주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 8. 1. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 법인세

7,129,030원(가산세 1,367,034원 포함)의 부과처분 및 소득자를 김AA으로 한 2016년

귀속 소득금액 1,110,000,000원에 대한 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치는 부분 외에는 제1심

판결 2-3쪽 “1. 처분의 경위” 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소

송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 2쪽 표 아래 6행의 “2017년도”를 “2017 사업연도”로 고친다.

○ 제1심판결 3쪽 12행의 “을 제1호증”을 “을 제1, 11, 12호증”으로 고친다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 요지

1) 원고

가) 이 사건 특허권은 원고의 대표이사인 김AA이 오랜 기간 본업에 종사하면

서 체득한 노하우를 바탕으로 직접 발명한 것으로서, 실질적인 가치가 있는 김AA 개

인의 재산권에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 특허권을 김AA으로부터 취득하고,

해당 대금을 김AA에 대한 가지급금과 상계한 뒤 이를 기타소득으로 신고·납부한 것

에는 잘못이 없다. 피고는 처분청으로서 과세요건에 대한 증명책임을 다하지 아니한

채 이와 다르게 이 사건 특허권의 양수가 가지급금의 상계를 위한 것이라고 보아 해당

거래 대금을 김AA의 소득으로 잘못 판단하여 이 사건 각 처분에 나아갔다.

나) 원고와 김AA 간의 이 사건 특허권 양도거래가 인정되는 이상 특별규정인

부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있을 뿐 실질과세원칙이 적용될 수는 없고, 부당

행위계산부인 규정을 적용하기 위한 전제가 되는 이 사건 특허권의 시가에 대한 증명

책임은 과세관청인 피고가 부담함에도 그에 대한 증명이 이루어지지 않은 이상 이 사

건 각 처분은 위법하다.

2) 피고

가) 원고가 김AA으로부터 이 사건 특허권을 양수한 것은 이를 사업에 활용하

기 위한 것이 아니라 오로지 원고의 김AA에 대한 가지급금 정리를 위한 것으로, 이

사건 특허권의 양수행위는 사법상 가장행위 혹은 세법상 가장행위에 해당한다. 이를

전제로 한 이 사건 각 처분은 실질과세의 원칙에 따른 것으로 적법하다.

나) 원고는 김AA으로부터 가치가 전혀 없는 이 사건 특허권을 1,110,000,000원

에 매수하였으므로, 이 사건 각 처분은 법인세법 제52조 제1항, 동법 시행령 제88조

제1항 제1호, 제2호, 제6호, 제9호의 각 부당행위계산 부인 규정을 적용하더라도 모두

적법하다[위 가) 주장에 대한 선택적 주장].

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

14조 제1항, 제2항이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의

원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으

로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우

에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당

한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데

주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이

아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법

적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세

법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이

고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합

의체 판결, 대법원 2019. 6. 27. 선고 2016두841 판결 등 참조).

국세기본법 제14조에서 규정하는 실질과세의 원칙은, 납세의무자가 소득이나 수

익, 재산, 거래 등의 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외

관을 취한 경우 형식이나 외관에 불구하고 뒤에 숨어 있는 실질에 따라 과세요건이 되

는 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 발생, 귀속과 내용 등을 파악하여 과세하여야 한다

는 국세부과의 원칙을 말한다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) 김AA의 원고 및 원고 관련회사에서의 지위, 급여 등

(1) 김AA은 1994. 4.경 CC유통이라는 상호로 콩 관련 사업을 시작한 이후,

1997. 3.경 두부 등 제조업체인 ‘주식회사 DD’를, 2005. 4.경 두부 제조업체인 원

고를, 2011. 4.경 두부 제조업체인 ‘주식회사 EE’을, 2014. 6.경 콩나물 재배업체

인 ‘주식회사 FF’을, 2015. 6.경 낫또 제조업체인 ‘주식회사 gg’을 각각 설

립하고 아래와 같이 7개 회사의 회장 직함을 가지고 업무를 수행하였다.

(2) 이 사건 특허권 거래가 이루어진 2016년도에 김AA은 원고의 대표이사로

재직 중이었다. 김AA은 원고의 주식 중 67.56%를 보유하고 있었고, 나머지 지분

32.44%는 원고가 전부 보유하고 있어, 김AA은 사실상 원고에 대한 1인주주의 지위에

도 있었다.

나) 이 사건 특허권 양도·양수 관련 사항 등

(1) 주식회사 FFFF연구소(이하 ‘FFFF연구소’라 한다)는 국내 최초로 특

허권 구입을 통하여 가지급금 문제를 수월하게 해결할 수 있는 ‘특허권 자본화’라는 경

영컨설팅 기법을 개발했다고 홍보하였다.

(2) 주식회사 가GGG평가법인(이하 ‘가GGG평가법인’이라 한다)은 2016. 5.

25. 이 사건 특허권의 사업가치를 1,110,000,000원으로 평가하였는데, 위 감정평가를

의뢰한 주체는 원고나 김AA이 아닌 FFFF연구소였고, 위 감정평가용역에 대한 세

금계산서도 FFFF연구소 명의로 발급되었다.

(3) 한편 원고는 중부지방국세청 정기감사 과정에서 이 사건 대금을 감정평가

액과 동일한 1,110,000,000원으로 정한 이 사건 특허권의 양수도 계약서를 제출하였는

데, 위 계약서의 작성일은 이 사건 특허권에 관한 감정평가서가 작성된 시점인 2016.

5. 25.보다 앞선 2016. 4. 18.이었다. 이후 원고는 위 감사 과정에서 위 최초 제출 계약

서가 ‘잘못 작성되어 폐기되었어야 할 서류’라는 이유로 작성일을 2016. 6. 20.로 한 양

수도 계약서를 다시 제출하였다.

(4) 김AA은 이 사건 특허권 거래일로부터 각각 약 4개월 및 2개월 전에 아

래와 같이 원고의 관계회사들에게 이 사건 특허권과 유사한 ‘두부의 제조방법’에 관한

특허 2건을 각각 양도하고 그 거래금액을 김AA에 대한 가지급금(주주임원종업원단기

대여금)과 상계하기로 하였으며, 이후 앞서 본 바와 같이 원고에게도 이 사건 특허권을

1,110,000,000원에 양도하고 그 대금을 원고의 김AA에 대한 가지급금 채권과 상계함

으로써(이하 원고와 김AA의 위 양수도 계약을 ‘이 사건 계약’이라 한다) 합계 약 28

억 1,500만 원 상당의 이익을 취득하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 26호증, 을 제2 내지 4, 6, 7 내지 9호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실, 앞서 본 증거들에 더해, 갑 제6, 15호증, 을 제10, 13호증의

각 기재, 제1심 법원의 김AA에 대한 당사자신문 결과 및 변론 전체의 취지에 의해

인정되는 다음과 같은 사정들을 위 관련 법리에 비추어 보면, 원고가 김AA으로부터

이 사건 특허권을 양수한 것은 그 외관과 같이 특허권 양수의 법률 효과를 의욕한 것

이 아니라, 오로지 원고의 김AA에 대한 가지급금 채권의 처리만을 목적으로 이루어

진 것에 불과하므로 이 사건 계약은 이 사건 특허권의 실제 가치 유무 및 그 액수의

다과와 관계없이 사법상 가장행위, 즉 민법 제108조의 통정허위표시에 해당하여 무효

라고 봄이 타당하다. 따라서 이를 전제로(피고는 이 사건 각 처분 당시 “대표이사로부

터 매입한 특허권이 가공자산으로 확인되어”라는 처분사유를 제시하였는데 이 사건 계

약의 목적물이 가공자산으로서 실재하지 않는 경우 이 사건 계약의 사법상 법률 효과

발생이 불가능하다는 점을 고려하면 위 처분사유는 그 문언상 ‘사법상 가장행위, 즉 통

정허위표시로서 사법상 효력이 없다’는 의미를 담고 있다고 충분히 해석될 수 있다) 한

피고의 이 사건 각 처분은 모두 적법하다(위와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 적법하

다고 판단하는 이상, 원고의 세법상 가장행위 주장, 부당행위계산 부인 관련 주장에 대

해서는 나아가 살피지 아니한다).

○ 이 사건 특허권은 과일을 이용하여 두부를 제조하되, 과육 부분은 농축하여

두유의 원료로 사용하고, 껍질 부분은 가공하여 곤약을 제조한 후 두부 내부에 분산

배치되도록 성형함으로써 새로운 맛과 영양 및 식감을 부여한다는 것으로, 이러한 내

용에 비추어 보면 발명 과정에서 배합실험, 시제품의 제작 등의 절차가 필요했을 것으

로 판단된다. 그러나 이 사건 특허권 연구보고서에는 재료들을 어떻게 손질하고 배합

할 것인지에 관한 내용이 적혀있을 뿐 실제로 연구가 진행되었음을 뒷받침할 증거는

제출되지 않았다. 원고는 수기로 작성한 연구메모 사본도 제출하였으나, 구체적인 연구

의 과정이 드러나지 않는 추상적인 아이디어 차원의 기재들만 있는데다가 거의 모든

내용이 채소와 두부의 배합에 관한 것으로 이 사건 특허권과 관련한 과일에 대한 기재

는 극히 일부에 불과하다(갑 제6호증의 1 6, 33쪽). 다른 한편 원고는 김AA이 이 사

건 특허권의 개발을 위해 H 주식회사의 감압농축기를 활용하였다고도 주장하

나, 원고가 제출한 갑 제13호증은 위 회사의 실험실 전경 및 실험도구를 촬영한 것에

불과할 뿐이어서 실제 실험 등 절차가 진행되었음을 인정하기에 부족하고 달리 이를

인정할 증거가 없다. 한편 김AA은 실험을 진행한 메모장은 분실하였다는 취지로 진

술하였는데(김AA에 대한 제1심 당사자신문 녹취서 33쪽), 원고 및 김AA의 주장에

의할 때 11억 원이 넘는 적지 않은 가치를 가진 이 사건 특허권을 개발하는 과정에서

작성한 자료를 분실하였다는 위 진술은 경험칙상 그 자체로 쉽게 납득하기 어렵다.

○ 이 사건 특허권에 대한 감정평가서(이하 ‘이 사건 감정평가서’라 한다) 또한

아래와 같은 사정들을 고려할 때 도저히 신빙할 수 없고, 오히려 원고, 김AA, 감정평

가사 등이 상호 모의하여 앞서 본 가지급금 채권 처리를 위한 가장행위의 외관을 꾸미

기 위하여 작성한 것으로 보인다.

▸ 가GGG평가법인은 FFFF연구소의 의뢰를 받아 이 사건 감정평가서를

작성하였다. 그러나 FFFF연구소가 운영하는 블로그에는 ‘세무조사에 대응하기 위해

해당 특허에 관한 연구보고서를 작성하여 주는데 이는 세무조사 소명자료로서 기준을

충족한다’는 취지의 홍보글이 게시된 점, 이 사건 감정평가서 자체로도 ‘원고가 제출한

자료(재무제표 및 사업계획서 등)들이 회사의 재무상태나 경영성과를 반영하고 있는지

여부를 별도로 검토함이 없이 국세청에 신고된 재무제표 등을 참고하되, 과거의 영업

추세 및 현황 등을 종합적으로 참작하고 원고의 사업계획서의 내용을 반영하였다’는

취지의 기재가 있는 점(갑 제26호증 5쪽) 등을 고려하면, 이 사건 특허권의 가치평가가

객관적인 자료를 토대로 이루어졌다고 보이지 않는다.

▸ 이 사건 감정평가서의 평가금액 1,110,000,000원은 원고의 2016년도 순이

익(12,133,219원) 및 2015년도 순이익(95,375,932원)의 약 91배, 11배에 달하고, 원고의

기존 미처분 이익잉여금(1,748,781,835원)의 약 60%의 해당할 정도로 큰 금액이다(갑

제15호증 3, 4쪽). 이 사건 특허권의 내용에 비추어 단일한 특허권에 대하여 이 정도

액수의 평가금액을 책정하였다는 것은 그 자체로 납득하기 어렵다.

▸ 위 감정평가서는 이 사건 특허권을 반영한 2016년도 추정 매출액을 153억

3,500만 원으로 책정하였는데, 이는 사업의 불확실성을 고려한 금액이라는 것임에도(갑

제26호증 48쪽) 원고의 2015년도 추정 매출액인 약 137억 원보다 16억 원 가량 증가

한 금액이다. 출시되지도 않은 특허권을 반영한 추정 매출액 증가 정도가 1년 만에 위

와 같이 상당한 수준이라는 것은 그 자체로 납득하기 어렵다.

▸ 이 사건 계약을 위해 최초 작성된 계약서의 작성일자가 2016. 4. 18.이었음

은 앞서 본 바와 같다. 반면 이 사건 감정평가서의 작성일은 2016. 5. 25.로 위 각 일

자의 기재에 의한다면 위 최초 계약서보다 나중에 작성되었다고 볼 수밖에 없는데, 그

럼에도 이 사건 계약상 이 사건 특허권의 매매금액과 위 감정평가서상 평가금액은

1,110,000,000원으로 정확히 일치한다. 감정평가가 이루어지기도 전에 감정평가금액과

완전히 동일한 매매금액이 기재된 계약서가 존재하는 것 자체가 극히 이례적인 사정임

을 고려할 때, 가GGG평가법인은 원고나 김AA 개인 또는 FFFF연구소로부터 위

매매금액을 미리 전달받은 뒤 그에 맞추어 위 감정평가서의 평가금액을 확정하였다고

보는 것이 자연스럽다. 한편 원고가 작성일을 2016. 6. 20.로 한 양수도 계약서를 사후

적으로 재제출한 것 역시 앞서 본 바와 같은데, 위 각 계약서들은 서로 날짜만 다를

뿐 내용에서는 완전히 동일한 것이었다.

○ 이 사건 감정평가서에 의하더라도 이 사건 특허권의 경제적 수명은 약 10년

으로 2025년까지인데(갑 제26호증 44-45쪽), 원고가 이 사건 특허권의 대가로 상당한

금액을 지출하였다는 것임에도 이 사건 특허권을 취득한 시점으로부터 이 사건 변론종

결일에 이르기까지 약 7년이 넘는 기간 동안 이 사건 특허권을 이용한 상품을 제작하

는 등으로 사업을 진행하였다는 정황은 전혀 확인되지 않는다.

○ 위와 같은 이 사건 특허권의 내용과 연구보고서의 내용, 원고가 이 사건 특

허권을 취득한 시점으로부터 7년이 지나도록 상품화하지 아니한 점 등의 사정들을 고

려할 때, 이 사건 특허권에 대한 위 감정평가 금액과 이에 근거한 이 사건 대금은 현

저하게 과대평가되었다고 봄이 타당하다.

○ 앞서 본대로 김AA은 원고를 비롯한 7개 계열사의 회장으로 칭하면서 원고

에 대해서도 대표이사이자 사실상 1인 주주의 지위를 보유하고 있는 자로서 원고와 자

신 사이의 이 사건 계약을 통해 이 사건 특허권을 양도하는 외관을 작출하기에 용이한

지위에 있었다.

○ 원고는 이 사건 발명의 특허등록일인 2016. 4. 8.로부터 단지 10일이 지난

2016. 4. 18. 김AA과 이 사건 계약을 체결하였다(앞서 본대로 원고가 2016. 6. 20.자

계약서를 다시 제출하였으나 그 작성일자를 신빙하기는 어렵다). 또한 원고는 이 사건

특허권이 상당한 재산적 가치를 가진다고 단정할 수 없음에도 앞서 본대로 이 사건 특

허권의 가치에 관한 감정평가 결과가 나오기도 전에 1,110,000,000원이라는 거액으로

그 매매금액을 정하여 계약을 체결하였다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 감정평가서의

감정평가액인 1,110,000,000원은 전혀 신뢰할 수 없는 금액이다. 이러한 사정들과 앞서

본 여러 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 사건 계약을 체결함에 있어 이 사건 특허권

의 실제 가치가 어떠한지 전혀 고려하지 않았다고 봄이 타당하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론

을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.