1. 처분개요

가. 청구법인은 토지의 취득, 개발, 분양, 임대 및 관리사업, 주택 재개발사업, 주거환경개선사업, 산업단지 조성 및 관리사업 등 OOO지역 도시개발사업을 영위할 목적으로 2003.5.24. OOO가 100% 출자하여 설립된 공기업이다.

나. 청구법인은 OOO 조성사업을 위하여 설립된 특수목적법인 AAA㈜(이하 “AAA”이라 한다)와 2007.6.11. 체결한 토지공급이 2017.9.8. 해제되고, 이 후 발생한 약속어음 이자수익에 대하여 다음과 같이 수익으로 인식하지 않았다.

(1) 청구법인은 AAA과 2007.6.11. 토지공급계약을 체결하였는데, 해당 계약서에 따르면 청구법인은 OOO 조성사업의 사업부지를 조성하여 공급하고, AAA은 토지조성원가(용지비, 조성비, 인건비 등)에 20%를 할증(이하 “할증액”이라 한다)하여 청구법인에 지급하여야 하며, 가용자금 부족으로 할증액을 현금으로 지급하기 어려운 경우 할증액 상당의 약속어음을 지급할 수 있도록 정하였다.

(2) AAA은 2011.12.30. 토지조성원가의 20%에 해당하는 할증액 OOO원을 청구법인에게 약속어음(만기일 : 2013.12.16.)으로 지급하였으나, 자금 부족으로 인하여 약속어음 만기까지 대금을 지급하지 못함에 따라 양사 간 만기를 연장하는 내용의 협약서(약속어음 교부에 관한 합의서)를 매년 작성하여 종국적으로 만기를 2017.9.7.까지 연장하였다(이하 “쟁점거래”라 한다).

(3) 청구법인은 2016.9.8. 발행한 어음의 만기일(2017.9.7.) 전인 2017.9.6. 약속어음 수령거부를 통지하였고, 이후 아래 <표1>과 같이 청구법인과 AAA 간의 당초 토지공급계약은 2017.9.8. 해제되었다.

<표1> 어음 수령거부와 토지공급해제일

ㅇㅇㅇ

(4) AAA은 약속어음 만기 연장시 할증액 원본인 OOO원에 대한 어음(이하 “약속어음1”이라 한다)과 미수이자에 대한 어음(이하 “약속어음2”라 하고, 약속어음1과 합하여, “쟁점약속어음”이라 한다)을 함께 발행하였으며, 약속어음2의 세부적인 내용은 아래 <표2>와 같고, 청구법인은 2015.9.15.～2017.9.7. 기간 동안 발생한 이자(이하 “쟁점이자”라 한다)에 대하여 수익으로 인식하지 않았다.

<표2> 미수이자에 대한 약속어음2 발행 내역

ㅇㅇㅇ

다. 청구법인은 다음과 같이 OOO신도시 개발사업 진행시 광역교통시설 부담금을 포함하여 작업진행률을 계산하여 연도별 수익과 비용을 인식하였다.

(1) 청구법인은 ‘OOO신도시 택지개발사업’ 시행을 위하여 2009년 7월 OOO, 한국토지주택공사 등과 2023년 준공을 목표로 하여 ‘OOO신도시 택지개발사업’을 진행 중이고, 「대도시권 광역교통 관리에 관한 특별법」제7조의2에 따르면, 대규모 개발사업 시행시 국토교통부 승인을 받아 광역교통시설 부담금을 납부하여야 하며, 청구법인은 아래 <표3>과 같이 2016～2020년광역교통개선대책에 따른 예상비용(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 OOO원으로 산정하였으며, 2020년까지의 이행된 쟁점부담금은 OOO원이다.

<표3> 연도별 총공사예정비 중 쟁점부담금과 이행금액

ㅇㅇㅇ

(2) 청구법인은 총공사예정비에 쟁점부담금을 포함하여 작업진행률을 산정하였고, 이에 따라 연도별 수익과 비용을 인식하였으며, 이에 따라 ‘OOO신도시 택지개발사업’ 분양수익에 대응하는 해당 사업연도의 매출원가를 계산하여 인식하였다.

라. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.10.12.∼2022.2.18. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과,

(1) 청구법인이 쟁점약속어음에 대한 이자를 인식하지 않은 것은 특수관계인과의 거래로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당하여 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 되므로 제척기간 내에 있는 2016.1.1.～2017.9.6. 기간의 쟁점약속어음에 대한 이자를 재계산하여 2016사업연도 OOO원 및 2017사업연도 OOO원을 익금산입(2017사업연도 법인세 OOO원)하고,

(2) 청구법인이 총예정사업비에 포함한 쟁점부담금은 택지개발사업의 실제 진척 정도와는 관계없이 지출되는 금액으로 보아 쟁점부담금을 제외하고 계산한 작업진행률에 따라 수익과 비용을 재계산하여 2016～2020사업연도 소득금액 합계 OOO원(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 △OOO원, 2018사업연도 OOO원, 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원)으로 하여 처분청에 통보하였다.

(3) 처분청은 청구법인에게 2016사업연도 및 2017～2020사업연도의 법인세를 2022.6.27. 및 2022.10.7. 아래 <표4>와 같이 각 경정․고지(가산세 OOO원 포함)하였다.

<표4> 청구법인에 대한 법인세 경정 고지 내역

ㅇㅇㅇ

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016사업연도의 경정․고지처분에 대하여는 2022.6.27. 이의신청을 거쳐, 2016～2020사업연도에 대하여2022.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점약속어음에 대한 이자수익은 그 내용상 업무무관 가지급금 인정이자가 아닌 비영업대금의 이익에 해당되고, 청구법인은 「법인세법」상 손익귀속시기에 따라 처리하였다.

(가) 쟁점이자에 대한 수익은 「법인세법」상 손익의 귀속시기가 도래하지 않았으므로 이를 익금산입하는 것은 부당하다.

1) 「법인세법」에서는 이자소득의 귀속시기를 「소득세법」을 준용하고 있고, 「소득세법」에서는 이자소득을 유형별로 구분하여 귀속시기를 정하고 있으며(「법인세법 시행령」 제70조 제1항 제1호 및 「소득세법 시행령」 제45조), 금전의 대여를 사업목적으로 하지 아니하는 자가 일시적ㆍ우발적으로 금전을 대여함에 따라 지급받는 이자 또는 수수료 등을 비영업대금의 이익으로 하여(「소득세법 시행령」 제26조 제3항), 그 귀속시기를 약정에 의한 이자지급일, 약정이 없을 경우에는 그 이자지급일로 하도록 규정하고 있다(「소득세법 시행령」 제45조 제9호의2).

2) 청구법인이 2015.9.14. AAA과 체결한 약속어음 교부에 관한 합의서에 의하면, 약속어음1과 같은 기간까지의 약속어음2(약 OOO원)를 신규 발행하는 것에 합의하고, 지급기일은 2016.9.8.로 한다고 되어 있으므로, 동 지급기일은 약정에 의한 이자지급일이므로 해당 이자수익을 「법인세법」상의 익금으로 신고하였다.

3) 청구법인은 2016.9.8. AAA과 약속어음 교부에 관한 합의서를 다시 체결하였고, 그 내용은 2017.9.7.까지 발생할 이자인 약 OOO원의 약속어음을 발행하는 것에 합의하며, 지급기일은 2017.9.7.로 한다고 하였으나, 지급기일 이전인 2017.9.6. 약속어음 수령 거부 통지를 하였으므로 약속어음 약정의 효력은 더 이상 존재하지 않게 되고, 해당 이자수익에 대한 「법인세법」상 귀속시기는 기존 이자수익과 달리 이자지급일의 약정이 없을 경우에 해당되며, 청구법인은 쟁점이자를 지급받지 않았으므로 「법인세법」상 손익의 귀속시기가 도래하지 않았다.

(나) 청구법인이 지급기일 하루 전에 약속어음의 수령을 거부한 것은 다음과 같은 합리적인 정황이 있다.

1) 청구법인은 AAA의 BBB 유한회사 차입에 대해 지급금 합의서를 체결하여 AAA이 차입금을 상환하지 못할 경우에는 청구법인이 차입금을 대신 지급할 수도 있는 상황이었으므로 AAA의 BBB 유한회사에 대한 차입금 상환 가능성을 확인해 보아야 하는 입장이었다.

ㅇㅇㅇ

2) 청구법인이 제공한 지급보증은 「지방공기업법」 개정으로 인하여 2017.9.8. 이후에는 더 이상 제공할 수 없었고, 이에 따라 청구법인은 2017.9.8. 전까지 AAA이 자체자금으로 차입금을 상환할 수 있는지에 대하여 검토할 필요가 있었다.

3) AAA의 2016사업연도 재무제표를 살펴보면, 약 OOO원의 당기순손실이 발생했고, 유동부채가 유동자산을 약 OOO원 초과하였으며, 기말 현재 약 OOO원의 자본잠식이 발생했음을 확인할 수 있고, 또한, 같은 연도 외부감사인의 감사보고서에도 이와 같은 재무상태를 고려할 경우 계속기업으로서의 존속능력에 의문을 제기할 만한 중요한 불확실성이 존재한다고 기술된 바 있다.

4) 합리적인 의사결정자가 위에서 살펴본 AAA의 재무상태를 객관적으로 검토한다면, AAA이 BBB 유한회사의 차입금 OOO원을 상환할 수 없고, 이와 동시에 청구법인의 쟁점약속어음 역시 상환받을 수 없다고 판단하는 것이 합리적일 것이다.

5) 청구법인은 더 이상 지급보증을 할 수 없는 상황에서 객관적인 사실관계를 검토하여 AAA의 차입금 상환 가능성이 없다고 합리적으로 판단하였고, 지급기일 하루 전인 2017.9.6. 쟁점약속어음의 수령 거부를 통지한 것이다.

(다) 청구법인이 쟁점약속어음의 수령거부를 통지한 것은 경제적인 합리성이 존재한 행위이므로 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다.

1) 청구법인은 AAA의 특수관계자 여부에 상관없이 경제적인 합리성을 고려하여 약속어음 수령 거부 통지를 하고, 이후 「법인세법」상 이자수익 귀속시기에 따라 처리한 것이며, 청구법인이 수령거부한 약속어음은 전자어음으로서, 전자어음의 수신자는 전자어음의 수령을 거부하려면 전자어음관리기관에 수령 거부 의사를 통지하면 되고, 수령 거부 의사를 통지한 경우에는 수신자가 전자어음을 수령하지 아니한 것으로 보고 있다.

또한, 전자어음 취급은행이 발행한 “전자어음이용안내서”에는 수령거부는 만기일 전 영업일까지 가능하다고 기술하고 있으므로 청구법인은 법적 절차에 따라 어음 만기일 전에 전자어음 수령 거부를 통지한 것이고, 이는 거래상대방의 특수관계자 여부 및 조세 부담의 감소 목적과 관계없이 경제적인 합리성을 고려한 것이다.

2) 조사청의 세무조사 결과와 같이 쟁점약속어음을 상환받을 수 없다고 충분히 합리적으로 예상되는 상황에서 청구법인이 가치가 없는 어음을 수령한 후 이자수익을 대손처리하는 것은 합리적이지 않다고 할 것이다.

(라) 청구법인은 조사청의 답변서에 대하여 다음과 같이 추가항변하였다.

1) 조사청이 제시한 예규를 살펴보면, 특수관계자에 대한 외상매출금 등의 회수가 지연되어 당해 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된다고 해서 무조건 특수관계자에 대한 가지급금으로 보는 것이 아니라, 거래 실질에 따라 판단할 사항으로 해석하고 있고, “법인세법 기본통칙” 52-88…3 제10호에서는 특수관계인 간의 거래에서 발생된 외상매출금 등의 회수가 지연된 경우에도 사회통념 및 상관습에 비추어 부당함이 없다고 인정되는 때는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니하는 경우로 규정하고 있으며, 조세심판원도 매출채권을 지연회수하는 것에 대해 경제적 합리성이 인정되는 경우에는 부당행위를 적용하지 아니한다고 판시하고 있다(국심 2002중3021, 2003.4.10., 국심 2000부3061, 2001.6.27. 등).

2) 또 다른 예규에서는 특수관계자와의 거래에서 발생된 외상매출금 등의 회수가 지연되는 경우로서 거래상대방의 자금사정 등으로 불가피하게 그 회수가 지연되는 등 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우나 매출채권지연에 따른 연체료상당액을 받기로 한 경우에는 매출채권이 업무와 관련없는 가지급금으로 전환된 것으로 보지 아니하는 것으로 해석하고 있다(서이 46012-11258, 2002.6.25.).

3) 즉, 특수관계자에 대한 외상매출금 등의 회수가 지연되어 당해 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된다고 하여 무조건 특수관계자에 대한 가지급금으로 보는 것이 아니라, 거래상대방의 자금사정 등으로 불가피하게 그 회수가 지연되는 등 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 업무와 관련이 없는 가지급금으로 보지 아니하는 것임을 확인할 수 있고, 청구법인이 약속어음 만기를 연장한 사유를 살펴보고, 쟁점약속어음이 업무무관 가지급금에 해당되는지를 판단할 필요가 있다.

4) AAA이 자금조달이 어려웠던 상황을 고려한다면 청구법인의 쟁점약속어음 만기연장 사유는 경제적 합리성이 있다.

① AAA은 청구법인과의 약속어음 만기를 최초 연장한 시점인 2013년 12월 현재 청구법인의 약속어음 뿐만 아니라 아래 <표5>와 같이 차입금 약 OOO원을 보유하고 있었는데, 만기가 도래하는 차입금을 상환할 재원으로 사용할 실질적인 토지 매각 실적이 전무했었고, 2013년 6월말 카지노 사전심사 부적합 판정으로, 복합리조트와 연계하여 투자를 희망하던 잠재투자자들이 관망세를 보여 투자 여건이 불리한 상황이어서, 청구법인의 약속어음 뿐만 아니라 차입금 상환도 어려운 실정이었다.

<표5> AAA의 대출금 내역

ㅇㅇㅇ

② AAA의 차입금 상환 연장이 되지 않을 경우, 청구법인과 AAA간 토지공급계약은 자동해제되고, 청구법인은 AAA에게 대출잔액(OOO원) 상당의 토지비 직접 상환 의무가 발생하며, 반환 토지비 조달에 실패할 경우 청구법인의 부채비율 증가, AAA의 파산으로 인한 청구법인의 디폴트가 예상되는 상황이었다.

③ 이러한 상황은 최초의 약속어음 만기 연장시점(2013.12.16.) 뿐만 아니라 나머지 연장시점에서도 동일하였고, 결국, 청구법인은 약속어음 발행자인 AAA이 특수관계인이기 때문에 고의적으로 만기를 연장시킨 것이 아니라, AAA의 자금사정으로 인해 불가피하게 회수가 안되는 상황이라는 점, 만기를 연장하지 않아 AAA 부도가 발생할 경우, 청구법인 역시 디폴트가 우려되는 등의 심각한 상황이 발생된다는 점 등을 고려하여 만기를 연장한 것이었다.

5) 처분청은 청구법인이 AAA과 토지공급계약을 체결한 이후의 특정 거래내용 들을 비정상적인 자금지원으로 보아 부당행위계산 부인규정의 근거로 삼고 있으나, 이는 쟁점약속어음과 직접적으로 관련하지 않은 사항을 확대 해석하여 논점을 일탈하고 있다.

(2) 청구법인은 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 상황에서 기존 유권해석에 따라 세무처리를 하였기 때문에, 납세의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있으므로 작업진행률 재계산에 따른 가산세는 면제하는 것이 타당하다.

(가) 청구법인이 부담한 쟁점부담금이 작업진행률에 포함되는지 여부는 다음과 같이 세법 및 기업회계기준에서 명확히 규정되지 않아, 세법 해석상 견해가 대립한다고 할 것이므로 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하여 가산세를 면제하는 것이 타당하다.

1) 「법인세법 시행령」 제69조 제1항에서는 건설 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 그 목적물의 “건설등을 완료한 정도”를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제34조 제1항에서는 “건설등을 완료한 정도”를 아래의 산식으로 규정하고 있다.

ㅇㅇㅇ

2) 이러한 작업진행률 산정을 위한 총공사예정비 산정은 기업회계기준을 준용하도록 하고 있고, 기업회계기준을 살펴보면, 광역교통개선대책비용은 공사진행률 계산의 기준이 되는 발생원가에서 제외되는 공사원가에 해당되지 않고 있으므로 세법 및 기업회계기준에서 광역교통개선부담금이 작업진행률에 포함되는지 여부가 명확히 규정되지 않고 있어 논리적으로 해석할 수밖에 없는 상황이라고 할 것이다.

3) 관련 기업회계기준 질의회신에서 공사 관련 보존등기비용은 공사진행률 계산의 기준이 되는 총공사예정원가에 포함되고, 그 발생시점에 공사진행률 계산의 기준이 되는 누적발생원가에 포함된다고 해석하고 있고(회계기준원리 04-046, 2004.10.5.), 하자보수가 예상되는 경우에는 추정하자보수비를 총공사예정원가에 포함하여 공사진행률을 계산하도록 해석하고 있다(회계기준원리 04-022, 2004.6.21.).

4) 쟁점부담금은 위의 보존등기비용 및 하자보수비용과 같이 공사와 직접 관련하여 발생되고, 합리적으로 예상되는 비용이므로, 위의 질의회신에 따라 기업회계기준상 총공사예정원가에 포함되는 것으로 해석할 수 있고, 조사청의 세무조사 결과와 같이 실제 작업진척 정도와는 무관하게 발생되며, 이는 분양목적물의 작업진척도를 합리적으로 반영하지 않으므로 총공사예정원가에서 제외되는 것으로도 해석할 수 있다.

5) 따라서 쟁점부담금이 작업진행률에 포함되는지 여부는 각각의 논리적 해석이 가능하므로, 세법 해석상 견해가 대립하는 것에 해당되고, 이러한 상황에서 청구법인은 광역교통개선부담금과 관련된 세무처리를 하는데 있어 다음과 같은 기존의 유권해석(법인세과 46012-431, 2001.2.26.)에 따라 처리하였다.

ㅇㅇㅇ

6) 위의 유권해석에서는 도로부담금 등 공사와 직접적으로 관련이 있는 공사원가에 대하여는 작업진행률 계산에 산입하는 것으로 해석하고 있으므로 청구법인은 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 상황에서 기존 유권해석에 따라 세무처리를 하였기 때문에, 납세의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있고, 이는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당되므로, 가산세가 면제되어야 한다.

(나) 청구법인에게 작업진행률 재계산에 따라 가산세가 부과된다고 하더라도, 관련 대법원 판례가 생성되기 전(2019.6.13.) 사업연도의 가산세는 면제되어야 할 것이다.

1) 2019년에 대법원에서 각종 부담금은 공사원가에는 포함된다고 볼 수 있으나 작업진행률 산정에는 고려하지 않는 것이 타당하다고 판시하였고(대법원 2019.6.13. 선고 2019두35008 판결), 2020년에 지방자치단체에 납부한 기반시설조성 부담금은 작업진행률 계산시 산입하지 아니한다는 유권해석(2020-법령해석법인-490, 2020.10.8.) 등이 나왔다.

2) 청구법인은 2018사업연도까지는 쟁점부담금을 기존 유권해석(법인세과 46012-431, 2001.2.26.)에 따라 처리하였으므로, 적법한 의무를 이행한 것이었으나, 이후 대법원 판례(대법원 2019.6.13. 선고 2019두35008 판결) 등에 의하여 세무조사 전체기간에 대해 과세처분이 이루어졌고, 2018사업연도분은 소급하여 부적법한 것이 되었으며, 이러한 쟁점부담금 세무처리는 “국세기본법 집행기준” 48-0-4 제2항에서 규정한 가산세 감면의 정당한 사유로 인정한 경우에 해당되므로 해당 사업연도의 가산세를 면제하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점약속어음은 사실상 매출채권이 소비대차로 전환된 것이고, 이는 특수관계자에 대한 가지급금에 해당하며, 2016년부터 발생주의에 따른 기간경과 이자수익을 장부에 계상하지 않은 것과 쟁점약속어음에 대한 권리를 지급기일 하루 전에 포기한 것은 특수관계인과의 거래로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한다.

(가) 특수관계자에 대한 외상매출금 등의 회수가 지연되어 당해 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된 것으로 인정되는 때에는 특수관계자에 대한 가지급금으로 보는 것인바(서면2팀-29, 2005.1.5.), AAA의 가용자금부족으로 할증액을 즉시 지급하지 못하여 약속어음을 발행하고 협약서(합의서) 작성을 통하여 만기를 연장하는 것은 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된 것에 해당하며, 이는 특수관계인에 대한 가지급금으로 보아야 한다.

(나) 청구법인은 2011.12.16.～2015.9.14. 기간 동안 가중평균차입이자율보다 높은 토지공급계약에 따른 약정이자율을 적용하여 이자 OOO원을 모두 수익으로 인식하였으나, 2015.9.15.～2017.9.7. 발생한 쟁점이자는 수익 인식을 누락하였고, 쟁점약속어음이 실질적인 소비대차로 전환된 것이라면 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제89조에 따라 최소한 가중평균차입이자율(2016 및 2017사업연도 각 2.72% 및 2.38%) 만큼은 인정이자로 인식하는 것이 타당하므로 가지급금 OOO원에 대하여 가중평균차입이자율을 적용한 2016.1.1.～2017.9.6. 기간 동안의 가지급금 인정이자 OOO원(2016년 OOO원, 2017년 OOO원)을 익금산입하여야 한다(2015.9.15.～2015.12.31. 기간의 가지급금 인정이자는 부과제척기간 도과).

(다) 청구법인은 기존에 이자수익 OOO원을 인식하였음에도 쟁점이자의 수익을 인식하지 않은 것은 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한다.

1) 청구법인은 AAA로부터 수취한 쟁점약속어음을 기타매출채권 계정으로 분류하였고, 발생주의 회계기준에 따라 2011.12.16.∼2015.9.14. 기간 동안의 미수이자 OOO원을 기타매출채권의 증가로 장부에 계상하였으나 2016년 이후의 쟁점이자는 장부에 계상하지 않았다.

2) 청구법인은 이자수익의 장부계상 여부와 관계없이 「법인세법」의 수입시기 규정에 따라 2015.9.15.～2017.9.7. 기간의 쟁점이자(OOO원)를 약속어음2의 지급기일(2017.9.7.)에 익금으로 인식하여야 했으나, 토지공급계약의 해제를 예상하고 지급기일 하루 전(2017.9.6.)에 내부적인 의사결정을 통하여 쟁점약속어음의 수령거부(포기)를 함으로써 약정이 해제된 것으로 보아 미수이자를 인식하지 않았다.

3) 청구법인은 2017.9.8. 토지공급계약이 해제되자 기존에 미수이자로 인식하였던 OOO원을 대손금으로 회계처리한 후, 2017사업연도 법인세 신고시 대손요건에 해당하지 않는다고 보아 손금불산입(기타사외유출) 조정하였다.

4) 청구법인이 쟁점약속어음 이자를 미리 포기하지 않아 지급약정일(2017.9.7.)에 2015.9.15.～2017.9.7. 기간 동안의 쟁점이자를 「법인세법」의 수입시기에 따라 미수이자로 계상하였다고 하더라도 결과적으로 대손요건을 충족하지 못하여 추후 손금인정 받지 못할 것이므로, 2016년부터 발생주의에 따른 기간경과 이자수익을 장부에 계상하지 않은 것과 쟁점약속어음에 대한 권리를 지급기일 하루 전에 포기한 것은 특수관계인과의 거래로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이다.

(라) 쟁점거래는 경제적 합리성을 결여한 거래이므로 부당행위계산부인규정의 적용대상이 된다.

1) 경제적 합리성은 거래행위의 단편이 아닌 거래행위 제반 사정․사회통념․상관행을 구체적으로 고려하여 판단하여야 하는바(대법원 2007.7.27. 선고 2007두9198 판결), 청구법인은 AAA의 토지 취득자금에 대한 대출을 전액 지급보증해주는 형태의 토지공급계약을 체결한 이후 AAA의 가용자금의 부족 및 디폴트 발생 우려가 발생하자 아래 <표6>과 같이 다양한 형태로 자금을 지원하였다.

<표6> 청구법인의 OOO 조성사업 관련 자금 흐름 요약

ㅇㅇㅇ

2) 청구법인은 2011년 12월 AAA의 가용자금이 부족하자 할증액을 현금이 아닌 약속어음으로 받고도 원금 및 이자를 단 한 차례도 수령하지 않았고, 2013년 12월 AAA의 디폴트 발생이 우려되자 이미 납입한 토지조성원가 중 OOO원을 반환하였으며, 2016년 9월 AAA에 매각하였던 토지를 OOO원에 재매입하는 등 다양한 방법으로 비정상적인 자금지원을 하였고, 위와 같은 자금지원으로 청구법인에 이자비용 부담 등 막대한 손해가 발생하였음에도 청구법인은 계약변경․해제를 하는 등 정상적인 경제인이라면 수행하였을 최소한의 노력을 행하지 않았으며, 계약 해제 후에도 AAA에 별도의 손해배상도 청구하지 않은바, 청구법인과 AAA의 거래는 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 있다.

3) 또한 토지공급계약서 제6.6조 (나)항에 당초할증액 납기일 후 6개월 이내에 원금을 상환하지 않은 경우 이율이 1%씩 증가한다고 기재하였음에도 아래 <표7>과 같이 이와 무관하게 이자율을 책정하였고, 오히려 이자율이 감소한 것은 사기업 간 거래라면 일어날 수 없는 비합리적인 거래 행태라고 할 것이다.

<표7> 쟁점약속어음 약정이자율 연도별 변화

ㅇㅇㅇ

4) 2007년 토지공급계약 체결 당시 AAA의 최대주주는 인도네시아법인 CCC로 47.9%의 지분을 보유하고 있었으나, 단 9.2%의 지분만 보유한 청구법인이 AAA의 토지 매입에 대한 대출금을 전액 지급보증하였고, AAA은 토지공급계약상 의무인 토지 개발, 분양 등을 제대로 이행하지 않고 대출금에 따른 고액의 이자가 계속해서 발생하는 상황에서도 청구법인은 토지공급계약을 변경 또는 해제하지 않고 계속해서 이를 유지하였다.

5) 「지방공기업법」이 공사 지급보증을 할 수 없도록 개정되면서 더 이상 쟁점거래 구조를 유지할 수 없게 된 청구법인은 2017년 9월이 되어서야 토지공급계약을 해제하고, 토지를 넘겨받아 직접 개발 및 분양을 하게 되었다.

결국 최종적으로 청구법인이 부담하게 될 AAA의 이자비용이 기하급수적으로 늘어나는 상황에서 사전에 충분히 다른 방안(토지공급계약 해제, 분양대행사를 통한 분양업무 수행 등)을 마련할 수 있었음에도 청구법인이 모든 위험을 부담한 쟁점거래는 경제적 합리성을 상실하였다고 볼 것이고, 이러한 거래의 일환으로 쟁점약속어음의 만기를 아무런 조건 없이 연장해준 청구법인의 행태는 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다.

6) 청구법인은 토지공급계약의 해제 이후 AAA에 실질적으로 손해배상을 청구한 바 없으며, 심지어 AAA로부터 받아야 할 비용 또한 비정상적인 사유로 상계처리하였다.

청구법인은 토지공급계약 해제 이후 AAA에 원상회복 비용을 회수하고자 다양한 노력을 하였다고 소명하였으나, 이는 사실과 다르다.

청구법인은 2016.9.8. 자력으로 대출연장을 하기 어려워 부도 위기에 처한 AAA에 자금을 지원할 목적으로 당초 매각한 금액(OOO원)보다 고가인 OOO원에 토지를 재매입하여 자금을 지원한 것도 모자라, 청구법인이 해당 토지를 재매각할 시 50%의 차익을 AAA에 나누어 주기로 약정하여 자금지원을 위한 계약을 체결한바, 이는 합리적인 경제인 간의 거래라고 보기 어렵고, AAA에 부당하게 자금을 지원해주기 위한 방안이라고 판단된다.

<표8> 토지공급계약 해제 전후의 진행상황

ㅇㅇㅇ

7) 또한 회계법인을 통하여 당초에 OOO원으로 계산한 원상회복청구권 금액을 아래 <표9>와 같이 OOO원으로 낮추어 재계산한 뒤 2019.7.12. 청구법인이 지급하여야 할 재매각이익 분배금 채권과 상계하였다.

<표9> 회계법인의 토지비 원상회복 비용 산정내역

ㅇㅇㅇ

8) 위의 <표9>가 경제적 합리성이 결여된 것으로 판단되는바, 그 근거는 다음과 같다.

①계약 해제의 책임이 AAA에 있음에도 AAA이 기존에 납입한 원금 OOO원에 대한 기간이자를 별도로 산정하여 청구법인이 원금 외 이자 OOO원을 추가하여 지급하여야 한다고 계산한 것은 토지공급계약에 근거하지 않은 임의적인 계산이다.

②토지공급계약서 제6.3조 (마)항에 따르면, AAA이 청구법인에 지급하여야 하는 금원의 지급이 지체될 경우 연 14%의 이자를 청구법인에 지급하도록 하고 있으나, 이를 고려하지 않고 상사 법정이자율 6%를 적용하여 청구법인이 AAA로부터 받아야 하는 금액을 계산하였다.

③청구법인이 AAA로부터 받아야 하는 금액을 보면 토지조성원가의 할증액에 대한 이자 부분을 고려하지 않았다. 결론적으로 청구법인이 AAA로 인하여 막대한 손실을 입었음에도 이에 대한 손해배상청구를 하지 않았고, 토지원상회복 비용과 재매각이익 분배금 채권을 상계한 것은 공공기관이 아닌 사기업, 즉 합리적인 경제인과의 거래라면 발생하기 어려운 거래 형태라고 할 것이며, 청구법인의 OOO 조성사업을 유지하기 위해서는 불가피하였다는 주장만으로는 이러한 비합리적인 거래행태를 설명하기 어렵다.

(2) 청구법인이 쟁점부담금을 포함하여 작업진행률을 산정한 데에 정당한 사유는 없고, 세법 규정의 해석이 불분명한 경우도 아니므로 이 건 가산세 부과처분은 타당하다.

(가) 「법인세법 시행규칙」 제34조 제2항에 따르면, 법인은 기업회계기준을 적용하여 총공사예정비를 해당 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정할 것을 요구하고 있으므로, 청구법인은 각 사업연도 말 합리적인 작업진행률 산정을 위한 주의를 기울여야 할 의무가 있고, 청구법인이 당초 산정한 쟁점부담금이 포함된 작업진행률은 택지개발 초기에 작업진행률을 낮게 계산되도록 하여 수입금액을 지연 인식하게 되므로 기간손익의 왜곡을 방지하려는 입법취지에 부합하지 않는다.

(나) 「법인세법 시행령」 제69조에 따르면 목적물의 건설 등을 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 명시하고 있고, “일반기업회계기준” 16.48에는 공사진행률 계산의 기준이 되는 발생원가에서 제외되는 공사원가 예시를 열거하고 있으며, 세법과 일반기업회계기준에서는 모든 공사원가를 열거할 수 없으므로 예시에 열거되어 있지 않다고 하여 세법해석상 견해가 대립하는 것으로 볼 수는 없다.

(다) 쟁점부담금은 작업진행률 계산에 포함되는 보존등기비용, 하자보수비용과 동일한 성격의 비용이 아니므로 진행률 계산시 포함 여부는 세법해석 상 견해가 대립하는 것이 아니다.

보존등기비용의 경우 통상 공사 준공 이후 발생하고, 발생시점에 공사진행률 계산의 기준이 되는 누적발생원가에 포함하므로(회계기준원 04-022, 2004.6.21.) 공사완료연도의 작업진행률 계산에만 영향을 미친다. 청구법인이 계산한 작업진행률은 분양목적물의 공사 수행정도를 적정하게 반영하지 못하므로 보존등기비용과 하자보수비와 동일하게 회계처리할 수 없고, 청구법인이 쟁점부담금을 보존등기비용 및 하자보수비와 동일한 것으로 오인하여 회계처리한 것은 “국세기본법 집행기준” 48-0-5 가산세 감면의 정당한 사유로 인정하지 않은 “법령의 부지·착오”에 해당하므로 가산세 감면은 정당하지 않다.

(라) 청구법인과 같이 작업진행률 산정 시 쟁점부담금을 포함하여 계산하는 경우 쟁점부담금이 분모의 34%를 차지하여 청구법인이 분양하는 목적물(토지)의 작업진행률을 표상할 수 없게 되고, 수익·비용을 지연하여 인식하게 된다. 청구법인이 준용한 유권해석은 청구법인이 분양한 대규모 개발 토지 공사에 적용할 수 없고, 청구법인은 작업진행률을 합리적으로 산정하여야 하는 의무를 다하지 않았으므로 가산세 부과처분은 타당하다.

(3) 대법원 판례(대법원 2019.6.13. 선고 2019두35008 판결) 이전에도 청구법인에게는 합리적인 작업진행률을 산정하여야 하는 의무가 있으나 이를 다하지 않았으므로 가산세 부과처분은 정당하다.

「법인세법 시행령」 제69조에 따라 청구법인은 분양 목적물의 공사 완료정도를 합리적으로 계산하여 각 사업연도 익금과 손금을 인식하여야 하는 의무가 있음에도 쟁점부담금을 포함한 작업진행률을 사용하여 익금·손금을 왜곡하여 인식하였고, 이는 대법원 판결 이전의 행위 당시에도 적법하지 않았다고 할 것이며, 「국세기본법」 상 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이다.

따라서, 쟁점부담금을 포함하여 계산한 작업진행률은 OOO신도시 개발사업의 진척정도를 신뢰성 있게 측정할 수 없으므로 이를 제외하여 작업진행률을 재계산하고 가산세를 부과한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 미수령한 약속어음 이자수익에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지3> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003.5.17. 개업한 계속사업자로 부동산업/주택 및 택지개발을 주업으로 영위하고 있고, AAA은 2007.3.29. 개업한 계속사업자(대표자 : AAA)로 OOO을 사업장소재지로 하여 건설업, 부동산개발 및 건축업을 영위하고 있는 것으로 나타난다.

(2) AAA의 주주변동내역은 아래 <표10>과 같고, 청구법인과 AAA은 「법인세법」상 특수관계인에 해당한다는 점에 대하여는 청구법인과 조사청간 이견이 없다.

<표10> AAA의 주주 변동 내역

ㅇㅇㅇ

(3) 청구법인과 AAA이 체결한 토지공급계약서의 일부 내용은 다음과 같다.

ㅇㅇㅇ

(4) 청구법인은 2016.9.8. AAA에 매각하였던 토지(10필지)를 재매입하였고, 토지매매계약의 주요 내용은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 청구법인과 AAA간 체결한 ‘토지매매계약’ 주요 내용

ㅇㅇㅇ

(5) 청구법인이 2017.9.6. 수령을 거부한 쟁점약속어음 관련 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 내부문서에 의하면, 청구법인은 2017.9.6. AAA과의 토지공급계약이 2017.9.8. 해제될 예정이므로 2016.9.8. 수령한 약속어음에 대해 청구법인이 지급받을 사유가 상실되었다고 보아 이에 대한 수령거부의 통지를 한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2011.12.16.～2015.9.14. 발생한 이자 OOO원에 대해서는 2013～2015사업연도에 수익으로 인식하였으나, 2015.9.15.～2017.9.7. 발생한 쟁점이자에 대해서는 2017.9.6. 약속어음 수령거부 통지로 인해 이자수익의 귀속시기가 도래하지 않았음을 사유로 수익으로 인식하지 않았다고 주장한다.

(다) 청구법인의 토지공급계약 해제 통지 및 원상회복 의무 이행 청구 문서에 의하면 AAA이 2015년 9월 대출약정상환 만기일인 2017.9.8. 차입금 상환을 못함에 따라 청구법인은 2017.9.8. 지급금 합의서(2015.9.10.체결) 제2조에 따라 청구법인이 대주단에 해당 차입금 OOO원을 대지급하였으며, 이에 따라 지급금 합의서(2015.9.10.체결) 제6조에 따라 2007.6.11. 체결한 토지공급계약은 자동해제 되었음을 통지하는 것으로 기재되어 있다.

(6) 쟁점거래에 대한 청구법인과 조사청의 각 주장은 아래 <표12>와 같다.

<표12> 쟁점거래와 대한 청구법인과 조사청의 각 주장

ㅇㅇㅇ

(가) 조사청은 청구법인이 AAA의 토지 취득자금에 대한 대출을 전액 지급보증해 주는 형태의 토지공급계약을 체결한 이후 2016.9.8. 당초 매각한 금액(OOO원)보다 고가인 OOO원에 토지 10필지를 재매입하여 자금을 지원하였고, 청구법인이 해당 토지를 재매각할 시 50%의 차익을 AAA에 나누어 주기로 약정하여 자금지원을 위한 계약을 체결하는 등 AAA의 자금 부족 및 디폴트 발생 우려로 인해 다양한 형태로 자금을 지원한 것이라고 주장한다.

(나) 청구법인은 OOO 조성사업의 큰 비중(면적 기준으로 약 67%)을 AAA이 담당하고 있는 상황에서 진행이 어려워진다면 청구법인의 전체 OOO 조성사업의 진행이 어려워진다는 점을 고려하여 관련한 거래들이 이루어졌다고 주장한다.

(7) 청구법인은 토지공급계약 해제 후에 AAA로부터 원상회복 비용 등을 회수하고자 아래와 같은 노력을 하였다고 주장한다.

ㅇㅇㅇ

이에 대하여 조사청은, 청구법인이 당초 OOO원으로 계산한 원상회복 비용을 회계법인을 통하여 OOO원으로 낮추어 재계산하였는데 그 산정 근거가 경제적 합리성이 결여되었으므로 청구법인과 AAA 간의 거래는 합리적인 경제인 간의 거래라면 발생하기 어려운 거래라는 의견이다.

(8) OOO신도시 택지개발사업의 시행개요는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 ‘OOO신도시 택지개발사업’ 시행을 위하여 2009년 7월 OOO, 한국토지주택공사와 공동사업시행 기본협약을 체결하였고, 2023년 준공을 목표로 하여 다음과 같은 ‘OOO신도시 택지개발사업’을 진행하고 있다.

<OOO신도시 택지개발사업 사업개요 (2019.12.31.기준)>

ㅇㅇㅇ

(나) 청구법인이 책정한 2020년까지의 쟁점부담금은 OOO원이고(위의 <표3> 참조), 청구법인은 OOO신도시 택지개발사업의 수익 인식과 관련하여 총공사예정비에 쟁점부담금을 포함하여 작업진행률을 산정하였으며, 1단계 준공 사업연도(2021년)에는 이행되지 않은 쟁점부담금을 발생한 것으로 보아 아래 <표13>과 같이 회계처리하였다.

<표13> 준공시점의 회계처리

ㅇㅇㅇ

(다) 청구법인은 2019사업연도 총사업비 항목을 아래 <표14>와 같이 추정하였고, 쟁점부담금은 작업진행률 계산식 분모(총공사예정비) 중 34%를 차지한다.

<표14> 2019사업연도 총사업비 항목(2019년 12월 기준)

ㅇㅇㅇ

(라) 조사청은 청구법인이 작업진행률 산정시 총공사예정비에 포함한 쟁점부담금은 택지개발사업의 실제 진척 정도와는 관계없이 지출되는 금액이고, 준공일이 속한 사업연도까지 발생하지 않은 쟁점부담금을 준공일이 속한 사업연도에 이행된 것으로 보아 일시에 인식함으로써 준공 이전 사업연도까지는 공사진척도가 과소하게 산정되다가 준공일이 속한 사업연도에 공사진척도가 과다하게 산정되므로, 작업진행률 산정에 있어서 고려하지 않는 것이 타당하다고 보아 ‘총공사예정비’(계산식 분모)에서 쟁점부담금을 제외하고 ‘발생한 총공사비누계액’(계산식 분자)에서 발생한 광역교통개선대책부담금 누계액을 제외하여 계산한 작업진행률에 따라 아래 <표15>와 같이 수익과 비용을 재계산하였다.

ㅇㅇㅇ

<표15> 조사청이 재계산한 작업진행률

ㅇㅇㅇ

(마) 조사청이 재계산한 작업진행률에 따른 청구법인의 과소신고 소득금액 내역은 아래 <표16>과 같다.

<표16> OOO신도시 택지개발사업과 관련 과소신고한 소득금액 내역

ㅇㅇㅇ

(바) 공사진행률 계산과 관련하여 규정하고 있는 일반기업회계기준의 내용은 다음과 같다.

ㅇㅇㅇ

(사) 이와 관련하여 대법원은 “원고가 지출한 각종 부담금은 공사원가에는 포함된다고 볼 수 있으나 작업진행률 산정에는 고려하지 않는 것이 타당하다”고 판시(대법원 2019.6.13. 선고 2019두35008 판결)하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 처분청은 청구법인에게 2017사업연도에 대하여 △OOO원의 감액경정처분을 하였고, 청구법인은 이에 대하여 심판청구를 제기하였으나, 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오게 되는 것이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라고 할 것인바(대법원 2014.3.13. 선고 2012두7370 판결), 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가 또는 결손금이 감소되었는지를 기준으로 판단하여야 할 것인데 납세자의 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 한 과세기간에 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를 구할 수 없는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인에게 한 2017사업연도의 감액경정처분에 대하여는 부적법한 심판청구라 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 AAA로부터 약속어음에 대한 이자를 상환받을 수 없다고 예상되는 상황에서 합리적 경제인으로 판단하여 쟁점약속이자에 대한 수령을 거부한 것이므로 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인이 토지공급계약이 해제되지 않은 상태에서 쟁점이자의 수입시기인 쟁점약속어음의 지급기일(2017.9.7.) 하루 전에 쟁점약속어음의 수령 거부 통지를 하고 쟁점이자를 수익으로 인식하지 않는 것은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한 것으로 볼 수 있다 할 것이다.

청구법인은 2007.6.11. 토지공급계약이 체결되어 진행되던 장기사업에 대하여 AAA로부터 할증액 원금 및 이자를 한 차례도 수취하지 못하였음에도 약속어음의 만기를 재차 연장해주었고, AAA의 디폴트 발생이 우려되자 매각토지를 재매입하는 등 다양한 방식의 자금지원을 하였으며, 계속하여 이자비용 부담 등의 손해가 발생함에도 토지공급계약 해제 등의 조치를 하지 않고, 이후에도 AAA에 대한 손해배상청구 등의 법적조치를 취하지 않았으며, 약속어음 연장 및 이자 미수령 등을 거친 후 10년이 경과한 2017.9.8.에서야 계약해제가 이루어졌다는 점에서 이는 특수관계인 간 거래가 아니였더라면 발생하기 어려웠을 상황이라 할 것이다.

청구법인은 2011.12.16.〜2015.9.14. 기간 동안 쟁점약속어음의 만기를 연장하면서 이자 OOO원을 인식하였음에도 2015.9.15.〜2017.9.7. 기간 동안에는 이자를 수취하지 아니하였는바, 최소한 가중평균차입이자율(2016년 2.72%, 2017년 2.38%)만큼은 인정이자(2016년 약 OOO원, 2017년 약 OOO원 합계 OOO)로 인식하는 것이 타당해 보이고, 처분청은 미수이자 미계상에 대하여 약정이자율보다 적은 최소한의 (가중평균차입)이자율을 적용하여 보수적으로 과세한 것으로 보이므로 청구법인이 특수관계법인에게 자금을 대여하고 이자를 수령하지 아니한 것에 대해 처분청이 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1) 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 제재를 과할 수 없다 할 것이다(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결, 참조).

2) 「법인세법 시행령」 제69조 제1항은 건설 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 그 목적물의 “건설등을 완료한 정도”를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제34조 제1항은 “건설등을 완료한 정도”를 다음과 같은 산식으로 규정하고 있는바, 작업진행률 산정을 위한 총공사예정비에 쟁점부담금의 포함되는지 여부에 대하여는 명확한 규정이 없으므로 기업회계기준, 관련된 세법의 해석례 등을 참고하여 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다.

ㅇㅇㅇ

3) 일반기업회계기준에서 발생원가에서 제외되는 공사원가의 예시에서 쟁점부담금과 유사한 성질의 항목을 찾을 수 없고, 쟁점부담금은 OOO사업과 관련하여 발생이 예상되는 비용이어서 총공사예정비에 포함되는 것으로 해석할 여지가 있다고 볼 수 있으므로 쟁점부담금이 작업진행률에 포함되는지 여부는 납세자와 과세관청 간에 세법해석상 견해의 대립이 있을 수 있고, 이러한 견해의 대립은 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것으로 볼 수 있으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 보인다.

4) 다만, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 않은 금액에 대한 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것으로 보아야 하고, 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있으므로 처분청이 이 건 납부불성실 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 보아야 한다(조심 2021인2251, 2021.12.27., 합동회의 등).

따라서, 처분청이 쟁점부담금을 제외하고 계산한 작업진행률에 따라 수익과 비용을 재계산하여 신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 할 것이므로 이를 제외하여 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 법인세 고지 내역

ㅇㅇㅇ

<별지2> 청구법인에 대한 가산세 부과 내역

ㅇㅇㅇ

<별지3> 관련 법령

(1) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

제70조(이자소득 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액 : 「소득세법 시행령」 제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날(한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 경우에는 실제로 수입된 날로 하되, 선수입이자 및 할인액은 제외한다)이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정할 때 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액(법 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수되는 이자 및 할인액은 제외한다)을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다.

2. 법인이 지급하는 이자 및 할인액 : 「소득세법 시행령」 제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정할 때 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액을 해당 사업연도의 손비로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다.

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략)

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

제89조(시가의 범위 등) ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제34조(작업진행률의 계산등) ① 영 제69조 제1항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

2. 손금

당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

(4) 소득세법 시행령

제26조(이자소득의 범위) ③ 법 제16조 제1항 제11호에 따른 비영업대금(非營業貸金)의 이익은 금전의 대여를 사업목적으로 하지 아니하는 자가 일시적ㆍ우발적으로 금전을 대여함에 따라 지급받는 이자 또는 수수료 등으로 한다.

제45조(이자소득의 수입시기) 이자소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

9의2. 비영업대금의 이익 : 약정에 의한 이자지급일. 다만, 이자지급일의 약정이 없거나 약정에 의한 이자지급일전에 이자를 지급 받는 경우 또는 제51조 제7항의 규정에 의하여 총수입금액 계산에서 제외하였던 이자를 지급 받는 경우에는 그 이자지급일로 한다.

(5) 민법

제548조(해제의 효과, 원상회복의무) ① 당사자 일방이 계약을 해제한 때에는 각 당사자는 그 상대방에 대하여 원상회복의 의무가 있다. 그러나 제삼자의 권리를 해하지 못한다.

② 전항의 경우에 반환할 금전에는 그 받은 날로부터 이자를 가하여야 한다.

제598조(소비대차의 의의) 소비대차는 당사자 일방이 금전 기타 대

체물의 소유권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방은 그와 같은 종류, 품질 및 수량으로 반환할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

(5) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우