[주 문]

 OOO장이 2022.2.14. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.11.28. OOO 농지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 아버지 AAA(이하 “피상속인”이라 한다)으로부터 상속받아 취득하였다가 2020.12.30. 양도하고 2021.3.2. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2021.12.10. 피상속인이 8년 이상 자경한 쟁점토지를 상속받아 청구인이 1년 이상 직접 경작하였으므로 「조세특례제한법」 제69조에 따른 양도소득세 감면대상이라는 이유로 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.2.14. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 2022.5.10. 이의신청을 거쳐 2022.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

피상속인은 1987.10.23. 쟁점토지를 취득한 후 2004.11.28. 청구인에게 상속으로 소유권을 이전하기까지 17년간 쟁점토지를 자경하였다.

 피상속인은 쟁점토지에서 농사를 지었지만 농협조합에 가입하거나 농지원부를 신청하는 등의 절차는 몰랐고, 너무 오랜 시간이 지나 남아있던 거래 영수증마저 유품을 정리하는 과정에서 사라졌다.

 그러나 OOO 농지조합원이자 과거 이장을 역임하였고 현재 통장인 OOO는 피상속인이 1990년부터 쟁점토지 등에서 벼농사를 하는 것을 보았고 본인이 피상속인에게 농사에 대한 조언도 해주었으며 2001년 밭으로 지목이 변경되면서 피상속인이 배우자와 함께 밭농사를 하였다는 사실을 확인하여 주었다.

 청구인은 쟁점토지를 상속받을 당시 OOO 학생신분이었기 때문에 어머니의 농사일을 도와드리다가 군대를 제대한 후 2007년OOO부터 2009년OOO 초까지 어머니와 농사일에 전념하며 고추, 배추, 무, 시금치 등 농작물을 심어 자급자족하거나 주변사람들에게 나누어주었다. 또한 모종을 조금 더 싼 가격에 구입하고자 2008.12.31. 농지조합에 가입하였다가 2021.10.19. 탈퇴하였다.

 따라서 쟁점토지는 피상속인이 17년간 농사를 지어왔으며 청구인이 상속받은 후 1년 이상 직접 농사를 짓다가 양도한 토지이므로 자경농지에 대한 양도소득세 등 감면요건을 충족하였음에도 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」이 양도소득세 감면요건으로 규정하는 직접경작은 자기 노동력의 2분의 1 이상을 당해 농지의 경작에 투입하여 그 경작에 상시 종사하거나, 당해 농지에서 이루어지는 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력으로 행하는 것이다. 또한 위와 같은 감면요건 사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하고 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다고 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니다(대법원 1994.10.21. 선고 94누996 판결, 조심 2008중641, 2008.6.23. 같은 뜻임).

 청구인은 쟁점토지를 상속받은 이후 2007년 4월부터 2009년 8월까지 사이에 1년 이상 직접 경작하였고 상속개시일 이전에도 부친이 17년간 경작해왔다고 주장하나, ① OOO에 조회한 결과 쟁점토지의 농지원부는 2017.9.18. 최초로 등록된 것으로 확인되는 점, ② 제출된 간이영수증과 인우보증서만으로 청구인의 자경을 입증하기는 어렵고 그 외에 이를 입증할 증빙이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 청구인이 상속 이후 1년 이상 자경한 사실이 입증되지 아니한 것으로 보아, 청구인의 경정청구를 거부하였는바, 이러한 경정청구 거부처분에 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인이 피상속인이 8년 이상 자경한 쟁점토지를 상속받아 1년 이상 직접 경작한 것으로 보아 양도소득세를 감면하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 피상속인은 1987.10.23. 쟁점토지를 취득한 후 2004.11.28. 청구인에게 상속으로 소유권을 이전하였고, 청구인은 2004.11.28. 쟁점토지를 피상속인으로부터 상속받아 취득하였다가 2020.12.30. OOO에게 양도하고 2021.3.2. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 신고․납부하였다.

  (가) 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고내역은 OOO과 같다.

  (나) 쟁점토지 등기부등본, 피상속인 및 청구인의 주민등록초본에 의하면 피상속인은 쟁점토지를 17년 1개월 동안 보유(2004.11.28. 취득하여 2004.11.28. 상속)하였고, 청구인은 16년 1개월 동안 보유(2004.11.28. 상속으로 취득하여 2020.12.30. 양도)하였으며, 보유기간 중 쟁점토지가 소재하는 시 또는 연접한 시․군․구에 거주하여 8년(청구인 1년) 이상 재촌하였다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

   1) 피상속인은 1987.4.14. 이후 계속하여 OOO에 거주하였고, 피상속인의 거주지와 쟁점토지간 직선거리는 6.65km인 것으로 확인된다.

   2) 청구인도 쟁점토지 취득 이후 현재까지 피상속인과 동일한 주소지에 거주하고 있는 것으로 나타나며, 쟁점토지와 거주지간 직선거리는 피상속인과 동일한 6.65km인 것으로 확인된다.

  (다) 국세청 전산자료에 의하여 확인되는 피상속인 및 청구인의 수입금액 내역은 OOO과 같다.

   1) 개인별 총사업내역 조회에 의하면 피상속인의 사업내역은 확인되지 않고, 청구인은 2021.4.20. OOO(음식점업)을 개업하여 현재까지 운영하고 있는 것으로 확인된다.

   2) 청구인에 대한 근로소득지급명세서 조회내역은 OOO기재와 같다.

  (라) 청구인은 쟁점토지를 자경하였다고 주장하며 경작사실확인서OOO, 영수증 OOO 거래자별 매출상세내역 조회(2009.1.1.부터 2022.9.1.까지)를 각 제출하였다.

   1) 경작사실 확인서는 OOO과 같다.

   2) 청구인은 OOO로부터 2007년～2009년 사이에 비료 등을 구입하였다고 주장하며 간이영수증 사본 OOO매를 제출하였다.

   3) OOO 거래자별 매출상세내역 조회(2009.1.1.부터 2022.9.1.까지)에 의하면 청구인은 자경을 주장하는 2007년부터 2009년 사이에 2009.3.31. 비료 OOO원, 2009.4.24. 시설원예자재 OOO원의 구입내역이 있는 것으로 확인된다. 청구인은 2009년 이후로도 퇴비, 농약 등을 다수 구입한 것으로 나타난다.

  (마) 농지조합 가입정보조회서에 의하면 청구인은 2008.12.31. 가입하여 2021.10.19. 탈퇴한 것으로 확인된다.

  (바) 피상속인의 쟁점토지에 대한 농지원부는 확인되지 않고, 청구인은 2003.3.7. 쟁점토지를 자경한 것으로 농지원부를 작성(주재배작물 채소)하였다가 2021.1.6. 삭제된 것으로 나타난다. 처분청은 농지원부 작성일자가 2017.9.18.이라는 의견이나, 최초작성일자는 2003.3.7.이고 이후 모 OOO과의 세대분리로 인하여 등록수정된 것으로 나타난다.

  (사) OOO에 의하면 청구인은 2007～2008년 쌀소득등보전직불금을 수령한 것으로 나타난다.

  (아) 청구인은 2008.12.31. OOO 조합원으로 가입하였다가 2021.10.19. 탈퇴하였다.

  (자) OOO 2022.8.29. 발급한 농업경영체 등록말소확인서에 의하면 청구인은 2009.7.15.～2021.9.3. 기간동안 농업경영체(농업인)로 등록된 것으로 나타난다.

  (차) 청구인의 모 OOO은 2014.6.16. 피상속인으로부터 상속받은 OOO2㎡를 양도하고 2014.7.2. 2014년 귀속 양도소득세 신고시 8년 자경으로 양도소득세 감면을 신청하였으며 처분청은 이를 인정한 것으로 확인된다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「조세특례제한법」제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제11항 및 제14항은 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우 피상속인의 경작기간을 상속인의 경작한 기간으로 보아 자경농민에 대한 감면을 적용하도록 규정하고 있으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 상속받은 이후 1년 이상 자경한 사실이 입증되지 아니한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

 그러나 OOO에 의하면 청구인은 2007～2008년 쌀소득등보전직불금을 수령한 것으로 나타나는 점, 청구인은 2003.3.7. 쟁점토지를 자경한 것으로 농지원부를 작성(주재배작물 채소)하였다가 2021.1.6. 삭제한 것으로 확인되는 점, OOO 거래자별 매출상세내역 조회(2009.1.1.부터 2022.9.1.까지)에 의하면 청구인은 자경을 주장하는 2007년부터 2009년 사이에 2009.3.31. 비료 OOO원, 2009.4.24. 시설원예자재 OOO원의 구입내역이 있는 것으로 확인되는 점, OOO이 2022.8.29. 발급한 농업경영체 등록말소확인서에 의하면 청구인은 2009.7.15.～2021.9.3. 기간 동안 농업경영체(농업인)로 등록된 것으로 나타나고, 농지조합 가입정보조회서에 의하면 청구인은 2008.12.31. 가입하여 2021.10.19. 탈퇴한 것으로 확인되는 점, 청구인의 모 OOO은 2014.6.16. 피상속인으로부터 상속받은 OOO 소재 농지 OOO㎡를 양도하고 2014.7.2. 2014년 귀속 양도소득세 신고시 8년 자경으로 양도소득세 감면을 신청하였으며 처분청은 이를 인정한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지를 1년 이상 자경한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점토지를 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 조세특례제한법

 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(이하생략)

 (2) 조세특례제한법 시행령

 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항 제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

1. 「택지개발촉진법」 제3조에 따라 지정된 택지개발지구

2. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지

3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

  (3) 조세특례제한법 시행규칙

 제27조[농지의 범위 등] ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지 등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조 제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3 제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다.

 가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인

 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

 가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

 (4) 소득세법

 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

 (5) 소득세법 시행령

 제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등] ③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

1. 2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

1의2. 직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속ㆍ증여받은 토지. 다만, 양도 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(녹지지역 및 개발제한구역은 제외한다) 안의 토지는 제외한다.