1.처분개요 가. AAA과 그 배우자 BBB(이하 AAA과 함께 “청구인들”이라 한다)은 2020.12.28. 공유하고 있던 대전광역시 유성구 OOO 소재 대지 495㎡(이하 “쟁점부속토지”라 한다)와 동소 지상의 단독주택 75.48㎡와 제1종근린시설(소매점) 19.04㎡ 합계 94.52㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 쟁점건물의 진입로로 사용된 같은 동 37-13 소재 도로 159㎡ 중 66㎡(이하 “쟁점진입로”라 하고, 쟁점토지, 쟁점건물과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 AAA 주식회사에게 13억 5천만원에 양도하고, 쟁점진입로의 양도가액 59,384,736원을 제외한 1,255,615,264원을 양도가액으로 산정하여 쟁점건물과 쟁점부속토지를 주택으로 보아 2021.2.15. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고․납부하였다. 나. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점건물 중 단독주택 75.48㎡의 2분의 1 상당인 37.74㎡가 사무용으로 사용되고 있는 것으로 확인하여 37.74㎡만을 1세대 1주택 비과세특례를 적용하고, 나머지 면적[주택 37.74㎡와 제1종근린시설(소매점) 19.04㎡ 합계 56.74㎡, 이하 “쟁점면적”이라 한다]을 00산업개발 주식회사(이하 “임차법인”이라 한다)의 사업장으로 사용된 것으로 보아 2022.7.13. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(이하 “이 건 양도소득세”라 한다)을 청구인들에게 각각 경정․고지(이하 “이 건 과세처분”이라 한다)하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.23. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1) 쟁점건물은 오랜 기간 주거 목적으로 사용된 공간으로 청구인 역시 임차법인과 그 대표자인 CCC에게 주거목적으로 임대하였고, 공부상 주택으로 되어 있으며, 건물 구조상 공간이 물리적으로 구분되어 있지 않는바, 구체적이고 객관적인 입증자료 없이 처분청이 청구인에게 단독주택 건물의 2분의 1 상당을 사업장으로 사용한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 경정․고지한 것은 위법․부당하고, 청구인들에게 소득세법상의 의무를 이행하지 못한데 정당한 이유가 있으므로 이 건 과세처분 중 가산세 부분을 취소하여야 한다. (2) 공부상 기재사항에 비추어 볼 때 쟁점건물이 주택이라는 것은 부인할 수 없는 사실이다. (가) 부동산등기사항전부증명서에 따르면 쟁점건물은 “벽돌구조 기타지붕 단독주택”으로 “1층 단독주택(다가구주택) 75.48㎡”와 “1층 제1종근린생활시설(소매점) 19.04㎡”로 이루어져 있다 (나) 또한, 쟁점건물의 일반건축물대장(갑)에 따르면 동 건물의 ‘주용도’는 ‘단독주택’이고, 동 건물의 용도 및 면적에 관한 사항은 부동산등기사항전부증명서의 기재사항과 동일함을 확인할 수 있다. <그림1> 쟁점건물의 일반건축물대장 중 일부 ㅇㅇㅇ (3) 쟁점건물의 구조에 비추어 보더라도 단독주택 중 2분의 1만이 주택으로 사용되었다는 처분청의 사실 판단은 받아들이기 어려운 것이다. (가) 처분청은 이 건 과세처분을 함에 있어서 단독주택 부분 중 2분의 1(101호)만이 주택으로 사용되었고 나머지 2분의 1은 사무실로 사용되었다고 전제한 후 쟁점건물 중 56.74㎡[단독주택 75.48㎡의 2분의 1 상당인 37.74㎡(102호)과 1종근린생활시설 19.04㎡] 상당에 해당하는 부분은 주택으로 볼 수 없으므로 1가구 1주택 비과세 혜택의 적용대상이 아니라고 판단하였다. (나) 그런데 처분청의 사실 판단과 같이 단독주택 부분 중 2분의 1 상당만이 주택으로 사용되었다면, 쟁점건물의 단독주택 부분은 2개의 공간이 물리적으로 구분되어 독립되어 있어야 할 것인데, 쟁점건물의 단독주택 부분은 아래 도면과 같이 내부가 서로 연결되어 있어 독립된 공간이 아니었다. <그림2> 쟁점건물의 건물평면도 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점건물 중 주택 부분은 청구인들이 2018.2.22.경 쟁점부동산을 취득하기 전부터 전 소유자인 DDD이 2005년경 쟁점건물을 신축하여 2018년 2월경 청구인들에게 이를 양도할 때까지 약 13년간 101호와 102호 사이의 벽을 터서 하나의 주거공간으로 사용하고 있었고(<별지1> DDD의 확인서 참조), 이로 인하여 청구인들은 주택 부분을 2개의 공간으로 나누어 따로 임대하지 못하고, 2018.6.11.경 쟁점건물 전체에 관하여 CCC과 임대차 계약을 체결하였던 것이다. (라) 위와 같이 주택 부분의 내부가 서로 연결되어 있어 실질적으로 하나의 주거공간이었다는 사실은 처분청이 2022년 5월경 쟁점부동산에 대한 양도소득세 현장조사 과정에서 촬영하여 청구인들에게 제시한 사진(쟁점건물 정면 오른쪽 입구 현관에서 왼쪽 공간을 향하여 촬영한 사진, <그림3> 참조)을 통해서도 확인할 수 있다. <그림3> 쟁점건물의 내부 사진 중 일부 ㅇㅇㅇ (마) 대법원은 주택에 해당하는지 여부를 건물공부상의 용도 구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고, 주거 기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 본다고 판시(2005.4.28. 선고 2004두14960호 판결)한바, 전술한 바와 같이 공부상 기재사항에 비추어 볼 때 쟁점건물이 주택이라는 사실은 쉽게 부정할 수 없다 할 것이고, 쟁점건물의 구조에 비추어 보더라도 쟁점건물의 사용현황이 실제 공부상 용도와 동일하다는 사실은 부정하기 어려우므로 쟁점건물의 단독주택 부분의 2분의 1이 주택 용도로 사용되지 않았다는 처분청의 사실 판단은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (4) 쟁점건물의 임차인이 법인이라는 사실이나 주택 부분에 사업자등록증이 비치되어 있었다는 사정만으로는 주택 부분의 2분의 1을 주택이 아니라고 단정할 수는 없다 할 것이다. (가) 처분청은 쟁점건물의 임차인이 임차법인이므로 주택 부분 중 2분의 1 상당은 주택이 아닌 사무용으로 사용되었다고 보아야 한다는 취지의 주장을 하나, 청구인들이 쟁점건물을 취득한 이후 2018.6.11. 당초 쟁점건물 전체에 대한 임대차 계약을 체결한 사람은 임차법인이 아닌 동 법인의 대표이사이자 개인인 CCC이었다. (나) 또한, 청구인들은 2018.6.11.경 CCC과 임대차 계약을 체결할 당시 임대차 계약서 제3조에 따라 “임차인은 임대인의 동의 없이 위 부동산의 용도나 구조를 변경하여 사용할 수 없다.”라는 취지로 약정하였는바, 임차인 CCC이 쟁점건물 중 주택 부분을 다른 용도로 사용할 것이라 예상하지 못하였고, 주택 부분에 대한 도배 및 장판까지 새로 하여 CCC에게 임차 목적물을 인도하였다. 더불어 청구인들이 주택 부분에 대한 도배 및 장판을 새로 하여 임대목적물을 임대하였다는 사실은 임대차계약서 특약사항 제5호에 “주택부분에 대한 도배 및 장판은 2018.6.20.전에 임대인이 완료한다.”라고 명기된 사실을 통하여 알 수 있으며, CCC이 2018.6.11. 청구인 AAA의 OOO은행계좌(110-***-**2180)로 보증금 1,000만원과 2018년 7월부터 9월까지 월 임대료 50만원을 CCC 명의로 송금한 사실을 통해 확인할 수 있다. (다) 한편, 청구인들은 CCC과 위 임대차계약서를 작성한 날로부터 2～3개월 후 CCC의 요청에 따라 작성일자를 2018.6.11.자로 소급하여 임차인을 CCC이 대표로 있는 임차법인으로 작성하여 주었는데, 청구인들은 막연히 CCC이 소매점 부분에서 법인을 운영하기 위하여 필요한 서류라고 생각하여 이에 협조하였을 뿐이며, 용도변경을 허락하지 않는 종전의 계약사항은 동일하였기 때문에 실제로 CCC이 주택 부분 중 일부를 사무실로 사용하였는지 여부를 떠나 CCC이 주택 부분 중 일부를 임차법인의 사무실 용도로 사용하리라는 사정을 알지 못하였다. (라) 또한, 처분청은 쟁점건물 중 주택 부분 일부에 사업자등록증과 사무용으로 보이는 컴퓨터가 비치되어 있었다는 사정을 들어 주택 부분의 2분의 1 상당이 사무실로 사용되었다고 주장하나, 위와 같은 사정만으로 주택 부분의 2분의 1이 사무실로 사용되었다고 인정하기도 어렵다고 할 것이다. (마) 오히려,「소득세법」제88조 제7호 후단은 ‘주택’을 정의함에 있어서 ‘건물의 용도가 분명하지 않을 경우 공부상의 용도에 따른다.’라고 규정하고 있고, 처분청 또한 주택 부분 중 2분의 1은 주거용으로 사용한 사실을 인정하고 있는 점, 주택 부분의 내부가 서로 연결되어 있어 처분청이 주택이라고 판단한 부분과 사무실이라고 판단한 부분이 독립된 공간을 구성하지 못하고 있으며, 따라서 처분청의 사실 판단에 따르더라도 쟁점건물의 주택 부분은 그 용도가 혼용되어 사용되고 있어 용도가 분명하지 못한 점, 쟁점건물은 공부상 78.48㎡가 단독주택으로 기재되어 있으며, 19.04㎡가 1종근린시설로 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점건물은「소득세법」상 주택으로 정의되는 것이 마땅하다. (5) 처분청이 제시한 증거만으로는 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다고 인정하기 어렵다. (가) 처분청은 1가구 1주택 비과세에 관한 요건은 청구인이 입증하여야 할 사안이라고 주장하나, 대법원은 ‘겸용주택 전부가 비과세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있는 것이나, 그것이 구「소득세법 시행령」제15조 제3항 단서(현「소득세법 시행령」제154조 제3항 단서)의 규정에 의하여 다른 목적의 건물이 비과세에서 제외된다는 점은 과세관청에게 그 입증책임이 있다.’라고 판시(대법원 2000.7.7. 선고 98두16095호 판결)하였는바, 102호 부분이 비과세에서 제외된다는 사실에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것이다. (나) 그런데 CCC의 ‘102호를 사업용으로 사용하였다.’라는 진술은 처분청의 주장 이외에 그 구체적인 내용을 확인할 방법이 없고, 처분청이 제출한 평면도 및 건축물현황도에 따르면 101호와 102호의 내부 벽이 트여 있어 두 공간이 서로 완벽하게 분리되지 않은 사실을 알 수 있으며, 처분청 역시 101호가 주거 목적으로 사용된 사실을 인정하고 있는 상황에서 내부 벽이 트여 있는 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다고 단정하기는 어렵다고 할 것이며, 101호가 주거 목적으로 사용된 사실을 인정하고 있는 상황에서 101호와 102호의 전기요금납부자가 CCC으로 동일한 사실은 102호 역시 주거 목적으로 사용되었다는 사실을 반증할 수 있는 근거로 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다는 사실을 증명한 것은 아니라 할 것이다. (다) 따라서 쟁점건물과 같은 겸용주택의 경우 비과세 건물 부분이 주거 목적으로 사용되지 않았다는 사실에 관한 입증책임은 처분청에 있다고 할 것인데, 처분청이 제시한 증거는 오히려 102호 부분이 주거 목적으로 사용되지 않았다고 단정할 수 없는 증거들이라 할 것인바, 이 사건 처분은 유지되기 어려운 것이라 할 것이다. (6) 가사, 처분청의 사실 판단이 옳다고 가정하더라도, 이 건 과세처분 중 가산세 부분은 취소되어야 할 것이다. (가) 전술한 바와 같이 쟁점건물 중 주택 부분은 청구인들이 취득하기 이전부터 전 소유자에 의하여 하나의 주거공간으로 사용되고 있었고, 내부가 서로 연결되어 있는 구조로 인하여 각각 독립하여 다른 사람에게 임차할 수는 없는 상황이었다. (나) 위와 같은 사정으로 청구인들은 쟁점건물을 취득한 후 2018.6.11.경 CCC에게 쟁점건물 전체를 임대하게 되었고, CCC이 거주할 주택 부분에 대한 도배 및 장판을 새로 시공하여 임대목적물을 인도하였으며, 위 임대차계약에 따르면 임차인이 무단으로 용도를 변경하여 사용하는 것은 허락되지 않았기에 청구인들은 CCC이 쟁점건물 중 주택부분을 주거용으로 사용하리라고 밖에 달리 예상할 수 없었다. (다) 또한, 청구인들은 2021.2.15.경 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 행함에 있어서 조세전문자격자인 세무사를 세무대리인으로 선임하여 그 신고 행위를 위임하였고, 세무대리인이 산출한 양도소득세 OOO원(청구인들 합계 OOO원)을 처분청에 각 신고·납부하였다. (라) 이상과 같은 사정에 비추어 볼 때 처분청의 사실 판단이 옳다고 하더라도 청구인들에게는 양도소득세 신고·납부 의무를 적법하게 이행하지 못한데 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 가산세 각 OOO원(청구인들 합계 OOO원)은 취소되어야 할 것이다. 나.처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점건물 중 102호는 본래부터 주거목적으로 신축되어 오랜기간 주거 목적으로 사용되었고, 처분청이 101호가 주거 목적으로 사용된 사실을 인정하고 있는 사실에 비추어 볼 때 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다고 단정할 수 없으며, CCC의 진술내용에 관한 객관적인 입증자료가 없으며, 처분청이 제출한 건축물대장, 건축물현황도 등 만으로는 102호를 주택 외의 용도로 사용하였다고 판단할 수 없다고 주장하고 있으나, 2018.7.3. 사업자등록을 신청한 임차법인의 제출서류인 부동산 월세계약서 내용을 살펴보면 임대인은 청구인 AAA, 사업장면적은 94.52㎡, 보증금은 10,000,000원, 월세는 500,000원이라고 기재되어 있고, 쟁점건물의 전체를 사업장 용도로 사용하였음을 알 수 있으며, 임차법인은 동일날짜인 2018.7.3.에 부동산 월세계약서를 제출하여 OOO세무서장으로부터 상가임대차 확정일자 확인을 받은 것이 확인된다. (가) 또한, 사업자등록 신청시 제출된 첨부서류 중 사업장으로 사용되고 있음을 확인받기 위해 제출한 사진을 보면 조사 당시 사업장으로 사용되고 있던 쟁점건물의 102호의 내부사진과 소파 등 배치가 거의 동일하고, CCC은 2014.4.10. 대전광역시 중구 OOO에 전입하여 현재까지 주소지를 유지하고 있으며, 쟁점건물의 소재지인 대전광역시 유성구 OOO에는 전입한 사실이 없다. (나) 임차법인이 2018～2020사업년도 법인세 신고시 제출된 대차대조표에 따르면 쟁점건물의 임차보증금으로 10,000,000원을 계상하고 있었고, 신고서 부속서류인 ‘경비 등의 송금명세서’에 사무실임대료로 500,000원을 임대인 AAA에게 지급하여 법인의 필요경비로 계상하는 등 쟁점건물 전체를 임차법인의 사업장으로 사용했던 것으로 판단됨에도 CCC이 비록 전입신고는 하지 않았지만 대면 확인시에 101호 부분은 본인이 주거용으로 사용한 것으로 진술함에 따라 청구인에게 유리하도록 101호 부분은 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 처리하였으며, 102호 부분은 주택이 아닌 임차법인의 사업장으로 계속하여 사용해 왔음이 확인되어 실질과세의 원칙에 따라 과세처분한 것으로 당초 처분은 정당하다. (2) 청구인은 대법원의 판례(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결)를 들어 쟁점건물의 101호 및 102호가 공부상 주택에 해당할 뿐만 아니라 전 소유자가 약 13년간 주거공간으로 사용되어 102호가 주거목적으로 사용되지 않았다거나 주거기능을 상실하였다고 볼 수 없으므로 쟁점건물 중 단독주택 전체는 주택에 해당한다고 주장하고 있으나, 위 판례는 아파트를 가정보육시설인 놀이방으로 사용한 것인바, 가정보육시설은 개인이 가정 또는 그에 준하는 곳에서 설치․운영하는 보육시설로 「건축법」상 그 용도가 주택으로 분류되고, 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 주택으로 사용가능하여 나온 판례로써 2018.7.3.부터 임차법인이 사업자등록을 하여 심리일 현재까지 쟁점건물 소재지에서 계속 사업하고 있는 것이 확인되는 본 건에 적용하는 것은 무리가 있다 할 것이다. (가) 청구인은 임대차계약 체결시 CCC이 쟁점건물의 단독주택부분(101호 및 102호)에서 거주할 것이라고 하였고, 임차인을 CCC에서 임차법인으로 임대차계약을 변경한 것은 근린생활시설 부분 19.04㎡에서 법인을 운영하기 위해 필요한 서류라고 생각하여 이에 협조하였을 뿐이며, 이에 대한 근거로 CCC이 2018.6.11. 보증금 10,000,000원을 송금한 내역과 2018년 7월부터 9월까지 CCC 명의로 임대료 500,000원을 송금한 내역을 제시하고 있으나, 임대차 계약에서 임차인 명의는 상당히 중요한 사항임에도 전체면적 94.25㎡ 중에서 19.04㎡ 면적 때문에 임차인 명의를 변경했다는 것은 이해할 수 없는 주장이고, 설령 청구인의 주장대로 CCC이 주택부분(75.48㎡)은 진짜 주거용으로 사용하고 근린생활시설 부분(19.04㎡)만 법인을 운영하기 위해 사용할 목적으로 임차하였다면 본 건과 같이 임차인을 변경하는 것이 아니라 근린생활시설인 19.04㎡에 대하여 CCC과 임차법인 간에 추가(전대) 임대차 계약을 체결하면 되는 것이다. (나) 세무조사 당시 촬영한 사진과 네이버 지도에 등록된 업체 정보사진을 보면 입구에 임차법인의 간판이 크게 부착되어 있고, 102호 출입구 앞에도 임차법인의 명패가 부착되어 있으며, 청구인이 제시한 월세입금내역에 따르면 2018년 10월부터 2020년 12월까지 임차법인의 명의로 임대료 500,000원이 입금된 사실을 확인할 수 있는바, 일반적인 임대인이라면 쟁점건물이 임차법인의 사업장으로 운영되고 있는 것을 몰랐을 리 없다. (다) 통상 법인설립시에 대표자 명의로 임대차계약을 체결하고, 이후 법원에서 법인등기가 완료되어 법인등록번호가 부여되면 임차인을 법인명의로 변경한 후 사업자등록을 신청하는 것이 통상적인 절차인바, CCC 역시 법인설립을 위하여 본인 명의로 임대차계약을 체결하여 2018.6.20.에 쟁점건물을 인도받아 2018.6.27. 법원에 법인설립 등기를 하였고, 이후, 임차인을 임차법인으로 변경하는 부동산 월세계약서를 임대인인 청구인 AAA의 서명을 받아 재작성하였으며, 2018.7.3.에 사업자등록을 신청한 것이다. (라) 따라서 CCC은 2018.6.11.에 법인설립이 되지 않았으므로 본인 명의로 보증금을 입금한 것일 뿐이고, 임차법인이 전술한 임차보증금을 임차법인의 대차대조표상 임차보증금(자산)계정으로 계상하였으며, 2018년 10월부터 사무실임대료를 임차법인 명의로 입금하여 법인의 필요경비로 계상하는 등 쟁점건물은 임차법인의 사업장으로 사용되었다. (마) 또한, CCC은 전술한 바와 같이 쟁점건물 소재지에 주소지를 이전한 적이 없을 뿐 아니라 임차보증금에 대한 확정일자를 부여받을 시에도「주택임대차보호법」제3조의6이 아닌「상가건물 임대차보호법」제4조에 따라 쟁점건물의 소재지 관할세무서인 OOO세무서장으로부터 2018.7.3. 확정일자를 부여 받았으며, 같은 날 임차법인의 사업자등록 신청시에 동 계약서를 부속서류로 제출하였다. (바) 대법원은 「소득세법」 제89조 제3호, 같은법 시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다고 판시(대법원 1987.9.8. 선고 87누584 판결)한바, 처분청은 양도소득세 세무조사 과정에서 쟁점건물의 102호가 쟁점 임대차 계약 후 인도받은 2018.6.20.부터 세무조사일 현재까지 주택이 아닌 임차법인의 사업장으로 사용하고 있는 것을 확인하여 실질과세 원칙에 따라 1세대 1주택 비과세를 부인하였고, 101호은 CCC이 주거용으로 사용하였다는 진술에 따라 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 처리한 당초 처분은 정당하다. (3) 청구인은 항변시 쟁점건물의 102호가 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외하려면 그 사실에 관한 입증책임이 과세관청에 있다고 주장하면서 CCC의 ‘102호를 사업용으로 사용하였다’라는 진술이 처분청의 주장 이외에 이를 뒷받침할만한 구체적이고 객관적인 증거가 없고, 101호와 102호의 내부 벽이 트여 있어 두 공간이 서로 완벽하게 분리되지 않은 사실을 알 수 있으며, 처분청 역시 101호가 주거 목적으로 사용된 사실을 인정하고 있는 상황에서 내부 벽이 트여 있는 102호가 주거 목적으로 사용되지 않았다고 단정하기는 어렵다고 주장하나, 전술한 바와 같이 쟁점건물의 102호는 임차법인의 사업장으로 사용된 사실이 확인된다. (4) 청구인은 처분청의 사실 판단이 적절하여 쟁점 과세처분이 옳다고 할지라도 임차인이 주거용으로 사용하리라고 밖에 예상할 수 없었으므로 가산세 부분은 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 부동산월세계약서에 임차인이 임차법인으로 되어 있으므로 쟁점건물을 사업장 용도로 사용할 수 있음을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 판단되고, 설령 예상하지 못했다 하더라도 가산세 감면 사유는「국세기본법」제48조에 규정되어 있는 바, 법령의 부지 또는 오인은 동 규정에서 정하고 있는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구인의 주장은 이유 없다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ①(주위적 청구) 쟁점부동산 중 쟁점면적이 사업용으로 사용된 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 배제한 처분의 당부 ② (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 나.관련 법령 (1)국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. 1.부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가.부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나.과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 2.제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2)소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나.1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (3)소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것 [취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년)이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에게 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 2.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일로부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. 가.주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 ③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. ⑦ 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “지역별로 대통령령으로 정하는 배율”이란 다음의 배율을 말한다. 1.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지 : 5배 2.그 밖의 토지 : 10배 ⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 「건축법시행령」 별표1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. ③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도착익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1.고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 다.사실관계 및 판단 (1) 청구인들은 2020.12.28. 50%씩 공유하고 쟁점부동산을 AAA 주식회사에게 13억 5천만원에 양도하고, 쟁점진입로의 양도가액 59,384,736원을 제외한 1,255,615,264원을 양도가액으로 산정하여 쟁점건물과 쟁점부속토지를 주택으로 보아 2021.2.15. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고․납부하였다. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점건물 중 단독주택 75.48㎡의 2분의 1 상당인 37.74㎡가 사무용으로 사용되고 있는 것으로 확인하여 37.74㎡만을 1세대 1주택 비과세특례를 적용하고, 쟁점면적을 임차법인의 사업장으로 사용된 것으로 보아 2022.7.13. 이 건 양도소득세를 청구인들에게 각각 경정․고지하였다. (2) 처분청이 제출한 사업자등록신청서 및 제출자료에 따르면 임차법인은 2018.7.3. 쟁점건물을 사업장으로 하여 사업자등록을 신청하였고, 사업장으로 사용되는 쟁점건물의 102호의 사진을 제출하였는바, 임차법인의 소재지는 대전광역시 유성구 OOO이고, 비계․구조물 해체공사업 등 건설업을 주업종으로 등록하였다. (3) 양도소득세 조사복명서에 따르면 처분청의 조사담당자가 조사당시 쟁점부동산의 임차법인의 대표이사 CCC을 대면하여 확인한바, CCC은 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하였고, 101호는 본인의 주거용으로 사용하였다고 진술하였다 (가) 처분청 조사담당자는 CCC의 동의하에 확인일 현재 사무실로 사용하고 있는 102호와 주거용으로 사용하고 있는 101호의 사진을 촬영하여 첨부하였고, 임차법인이 사업자등록 당시 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하고 있음을 입증하기 위해 제출한 사진과 비교한 것으로 확인(<별지2> 쟁점건물의 사진 참조)된다. (나) 처분청이 제출한 조사복명서에 따르면, 처분청 조사담당자가 쟁점부동산의 전소유자인 DDD에서 유선으로 확인한바, 101호와 102는 면적이 동일하고, DDD 본인은 쟁점건물을 주택으로 사용하였다고 진술한 것으로 나타난다. (다) 처분청 조사담당자는 청구인 AAA이 처분청에 제출한 위 DDD과의 카카오톡 내용으로 임차법인과 체결한 부동산(상가․주택) 월세계약서의 특약사항에 의해 주거용으로 사용한 101호에 대하여만 인테리어를 시공한 사실을 확인된다(<표> 참조). <표> 청구인 AAA과 DDD과의 카카오톡 주요 내용
(4) 청구인은 쟁점건물이 공부상 주택이라는 사실과 주택부분이 서로 연결되어 하나의 공간이라는 사실을 입증하기 위하여 건축물대장과 건물평면도 및 쟁점 건물 내부 사진을 제출하였고, 쟁점건물 전체를 주택으로 임대한 사실과 청구인과 CCC사이의 임대차계약의 당사자가 변경된 사실을 입증하기 위하여 당초 임대차계약서(2018.6.11.자)와 변경된 임대차계약서(2018년 9월경 작성)를 제출하였으며, 항변시 쟁점건물이 전소유자가 13년간 주택으로 사용된 사실과 주택부분이 서로 연결되어 하나의 공간이라는 사실을 입증하기 위하여 전소유자인 DDD의 확인서를 제출하였는바, 쟁점건물을 당초 임차인인 CCC에게 주거목적으로 임대되었음을 입증하기 위해 CCC이 청구인 AAA에게 송금한 보증금 및 월세(2018년 8월～ 9월)의 금융거래내역을 제출하였다. (5) 처분청은 쟁점건물의 102호가 임차법인의 사업장으로 사용된 사실을 입증하기 위하여 현장확인시 촬영사진, 건축물대장, 건축물현황도, 전기요금내역서, 양도소득세 조사종결 보고서, 청구인 AAA과 DDD간의 카카오톡 문자메세지를 제출하였고, 항변시 임차법인의 사업자등록 신청서 및 제출서류, 상가임대차에 대한 확정일자 내역, 임차법인의 2018～2020사업연도 법인세 신고시 제출된 표준대차대표, 경비 등의 송금명세서, 네이버 위성사진 및 로드뷰 사진을 제출하는바, 처분청이 제출한 청구인들과 CCC의 주민등록등(초)본에 따르면 청구인들과 CCC은 쟁점부동산으로 주소지를 전입한 사실이 없는 것으로 확인된다. (6)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물 중 주택 부분이 오랜 기간 주거용으로 사용되었고, 내부구조가 하나의 주거공간으로 사용되고 있어 각각 독립하여 임차할 수 없으며, 청구인들은 주거용으로 쟁점건물 전체를 임대하였으며, 처분청이 제시한 증거만으로 102호가 주거목적으로 사용되지 않았다고 인정하기 어렵다고 주장하나, 청구인들이 쟁점부동산의 매입한 후 쟁점부동산을 임차한 CCC과 청구인들은 쟁점부동산으로 주거를 이전하기 위하여 주민등록 전입신고를 한 사실이 없고, CCC이 쟁점부동산을 사업장으로 하여 법인사업자를 등록하였고, 심판관회의일 현재까지도 쟁점건물이 임차법인의 사업장으로 사용되고 있는 점, 청구인 AAA이 처분청에 제출한 위 DDD과의 카카오톡 내용에 따르면 임차법인과 체결한 부동산(상가․주택) 월세계약서상 특약사항으로 ‘주택부분에 대한 도배 및 장판을 2018.6.20. 전까지 임대인이 완료하기로 함’에 따라 주거용으로 사용한 101호에 대하여만 인테리어를 시공한 점, 청구인들의 양도소득세 조사시 처분청이 임차법인의 대표자인 CCC을 대면하여 확인한바, CCC은 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하였고, 101호는 본인의 주거용으로 사용하였다고 진술하였으며, 처분청의 조사담당자는 CCC의 동의하에 확인일 현재 사무실로 사용하고 있는 102호와 주거용으로 사용하고 있는 101호의 사진을 촬영하여 첨부하였고, 임차법인의 사업자등록 당시 제출된 서류에 따르면 임차법인은 쟁점건물의 102호를 사무실로 사용하고 있음을 입증하기 위해 쟁점건물의 사진을 제출하였는바, 위 양도소득세 조사시 촬영한 사진이 이와 유사하여 쟁점건물의 102호가 주택 용도로 사용된 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 일부를 임차법인의 사업장으로 사용된 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청의 사실 판단이 옳다고 하더라도 청구인들에게는 양도소득세 신고·납부 의무를 적법하게 이행하지 못한데 쟁점①에서와 같이 정당한 사유가 있으므로 가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 바(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결), 부동산월세계약서에 임차인이 임차법인으로 되어 있어 쟁점건물을 사업장 용도로 사용할 수 있음을 충분히 예상할 수 있고, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 「국세기본법」 상 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> DDD의 확인서 ㅇㅇㅇ <별지2> 쟁점건물의 사진 ㅇㅇㅇ |