1. 피고 cc세무서장이 2019. ×. ×. 원고에 대하여 한 2017사업연도 법인세 ××× 원의 부과처분을 취소한다.

2. 피고 bb지방국세청장이 2019. ×. ×. 원고에 대하여 한 소득자를 AAA로 한 2017년 귀속 소득금액 ××× 원에 대한 소득금액변동통지를 취소한다.

 가. 원고는 2015. 6. 25. 설립되어 컨테이너 화물운송사업 등을 목적으로 하는 주식회사이다. 2017 사업연도 현재 원고가 발행한 주식 3,000,000주 중에서 대표이사 AAA이 1,700,000주(56.7%)를 소유한 것을 비롯하여 AAA과 그 특수관계인이 2,100,000주(70.0%)를 소유하고 있다.

 나. 원고는 2016. 10. 12. 소외 BBB과 합작투자(원고 지분 51%, BBB 49%)를 하여 홍콩에 해외현지법인 dd Logis Hongkong Ltd.(이하 ‘홍콩법인’이라 한다)를 설립하였다. BBB은 홍콩법인의 대표자로 있었다.

 다. 피고 서울지방국세청장은 2019. 5. 8.부터 2019. 6. 26.까지 원고의 2015 ~ 2018 사업연도에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 2017 사업연도에 다음 <표>와 같이 홍콩법인에게 가공의 운송비로 USD 1,280,877(1,458,918,903원, 이하 ‘이 사건 금액’이라 한다)를 지급하는 방법으로 비자금을 조성한 것으로 보아, 이 사건 금액을 손금불산입하였다.

(표 생략)

 라. 피고 서울지방국세청장은 2019. 10. 1. 원고에 대하여 소득자를 대표이사 AAA으로 하여 이 사건 금액에 관한 소득금액변동통지를 하였고, 1피고 삼성세무서장은 2019. 10. 4. 원고에게 2017 사업연도 법인세 511,351,070원을 경정·고지하였다(위 소득금액변동통지와 경정·고지 처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 마. 원고는 이에 불복하여 국세청장에게 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심사를 청구하였으나, 2021. 12. 22. 기각결정을 받았고 2022. 1. 3. 위 결정문을 송달받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

   1) 이 사건 금액은 원고가 사업과 관련하여 지출한 통상적인 비용으로서 원고의 손금에 해당하며, 피고들은 원고가 가공매입을 통해 운송비를 부풀려 홍콩법인에게 이 사건 금액을 지출한 것이라고 보았으나, 원고와 홍콩법인 간의 운송용역거래는 실제로 존재하였고 정상적인 가격 수준의 대가가 지급되었다(이하 ‘원고의 주장 ①’이라 한다).

   2) 피고 서울지방국세청장이 이 사건 금액의 사용처가 불분명한 것으로 보아 원고의 대표이사 AAA에게 소득처분한 것은 부당하다(이하 ‘원고의 주장 ②’라 한다).

   3) 이 사건 각 처분이 정당하다고 하더라도 원고에 부당행위 과소신고가산세를 부과한 것은 위법하다(이하 ‘원고의 주장 ③’이라 한다).

나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

 다. 인정사실

  CCC는 2021. 4. 7. 아래와 같은 범죄사실로 1심에서 징역 2년 및 배상신청인 AAA에 대하여 370,738,850원을 지급하라는 내용의 판결을 선고받았다(서울서부지방법원 2021고단138). 이에 대하여 CCC가 항소하였으나 2021. 7. 8. 항소심에서 항소기각 판결을 선고받았고, 위 판결은 2021. 7. 16. 그대로 확정되었다(서울서부지방법원 2021노419).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 라. 판단

  1) 원고의 주장 ①에 관한 판단

     가) 관련 법리

  구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 원칙적으로 ‘손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’라고, 같은 조 제2항은 원칙적으로 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 각 규정하고 있다.

  여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조).

   나) 구체적 판단

   앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 갑 제4, 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 금액은 원고가 사업과 관련하여 지출한 통상적인 비용이라고 보기 어려워 구 법인세법 제19조에 따라 손금에 산입된다고 보기 어렵다. 원고의 주장 ①은 받아들이지 않는다.

   (1) 홍콩법인의 재무책임자인 DD 챈(이하 DD이라 한다)¹⁾이 작성한 TY and CA 프로젝트에 의하면, 홍콩법인이 허위 송장을 만들어서 원고에 용역비를 청구하고, 이후 수령한 용역비는 현금화하여 국내에 반입한 후 원고의 대표이사인 AAA에게 전달하는 내용이 기재되어 있다(을 제1호증). 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

   앞서 본 문서는 원고가 홍콩법인으로부터 운송용역을 제공받으면서 그 용역비를 부풀려서 홍콩법인에게 지급하고 부풀린 부분을 비자금으로 조성하여 원고의 대표이사에게 전달하기 위한 계획을 담고 있다.

   (2) DD이 작성한 메모를 보면 TY 및 CA 프로젝트에 따라 원고 측에 지급하기로 계획했던 금액이 구체적으로 제시되어 있고[홍콩법인 측이 TY 프로젝트에 따라 매회 USD 45,000을 14회에 걸쳐 총 USD 765,000(= USD 45,000 × 14회)을, CA 프로젝트에 따라 매회 USD 45,000을 17회에 걸쳐 총 USD 630,000(= USD 45,000 ×17회)을, ESA 트레일러 등 USD 100,000을 지급함으로써 합계 USD 1,465,000(= USD 765,000 + USD 630,000 + USD 100,000)을 지급하기로 하였다], 실제로 2017년 1월경부터 12월경까지 원고 측에 15회에 걸쳐 지급된 금액(합계 USD 1,280,877)도 기재되어 있다(을 제2호증).

   원고의 대표이사인 AAA과 홍콩법인의 대표자인 BBB이 주고받은 카카오톡과 텔레그램 메시지를 보면, AAA은 앞서 본 메모에 기재된 비자금 USD 1,465,000 조성계획을 BBB으로부터 구체적으로 보고받고, 원고의 재무담당 EEE 이사가 그 금액을 확인하기도 한 사실을 알 수 있다(을 제3호증 2, 3면). 또한 AAA이 BBB에게 비자금의 조성과 국내에서의 전달 시기 및 장소, 전달방법 등을 구체적으로 지시하고 BBB은 그 지시에 따라 전달업무를 수행한 사실이 확인된다(실제로 조성된 비자금은 앞서 보았듯이 USD 1,280,877이다).

   (3) 더욱이 원고의 대표이사인 AAA은 2018년 8월경 원고의 과거 직원인 CCC와 홍콩법인의 재무담당자 DD을 공갈 및 공갈미수혐의로 고소하면서 서울서부지방검찰청에 고소장을 제출하였는데, 해당 서류에서 인정한 비자금 조성액은 USD 1,280,877로, 앞서 본 DD이 작성한 메모상의 비자금 조성액과 일치하기도 한다(을 제4호증 7면).

   (4) 위와 같은 비자금 조성에 관하여 DD이 작성한 메모장과 서류, 원고의 대표이사와 홍콩법인의 대표자가 주고받은 카카오톡 및 메신저 내역 등을 두루 고려할 때, 원고와 홍콩법인 사이의 운송용역 관련 원가를 가공으로 계상하는 방법으로 비자금이 조성되었고, BBB은 비자금을 국내에 반입할 때 AAA의 통제하에 일일이 보고하면서 AAA에게 전달한 내용이 확인되며, 이에 대하여는 원고가 별다른 반박을 하지 못하고 있으므로, 원고의 대표이사는 비자금 용도의 이 사건 금액을 지배·관리하였다고 봄이 타당하다고 판단된다.

   (5) 원고는 홍콩법인과의 운송용역거래가 실제 존재하였으므로 ‘가공매입’이라고 할 수 없고, 법령을 위반한 비용이라고도 볼 수 없어서 손금에 산입될 수 있다는 취지 로 주장한다.

   살피건대, 원고와 홍콩법인 간에 용역거래가 실제 존재한다고 하더라도, 앞에서 본 바와 같이 용역거래대금을 부풀려서 이를 정상적인 거래대금인 것처럼 하고 부풀린 금액으로 비자금을 조성한 것이므로, 원고와 같은 사업목적이 있는 다른 회사의 경우 위와 같은 상황에서 대표이사 개인의 비자금 조성을 위하여 회사 비용지출을 늘리는 선택을 하였으리라고 보기 어려워, 위 비자금 상당의 금액이 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고도 볼 수 없다. 위 비자금은 구 법인세법 제19조 제2항의 손금의 요건인 통상성을 갖추었다고 보기 어려운 이상 이를 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

   (6) 원고는 홍콩법인과의 용역거래가 해외 특수관계인과의 정상적인 거래임을 전제로, 거래가격이 정상가격보다 고가의 거래가격이라고 하더라도, 피고들은 국제조세조정에 관한 법률을 적용하여 처분을 하여야 하고, 이 경우 정상가격에 관한 입증책임은 과세관청인 피고들에게 있다는 취지의 주장을 한다.

   보건대, 이전가격세제는 국내 기업이 국외 특수관계인과 거래하면서 높은 대가를 지급하거나 낮은 대가를 받음으로써 국내 기업에게 귀속되어야 할 소득이 국외특수관계인에게 이전한 경우에 적용되고, 법인세법상의 부당행위계산부인 제도는 마찬가지의 방식으로 국내 특수관계인과의 거래가 있는 경우 적용된다. 이 사건의 경우 처음부터 비자금을 조성할 목적으로 용역비를 부풀려서 부풀린 부분 만큼의 금원 상당을 홍콩법인에게 보내는 방법으로 비자금을 조성하여 이를 원고 대표이사 개인에게 귀속시킨 것이어서 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제19조 제2항을 적용하여 이 사건 금액을 손금으로 산입하지 않은 것이다. 국제조세조정에 관한 법률상의 이전가격제도나 법인세법상의 부당행위계산부인 제도가 구 법인세법 제19조 제2항의 적용을 배제한다거나 해당 규정에 앞서서 우선적으로 적용되어야 한다고 볼 만한 근거를 찾기 어렵다.

   (7) 서울서부지방검찰청 검사는 2021. 5. 26. 원고의 대표이사가 홍콩법인의 대표자와 공모하여 홍콩법인이 보유한 USD 1,280,877 상당의 자금을 비자금으로 조성한 뒤 횡령하였다는 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 하였다. 그러나 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의 불기소처분사실 등에 대하여 구속받는 것이 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있고(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 위 불기소처분은 횡령이라는 형사범죄를 증명할 증거가 부족하다는 것에 불과하므로, 앞에서 본 사정에 비추어 볼 때 원고가 위와 같이 불기소처분을 받았다는 사정만으로 비자금 상당의 금액이 원고가 통상적으로 지출하는 비용이라는 사정을 인정하기 어려워, 해당 금액은 구 법인세법 제19조 제2항에 의하여 손금에 산입된다고 보기 어렵다.

   2) 원고의 주장 ②에 관한 판단

     가) 관련 법리

   법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 참조).

     나) 구체적 판단

   앞에서 인정한 사실과 채택한 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정 즉, 피고들은 조사과정에서 수차례 원고의 대표이사에게 전달된 비자금의 사용처를 증명할 수 있는 자료를 제출해달라고 요구하였으나 원고 측은 이에 관한 객관적 증빙을 제대로 제출하지 않았던 점(이 사건 금액 중 원고 대표이사의 개인계좌로 이체된 USD 100,000 이외의 금액은 자금 흐름을 구체적으로 확인할 수 없었던 것으로 보인다), 오히려 앞에서 본 바와 같이 원고 대표이사인 AAA을 비롯한 원고 관계자들이 조직적으로 비자금을 조성하였고 특히 AAA은 이를 지시·감독하였던 점 등을 볼 때 AAA에게 위 자금이 귀속되었다고 평가되는 점, 원고는 이 사건 금액이 AAA이 아닌 제3자에 귀속되었다고 주장하나 갑 제9호증의 기재만으로는 그러한 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 않고 있는 점, 가사 원고의 주장과 같이 이 사건 금액 중 일부가 다른 제3자에게 전달되었다고 하더라도 이 사건 금액의 조성목적이나 그 조성 경위 등에 비추어 보아 이는 원고가 그 금액을 소비 내지 처분하는 방식에 불과할 뿐 이를 제3자에게 귀속된 것으로 평가하기는 어려운 점 등을 고려할 때, 이 사건 금액의 귀속이 불분명하다고 보아 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호에 의하여 대표자의 상여로 소득처분한 것에 정당성이 결여되었다고 보기 어렵다.

   한편 원고는 정상가격을 초과하는 대가가 홍콩법인에게 지급되어 그 초과금액이 원고의 과세표준에서 손금불산입될 부분이 있다고 하더라도, 적어도 해당 금액은 홍콩법인에 대한 출자의 유보로 소득처분되어야 한다고 주장하나, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 금액은 원고와 홍콩법인의 정상적 거래에서 나온 것이 아니라 비자금으로 조성되어 원고의 대표이사에게 귀속된 것으로 보이는 이상, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

   3) 원고의 주장 ③에 관한 판단

     가) 관련 법리

   구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 같은 항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 참조).

   구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3의 규정 체계, 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제2항 각 호의 문언 내용, 과소신고가산세의 법적 성질 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제47조의3 제2항이 부당과소신고의 경우에 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부당한 방법’에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것으로 이해된다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결 등 참조).²⁾

   이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상이한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 여러 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 등 참조).

     나) 구체적 판단

   위와 같은 법리를 토대로, 앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정 즉, 원고는 홍콩법인과 거래를 하면서 운송비용을 부풀리는 방법으로 비자금을 조성하였는데, 원고의 대표이사는 조성된 비자금의 국내 반입을 주도하면서 이를 구체적으로 지시·관리하였고, 재무담당 EEE 이사는 조성된 비자금을 확인하는 역할을 수행하였던 점, 위와 같은 부풀린 운송비용을 손익계산서에 그대로 기재하였을 뿐만 아니라 원고의 대표이사는 위 비자금을 가지급금 등의 원고 보유 자산으로도 계상하지 않았고, 위와 같은 허위의 손익계산서 및 대차대조표를 기초로 하여 법인세를 신고하였던 점, 원고가 2017 사업연도 법인세를 신고한 내역에 의하면, 원고에 귀속되어야 할 소득인 비자금이 당기순이익의 약 30%에 달하는 점 등을 고려하면, 원고는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실을 적극적으로 은닉하여 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 할 의도가 있었다고 봄이 상당하다. 원고의 주장 ③은 받아들이지 않는다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.