주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한, 2022. 3. 21.자 2016년 귀속 00,000,000원, 2022. 5. 17.자 2019년 귀속 00,000,000원의 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 제조·인쇄업을 영위하는 법인으로 2015 사업연도부터 2019 사업연도까지 종업원은 50명 미만이었고, 2015 사업연도 매출액은 약 111억 원, 2016 사업연도 매출액은 약 93억 원, 2019 사업연도 매출액은 약 87억 원이었다.

나. 원고는 2016 및 2019 각 사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면 규정 중 ‘소기업’에 해당하는 감면율인 20%를 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.

다. 피고는 원고가 2016 및 2019 각 사업연도에 ‘소기업’ 아닌 ‘중기업’에 해당한다는 이유로 감면율 10%를 적용하여 원고에게, 2022. 3. 21. 2016 사업연도 법인세 00,000,000원을, 2022. 5. 17. 2019 사업연도 법인세 00,000,000원을 각 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 6. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 26. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4호증, 을1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

특별세액감면대상으로서 소기업의 범위를 구체화한 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제5항이 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되면서 소기업의 범위에 관한 매출액 기준이 변경되었으나, 그 부칙 제22조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)는 이러한 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에 대한 경과조치를 규정하고 있다. 그리고 이 사건 부칙규정에서 정한 ‘소기업에 해당되었던 기업이 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’의 판단 기준은 개정규정의 시행일인 2016. 1. 1.이 포함된 2016 사업연도 매출액을 기준으로 판단하여야 할 것이다. 그런데 원고는 2016 사업연도 매출액이 100억 원을 초과하지 않는 자이므로, 이 사건 부칙규정의 적용을 받아 개정 전의 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항에 따라 2016 및 2019 각 사업연도에 소기업으로서 조세특례제한법상 특별세액감면을 받아야 한다. 그럼에도 피고는 2015사업연도 매출액을 기준으로 원고가 이 사건 부칙규정의 적용대상이 아니어서 2016 및 2019 각 사업연도에 소기업이 아니라고 판단하였는바, 이와 같은 그릇된 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 “중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.”고 정하면서 제2호에서 감면 비율에 관하여 ‘대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10’(가목), ‘소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20’(나목)을 각 규정하고 있다. 이에 따라 소기업의 범위를 구체화한 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항은 “법 제7조 제1항 제2호 가목에서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억 원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.”고 규정(이하 ‘종전규정’이라 한다)하였다가, 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되면서 “법 제7조 제1항 제2호 가목에서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 ‘평균매출액등’은 ‘매출액’으로 본다.”고 규정(이하 ‘개정규정1)’이라 한다)하였다. 이 사건 부칙규정은 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시2) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”고 규정하였다.

2) 이 사건에서는 이 사건 부칙규정의 의미 내지 적용 범위에 대하여 다투어지므로 이에 관하여 구체적으로 본다. 이 사건 부칙규정에 따라 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 조세감면혜택을 계속하여 부여받기 위하여는 ‘① 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 ② 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 ③ 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’의 요건을 충족하여야 한다. 여기서 ① ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시’는 2016. 1. 1.를 가리키고, ② ‘종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업’은 ‘종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업’을 가리키며, ③ ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’는 ‘2016. 1. 1. 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’를 의미하는 것은 문언해석상 명확하다. 즉 ‘개정규정’은 2016. 2. 5. 개정·시행된 것이어서 2016. 1. 1. 당시에는 ‘종전규정’이 발효 중이었고, 따라서 2016. 1. 1. 기준으로 ‘종전규정’에 따라 판단하였을 때 소기업에 해당하는 법인이 이후 개정·시행된 ‘개정규정’에 따라 소기업에 해당하지 않게 될 경우 일정기간 소기업으로 보아 조세감면혜택을 부여하겠다는 것이 이 사건 부칙규정의 내용이다. 이는 종전규정에 의하여 적법하게 소기업 감면규정의 적용을 받던 기업이 개정규정으로 갑자기 그러한 혜택을 적용받지 못하는 불이익을 완화하고자 하는 입법자의 의사가 반영된 것으로 보인다.

3) 따라서 이 사건 부칙규정을 적용함에 있어 ‘2016. 1. 1. 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업’인지 여부가 중요하고, 이에 대하여 원고는 ‘2016 사업연도 매출액’을 기준으로 위 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다고 주장한다. 그러나 원고의 이러한 주장과 달리, 아래와 같은 이유에서 위 요건의 충족 여부는 ‘2015 사업연도 매출액’을 기준으로 판단함이 타당하다.

가) ‘2016. 1. 1. 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업’이라는 요건은 그 문언 자체로 해당‘되었던’이라는 과거형으로 규정되어 있다. 즉 위 요건의 문언상 2016. 1. 1.을 기준으로 보아 그 이전에 종전규정에 따라 소기업에 ‘이미’ 해당되었어야 할 것인바, 이를 충족하기 위해서는 2015 사업연도 매출액을 기준으로 종전규정에 따라 소기업에 해당되었어야 한다. 이에 따라 과세관청 역시 일관되게 2015 사업연도에 소기업에 해당하였던 자들에 대하여 이 사건 부칙규정을 적용하고 있다.

나) 만약 원고의 주장과 같이 본다면, 2016. 1. 1.에는 아직 발생하거나 확정되지도 않은 장래의 2016 사업연도 매출액을 기준으로 소기업에 해당‘되었는지’ 여부를 판단하는 결과를 초래하는데, 이는 문언에도 맞지 않을 뿐더러 기술적으로도 불가능하다. 만약 2016 사업연도 매출액을 기준으로 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 자들에 대하여 불이익을 완화하고자 한 것이 입법자의 의도였다면, 2016 사업연도 매출액이 산출 가능한 이후의 시점(예를 들어 2017. 1. 1.)을 기준으로 이 사건 부칙규정의 적용대상을 설정하였을 것이다.

다) 2015 사업연도를 기준으로 매출액이 100억 원을 초과한 원고로서는 종전규정이 발효 중이었던 2016. 1. 1.에는 소기업에 포함될 것이라는 신뢰가 있었다고 보기도 어렵다.

라) 원고가 원용하는 대법원 2019두56333 판결은, 2015 사업연도 매출액이 100억 원미만(약 72억 원)으로 종전규정에 따르면 소기업에 포함되었으나 2016 사업연도 매출액이 급증하여 100억 원을 초과(약 126억 원)하게 된 자의 경우 개정규정뿐만 아니라 종전규정에 의하더라도 2016 사업연도에 소기업에 해당하지 않으므로 이 사건 부칙규정 적용대상이 아님을 판시한 것으로, 이 사건과 다투어진 쟁점 및 그 사안을 달리하여 원용하기 부적절하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.