주 문

1. 피고가 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한,

 가. 2009 사업연도 법인세 2,278,329,176원의 부과처분 중 1,115,131,482원을 초과하는 부분을,

 나. 2011 사업연도 법인세 1,416,590,765원의 부과처분 중 1,206,515,327원을 초과하는 부분을,

 다. 2012 사업연도 법인세 1,875,128,743원의 부과처분 중 1,146,808,880원을 초과하는 부분을,

 라. 2009년 제1기 부가가치세 54,264,214원의 부과처분을,

 마. 2009년 제2기 부가가치세 413,006,619원의 부과처분 중 51,969,672원을 초과하는 부분을,

 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 8. 1. 원고에게 한 별지 처분목록 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 2. 1. ‘○○공사법’에 따라 국가(지도․감독기관 : 국토교통부)가 100% 출자하여 설립한 법인으로 ○○공항의 개발 및 관리․운영 등의 사업을 영위하는 내국법인이다.

나. ○○지방국세청장은 2013. 3. 11.부터 2013. 7. 18.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시하고 조사내용을 피고에게 통보하였고, 피고는 2013. 8. 1. 원고에게 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지 법인세 합계 81,847,542,280원(가산세 포함)과 2008년 제2기부터 2012년 제2까지 부가가치세 합계 212,127,625,540원(가산세 포함)을 부과(이하, ‘종전 처분’이라 한다)하였다.

다. 피고는 그 이후 2018. 7. 5.자 조세심판원의 결정, 관련 대법원 2022. 1. 27. 선고 2017두51983 판결 등1)에 따라 여러 차례에 걸쳐 종전 처분 중 일부를 경정․ 고지(현재 경정되어 남아 있는 세액으로서 원고가 취소를 구하고 있는 부분은 별지 처분목록 기재와 같다. 이하 종전 처분에서 경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2, 46, 47호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 공항민영화 관련 용역비 부분에 대한 판단[쟁점 2, 법인세 및 부가가치세]2)

가. 기초사실

1) 2008. 8.경 기획재정부 산하의 공공기관운영위원회는 공기업 선진화 추진계획의 일환으로 원고의 지분 49%를 매각하기로 하였다.

2) 원고의 주주인 국토교통부(2008년 당시에는 국토해양부였다가 2013. 3.부터 국토교통부와 해양수산부로 분리개편되었다. 이하 '국토부'라 한다)는 공항공사선진화 추진위원회를 구성하였다.

3) 원고는 2009. 3. 5. 공항공사 선진화 추진위원회의 회의결과에 따라 원고의 선진화계획의 방법으로 경영진단 및 경영구조 개선 방안의 타당성, 필요성 등을 검토하는 외부 용역을 받아보기로 하였다.

4) 원고는 ○○ 한국지점(이하, ‘○○지사’라 한다)에게 컨설팅 용역을, 법무법인 (유한)◎◎에게 법률자문 용역을 각 의뢰하였고(이하, 두 용역을 통틀어 칭할 경우 ‘이 사건 용역'이라 한다), 이 사건 용역 종료 후인 2009. 11.경까지 총용역비로 ○○ 지사에 약 27억 원, 법무법인(유) ◎◎(이하, ‘법무법인’이라 한다)에 약 2억원(이하, 이를 통틀어 '이 사건 용역비'라 한다) 지급하였다(다만 후에 당초 계획과는 달리 공기업선진화 추진계획에 따른 원고 지분에 대한 민간 매각은 무산되었다).

5) 피고는 이 사건 용역이 원고의 민영화를 위한 주식매각과 관련된 것으로서 원고의 주주인 국토부가 주식을 매각하기 위하여 필요한 용역이므로, 국토부가 부담할 이 사건 용역비를 원고가 대신 부담․지급하였다고 보았다.

6) 피고는 아래와 같이 이 사건 용역비를 법인세법상 부당행위계산 부인하여 손금불 산입하고 이에 대응하는 부가가치세법상 매입세액을 불공제함으로써, 원고에게 2009사업연도 법인세 939,148,946원, 부가가치세 2009년 1기 74,164,993원, 2기 361,036,947원을 부과하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제23 내지 30호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 원고 주장 요지

 이 사건 용역은 원고의 경영구조개선, 경쟁력 강화 등 원고 사업수행 경쟁력 제고를 위하여 수행된 것으로서 그 용역비 부담이 국토부에 귀속된다 할 수 없다. 따라서 이 사건 용역비에 대한 과세처분은 전부가 위법하거나 적어도 원고를 위하여 지출된 부분에 해당하는 일부는 위법하다.

다. 판단

1) 관련법리

   구 법인세법 제52조 제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 구 법인세법 제52조 제1항의 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에 대하여 ‘출연금을 대신 부담한 경우(제5호)’, ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’(제6호), ‘그 밖에 이에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우(제9호)’ 등을 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제88조 제2항은 “제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.”고 규정하고 있다.

   구 법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와 의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 않고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2020. 12. 10. 선고 2017두35165 판결 등 참조).

   한편, 구 부가가치세법 제17조 제1항 제1호는 ’자기의 사업을 위하여 사용되었거 나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액‘을 매출세액에서 공제할 매입세액으로 규정하고, 같은 조 제2항 제3호는 ’사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.‘고 규정하고 있다. 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위에 대하여 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항은 ’소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따른다.‘고 열거하고 있다. 즉, 공동 사업비용에서 출자비율을 초과하는 분담금액, 업무와 관련이 없는 자산의 유지 관련 비용, 업무와 관련이 없는 지출 비용은 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 매입세액으로 공제할 수 없고, 그 외에도 자기의 사업과 직접 관련성이 인정되지 않는 성격의 비용이라면 매입세액으로 공제할 수 없다고 봄이 타당하다. 그리고 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 등 참조).

2) 이 사건의 경우

가) 인정사실

    앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 아래의 사실을 인정할 수 있다.

 ① 2008. 8.경 기획재정부 등 8개 정부기관은 원고를 포함한 41개 공기업을 대상으로 민영화, 통폐합, 구조조정을 시도하는 선진화 추진계획을 수립하였고, 이에 국토부(항공정책과)는 2009. 3. 5. 인천공항의 경쟁력 강화를 목적으로 원고의 지분 내지 운영권을 민간에 매각하는 방안을 검토하였다.

 ② 원고는 2009. 9. ○○지사와 법무법인에게 이 사건 용역을 의뢰하였는데, 그 과업 내용서에는 ’○○공항의 경쟁력 제고방안 등 수립( ○○공항의 비젼 및 발전전략수립, 미래기업가치 평가 등), 공공성 확보를 위한 법적․제도적 규제장치 마련(공공성과 수익성을 조화시킬 수 있는 규제방안 제시 등), 재무구조에 대한 종합진단을 통한 기업가치 분석(향후 ○○공항의 항공수요를 예측하고 중장기 재무분석 시행 등), 매각가치 극대화를 위한 최적의 매각전략 수립‘ 등이 과업으로 기재되어 있었다.

 ③ ○○지사와 법무법인은 2009. 10.경까지 이 사건 용역을 완료하고 원고에게 각 용역보고서를 작성하여 제출하였다. 그 용역보고서에는 ○○공항의 경영환경분석 및 진단, 재무구조 진단 및 중장기 분석, 공공성 확보를 위한 제도적 장치, 지분 매각 로드맵 등 사항이 포함되어 있었다.

 ④ 국토부는 2009. 12. 7.경 정부가 소유하고 있는 원고의 주식에 대한 주식양도 승인을 요청하면서 주식매각과 관련한 사무처리를 원고에게 위탁하였다. 국토부는 위 주식매각 사무처리 위탁 당시 “위탁내용 : 정부 소유 원고의 주식을 보통주식 총수 15% 범위에서 IPO를 통해 매각, 위탁사무범위 : 매각주관사 선정, 계약체결, 주식가치평가 등 제반 매각 사무, 비용부담 : 매각 주관사에 지급하는 수수료, 지분 매각과 관련한 컨설팅, 회계, 법무 등에 대한 자문비(필요시)는 매각대금에서 지출(공기업의 경영구조 개선 및 민영화에 관한 법률 제20조 제5항)”라는 문구가 기재된 주식매각에 관한 사무 위탁서(이하, 이 사건 주식매각 사무위탁서’라 한다)를 작성하였다.

나) 구체적인 판단

   위에서 본 인정사실 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 용역의 의뢰가 비록 국토부가 소유하고 있는 원고의 주식에 관한 매각을 추진하는 과정에 있었으나, 이 사건 용역은 전체적으로 원고의 사업에 관한 경영진단, 구조개선 내지 선진화 방안에 관한 검토를 통해 원고를 경쟁력 있는 기업으로 만드는 데에 주된 목적이 있었던 것으로 보이는 점, ② 이 사건 용역은 원고가 수행을 의뢰하였고 용역비도 원고가 지급하였는데, 이는 원고의 경쟁력 강화 등을 위한 용역수행이라는 측면에서 수긍할 수 있는 점, ③ 국토부가 작성한 이 사건 주식매각 사무위탁서 중 '매각주관사에 지급하는 수수료, 지문매각과 관련한 컨설팅,회계, 법무 등에 관한 자문비는 필요시 매각대금에서 지출한다’ 는 취지의 기재 부분은 이미 그 이전에 용역수행이 완료되어 용역비까지 지급된 이 사건 용역에 관한 비용의 부담을 의미하는 것이 아니라, 향후 주식매각 사무처리 위탁으로 인하여 발생하게될 컨설팅 등 자문비를 매각대금에서 지출한다는 의미로 이해되는 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 피고가 제출하고 있는 증거들만으로는 이 사건 용역이 원고의 사업과 직접적 관련성이 없는 용역이었다거나 원고의 용역비 지급이 경제적 합리성이 없는 조세의 부당한 회피였다고 단정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

   따라서, 이 부분 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다(설령, 피고의 주장과 같이 이 사건 용역 중 원고의 사업과 직접 관련성이 없는 부분, 즉 국토부 소유 주식의 매각방안에 관한 용역이 일부 포함되어 있다 하더라도, 그 부분만을 따로 분리하여 해당 용역비를 산출할 만한 자료도 없으므로, 이 부분 과세처분 전부를 위법하다고 할 수밖에 없다).

3. ▣▣ 매장 관련 임대료 부분에 대한 판단[쟁점 3, 법인세]

가. 기초사실

1) 원고는 2008. 1. 31. 공개입찰로 주식회사 호텔□□(이하, ‘호텔□□’라 한다)를 ○○공항여객터미널 3층 출국장 DF5 구역공항 내 면세점 사업자로 선정하여 2008. 3. 1.부터 2013. 2. 28. 기간 동안 적용되는 사업권 관련 계약(이하, ‘이 사건 당초계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) 이 사건 당초계약에서 원고가 수령하는 면세점 매장 임대료는 (i) 매장의 품목별 매출액에 취급 품목별로 달리 적용되는 영업요율(의류, 피혁, 패션, 시계, 선글래스, 귀금속 등 개별 품목별로 8% ~ 20%의 요율 지정), 또는 (ii) 해당 매장구역에 관하여 미리 정한 최소보장액 중 더 높은 금액으로 하는 방식으로 정하였다.

3) 그 후 □□면세점 구역 내 DF-P5-28 부분에 ▣▣ 매장의 입점이 확정되자, 원고와 호텔□□는 2011. 2. 8. ▣▣ 매장 부분 550㎡에 대하여 원고가 수령할 임대료를 이 사건 당초계약과 달리 정하기로 하는 변경계약(이하, ‘이 사건 변경계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 변경계약에는 당초계약과 다르게, ▣▣ 매장에 적용할 영업요율을 연간 매출액 금액 구간별로 6.95%에서부터 7.56%까지로, 최소보장액을 연 55억원(단위면적당 1,000만 원)으로 바꾸기로 하는 내용 등이 포함되어 있었다.

4) 피고는 이 사건 변경계약으로서 원고가 이 사건 당초계약 기간 중 수령할 수 있었던 임대료 금액을 더 적게 수령하기로 하여 포기한 것이므로, 이 사건 당초계약을 기준으로 계산한 원고가 수령할 수 있었던 매장 임대료 대비 이 사건 변경계약에 따라 원고가 수령하기로 한 매장 임대료 사이의 차액분(이하, ‘이 사건 임대료 차액’이라 한다. 구체적인 내역은 아래 표와 같다)이 원고가 매출처인 호텔□□와 거래관계를 유지하고자 지급한 접대비 성격을 가진다고 판단하여, 이 사건 임대료차액을 2011 사업연도 및 2012 사업연도 익금에 산입하여 각 법인세를 부과하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제32, 33호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 원고 주장의 요지

   이 사건 임대료 차액은 접대비가 아니다. 즉 원고가 ‘지출’한 돈이 아니고, 원고가 이 사건 당초계약상 임대료 채권을 포기한 것이 아니며(이 사건 변경계약이 체결됨으로써 당초계약에서 정한 내용의 임대료 채권은 성립조차하지 않았다), 이 사건 변경계약에서 정한 임대료 수준은 적절할 뿐만 아니라 합리적이어서 액수를 할인한 것이 아니므로 접대비가 될 수 없다. 설령 임대료를 할인한 것으로 본다하더라도, ▣▣ 브랜드의 매출증가 내지 수익창출 효과 등을 감안하여 사업관계자 사이에서 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 지출된 금액으로서 전액 손금산입 항목인 판매부대비용에 해당할 뿐이라고 하여야 한다.

다. 판단

1) 관련법리

   법인세법상 접대비는 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 지출의 상대방이 이 사업에 관계있는 자들이고, 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것을 말한다(대법원 2004. 4. 9. 선고 2003두7804 판결 등 참조). 어떤 지출이 법인세법상 접대비에 해당하는지 여부는, 거래형식, 지출명목 등에 구애받을 것 없이, 지출의 목적 등 거래내용의 실질을 위주로 판단하여야 한다. 거래내용의 실질을 판단함에 있어서는, 법인세법이 접대비를 일정 한도액의 범위 내에서만 손금산입하도록 허용하는 이유가 법인이 지출한 접대비에 대하여 제한 없이 손금산입을 용인하면 종업원 급여, 개인적 접대, 이익의 은폐 또는 비자금 조성 등에 악용될 소지가 있고, 과소비, 향략문화 조장 등 각종 사회적 문제를 일으킬 소지가 있어 손금산입의 범위를 제한하고 건전한 거래 질서의 유지발전 등을 도모하기 위한 것이라고 이해된다는 점도 고려하여야 한다.

2) 이 사건의 경우

   앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉

   ① ○○공항 내 면세점은 구역별로 사업자들이 존재하는데, 이들 사업자들에 대하여 적용되는 임대료 수준이 상이한 경우가 있을 뿐 아니라, 한 사업자에 대하여도 매장에 따라 품목별, 위치별 상이한 임대료 수준이 약정되고 있는 점,

   ② 따라서 원고의 경영전략 등에 따라 특정 취급 품목, 브랜드별로 임대료 수준을 달리 약정하는 것이 충분히 가능하고, 이는 기존 사업권 계약에서 정해 놓은 당초 임대료 조건이 존재한다 하더라도, 새로운 브랜드 입점이라는 사정변경이 생겨 당초 임대료 조건을 변경할 만한 필요성이 있다고 판단될 경우에도 마찬가지라 할 수 있는 점,

   ③ 원고가 ▣▣ 매장을 최초 입점시키려 하는 과정에서, ▣▣ 브랜드가 그때까지 전세계 어느 공항 면세점에도 입점한 사례가 없어서 원고로서는 그 입점으로 인하여 고객 유입과 매출 증대 효과에 대해 기대를 가지고 있었던 것으로 보이므로, ▣▣매장의 임대료를 낮추어 주면서라도 입점을 희망하였다는 데에 합리성이 없다고 단정할 수 없는 점,

   ④ 원고가 의뢰한 컨설팅 내용에 의하면 ▣▣ 매장 입점 시 다른 매장에 비하여 추정이익이 2배가량 높고, 마진율은 다른 브랜드보다 낮아 영업요율이나 최소보장액을 낮출 이유가 있었던 상황이었다고 짐작가능한 점,

   ⑤ 이 부분 임대료는 성질상 면세점사업의 본질에 관한 주요 약정사항일 뿐이어서, 그런 사항에 관한 금액 조정이 된다하여 이익의 은폐, 과소비 조장 등 사회적 문제와 관련이 있을 여지는 거의 없으므로 이를 접대비라는 제한적 손금 항목으로 처리해야 할 필요성도 없다고 보이는 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 이 사건 임대료 차액은 원고가 특정 브랜드의 특수성을 감안할 때 그 브랜드의 입점으로 인한 매출증대 효과, 공항 브랜드 가치 증가효과 등을 기대하면서 그에 상응하는 면세점 사업자의 임대료 수준을 낮추어 줌에 따라 발생한 것으로서, 면세점 사업 관련 특정 매장 입점 및 그 임대조건에 관한 거래관계의 본질적 요소 일부를 사후적 사정에 따라 조정한 것일 뿐, 본질적 거래관계 이외의 별도 목적이 있는 거래로써 거래상대방과의 친목, 원활한 거래 진행을 도모하려고 원고가 부담한 비용이라고는 보기 어렵다. 따라서, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 부분 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

4. 협력사 지원금 부분에 대한 판단[쟁점 4, 법인세 및 부가가치세]

가. 기초사실

1) 원고는 2008년부터 2012년까지 기간 동안 협력사 직원들을 위하여 명절, 성수기격려품 지급, 하계휴양소 이용료 지급, 단합대회 비용 지급, 우수 직원 포상비 지급, 해외 공항 견학기회 제공, 협력사 종사자의 인재개발비 지원(인재개발원 MBA과정 교육비 일부 감면), 교육프로그램 제공, 간담회 및 워크샵 기회 제공, 유관 협력사 회의에서 국제기구 등 초청비용 부담, 협력사 자녀 공항 견학, 지역주민 초청 행사 제공 등에 아래 지원금(이하, ‘이 사건 협력사 지원금’이라 한다)을 부담하였다.

2) 피고는 이 사건 협력사 지원금이 원고가 직접 지급할 의무가 있는 원고의 직원, 파견근로자에 대해 지출된 것이 아니어서, 해당 일부 업체 및 그 직원들과의 친목을 두텁게 하기 위하여 부담한 접대비라고 보아, 법인세법상 접대비 한도를 초과하는 3,444,522,625원을 법인세 손금불산입하고, 관련 매입세액 1,034,239,772원을 부가가치세 매입세액 불공제하여, 2008 내지 2012 사업연도 법인세 및 2008년 2기부터 2012년 2기까지 부가가치세를 각 부과하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제34 내지 40호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 원고 주장의 요지

  이 사건 협력사 지원금은 접대비로서의 상대방 요건(협력사 근로자들에게 지급되었을 뿐 사업관계자들에게 지급된 것이 아니다), 비용의 성격적 요건(사업관계자들간의 친목을 도모하기 위한 것이 아니라, 40개 협력사의 직원 6,000명에게 1인당 약 13만원 상당을 지원한 것으로서 상관행상 판매와 직접 관련하여 정상적으로 인정되는 판매부대비용에 불과하다) 등을 결하여 접대비가 될 수 없다.

다. 판단

  앞에서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 협력사 지원금은 약정이나 법률상 의무 없이 거래상대방과의 친목, 원활한 거래 진행을 도모하려고 원고가 부담한 비용으로서 접대비의 성격을 가지고 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 협력사 지원금의 세부내역은 아래와 같다. 그 중 하계휴양소 비용은 성수기 근로의욕 고취, 근무분위기 쇄신을 위하여 공항 인근 숙박시설을 원고가 임차하여 운영한 것이고, 단합대회 지원비는 하계 성수기 동안의 노고를 격려하고 단합 증진을 위하여 자체적 단합행사를 계획하게 하고 원고가 그 비용을 지급한 것이며, MBA교육비는 원고의 직원을 대상으로 한 교육프로그램에 협력업체 종사자들을 참여하게 하여 항공전문교육 기회를 부여하면서 교육비를 감면해 주는 것을 내용으로 하고 있다.

② 이 사건 협력사 지원금 지급의 상대방이 원고의 사업관계자들인 협력사 자체가 아니라 그 직원들이라 하더라도, 비용지출의 의도는 해당 직원들의 사기를 진작함으로써 거래상대방인 협력사에 대한 거래관계를 보다 원활하게 하기 위한 목적이었던 것으로 보인다.

③ 법인세법상 손비로 인정되는 판매부대비용이 되려면 지출경위, 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어, 상품 또는 제품 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정할 수 있어야 한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두6559 판결 등 참조). 비록 이 사건 협력사 지원금의 지출이 공항운영 효율성 제고, 고객서비스 향상 등을 부수적 목적으로 하였을 여지는 있으나, 지원금의 세부내역을 보면 이들은 주로 소비성 지출로서 원고의 매출증대와 적어도 ’직접적인‘ 관련은 없는 것들에 불과하므로, 이 사건 협력사 지원금을 판매부대비용이라고 보기는 어렵다.

④ 원고는 지원금의 세부항목 중 협력사의 날 행사 지원비에 관하여, 원고와 협력사 사이에 사전에 약정된 비용이므로 접대비가 아니라고 주장하면서 아웃소싱특수계약서(갑 제36호증) 제32조 제3항을 그 근거로 들고 있다. 그러나 위 계약조항은 ’공항공사는 매년 5월 셋째 주 수요일을 협력사의 날로 지정하여 기념행사 등을 개최할 수 있으며, 협력사는 용역수행에 지장을 주지 않는 범위 내에서 이에 적극 협력하여야 한다.‘라는 내용에 불과한바, 이를 원고의 비용 지급 의무, 지급할 금액의 범위 등에 관한 원고와 협력사 사이의 구체적 약정이라고 보기는 어렵다.

5. BOT 방식 건축물 관련 임대료 부분에 대한 판단 [쟁점 5, 6, 법인세]

가. 기초사실

1) 원고는 ㈜◉◉호텔네트워크 등 9개 사업시행자3) 및 ㈜ ◊◇ 등 21개 사업시행자(이하, 이를 통틀어 ‘이 사건 시행자들’이라 한다)와 사이에 아래와 같이, 이 사건 시행자들이 원고 소유의 토지(이하, ‘이 사건 토지’라 한다)에 각각 건축물을 신축하여 일정한 기간 동안 사용하면서 매년 토지사용료를 지급하고, 토지사용기간만료 후에는 원고에게 해당 건축물의 소유권을 무상으로 이전하기로 하는 내용의 실시협약을 체결하였다[실무상 이러한 방식을 건설(Build) - 운영(Operate) - 소유권이전(Transfer) 방식, 즉 ‘BOT 방식’이라 부른다]. 이에 따라 이 사건 시행자들은 이 사건 토지에 각 건축물(이하, ‘이 사건 건축물’이라 한다)을 신축하여 사용하면서 원고에게 토지사용료를 지급하여 왔다.

2) 피고는 원고가 토지사용기간 만료 후 이 사건 건축물의 소유권을 무상으로 이전받기로 한 것이 이 사건 토지에 대한 임대료의 일부를 후불로 지급받기로 한 것이라고 보고, 토지사용기간 만료 시점의 이 사건 건축물의 시가를 감정평가한 금액을 전체 토지 사용기간으로 안분한 금액을 익금에 가산하여 이 부분 법인세 과세처분을 하였다(쟁점 5 : 위 9개 사업시행자들 관련 건축물 부분을 2009 내지 2012 사업연도 익금에 각 산입, 쟁점 6 : 위 21개 사업시행자들 관련 건축물 부분을 2008 내지 2012 사업연도 익금에 각 산입).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제41 내지 46, 49호증, 을 제17 내지 21, 49호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 원고 주장의 요지

1) 원고는 적정한 수준의 토지 임대료를 실제로 수령하였고, 이 사건 건축물들에 대한 토지사용기간이 만료한 이후 이 사건 건축물들의 소유권을 이전받기로 약정한 것은 사업기간 만료 시점에서 철거를 용이하게 하기 위한 수단에 불과할 뿐 이 사건 건축물들의 가치를 취득하기 위한 것이 아니므로, 이 사건 건축물들의 소유권이 차후에 원고에게 이전되는 것에 토지 임대료의 후불지급 성격이 있다고 볼 수 없다. 설령 이 부분이 후불임대료라 하더라도, 법인세법상 권리의무확정주의 원칙상 후불임대료를 과세소득으로 인식할 만큼 성숙․확정되었다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 건축물들의 사업기간 만료 시의 시가를 감정한 감정평가(이하, ‘이 사건 감정평가’라 한다)는 재조달원가 상승률의 산정, 건축물 내용연수 결정, 실제 재조달 원가 산정방법 등에 오류가 있어 과세처분의 근거자료로 활용될 수 없다.

3) 원고에게 이 사건 건축물들의 소유권이 이전되는 토지사용기간 만료 시 그 시가는 미래 시점의 명목상 가격이므로, 원고가 토지사용기간 내의 각 사업연도에 임대료의 일부로 받은 것으로 볼 수 있는 금액은 ’토지사용기간 만료 시 이 사건 건축물들의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액‘이어야 한다.

다. 판단

1) 후불 임대료 해당 및 권리의무확정 여부

   앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지의 사용기간 만료 후 소유권을 이전받기로 한 이 사건 건축물은 원고의 토지 임대에 대한 대가로 수령하는 후불 임대료에 해당하고 그것이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다 할 것이므로 이를 법인세의 과세대상으로 삼을 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 건축물은 짧게는 5년에서 길게는 50년간 사용이 예상되는 호텔, 업무 내내지 상업시설, 공항운영에 필요한 화물창고, 화물터미널, 정비시설 등 비교적 견고한 건축물이라 할 수 있고, 그 가액의 합계는 9개 사업시행자들 관련 건축물의 경우는 무려 177,052,766,330원, 21개 사업시행자들 관련 건축물의 경우는 95,287,604,480원에 이른다. 그러므로 이 사건 건축물의 소유권 이전이 단지 분쟁해결수단으로서만 의의를 가진다고 하기는 어렵다.

② 각 실시협약상 이 사건 건축물은 시설소유기간 내지 토지사용기간 만료시 원고에게 소유권이 이전된다는 점이 명시되어 있다. 다만 각 실시협약이 단서 조항 내지 별개 조항 등을 두어 예외적인 경우 기간 만료 후 이 사건 시행자들이 원고로부터의 승낙이나 원고와 합의에 따라 해당 토지 내지 건축물을 계속하여 또는 기간을 연장하여 사용수익을 할 수 있다거나, 원고의 요구에 따라 건축물 철거 및 토지원상회복을 할 의무가 있음을 아울러 정하고는 있으나, 이러한 예외적인 사정은 원고의 선택 및 의사표시에 따라 원고가 임의로 그 실현 여부를 정할 수 있는 것이다. 따라서 원고에 대한 이 사건 건축물의 소유권 이전은 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 할 수 있어 과세대상이 된다(대법원 1998. 6. 9. 선고 97누19144 판결 등 참조).

③ 이 사건 건축물의 소유권 이전의무와 견련관계에 있는 원고의 의무로서 이 사건 토지 임대의무 이외에 다른 것을 찾기 어렵다.

2) 이 사건 감정평가의 위법 여부

  감정평가사와 토지, 건물, 동산 등 재산과 권리의 감정평가에 관한 사항 등을 규정하고 있는 ’부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률‘은 제31조에서 토지 등의 감평가에 있어서 그 공정성과 합리성을 보장하기 위하여 감정평가업자가 준수하여야 할 원칙과 기준을 국토교통부령으로 정하도록 하고 있고, 그에 따라 제정된 ’감정평가에 관한 규칙‘은 감정평가업자가 감정평가를 할 때 준수하여야 할 원칙과 기준을 정하고 있다. ’감정평가에 관한 규칙‘ 제11조에서는 감정평가업자는 원가방식, 비교방식, 수익방식에 따라 감정평가를 한다고 규정하고, 제15조에서는 감정평가업자는 건물을 감정평가할 때에 원가법을 적용하여야 하며, 원가법에 따라 건물을 감정평가할 때에는 재조달원가 산정, 감가수정의 순서에 따라야 한다고 규정하고 있다. 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고가 이 사건 감정평가를 의뢰한 사실, 한국감정원의 감정평가사는 조사 시점의 이 사건 건축물들에 대한 재조달원가를 기준으로 생산자물가상승률, 건설공사비상승률 등을 고려하여 토지사용기간 만료 시점의 재조달원가를 산정한 후 감가수정을 하는 방법으로 토지사용 기간 만료 시점 당시 이 사건 건축물들의 가치를 9개 사업시행자들 부분은 177,052,766,330원, 21개 사업시행자들 부분은 95,287,604,480원으로 각 평가한 사실, 위 감정인들은 평가액의 결정방법에 관하여 ’감정평가에 관한 규칙‘ 제15조에서 정한 건물의 평가방법인 원가방식에 따라 이 사건 건축물들의 가치를 평가하였고, 일반적인 집합건물에 대한 감정평가와는 달리 토지를 제외한 건물만을 평가하여야 하는 점과 장기간이 경과한 후의 유사 사례, 순수익을 산정하기 어려운 점 등을 고려하여 비교방식, 수익방식의 평가방법을 취하지 아니하였다는 의견을 밝힌 사실을 각 인정할 수 있다. 감정평가방법에 관한 위 법규의 규정에 비추어 볼 때, 이 사건 건축물들에 대한 위와 같은 가치산정에 잘못이 있다고 보이지 않고, 갑 제47,48호증의 각 기재만으로는 위 판단을 뒤집기에 부족하다.

    따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 과세표준 산정방법으로서 중간이자의 공제 여부

  앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 각 사업연도 법인세 과세표준을 산정할 때에는 토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물의 시가 자체를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액을 임대료로 보아 익금에 산입하여야 한다.

  따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기전의 것) 제71조 제1항은 ‘자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다’고 규정하면서, 제1호에서 “계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일”을 규정하고 있다. 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 제1호 내지 제4호에서 매입자산, 자가 제조․생산․건설 자산, 현물출자․합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산과 주식 등의 취득가액을 규정한 다음, 제5호에서 그 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건과 같이 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점의 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 ‘이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액’으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시의 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다.

② 기업회계기준은 금전채권 또는 금전채무에 관하여 이를 현재가치로 평가하여 명목가액과 현재가치의 차액을 현재가치할인차금으로 계상하는 규정을 두고 있다. 법인세법에서 현재가치 평가는 그러한 회계처리를 인정하는 규정이 별도로 존재하는 경우에 한하여 허용된다. 그런데 이 사건 건축물의 토지사용기간 만료 시의 가액은 해당시점의 잔존가치를 감정을 통하여 평가한 금액으로서 기업회계기준에 따른 현재 가치평가의 대상이 아니고, 법인세법에 현재가치 평가를 인정하는 규정도 없다.

③ 만약 원고의 주장과 같이 ‘토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물의 시가를 중간 이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액’을 기준으로 각 사업 연도의 익금에 산입할 임대료를 계산할 경우, 중간이자로 공제된 금액 상당을 추가로 각 사업연도의 익금에 산입하지 않는 이상 해당 금액이 과세대상에서 누락되고, 전체 토지사용기간의 임대료로서 각 사업연도의 익금에 산입된 금액을 합산한 금액도 원고가 취득할 당시의 이 사건 각 건축물의 시가에 미달하게 된다.

6. ◭◭코스 조성비용 관련 임대료 부분에 대한 판단[쟁점 7, 부가가치세]

가. 기초사실

1) 원고와 ◌◌㈜(2006. 1. 2. 상호가 △△ ㈜로 변경되었다. 이하 ‘△△’라 한다)는 2002. 7. 24. ‘원고가 토지를 제공하고, △△는 그 토지에 골프장을 조성․운영하면서 토지사용료를 지급하며, 토지사용기간은 2006. 7.경부터 2020. 12. 31.까지로 한다’는 내용의 실시협약(이하, ‘이 사건 골프장 실시협약’이라 한다)을 체결하였다.

2) 이 사건 골프장 실시협약 제10조는 제1항에서 ‘골프장 영업과 관련하여 건설한 시설의 소유권은 토지사용기간이 종료함과 동시에 국가 또는 원고에 귀속되며, △△는 토지사용기간 종료 1개월 전까지 본 시설의 제반 귀속절차(소유권이전절차포함)를 이행하여야 한다. 다만 시설물을 철거하여야 할 경우에는 토지사용기간 종료 후 6개월 이내에 모든 시설을 철거하여야 한다’고 규정하고, 제4항에서 ‘이와 같이 시설을 인계 또는 철거해야 하는 경우 △△는 민법 제283조 및 제285조에 의한 지상물매수청구권을 주장할 수 없다’고 규정하고 있다.

3) 피고는 △△가 2005년부터 2008년까지 골프장(‘◭◭코스’만을 의미한다. 이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다) 조성을 위하여 지출한 ‘육지부지조성비용’과 ‘골프코스 및 시설조성공사비용’ 중 감가상각자산인 건물, 도로 등 구축물에 공여된 부분을 제외한 토지 조성 직접비(이하, ‘이 사건 골프장 조성비’라 한다)는 원고 토지의 가치를 증가시키는 비용으로서 선수임대료에 해당한다고 보고, 이를 토지사용기간으로 안분한 금액을 부가가치세 과세표준에 가산하여 이 부분 과세처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제50 내지 53호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 원고 주장의 요지

   이 사건 골프장 조성비는 원고 소유 토지의 자본적 지출에 해당하지 않는다. 이 사건 골프장 실시협약 체결 단계에서는 원고가 토지사용기간 만료 후 이 사건 골프장 부지를 인도받아 계속 골프장 용도로 사용할 것이 확정되었다고 볼 수 없는 점, 앞으로 이를 원상회복하여 반환할 가능성도 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 골프장 공사 완료시 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 받았다고 볼 수도 없다.

다. 판단

1) 관련법리

   구 법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업 연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하여 손익이 권리의무의 확정시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결 참조).

2) 이 사건의 경우

  앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 골프장 공사 완료 시에 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 받았다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 골프장 조성비를 토지사용 기간으로 안분하여 부가가치세 과세표준에 가산한 이 부분 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 토지에 대한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 등 참조). △△가 지출한 이 사건 골프장 조성비는 골프장 조성을 위한 토지의 개량 등에 사용되었고, 그 지출로 인하여 원고 토지의 가치가 현실적으로 증가하였으므로, 이는 원고 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하다.

② 원고와 △△ 사이에 체결된 이 사건 골프장 실시협약에는 토지사용기간이 종료하는 경우 이 사건 골프장 시설의 소유권이 원고 측에 귀속하고, 이에 따라 △△가 원고에게 위 시설을 사용 중인 상태로 인계하는 것으로 되어 있고, 다만 예외적으로 그 시설을 철거하여야 할 경우를 대비한 절차적인 조항이 마련되어 있을 뿐이다. 따라서 예외적인 원상회복 의무의 발생가능성을 이유로 이 사건 골프장 조성비의 지출로 인하여 이미 이루어진 원고 토지의 가치 증가가 아직 실현되지 않았다고 볼 수는 없다.

③ 원고는 내부적으로 2020. 12. 31.까지 이 사건 골프장의 운영을 중지할 가능성이 매우 낮은 것으로 파악하기도 하였고, 원고가 △△의 지분을 취득한 데에는 향후 이 사건 골프장을 운영하는 데 필요한 노하우를 배우기 위한 목적도 있었던 것으로 보인다. 이러한 사정은 원고가 토지사용기간 종료 시 이 사건 골프장 부지를 거기에 설치된 골프장 시설 등을 철거하여 원상회복한 상태로 반환받을 가능성이 희박하였다는 것을 뒷받침한다.

④ 이 사건 골프장 조성비의 지출로 인하여 원고 토지의 가치가 증가하였으므로 그 조성비 상당은 원고의 토지 임대에 대한 대가로 볼 수 있다. 나아가 원고 토지의 가치 증가는 이 사건 골프장 공사 완료 시에 이미 이루어졌으므로, 원고는 그 무렵이 사건 골프장 조성비 상당의 임대료를 미리 받은 것으로 보아야 한다.

7. 공유수면매립비용 관련 부분에 대한 판단[쟁점 8, 9, 12 부가가치세]

가. 기초사실

1) ○○공항공단은 1992년경 현재 인천국제공항 주변 4개의 섬 사이를 매립하여 공항을 건설하기로 계획하고 인천광역시로부터 공유수면매립권을 부여받았다. 그 이후 공유수면매립권은 ◌◌공항건설공단을 거쳐 원고에게 승계되었다.

2) 원고는 공유수면매립권에 기초하여 2001년까지 1단계로 공유수면을 매립하여 조성된 토지의 소유권을 취득하였고, 2002년부터 2단계 공항건설사업(이하, ‘2단계 사업’이라 한다)에 따라 추가로 공유수면을 매립하여 조성된 토지의 소유권을 취득하였다.

3) 2단계 사업은 지역별로 나누어 공사가 진행되었는데, 2단계 사업의 공유수면매립공사 완료일, 준공전사용승일 및 준공인가일은 아래와 같다.

4) 피고는 2008년 통합세무조사(이하, ‘2008년 세무조사’라 한다)에서 원고가 한 공유수면매립은 부가가치세 과세대상 용역거래이므로 각 공구의 사업비 및 이윤에 해당하는 금액(이하, ‘이 사건 총사업비’라 한다)을 과세표준에 포함하여 2～9공구의 공급시기를 2008년 제1기로 보아 부가가치세 과세예고통지를 하였으나, 원고가 신청한 과세전적부심사결정에서 2008년 제1기 이후에 매립공사가 완료된 7～9공구에 대하여는 과세대상에서 제외되었다.

5) 이에 따라 피고는 2단계 사업 중 1공구에 대하여는 2005년 제1기, 2～6공구에 대하여는 2008년 제1기를 귀속시기로 하여 567,843,037,131원의 과세표준을 경정하였고, 원고도 8,944,976,910원을 2008년 제1기로 수정신고하였다.

6) 원고는 7～8공구에 대하여는 실제 공사완료일을 공급시기로 보아 2008년 제2기에 181,663,265,374원을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고한 후 1,247,932,605원을 추가로 수정신고하였고, 9공구에 대해서는 준공인가일을 공급시기로 보아 2011년 제1기에 부가가치세를 신고․납부하였다.

7) 한편, 피고는 2～9공구의 공급시기가 준공인가일이고, 2단계 사업의 실시설계용역비 중 9공구 귀속분(공급가액 2,725,527,969원, 2011년 제1기 귀속분, 이하 ‘이 사건 9공구분 용역비’라 한다)이 과세표준에서 누락되었다고 보고, 2008년 세무조사에 따른 2～6공구 관련 부가가치세 부과처분 및 원고의 수정신고 부분을 직권취소하여 이를 2008년 제2기에 귀속된 것으로 경정하고, 7～8공구와 관련하여 준공인가일인 2010. 3. 18. 공급시기로 보아 이를 2010년 제1기에 귀속된 것으로 경정하며, 이 사건 9공구분 용역비를 2011년 제1기에 포함하여 이 부분 부가가치세 과세처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제54 내지 57호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 부가가치세 과세대상 해당 여부(쟁점 8, 부가가치세)

1) 원고 주장의 요지

   피고는 원고가 공유수면매립공사를 수행하고 토지를 취득한 것이 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당한다는 전제에서 이 부분 처분을 하였다. 그러나, 구 수도권신공항건설촉진법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구수도권신공항건설촉진법’이라 한다) 제12조의3 제1항은 ‘신공항건설사업의 조성 또는 설치된 토지 및 시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다.’고 규정하면서도 제3항에서는 ‘사업시행자가 ○○공항공사인 경우 신공항건설사업으로 조성 또는 설치되는 토지 및 시설의 귀속에 관하여는 인천국제공항공사법이 정한 바에 의한다.’고 규정하고, ○○공항공사법(1999. 1. 26. 법률 제5689호로 제정된 것, 이하 ‘○○공항공사법’이라 한다) 부칙 제8조 제1항은 ‘공사가 ○○공항건설사업의 시행으로 조성하는 토지와 설치하는 시설(제2항 및 제3항의 규정에 의하여 공사에 출자하는 것으로 보는 출연금ㆍ보조금등에 상당하는 가액의 토지와 시설은 이를 제외한다)은 당해 사업의 준공과 동시에 국가가 공사에 현물출자한 것으로 본다.

   다만, 국가 또는 지방자치단체가 관리할 토지와 시설은 그러하지 아니하며, 공사가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설은 공항시설법 제21조제2항의 규정에 불구하고 준공과 동시에 공사에 귀속한다.’고 규정하고 있다. 이에 의하면, 사업시행자가 원고인 경우 토지 및 시설의 귀속에 관하여는 ○○공항공사법이 우선하여 적용되고, ○○공항공사법 부칙 제8조에 따라 원고가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설은 원고에게 직접 귀속되며, 인천국제공항공사법 시행 전에 정부가 원고에게 출자한 것으로 보는 출연금ㆍ보조금 등에 상당하는 가액의 토지와 시설도 국가가 현물출자하는 것으로 보는 범위에서 제외되어 원고에게 직접 귀속된다. 따라서 원고가 공유수면매립공사를 수행하고 취득한 토지는 원고가 원시취득한 것, 즉 원고 자신에게 매립용역을 제공하고 토지를 수령한 것으로서 대가관계가 성립하지 않으므로, 공유수면매립법에 따른 매립과는 달리 부가가치세의 과세대상에 해당하지 않는다.

2) 판단

가) 관련법리

   사업자가 국가로부터 공유수면매립법에 의한 면허를 받아 매립지조성공사를 시행하여 그 준공인가를 얻은 후 관련 법령 및 당사자 사이의 약정에 따라 매립으로 인하여 조성된 토지 중 일부에 대한 소유권을 취득하였다면, 그 사업자는 국가에게 위와 같은 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 중 일부 토지의 소유권을 취득한 것으로서 사업자의 용역 제공과 매립 토지 일부에 대한 소유권 취득 사이에는 경제적·실질적 대가관계가 있다고 봄이 상당하므로 매립지조성공사는 부가가치세 과세 대상이 되는 용역의 공급에 해당한다고 할 것이다(1996. 3. 12. 선고 95누15308 판결, 대법원 2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결, 대법원 2003. 9. 5. 선고 2002두 4051 판결등 참조). 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제5항의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제48조 제6항에서 ‘공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.’고 정하고 있다.

나) 이 사건의 경우

   앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 공유수면매립공사수행과 토지의 소유권 취득 사이에는 경제적 ․ 실질적 대가관계가 있다고 봄이 타당하므로 공유수면매립공사는 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당한다. 따라서 이 부분 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

 ① 바다와 같은 자연공물의 경우에는 자연적 상태에 의한 물건의 성상 그 자체로 당연히 공공의 사용에 제공되는 것이므로 불융통물로서 사법상 거래의 대상이 되지 아니하고(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007다64303 판결 등 참조), 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률(이하, ‘공유수면매립법’이라 한다)에 따라 국가나 지방자치단체가 공유수면을 관리하며, 공유수면은 점용․사용허가의 대상이 된다. 또한 공유수면을 매립하려는 자는 공유수면매립면허를 받아 매립공사를 수행한 후 법률 이 정하는 범위 내에서 매립지의 소유권을 취득할 수 있을 뿐이다.

 ② 구 수도권신공항건설촉진법 제8조 제3호는 사업시행자가 해당 법률에 따른 실시계획의 승인을 얻은 때에는 공유수면매립법 제28조에 따른 공유수면 매립면허를 받은 것으로 본다고 규정하고 있다. 이 사건 공유수면매립공사는 구 수도권신공항건설촉진법에 따라 국토교통부장관이 예정지역을 지정하고 신공항건설기본계획을 수립하여 실시된 것이고, 원고는 국토교통부장관에 의하여 신공항건설사업의 사업시행자로 지정된 자로서 위 실시계획을 수립하여 승인받은 후 국토교통부장관의 관리 감독하에 공유수면매립공사를 수행하였다. 이러한 2단계 사업의 구조와 앞서 본 바와 같이 공유수면은 사적소유권이 인정되지 아니하고 국가나 지방자치단체가 이를 관리하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 공유수면매립면허 를 받아 매립공사를 시행하는 것은 원고가 관리권자인 국가에 대하여 공유수면 매립공사용역을 수행한 것으로 보는 범위에서 제외되어 원고에게 직접 귀속된다.

   따라서 원고가 공유수면매립공사를 수행하고 취득한 토지는 원고가 원시취득한것, 즉 원고 자신에게 매립용역을 제공하고 토지를 수령한 것으로서 대가관계가 성립하지 않으므로, 공유수면매립법에 따른 매립과는 달리 부가가치세의 과세대상에 해당하지 않는다.

2) 판단

가) 관련법리

   사업자가 국가로부터 공유수면매립법에 의한 면허를 받아 매립지조성공사를 시행하여 그 준공인가를 얻은 후 관련 법령 및 당사자 사이의 약정에 따라 매립으로 인하여 조성된 토지 중 일부에 대한 소유권을 취득하였다면, 그 사업자는 국가에게 위와 같은 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 중 일부 토지의 소유권을 취득한 것으로서 사업자의 용역 제공과 매립 토지 일부에 대한 소유권 취득 사이에는 경제적·실질적 대가관계가 있다고 봄이 상당하므로 매립지조성공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다고 할 것이다(1996. 3. 12. 선고 95누15308 판결, 대법원 2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결, 대법원 2003. 9. 5. 선고 2002두4051 판결 등 참조). 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제5항의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령 (2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제48조 제6항에서 ‘공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.’고 정하고 있다.

나) 이 사건의 경우

   앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 공유수면매립공사수행과 토지의 소유권 취득사이에는 경제적․실질적 대가관계가 있다고 봄이 타당하므로 공유수면매립공사는 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당한다. 따라서 이 부분 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 바다와 같은 자연공물의 경우에는 자연적 상태에 의한 물건의 성상 그 자체로 당 연히 공공의 사용에 제공되는 것이므로 불융통물로서 사법상 거래의 대상이 되지 아니하고(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007다64303 판결 등 참조), 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률(이하, ‘공유수면매립법’이라 한다)에 따라 국가나 지방자치단체가 공유수면을 관리하며, 공유수면은 점용․사용허가의 대상이 된다. 또한 공유수면을 매립하려는 자는 공유수면매립면허를 받아 매립공사를 수행한 후 법률이 정하는 범위 내에서 매립지의 소유권을 취득할 수 있을 뿐이다.

② 구 수도권신공항건설촉진법 제8조 제3호는 사업시행자가 해당 법률에 따른 실시계획의 승인을 얻은 때에는 공유수면매립법 제28조에 따른 공유수면 매립면허를 받은 것으로 본다고 규정하고 있다. 이 사건 공유수면매립공사는 구 수도권신공항건설촉진법에 따라 국토교통부장관이 예정지역을 지정하고 신공항건설기본계획을 수립하여 실시된 것이고, 원고는 국토교통부장관에 의하여 신공항건설사업의 사업시행자로 지정된 자로서 위 실시계획을 수립하여 승인받은 후 국토교통부장관의 관리감독 하에 공유수면매립공사를 수행하였다. 이러한 2단계 사업의 구조와 앞서 본 바와 같이 공유수면은 사적소유권이 인정되지 아니하고 국가나 지방자치단체가 이를 관리하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 공유수면매립면허를 받아 매립공사를 시행하는 것은 원고가 관리권자인 국가에 대하여 공유수면매립공사용역을 수행한 것으로 보아야 한다.

③ 원고는 구 수도권신공항건설촉진법 제8조 제3호에 의하여 공유수면매립법상 공유수면매립면허를 받은 것으로 의제되는 자로서 공공사업에 매립공사용역을 제공하고 그 대가로 매립지의 소유권을 취득하였는바, 매립공사의 용역제공과 매립지의 소유권 취득 사이에는 경제적․실질적 대가관계가 인정된다.

   위와 같은 대가관계는 법률적․형식적 관점이 아니라 경제적․실질적인 관점에서 판단하여야 하므로, 이 사건 매립지의 소유권이 국가에 귀속되었다가 원고에게 승계된 것이 아니라, 원고의 주장과 같이 구 수도권신공항건설촉진법 제12조의3 제3항 ○○공항공사법 부칙 제8조 제1항의 규정에 따라 원고가 이를 원시취득하였다고 보더라도 대가관계를 부정할 것은 아니다.

④ 공유수면매립법 제46조 제1항 등에 따르면, 준공검사확인증을 받은 경우 도로·호안· 안벽·물양장·방파제·배수시설·공원이나 그 밖에 법령에 따라 공용 또는 공공용으로 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체가, 매립된 바닷가에 상당하는 면적의 매립지는 국가가 각 소유권을 취득하나, 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 총사업비에 상당하는 매립지는 매립면허취득자가 소유권을 취득하는 것으로 규정되어 있다. 구 수도권신공항건설촉진법 제12조의3 제3항은 사업시행자가 인천국제공항공사인 경우 신공항건설사업으로 조성 또는 설치되는 토지 및 시설의 귀속에 관하여는 인천국제공항공사법이 정한 바에 의하도록하고, 인천국제공항공사법 부칙 제8조 제1항은 공사가 인천국제공항건설사업의 시행으로 조성하는 토지와 설치하는 시설은 당해 사업의 준공과 동시에 국가가 공항공사에 현물출자한 것으로 보되, 공사가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설 등은 준공과 동시에 공사에 귀속한다고 규정하고 있다.

     이러한 규정들의 내용과 형식, 위에서 살핀 여러 사정 등에 비추어 보면, 위 구 수도권신공항건설촉진법 및 인천국제공항공사법의 규정을 위 공유수면매립법규정과 다르게 해석하여야 한다거나 이 사건 공유수면매립과 관련한 부가가치세 과세대상용역의 해당 여부를 공유수면매립법의 그것과 달리 보아야 할 근거를 찾기 어렵다.

다. 중복세무조사 여부(쟁점 9, 부가가치세)

1) 원고 주장의 요지

   피고는 2008년 세무조사에 따라 2단계 사업 중 2～6공구에 대하여 2008년 제1기를 귀속시기로 하여 567,843,037,131원의 과세표준을 경정하였고, 원고도 8,944,976,910원을 2008년 제1기로 수정신고하였다. 그런데 피고는 2013년에 이르러 정기세무조사(이하, ‘2013년 세무조사’라 한다)를 통해 2008년 세무조사에 따른 2～6공구 관련 부가가치세 부과처분 및 원고의 수정신고 부분을 직권으로 취소하고, 이를 2008년 제2기에 귀속된 것으로 경정하는 이 부분 처분을 하였다. 따라서 이 부분 처분은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 정당한 사유 없이 중복세무조사에 따른 새로운 처분을 한 것으로서 위법하다.

2) 판단

가) 관련법리

   세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360판결 등 참조). 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제1항, 제2항 규정의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법 취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다(대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결 등 참조).

나) 이 사건의 경우

   앞서 본 증거들, 갑 제58호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 음과 같은 사정, 즉 ① 피고는 2008년 세무조사에서 공유수면매립법에 따른 공유수면매립용역의 부가가치세법상 공급시기가 ‘준공인가일’임에도 ‘공사완료일’로 착오하여 과세하였다가 2013년 세무조사에서 이를 바로잡아 2008년 제2기로 경정한 것으로, 2008 사업연도를 다시 조사하여 과세한 것이 아닌 점, ② 구 부가가치세법(2014. 1. 1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제57조 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장 등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.’ 라고 규정하고 있는바, 과세관청으로서는 기존에 이미 결정·경정하였던 부가가치세 과세표준 및 납부세액이라 하더라도 이와 관련하여 오류나 누락 등을 경정할 수 있는 점, ③ 피고가 이 부분 처분을 하면서 원고에 대하여 다시 질문하거나 장부, 서류 등을 새로이 제공받아 검사․조사하는 등 원고의 영업의 자유를 침해할 정도의 조사권을 행사하였다고 볼 만한 자료가 없고, 단지 이 사건 공유수면매립용역의 귀속시기의 변경을 위하여 2008년 세무조사에서 확보한 자료를 단순히 확인한 것에 그친 것으로 보이는 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 이 부분 처분이 위법한 중복세무조사에 근거하여 이루어졌다고 보기 어렵다. 따라서, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

라. 이중과세 여부(쟁점 12, 부가가치세)

1) 원고 주장의 요지

  피고는 2단계 사업의 실시설계용역비 중 이 사건 9공구분 용역비 2,725,527,969원이 과세표준에서 누락되었다고 보고 이를 2011년 제1기에 포함하여 이 부분처분을 하였다. 그러나 과세전적부심사결정에서 7～9공구에 대해서는 2008년 제1기 이후에 공사가 완료되므로 과세대상에서 제외되었는데 위와 같이 제외된 7～9공구 사업비에는 이 사건 9공구분 용역비가 포함되어 있지 않았던 점, 2단계 사업의 부지조성공사 및 실시설계용역은 2단계 사업이 시작된 2002. 2.경 착수되었고 실시설계용역비는 2단계 사업지역 1～9공구 전체에 대한 공통비용으로서 각 공구에 직접적으로 귀속된다고 구분할 수 있는 비용이 아닌 점 등에 비추어 보면, 피고는 2008년 세무조사에서 이 사건 9공구분 용역비를 포함한 2단계 사업의 실시설계용역비전부를 이미 2～6공구 사업비 에 포함하여 과세하였다. 따라서 이 부분 처분은 이중과세에 해당하여 위법하다.

2) 판단

  갑 제59 내지 61호증, 을 제36 내지 38호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 2008년 세무조사에 따른 과세에서 이 사건 9공구분 용역비가 과세표준에서 누락된 것으로 보인다. 따라서 이 부분 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 2013년 세무조사에서 조사청은 원고가 2011. 2. 25. ○○항공청에게 ‘9공구’에 대하여 공급가액 134,978,562,070원(세액 13,497,856,207원)의 세금계산서를 발행한 사실과(을 36호증의 1), 그 세금계산서에 관하여 아래 표와 같은 세부내역(을 6호증의 2)을 확인하였다.

 ② 원고는 9공구의 ‘장애구릉제거공사 공사비 및 감리비’ 부분만을 9공구의 귀속시기인 2011년 제1기 부가가치세 과세표준에 포함하였고, 9공구에 배분되는 설계비(위 표에서 음영처리된 ‘2단계 부지조성 기본 및 실시설계’ 부분)는 위 과세표준에 포함하지 않았다(위 ‘장애구릉제거공사’에 관한 사업비는 원고가 주장하는 와 같이 직전조사의 과세전적부심사에서 과세시기 미도래로 제외되었다). 피고는 원고가 위 표와 같이 이 9공구에 배분되는 설계비를 ‘기과세완료’로 과세표준에 포함하지 않았다고 보고 이 부분 처분을 하였다.

 ③ 피고는 2008년 세무조사에서 원고로부터 2단계 사업 관련 ‘패키지별 자산분류내역’을 제출받았는데(을 37호증), 그 내역에 ‘2단계 부지조성 기본 및 실시설계비용’에 관하여 개별 공구별로 안분되어 ‘2ECB1'으로 관리되고 있었다. 원고가 위 과세전적부심사결과로 제외된 7~8공구에 대한 자진신고를 하면서 계산한 내역(을38호증)에서도 위 분류기호 ‘2ECB1'이 확인된다. 따라서 실시설계용역비는 2단계 사업지역 1～9공구 전체에 대한 공통비용으로서 각 공구에 직접적으로 귀속된다고 구분할 수 있는 비용이 아니라는 원고의 주장은 그대로 믿기 어렵다.

 ④ 원고는 2008년 세무조사에서 2단계 사업지역 1~9공구 ‘설계 관련 사업비’로 매입가액 7,185,524,360원 부분이 과세되었다고 주장하나, 위 ‘패키지별 자산분류내역’에 의하면 설계비 총액은 19,327,134,648원에 이른다. 따라서 2008년 세무조사에서 모두 과세되었다고 보이지는 않는다.

8. 취소의 범위

가. 이 사건 각 처분 중 쟁점 2, 3 부분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

나. 이 사건 각 처분 중 2009 사업연도 법인세 중 1,115,131,482원(가산세 포함), 2011 사업연도 법인세 중 1,206,515,327원(가산세 포함), 2012 사업연도 법인세 중 1,146,808,880원(가산세 포함)을 각 초과하는 부분 및 2009년 제1기 부가가치세, 2009년 제2기 부가가치세 중 51,969,672원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다.

9. 결 론

   그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.