1. 사실관계

○ ㈜AA(이하 ‘질의법인’)는 경영참여형 사모집합투자기구 **** 제1호 사모투자합자회사(이하 ‘PEF’)의 지분을 49.85% 보유

-사모집합투자기구는 코스닥 상장법인인 ㈜BB(이하 ‘갑법인’)의 지분을 13.86%(1,275만주) 보유함

- ’22.9.27 PEF의 사원총회에서 PEF를 해산하고, 잔여재산은 유한책임사원의 출자비율^*에 따라 분배

   * PEF출자비율 : CC 0.54%, 질의법인 49.85%, DD 49.85%

○ 질의법인은 ’22.11.10. PEF가 청산됨에 따라 현금 18백만원과 갑법인의 주식 637만주를 현물로 분배받음

- 질의법인은 PEF의 청산으로 분배받은 잔여재산에 대하여 아래와 같이 회계처리함

   *PEF청산으로 인한 분배주식(갑법인 주식 637만주×분배시점의 시가@460)

2. 질의내용

○ (질의1) 사모집합투자기구의 청산에 따라 사모집합투자기구가 보유한 갑법인 주식을 잔여재산으로 분배받은 경우 분배받은 주식의 세무상 취득가액

○ (질의2) 청산에 따른 잔여재산의 분배로 발생하는 사모집합투자기구 지분 처분손실의 손익귀속시기

3. 관련법령

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

1의2. 내국법인이 외국자회사를 인수하여 취득한 주식등으로서 대통령령으로 정하는 주식등: 제18조의4에 따라 익금불산입된 수입배당금액, 인수 시점의 외국자회사의 이익잉여금 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금융자산"이란 기업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 "단기금융자산등"이라 한다)을 말한다.

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1.~6. (생략)

7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3.~23. (생략)

24. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

○ 법인세법 제42조 【자산ㆍ부채의 평가】

① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것

2. 유형자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

3. 대통령령으로 정하는 주식등으로서 해당 주식등의 발행법인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

 가. 부도가 발생한 경우

 나. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 경우

 다. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업이 된 경우

 라. 파산한 경우

○ 법인세법 시행령 제73조 【평가대상 자산 및 부채의 범위】

법 제42조제1항제2호에서 "재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채"란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 재고자산

 가. 제품 및 상품(부동산매매업자가 매매를 목적으로 소유하는 부동산을 포함하며, 유가증권을 제외한다)

 나. 반제품 및 재공품 다. 원재료 라. 저장품

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권 등

 가. 주식등

 나. 채권

 다. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제20항에 따른 집합투자재산

 라.「보험업법」 제108조제1항제3호의 특별계정에 속하는 자산

○ 법인세법 시행령 제75조 【유가증권 등의 평가】

① 제73조제2호가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가는 다음 각 호의 방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 개별법(채권의 경우에 한한다) 2. 총평균법 3. 이동평균법 4. 삭제

② 제74조제3항 내지 제6항의 규정은 제73조제2호가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제74조제4항중 "선입선출법"은 "총평균법"으로, 동조제6항중 "재고자산평가조정명세서"는 "유가증권평가조정명세서"로 본다.

③ 투자회사등이 보유한 제73조제2호다목의 자산은 시가법에 따라 평가한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제230조에 따른 환매금지형집합투자기구가 보유한 같은 법 시행령 제242조제2항에 따른 시장성 없는 자산은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법 또는 시가법 중 해당 환매금지형집합투자기구가 법 제60조에 따른 신고와 함께 납세지 관할 세무서장에게 신고한 방법에 따라 평가하되, 그 방법을 이후 사업연도에 계속 적용하여야 한다.

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 【그 밖의 용어의 정의】

⑲ 이 법에서 "사모집합투자기구"란 집합투자증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 방법에 따라 산출한 100인 이하인 것을 말하며, 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 제249조의11제6항에 해당하는 자만을 사원으로 하는 투자합자회사인 사모집합투자기구(이하 "기관전용 사모집합투자기구"라 한다)

2. 기관전용 사모집합투자기구를 제외한 사모집합투자기구(이하 "일반 사모집합투자기구"라 한다)

⑳ 이 법에서 "집합투자재산"이란 집합투자기구의 재산으로서 투자신탁재산, 투자회사재산, 투자유한회사재산, 투자합자회사재산, 투자유한책임회사재산, 투자합자조합재산 및 투자익명조합재산을 말한다.