 고성능 절삭공구 제조업을 영위하는 외국인투자기업으로서 ｢조세특례제한법｣ 제121조의2 제6항에 따라 ’18. 12월 기획재정부장관에게 조세감면 신청을 하여 ’19. 1월 아래와 같은 내용의 조세감면 결정을 통지받음

○ 질의법인의 주주는 질의법인에 대한 14,000만 달러의 추가 투자를 결정하였고, 질의법인은 ’23년 상반기 중 아래와 같은 내용으로 추가 투자에 대한 조세감면내용 변경신청 예정임

2. 질의내용

○ ’18. 12. 31. 이전에 ｢조세특례제한법｣ 제121조의2에 따른 외국인 투자기업 조세감면에 대해 감면결정을 받은 외국인투자기업이 추가 투자를 이유로 ’19. 1. 1. 이후 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여 조세감면내용 변경결정을 받을 경우,

-｢조세특례제한법｣ 제121조의2 제6항 단서에 따라 당초 감면기간의 남은 기간에 대하여 법인세 감면을 받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 조세 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(「지방세법」 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.

 2. 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 같은 법 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업(이하 생략)

② 2018년 12월 31일까지 제6항에 따른 조세감면신청을 한 외국인투자기업에 대해서는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득(제1항제1호에 따른 감면대상 사업의 경우 대통령령으로 정하는 소득)에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상이 되는 세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

 1. 제1항제1호 및 제2호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득: 다음 각 목의 구분에 따른 세액

  가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지: 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 세액(이하 이 항, 제12항제1호ㆍ제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액

  나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

 2. 제1항제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득: 다음 각 목의 구분에 따른 세액

  가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 감면대상세액의 전액

  나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항, 제12항 및 「지방세특례제한법」 제78조의3에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

⑦ 외국인(「외국인투자촉진법」 제2조제1항제1호에 따른 외국인을 말한다) 또는 외국인투자기업은 「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제4호가목1)에 따른 외국인투자를 하기 위하여 같은 법 제5조제1항에 따라 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항 및 「지방세특례제한법」 제78조의3에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.

⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 관계 중앙관서의 장(제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면의 경우에는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장을 말하고, 「지방세특례제한법」 제78조의3에 따른 취득세 및 재산세의 감면의 경우에는 행정안전부장관 및 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장을 말한다)과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제1항제1호에 따른 감면에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당 여부를 결정할 수 있다.

○ 조세특례제한법 제121조의4 【증자의 조세감면】

① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

② 다음 각 호의 주식등에 대해서는 그 발생근거가 되는 주식등에 대한 감면의 예에 따라 그 감면기간의 남은 기간과 남은 기간의 감면비율에 따라 감면한다.

 1. 「외국인투자 촉진법」 제5조제2항제2호에 따라 준비금ㆍ재평가적립금과 그 밖에 다른 법령에 따른 적립금이 자본으로 전입됨으로써 외국투자가가 취득한 주식등

 2. 「외국인투자 촉진법」 제5조제2항제5호에 따라 외국투자가가 취득한 주식등으로부터 생긴 과실(주식등으로 한정한다)을 출자하여 취득한 주식등

③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

④ 제1항에 따라 외국인투자기업에 대한 감면대상세액을 계산하는 경우 제121조의2에 따른 감면기간이 종료된 사업의 사업용 고정자산을 제1항에 따른 증자분에 대한 조세감면을 받는 사업(이하 이 항에서 "증자분사업"이라 한다)에 계속 사용하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 증자분사업에 대한 감면대상세액으로 한다.

⑤ 제1항에도 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액의 범위에서 증자하는 경우에는 제121조의2제6항에 따른 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2제8항에 따른 감면결정을 받은 것으로 본다.

⑥ 제1항에 따라 증자분에 대한 조세감면에 대하여 제121조의2를 준용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2 【조세감면의 기준 등】

③ 법 제121조의2제1항제2호에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우

  가. 제조업

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의3 【법인세등의 감면 결정】

① 기획재정부장관은 법 제121조의2제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용의 변경신청이 있는 때에는 당해신청이 제116조의2의 규정에 의한 조세감면 기준에 해당되는지의 여부등을 검토하여 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.

② 제1항에 불구하고 기획재정부장관이 법 제121조의2제1항제1호의 사업에 대하여 법 제121조의2제6항에 따른 신청을 받아 비감면대상사업으로 결정하려는 때에는 해당 신청일부터 20일 이내에 기획재정부령이 정하는 바에 따라 결정예고통지를 하여야 한다.

③ 제2항에 따른 결정예고통지를 받은 자는 기획재정부장관에게 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 통지내용에 대한 적정성 여부에 대한 심사를 소명자료를 첨부하여 서면으로 요청할 수 있다.

④ 기획재정부장관은 제3항에 따른 요청을 받은 날부터 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 그 결과를 신청인에게 통지하여야 한다.

⑤ 기획재정부장관은 제1항ㆍ제2항 또는 제4항의 규정에 의하여 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하는 경우 부득이하게 장기간이 소요된다고 인정되는 때에는 20일의 범위내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

⑥ 기획재정부장관은 제1항 또는 제4항에 따라 조세감면 또는 조세감면내용의 변경을 결정한 때에는 그 사실을 행정안전부장관ㆍ국세청장ㆍ관세청장 및 해당 공장시설을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보해야 한다.

⑦ 제1항 내지 제6항의 규정은 법 제121조의2제7항의 규정에 의한 조세감면대상 해당여부의 사전확인신청에 관하여 이를 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의6 【증자의 조세감면】

① 기획재정부장관이 법 제121조의4제1항의 규정에 의하여 증자분에 대한 조세감면여부를 결정함에 있어서 당해외국인투자기업이 유상감자(주식 또는 출자지분의 유상소각, 자본감소액의 반환등에 의하여 실질적으로 자산이 감소되는 경우를 말한다)를 한 후 5년 이내에 증자하여 조세감면신청을 하는 경우에는 그 감자전보다 순증가하는 부분에 대한 외국인투자비율에 한하여 감면결정을 하여야 한다.

② 법 제121조의4제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 것을 말한다.