주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1.처분개요

가.청구인은 2005.4.2. AA시 BB구 CC아파트 C동 ***호(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하였고, 종전주택은 2011년 7월부터 2014년 1월까지 공사가 진행되어 DD아파트 ***호(이하 “신축주택”이라 한다)로 재건축(준공일 2014.1.24.)되었으며, 청구인은 종전주택 재건축과 관련하여 청산금 284,904,531원(이하 “쟁점청산금”이라 한다)을 납부하였다.

나.청구인은 2020.3.6. 신축주택을 양도하고 양도가액 2,300,000,000원, 취득가액 597,906,000원, 장기보유특별공제액 676,589,740원(「소득세법」제95조제2항 표2의 1세대 1주택, 10년 이상 80%), 납부할세액 43,926,025원으로 하여 2020.3.10. 양도소득세를 신고하고 납부(2020.5.29. 21,963,013원, 2020.7.31. 21,963,012원)하였다.

다.처분청은 2022.10.24.부터 2022.11.12.까지 청구인의 2020년 과세연도 양도소득세 세무조사를 실시하여 청구인의 신축주택 거주이력이 없음을 확인하고,

 1)쟁점청산금에 상당하는 양도차익(209,823,857원)에 대하여 장기보유특별공제액 54,554,203원(「소득세법」제95조제2항 표1의 1세대 1주택 외, 13년 이상 보유 공제율 26%)을 적용하고,

 2) 기존건물분 양도차익(635,913,318원)에 대하여는 청구인의 신고내용과 동일하게 장기보유특별공제액 508,730,654원(1세대 1주택, 공제율 80%), 합계 563,284,857원을 적용하여 2022.11.9. 2020년 과세연도 양도소득세 56,566,786원을 경정․고지하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2022.11.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가.청구인의 신축주택 양도에 따른 양도소득세 산출 시 청산금납부분 양도차익에 대해 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다.

 1)청구인은 소득세법 및 시행령에서 규정한 바에 따라 양도소득세를 신고․납부하였으며 법령을 위반하여 과소신고․납부한 사실이 없다.

  가)「소득세법 시행령」제159조의3을 보면, 장기보유특별공제를 반영할 때 표2를 적용할 수 있는 있는 요건으로 1세대 1주택이면서 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것으로 규정하고 있다.

  나)「소득세법 시행령」제166조제5항을 보면, 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로 한다고 되어 있으며, 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로 한다고 규정하고 있다.

  다)위 시행령의 규정대로 청구인의 양도소득금액을 계산해보면, 청구인은 양도시점에 1세대 1주택이었고 종전주택을 취득한 직후인 2005.4.25. 전입하여 멸실되기 전인 2010.12.29.까지 거주하였기 때문에 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 및 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 모두 ‘보유기간 중 2년 이상 거주’를 하였다.

 2)처분청은 납득하기 어려운 주장을 하면서 양도소득세를 과세하였다.

  가)처분청은 청구인이 1세대 1주택인 것은 맞지만 청산금납부분 양도차익에 대해서는 표1을 적용해야 하는 이유는 청구인이 ‘신축주택 준공일부터 신축주택 양도일’의 기간 중 2년 이상 거주하지 않았기 때문이라고 설명하였다.

  나)청구인은 소득세법 시행령에서 ‘관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일’의 기간 중에 2년 이상 거주하면 표2를 적용할 수 있다고 규정하고 있는데 처분청은 어떤 법적 근거로 그런 주장을 하는 것인지 문의하였으나 처분청은 법적 근거는 없으나 국세청 해석례가 있다는 이해할 수 없는 답변을 하였다. 즉 법적 근거가 없는데도 질의회신문의 내용대로 과세한다는 답변이었다.

  다)세법의 해석은 원칙적으로 문리해석에 의해야 하나, 문리해석만으로는 그 의미를 확정할 수 없는 경우에 보충적․제한적으로 논리해석이 일부 허용되는 경우라고 하더라고 확장해석 및 유추해석은 엄격해석의 원칙에 반하기 때문에 금지되고 있다.

  라)국세청 해석례는 국세청이 과세행정을 하는데 참고하기 때문에 실무에서는 중요하게 다루어지고 있지만 아무리 그렇다고 하더라도 국세청 내부의 지침일 뿐 납세자를 구속하는 법규는 아니므로 국세청 해석례가 법, 시행령의 내용을 보충적으로 설명하는 것은 가능할 수 있어도 법령을 위반하여 납세자에게 불리한 해석을 하는 것은 명백한 조세법률주의 위반으로 불가능하다.

 3)과거 유사한 사례에서 법원은 국세청의 주장을 받아들이지 않았다.

  가)2009.12.31.에 「소득세법」제121조제2항이 개정되면서 비거주자는 표2의 장기보유특별공제율을 적용받을 수 없게 명문화되었는데 법 개정 이전인 2007년에 비거주자가 양도한 물건에 대해서 당시 과세관청이 표2의 적용을 용인하지 않는 처분을 하였다가 법원에서 과세관청의 주장이 배척되고 납세자의 주장이 받아들여진 사례가 있다.

  나)당시 과세관청은 명확한 법적 근거 없이 임의판단에 따라 비거주자에게는 표2의 적용이 불가하다는 입장을 취했는데 행정법원, 고등법원, 대법원 모두 “법문상 비거주자에게도 표2의 적용이 가능하다고 보아야 한다”는 판결을 하였다.

  다)특히 대법원은 “조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 축소해석할 수 없는 점”을 판결문에 명시하였다.

  라)처분청은 아무런 법적 근거 없이 청구인에게 불리하게 해석한 국세청 해석례를 바탕으로 과세를 하였는바, 이러한 과세는 위법하므로 당연히 취소되어야 하며 시행령의 규정대로 과세가 이루어져야 한다.

나.처분청 의견에 대한 항변자료

 1)국세청은 국회, 국무회의에서 제정한 법 및 시행령에 따라 과세를 집행하는 기관이지 법 등을 만드는 기관이 아니다. 법 등에 적혀있는 내용만으로는 판단하기가 애매할 때 과세업무를 하는 국세청이 경우에 따라 부득이하게 해석례를 내는 것은 실무상 어쩔 수 없다고 하더라도 시행령의 규정이 명확한 사안을 국세청이 다르게 해석할 수는 없다.

 2)처분청도 이러한 사실을 잘 알고 있기 때문에 처분청 의견서 내용을 읽어보면 청구주장과 무관한 의견을 제시하고 있다.

  가)「소득세법 시행령」제154조는 1세대 1주택 비과세 요건에 관한 규정인데 기존건물분 양도차익은 물론 청산금납부분 양도차익에 대해서도 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것에 다툼이 없는 이 사건에서 「소득세법 시행령」제154조를 언급하고 있다.

  나)이 사건에서 다툼이 되는 「소득세법 시행령」제166조제5항제2호가목에 대해서는 전혀 언급하지 않고 시행령을 위반하여 해석한 국세청 해석례만 언급함으로써 이 사건 과세의 법적 근거를 전혀 제시하지 못하고 있다.

  다)이 사건 과세가 확장해석 또는 유추해석에 기반하여 과세된 것이라는 청구인의 주장에 대해 확정해석 또는 유추해석은 허용되어서는 안된다는 앞․뒤가 맞지 않는 답변을 하였다.

3. 처분청 의견

가. 청구인의 2020년 과세연도 양도소득세 처분내역 검토 결과 소득세법 및 같은 법 시행령에 의해 적정하게 과세된 고지 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 1)「소득세법」제95조제2항에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제154조에서 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것”으로 규정하고 있다.

 2)따라서 표2의 장기보유특별공제율 적용시 신규로 취득한 실제 주택의 거주기간을 기준으로 판단하여야 할 것이므로 해당 규정을 확대해석하여 실제 거주하지 않은 재건축 후 신축주택에까지 표2의 장기보유특별공제율 적용은 적절하지 않으므로 청구인이 소득세법 및 같은 법 시행령에서 규정한 바에 따라 양도소득세를 신고․납부하였으며 법령을 위반하여 과소신고·납부하지 않았다는 주장은 타당하지 못하다.

나. 청구인은 처분청이 납득하기 어려운 주장을 하면서 이번 청구사건을 과세하였다고 주장하고 있으나 과거 판례 등을 살펴본바 과세관청의 고지 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 청구인은 과세관청이 법률을 확대해석하여 조세법률주의를 위반하고 있다고 주장하나, “조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에도 부합한다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2010.4.29. 선고 2009두18325 판결, 대법원 2011.12.13. 선고 2011두20116판결 참고)”고 판시하고 있으므로 청구인의 주장과는 달리 1세대 1주택 비과세 요건 및 장기보유특별공제율의 적용은 실거주하지 않은 신축주택에까지 확대하여 적용할 이유가 없으므로 과세관청은 처분은 적절한 것으로 판단된다.

4.심리 및 판단

가. 쟁점

 신축주택 취득 후 2년 이상 거주요건을 충족하지 못하고 양도하더라도 종전주택 재건축 과정에서 납부한 청산금납부분 양도차익도 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】(2020.8.18. 법률 제17477호로 일부개정되기 전의 것)

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

   3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가.1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 1-1)소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 일부개정되기 전의 것)

  ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 이하 생략)

 2)소득세법 제95조【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호안 생략)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

<표1>

<표2>

  ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 2-1)소득세법 시행령 제159조의3【장기보유특별공제】(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 일부개정되기 전의 것)

  법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조․제155조의2․제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

 2-2)소득세법 시행령 제159조의3【장기보유특별공제】(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 일부개정된 것)

  법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

 2-3) 소득세법 시행령 부칙 (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것)

  제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

  제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

 2-4)소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 일부개정되기 전의 것)

  ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

   1. 청산금을 납부한 경우

  ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

   2.제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

    가.청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

    나.기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

다. 사실관계

 1)청구인의 종전주택 및 신축주택 취득 등

  가)청구인은 2005.4.2. 종전주택을 취득한 이후 2005.4.25.부터 2010.12.29.까지 거주하였으며, 종전주택의 재건축조합은 2006.12.22. 관리처분계획인가를 받아 재건축을 진행하여 2014.1.24. 신축주택으로 재건축되었으며 청구인은 쟁점청산금 284,904,531원을 납부하였다.

  나)청구인은 2020.3.6. 신축주택을 양도하고 1세대 1주택의 장기보유특별공제율(10년 이상 80%)을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 청구인이 신축주택에 2년 이상 거주한 사실이 없음을 확인하고 <표1>과 같이 기타부동산의 장기보유특별공제율(13년 이상 26%)을 적용하였으며, 청구인이 신축주택에 2년 이상 거주하지 않은 사실에 대하여 청구인과 처분청의 다툼은 없다.

<표1>청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정

(단위: 백만원)

2) 재건축아파트 실거래가 양도차익 산정방법 신설

  가)2007.2.28. 대통령령 제19890호로「소득세법 시행령」제166조제2항을 신설하여 재건축․재개발아파트 양도 시 실거래가로 과세하는 경우 양도차익 산정방법을 규정하면서 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분하여 계산하도록 규정하였으며 이를 도식화하면 아래와 같다.

  나)또한, 제5항을 신설하여 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우에는 ‘관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일’까지, 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우에는 ‘기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일’까지를 장기보유특별공제액 공제를 위한 보유기간으로 규정하면서 2007.2.28. 이후 양도분부터 적용하도록 하였다.

3)장기보유특별공제 1세대 1주택 특례 거주요건 신설

  가)2018.10.23. 대통령령 제29242호로 「소득세법 시행령」제159조의3 개정을 통해 1세대 1주택의 보유기간 중 거주기간 2년 이상인 요건을 신설하였으며, 부칙 제1조 단서 및 제3조의 규정에 따라 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다.

  나)이에 따라 2년 이상 거주요건을 충족하는 1세대 1주택의 경우에는 최대 공제율 80%(10년 이상 보유)를 적용받을 수 있으나, 거주요건을 충족하지 못하는 1세대 1주택과 기타부동산은 최대 공제율 30%(15년 이상)인 일반 장기보유특별공제를 적용받게 되었다.

라.판단

 1)관련 법리

  「소득세법」제95조제2항 및 같은 법 시행령 제159조의3은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 1세대 1주택은 최대 공제율 80%의 장기보유특별공제액을 적용할 수 있도록 규정하고 있다.

 2)청산금납부분 양도차익에 대하여 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지에 대한 판단

  가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 신축주택 취득 후 2년 이상 거주요건을 충족하지 못한 경우 청산금납부분 양도차익은 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없는 것으로 보인다.

   (1)2019.11.13. 기획재정부가 발간한「2018년 간추린 개정세법」은 ‘주택 실수요 요건 강화’를 위해「소득세법 시행령」제159조의3 장기보유특별공제 적용을 위한 1세대 1주택 특례 거주요건을 신설하면서 2020.1.1. 이후 양도분부터 적용한다고 밝히고 있다.

   (2)청구인은 ‘관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일’의 기간 중에 2년 이상 거주하였으므로「소득세법」제95조제2항 표2의 1세대 1주택 장기보유특별공제액을 적용할 수 있다고 주장하고 있으나,

    관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간을 규정하고 있는「소득세법 시행령」제166조제5항은 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 ‘보유기간’ 산정에 관한 규정이므로 장기보유특별공제율 적용대상을 규정한 것으로 보기 어렵다.

   (3)청산금을 납부하고 재건축된 신축주택은 2007.2.28. 이후 양도분부터 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분하여 각각 양도차익을 계산하고 장기보유특별공제액 공제를 위한 보유기간도 청산금납부분과 기존건물분으로 구분하여 각각 규정하고 있으므로,

    1세대 1주택의 장기보유특별공제액도 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분하여 적용함이 타당한 것으로 보인다.

   (4)이에 따라 종전주택 및 신축주택에 각각 2년 이상 거주한 경우에만 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익은 각각 1세대 1주택의 장기보유특별공제액을 적용할 수 있는 것이나, 청구인은 종전주택에 2년 이상 거주한 반면 신축주택에는 2년 이상 거주한 사실이 확인되지 않는다.

나)따라서, 처분청이 청산금납부분 양도차익에 대하여 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 배제하고 최대 공제율 30%의 일반 장기보유특별공제율을 적용한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.