1. 사실관계

○[’83.04.04.]거주자 A는 서울 소재 대지(쟁점토지) 매매 취득

○[’21.08.18.]A는 주택건설사업자(B)와 쟁점토지 매매계약 체결

○[’21.12.16.]주택건설사업자(B)와 공공주택사업자(SH공사) 간에 ‘주택매매이행 협약서’ 체결

○[’22.02.18.]쟁점 토지 소유권 이전등기(양도일)

○[’22.05.12.]주택건설사업자(B)와 공공주택사업자(SH공사) 간에 ‘건설 중인 주택매매이행 약정서’ 체결

2. 질의요지

거주자가 주택건설사업자(양수자)와 공공주택사업자간에 ‘주택매매이행협약’을 체결한 상태에서 주택건설을 위한

토지를 양도한 경우 조특법§97의9 적용 가능 여부

3. 관련 법령

□조세특례제한법 제97조의9【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례】

①거주자가「공공주택 특별법」제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "공공매입임대주택"이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 "공공주택사업자"라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다]에게 2022년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

②제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다.

③주택건설사업자가 토지를 양도받은 날부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우 주택건설사업자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

④제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조제3항을 준용하여 이자상당가산액을 납부하여야 한다.

⑤제1항에 따른 감면 대상 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□조세특례제한법 시행령 제97조의9【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례】

①법 제97조의9제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분이 불분명할 때에는「소득세법 시행령」제166조제6항을 준용하여 안분계산한다.

②법 제97조의9제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 사람은 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가「공공주택 특별법」제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.