1. 사실관계
○ 질의법인은 ’99.9월 설립되어 축전지 제조용 리튬화합물 및 관련 원재료의 제조, 판매 관련 원재료의 연구개발업을 영위하는 외국인투자기업이고
- ◇◇◇◇◇ 유한책임회사(이하 “피합병법인”)는 ’11.12월 설립되어 질의법인과 동일업종을 영위하는 외국인투자기업임
○ 질의법인(합병법인)은 ’19.12.31.을 합병등기일로 하여 피합병법인을 흡수합병(합병비율 1:0.16)하였고, 해당 합병은 ｢법인세법｣ 제44조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 적격합병임
○ 피합병법인은 질의법인과 합병하기 전 외국인투자법인으로서 설립 시 납입자본금 및 수 차례 증자 시 납입자본금에 대해 기획재정부장관으로부터 외국인 투자에 대한 조세감면결정을 받아 이를 적용하여 오던 중이었고,
- 질의법인 또한 외국인투자에 대한 조세감면을 적용받아 왔으나 ’19.12.31.부로 감면대상기간이 종료됨
○질의법인은 피합병법인으로부터 승계한 감면사업에 대하여 잔존 감면기간 동안 외국인투자에 대한 조세감면을 적용함에 있어, 기존 피합병법인이 영위하던 감면사업에서 발생하는 소득을 감면사업에 관한 각각의 납입자본금으로 구분하여 관리하는 것이 불가능함
- 구체적으로, 질의법인은 생산라인별 연속제조공정에 의하여 제품을 생산하게 되는데 각 투자금액이 생산라인별로 구분되어 납입된 것이 아니기에 각 투자금액별 감면대상 사업제품을 구분할 수 없음
- 이에 따라 질의법인은 피합병법인의 각 투자금액별 감면대상소득을 산정하기 위한 방안으로, 감면사업에서 발생한 소득을 합병 후 전체 자본금에서 피합병법인의 각 감면대상 자본금이 차지하는 비율로 안분하여 이에 대응하는 감면대상소득을 계산하고 있음
2. 질의요지
○외국인투자에 대한 조세감면을 적용함에 있어 합병 후 피합병법인으로부터 승계한 감면사업부문에서 발생한 감면소득을 각 투자금액(증자금액) 비율로 안분하여 감면대상소득을 산출할 때 안분기준
- (갑설) 합병 전 각 법인이 납입한 자본금 합계액(외국인투자누계액)을 기준으로 자본금 비율을 계산하여 감면대상소득을 산정함
- (을설) 합병 후 자본금 총액(합병비율에 따라 재산정된 자본금)을 기준으로 자본금 비율을 계산하여 감면대상소득을 산정함
3. 관련 법령
○ 법인세법 제44조의3【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】
② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
○ 법인세법 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】
① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, ｢조세특례제한법｣ 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)
○ 법인세법 시행령 제81조【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】
③ 합병법인은 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다.
1. 법 제59조제1항제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용
○ 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 조세 감면】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(｢외국인투자촉진법｣ 제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(｢지방세법｣ 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.
1. 국내산업구조의 고도화와 국제경쟁력 강화에 긴요한 신성장동력산업에 속하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기술을 수반하는 사업
2. ｢외국인투자촉진법｣ 제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 같은 법 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업 (각 목 생략)
② 2018년 12월 31일까지 제6항에 따른 조세감면신청을 한 외국인투자기업에 대해서는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득(제1항제1호에 따른 감면대상 사업의 경우 대통령령으로 정하는 소득)에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상이 되는 세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
1. 제1항제1호 및 제2호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득 : 다음 각 목의 구분에 따른 세액
가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지: 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 세액(이하 이 항, 제12항제1호ㆍ제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액
나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액
○ 조세특례제한법 제121조의4【증자의 조세감면】
① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. (후단 생략)
⑤ 제1항에도 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액의 범위에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항에 따른 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2제8항에 따른 감면결정을 받은 것으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2【조세감면의 기준 등】
⑭법 제121조의2제2항 각 호 외의 부분 후단에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율”이란 ｢외국인투자촉진법｣ 제5조제3항에 따른 외국인투자비율을 말한다. (후단 생략)
○ 조세특례제한법 시행령 제116조의6【증자의 조세감면】
⑤ 법 제121조의4제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 제116조의2제14항의 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산한다.
○ 조세특례제한법 시행규칙 제51조의6【증자의 조세감면 시 공통익금과 공통손금의 안분기준】
영 제116조의6제5항 및 제6항을 적용할 때 외국인투자기업의 증자분 감면대상 사업이 당초 감면대상 사업과 동일한 사업으로서 동일한 사업장 내에서 같은 공정으로 구성된 경우 등 공통익금과 공통손금을 법 제143조에 따라 구분경리하기 어려운 경우에는 증자 시 새로 취득·설치한 사업용고정자산 가액의 비율 및 증자 시 해당 자본금의 비율 등을 고려하여 국세청장이 정하여 고시하는 기준에 따라 공통익금과 공통손금을 안분계산한다.
