주 문

 ●●세무서장이 2023.11.13. 청구인에게 통지한 2021 과세연도 양도소득세 1,190,273,199원의 과세예고통지는 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실지거래가액을 파악하기 위하여 교환부동산 가액에 대한 객관적 근거, 거래상대방의 쟁점부동산 관련 신고내역 등의 사실관계를 구체적으로 면밀히 재조사하여 과세표준과 세액을 다시 통지한다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구인은 2021.4.2. 서울 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 ○○○의 경기 □□시 □□동 □□번지 토지 및 건물(이하 “교환부동산”이라 한다) 및 교환대금 3,130,000,000원과 교환하는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였다.

나. 청구인은 2021.6.29. 쟁점부동산의 양도소득세를 신고하면서 실지거래가액이 불분명하다고 보아 양도가액을 기준시가(1,430,065,280원)로 하여 양도소득세 ○○원을 신고·납부하였다.

다. 조사청은 2023.9.8.∼2023.11.6. 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과 쟁점부동산의 양도는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 보아 교환부동산 가액 1,070,000,000원과 현금 3,130,000,000원을 합한 4,200,000,000원을 쟁점부동산 양도가액으로 하여 2023.11.14. 청구인에게 2021 과세연도 양도소득세 ○○원을 과세하겠다는 세무조사결과통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 대하여 2023.12.13. 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 쟁점부동산 감정은 자금차입 목적으로 ○○○의 요청에 따른 것이다.

 1) 청구인은 쟁점부동산에서 알루미늄 샷시 도매업을 운영하고 있었고, ○○○은 쟁점부동산 인접 토지 소유자로서 부동산개발업을 운영하고 있었다. ○○○은 쟁점부동산 매수를 희망하였으나, 청구인은 쟁점부동산을 양도하는 경우 이를 대체할 사업장이 마땅치 않아 매도하지 않다가 ○○○이 교환부동산과 쟁점부동산의 교환을 제안하여 쟁점계약이 성사되었다.

 2) 교환계약 시 쟁점부동산과 교환부동산은 별도의 시가 감정을 하지 않았고, 부동산개발업을 영위하는 ○○○이 제시한대로 쟁점부동산과 교환부동산을 교환하면서 ○○○이 교환대금 3,130,000,000원을 지급하기로 약정하였다. ○○○은 교환대금을 마련하기 위하여 교환으로 취득하는 쟁점부동산을 담보로 금융기관으로부터 대출을 받고자 하였기에 청구인은 금융기관의 쟁점부동산 담보물 평가를 위한 요청에 응한 것이다.

 3) 청구인과 ○○○은 각 부동산의 감정가액이나 시장가격 등 객관적 금전가치에 의하여 교환대상 목적물의 가액이나 가치를 정하고 이를 기준으로 그 차액에 대한 정산을 한 것이 아니며, ○○○이 임의평가하여 제시한 교환대금을 청구인이 수락하여 쟁점계약이 성립된 것이고, 쟁점부동산에 대한 감정평가는 ○○○의 교환대금 마련을 위하여 이루어진 것이다.

나. 쟁점계약은 각 부동산의 실지거래가액이 확인되지 않는 거래다.

 1) 양도소득세 신고 시 양도가액은 실지거래가액으로 신고하여야 할 것이나, 교환대상 부동산의 감정평가액이 없고 매매사례가액도 없어 시가를 알 수 없고, 실지거래가액이 확인되지 않는 경우이므로 기준시가로 신고한 것이다.

 2) ｢소득세법｣ 제114조 제7항은 “양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.”고 규정하고 있다.

 3) 자산의 실지거래가액은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액 혹은 양수인이 자산을 양수하고 그 대가로 지불한 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것인바, 거래가 교환인 경우에는 교환목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환목적물의 가액을 감정가액이나 시장가격 등 객관적 금전가치에 의하여 정하고 이를 기준으로 그 차액에 대한 정산절차를 수반하는 때에는 특별히 이를 등가교환이 아니라고 볼 다른 사정이 없는 한 그 실지양도가액이 확인되는 경우라고 할 것이나, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순 교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 해야 할 것이며(대법원 1999.11.26. 선고 98두19841 판결, 대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결, 대법원 2011.7.27. 선고 2008두9874 판결 등 참조), 교환계약 당사자들의 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 마찬가지(대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592 판결 참조)라고 할 것이다.

 4) 양도소득세 집행기준 96-0-2에서도 “교환대상 부동산에 대한 감정평가법인 등의 객관적인 교환가치에 의해 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반한 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있다고 할 것이며, 그렇지 아니한 단순한 교환은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당된다.”고 규정하고 있는 바, 쟁점계약은 시가 감정 등이 없이 교환 당사자들이 각 교환목적물의 가액을 임의로 평가하여 상호 간에 그 차액을 정산한 것이므로 단순 교환에 해당하여 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다.

다. 조사청은 쟁점부동산의 실지거래가액을 임의로 결정하였다.

 1) 조사청은 쟁점부동산의 양도가액을 ○○○이 2019년에 취득한 교환부동산의 취득가액에 교환대금을 합한 금액으로 결정하였다. 교환부동산의 취득시기는 2019년이고 쟁점계약은 2021년에 이루어져 취득가액을 바탕으로 양도가액을 결정한 것은 전혀 합리적이지 못할 뿐 아니라 추정에 의한 가격산정으로서 ｢소득세법｣에서 규정하고 있는 실지거래가액의 의미와도 부합하지 않는다.

 2) 조사청은 쟁점부동산 실지양도가액으로 결정한 4,200백만원은 ○○○이 교환대금을 지급하기 위하여 금융기관으로부터 차입하는 과정에서 쟁점부동산 담보물권 평가를 목적으로 금융기관에서 의뢰한 감정평가액 4,555,265,800원과 유사한 가액이므로 4,200백만원을 실지양도가액으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 이는 양도가액은 실지거래가액이 원칙이고 실지거래가액이 불분명한 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 기준시가를 순차적으로 적용하도록 하는 양도소득세 집행기준 96-0-1에 부합하지 않는다.

 3) 금융기관에서 의뢰한 감정평가액은 거래가액 산출 목적이 아니라 대출목적의 담보물권 평가로서 평가목적이 다르고, 감정가액은 ｢소득세법｣ 제114조 제7항 및 ｢소득세법 시행령｣ 제176조의2 제3항에서 규정하고 있는 추계경정의 방법으로서 ‘둘 이상의 감정평가법인 등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액’에도 부합하지 않아 금융기관에서 대출목적으로 1곳의 감정기관에 의뢰하여 쟁점부동산을 평가한 감정평가액을 쟁점부동산의 실지양도가액의 산출 근거로 삼을 수 없다. 또한 교환부동산을 감정평가하여 시세를 산정한 사실이 없어 교환을 목적으로 교환목적물에 대한 시가평가가 있었다고 보기는 더욱 어렵다.

라. 조사청 의견에 대한 항변

 1) 쟁점부동산 양도가액이 4,200백만원으로 확인되었다는 주장은 부당하다.

  가) 조사청은 쟁점부동산에 대한 감정평가가 있었다는 점과 교환부동산의 실지취득가액이 1,070백만원이라는 것을 인지하여 쌍방 간의 교환가액 기준이 형성되어 있었고 교환차액으로 3,130백만원을 산정하여 정산절차를 거친 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우이므로 양도가액은 실지거래가액인 4,200백만원이라고 주장하고 있다.

  나) 그러나 교환당사자인 청구인과 ○○○은 쟁점부동산과 교환부동산 교환을 위해 교환대상 목적물에 대한 감정평가를 하는 등 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 것이 아니라 단순교환을 한 것이다.

  다) 조사청은 ○○○이 쟁점부동산을 담보로 대출받는 과정에서 금융기관이 감정평가법인에 의뢰하여 기준시점을 2021.3.16.로, 평가목적을 ‘담보’로 하여 감정평가한 가액 4,555,265,800원이 존재한다는 사실을 청구인이 인지한 상태에서 교환계약이 이루어졌다고 주장하나, 감정평가액은 교환당사자가 아닌 금융기관의 의뢰에 따라 1개의 감정평가법인이 교환대상 목적물 모두가 아니라 쟁점부동산에 대해서만 담보목적으로 평가한 것에 불과하다.

  라) 위와 같이 감정평가액은 교환대상 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 하기 위하여 평가한 것이 아님이 명백하며 조사청도 교환당사자가 실제로 이를 토대로 교환가액을 산정하였음을 입증할 객관적 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 이상 교환당사자가 감정평가액을 실지양도가액의 산정근거로 삼았다고 볼 수는 없다.

  마) 조사청은 교환부동산의 취득가액에 교환대금을 합한 4,200백만원을 실지양도가액이라고 주장하나, ○○○이 교환부동산을 보유한 기간(2019.11.11.∼2021.4.2.)에는 수도권 부동산 가격이 가파르게 상승하였고 실제로 교환부동산의 개별공시지가도 상승추세였던 점에 비추어 봐도 쟁점계약 체결일부터 1년 5개월 전인 2019.11.11. ○○○이 취득한 교환부동산의 취득가액인 1,070백만원을 기초로 실지거래가액을 산정한 것은 적법하지도 타당하지도 않다.

  바) 조사청은 ○○○이 교환부동산 취득 시 수취한 세금계산서 상 건물가액과 쟁점계약 후 청구인에게 교부한 세금계산서 상 건물가액이 325,255,433원으로 일치한 점으로 볼 때 교환당사자가 교환부동산 양도가액을 취득가액인 1,070백만원으로 평가하였다고 주장하면서도 실제로 토지를 포함한 교환부동산 전체 교환가액을 위 취득가액과 동일하게 평가하였다고 볼만한 구체적 증빙은 제시하지 못하고 있다.

  사) 따라서 감정평가액의 경우 평가의뢰 주체, 평가목적 및 감정평가기관 수를 감안할 때 쟁점부동산의 객관적 교환가치를 반영한 것으로 인정할 수 없고 교환부동산도 당사자가 임의평가 하였음이 분명한 이상 조사청이 쟁점부동산 실지거래가액을 4,200백만원으로 결정한 것은 위법·부당하다.

 2) 교환대상 목적물에 대하여 시가감정에 준하는 평가절차를 거쳤다면 그 평가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있다는 의견은 타당하지 않다.

  가) 조사청은 교환거래의 경우 반드시 시가감정을 거쳐 자산가액을 평가하지 않더라도 당사자가 평가한 가액이 허위나 가공의 가액이 아니라 진정한 가액임을 확인할 수 있는 절차를 거쳤다면 그 평가액을 실지양도가액으로 인정할 수 있는 것이므로 시가감정 등이 없는 단순교환에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다면서 그 근거로 조세심판원 심판례 및 수원지방법원 판례를 제시하고 있으나, 위 사례는 기초적 사실관계가 이 사건과 차이가 있어 청구인에 대한 과세근거로 적용할 수 없다.

  나) 조세심판원 심판례(조심2020서8297, 2021.6.3.)를 살펴보면, ① 양도토지에 대하여 감정평가를 하지는 않았으나 교환상대방인 양수법인이 2019.6.14. 교환토지를 취득하고 같은 날 양도토지와 교환하고 교환차액을 청구인들에게 지급한 점, ② 청구인들도 쟁점토지의 양도가액을 양수법인의 교환토지 취득가액상당액에 추가로 지급받은 현금을 합한 금액으로 보아 양도소득세 예정신고를 한 점, ③ 교환당사자가 청구인들은 4명, 양수법인은 2개 업체여서 투명하게 거래될 수 밖에 없었던 점을 고려하여 교환대상 목적물에 대한 시가감정이 없더라도 당사자들이 평가한 가액을 실지거래가액으로 인정한 것이다.

  다) 수원지방법원 판례(수원지방법원 2019.7.17. 선고, 2018구단7345 판결)에 의하면 ① 교환당사자가 수회에 걸쳐 협의하여 교환계약을 체결하였음이 객관적으로 확인되는 점, ② 원고가 양도한 부동산에 대하여 교환계약을 체결하기 약 3개월 전에 2개의 감정평가법인에서 감정평가를 하였고, 교환가액 36억 원이 감정가액과 비교해 보더라도 부당하지 아니한 점, ③ 교환상대방이 사업시행사인 건설회사인데 해당 사건 토지의 매입이 지연되자 ㅇㅇ시가 사업시행 지연을 염려하여 교환방식을 권유함에 따라 교환계약을 체결하게 된 점, ④ 교환토지의 면적증감이 발생할 경우 교환가액 36억 원을 기준으로 정산하기로 한 점 등을 종합하여 볼 때, 교환계약서에 기재된 36억 원을 실지거래가액으로 인정할 수 있다고 판단한 것이다. 위와 같이 조사청이 제시한 사례는 이 사건과 달리 당사자들이 평가한 교환목적물 가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있을 정도의 기초적인 사실에 큰 차이가 있다.

  라) 이 사건의 경우 교환당사자인 청구인과 ○○○은 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 한 사실이 없다. 시가감정에 준하는 평가절차를 거쳤다면 교환계약서에 쟁점부동산과 교환부동산의 가액을 시가로 기재하여야 함에도 기준시가로 기재한 점, 교환대금 산정의 구체적인 내역도 확인되지 않은 점을 감안할 때 당사자 간의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환한 것임을 알 수 있다.

  마) 조사청이 주장하는 실지거래가액 4,200백만원은 금융기관이 담보 목적으로 의뢰하여 평가된 감정가액(4,555,265,800원)과 355,265,800원이나 차이가 있어 4,200백만원 대비 8.45%의 차이가 존재한다. 자산의 실지거래가액은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이지, 조사청 의견과 같이 자의적으로 추정하여 산출한 가액을 의미하지 않는다.

  바) 조사청이 제시하는 양도소득세 집행기준 96-0-1은 교환거래가 아닌 일반적인 매매거래 등에 있어 양도가액을 의미하는 것이고, 교환에 관하여는 동 집행기준 96-0-2에서 ‘교환대상 부동산에 대한 감정평가법인 등의 객관적인 교환가치에 의해 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반한 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있다고 할 것이며, 그렇지 아니한 단순한 교환은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당된다’고 규정되었다.

마. 사전열람 후 추가의견

 1) 조사청은 ○○○이 2019.8.1. 매매대금을 1,070백만원으로 하여 교환부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 2019.11.11. 소유권이전등기를 하였음에도, 청구인과 ○○○이 2021.4.2. 쟁점계약을 체결하면서 ○○○이 1년 8개월 전에 계약한 취득가액과 동일하게 평가하였다면서 그 근거로 ○○○이 교환부동산의 취득 및 양도 시 수수한 각 세금계산서의 건물 공급가액이 325,255,443원으로 동일하다고 주장하나, 청구인이 2021.4.29. ○○○으로부터 교부받은 세금계산서에는 조사청의 주장과 달리 건물 공급가액이 157,312,527원으로 기재되어 있는 바, 조사청의 주장은 설득력이 부족하다.

 2) 만약 조사청의 주장과 같이 ○○○이 교환부동산을 보유한 기간 중에 가격상승 요인이 있었음에도 불구하고 이를 무시하고 ○○○의 취득가액과 교환가액을 동일하게 평가하여 교환하였다면, 이는 교환당사자가 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하였다는 사실을 명백하게 뒷받침 하는 것이다.

 3) 시가감정을 거쳐 자산가액을 평가하지 않았음에도 실지양도가액으로 인정받은 사례라면서 조사청이 제시한 사건들의 사실관계를 살펴보면, 시가감정을 거치지 아니하였지만 당사자들이 평가한 가액을 진정한 가액으로 인정할 수 있을 정도로 특별한 사정이 있는 경우에만 예외적으로 인정한 것으로 확인된다.

 4) 한편 행정심에서는 교환대상 목적물의 실지거래가액을 인정하였으나, 법원에서는 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하라고 판시한 사례도 다수 발견되고 있다.

 5) 청구인은 쟁점계약 체결 전 ○○○으로부터 교환부동산을 임차하여 사용한 사실이 없다. 조사청은 ○○○이 제출한 2019.2기 부동산임대공급가액명세서 및 2019년 귀속 대차대조표에 의하면, 2019.12.3. 청구인에게 교환부동산을 보증금 3천만원, 월세 2백만원에 임대한 것으로 확인된다고 주장하나, 청구인은 ○○○으로부터 교환부동산을 임차하여 사용하거나 보증금 및 월세를 지급한 사실이 없으며, 관련 매입세액을 공제받지도 아니하였다.

 6) 결론적으로 이 사건의 경우 교환대상 목적물의 객관적 가액평가를 기준으로 한 가치적 교환을 한 것이라고 볼 수 없는 바, 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 매매사례가액, 2이상 감정기관의 감정평가액이 확인되지 않는 경우 기준시가를 적용하여야 한다. 따라서 조사청이 쟁점부동산 실지양도가액을 4,200백만원으로 결정한 이 건 세무조사결과통지는 위법·부당하므로 이 사건 과세전적부심사청구는 채택되어야 한다.

3. 조사청 의견

가. 쟁점부동산의 실지거래가액은 4,200백만원이다.

 1) 청구인은 실지거래가액이 확인되지 않는 단순교환에 해당하여 양도가액은 쟁점부동산의 기준시가로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점계약에서 쟁점부동산 평가액은 1,430,065,280원으로, 교환부동산의 평가액은 611,911,500원으로 기재하여 차액은 818,153,780원임에도 교환대금을 3,130,000,000원으로 하였다.

 2) ○○○은 쟁점부동산을 담보물건으로 금융기관에 교환대금 지급을 위한 대출을 신청하였고, 금융기관은 감정평가법인에 쟁점부동산 감정평가를 의뢰하였다. 감정평가 기준시점·조사기간은 2021.3.16.이고 작성일은 2021.3.17.이며 감정평가액은 4,555,265,800원으로 확인된다. 감정평가법인이 제시한 임대차내용확인서에 청구인이 소유자 자가 사용 중으로 자필 확인 및 서명한 내용이 확인되는 바, 쟁점계약일인 2021.4.2. 이전에 청구인과 ○○○은 쟁점부동산에 대한 감정평가액이 존재한다는 사실을 인지한 것으로 판단된다.

 3) 교환부동산은 ○○○이 2019.11.11. 1,070백만원에 매입한 사실이 등기사항전부증명서에 의하여 확인되고 쟁점계약일로부터 불과 1년 5개월 전의 실지거래가액으로 교환대금 협상 시 기준금액이 형성된 것으로 보이며 ○○○이 매입 시 수취한 세금계산서 상 건물가액은 325,255,433원이고 2021.4.30. 청구인에게 양도될 때 역시 ○○○이 청구인에게 취득 시 공급가액과 동일하게 325,255,433원의 세금계산서를 발행한 것이 2021.1기 부가가치세 신고서에서 확인되는 바(청구인의 금융거래내역에 의하면 세금계산서 합계표 제출 불성실 가산세 및 과소신고·납부지연 가산세를 포함한 건물분 부가가치세 33,527,390원을 별도로 부담한 것이 확인된다), 교환부동산의 양도가액은 취득가액과 동일한 금액인 1,070백만원으로 평가되어 교환되었을 것으로 판단된다.

 4) 위와 같이 쟁점계약 전에 쟁점부동산에 대한 시가감정이 존재하였고, 교환부동산의 1년 5개월 전의 실지거래가액이 존재하여 쌍방 사이에 교환가액 기준이 형성되어 있고 교환대금 3,130백만원을 산정하여 정산절차를 거친 교환거래로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 있는 경우이며 ｢부가가치세법｣ 제29조 제9항의 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’와 같이 ○○○의 세금계산서합계표 상 공급가액이 취득 시 공급가액과 같아 교환부동산의 양도가액이 1,070백만원으로 보이므로 쟁점부동산 양도가액은 현금 3,130백만원을 합한 4,200백만원으로 봄이 타당하다. 따라서 단순교환으로 보고 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 기준시가 14억여원을 양도가액으로 산정하여야 한다는 청구인의 의견은 받아들일 수 없다.

나. ○○○은 쟁점부동산 취득목적으로 교환부동산을 취득하였다.

 1) ○○○이 2023.10.18. 작성한 진술서에 의하면 ○○○은 2007년부터 건설업을 영위하였고 주택신축판매업을 주요 사업으로 하고 있으며 쟁점부동산 인접 토지를 2016년부터 구입하여 복합시설신축공사(지하 3층 지상 17층 오피스텔, 공사기간 2019.10월∼) 중이다. ○○○은 2016년부터 청구인에게 쟁점부동산 매도를 권유하였으나 쟁점부동산은 청구인이 2008년 부친으로부터 증여받고 부친이 영위하던 도매업을 인수받아 사업장으로 사용하던 곳으로, 계속 사업을 원했던 청구인의 의사로 거래가 거절되어 왔다.

 2) 복합시설신축공사가 시작되고 지하3층 기초공사 진행 중 청구인의 쟁점부동산 건물에 균열이 발생하여 균열과 붕괴 위험 등으로 소송에 이르게 되는 상황이 발생하였다. 청구인과 ○○○의 갈등 상황에서 쟁점부동산 거래 협상이 구체화되었다. 청구인과의 면담 등에 의하면 청구인은 새로운 사업장을 찾아보았으나 적절한 부지를 찾지 못하였다고 한 정황에 비추어 볼 때 거래 성사 시 이전할 사업부지가 정해지는 것이 중요한 것으로 보인다. ○○○은 2019.8.1. 교환부동산 매입계약을 체결하고 2019.11.11. 등기하였다.

 3) ○○○의 교환부동산 취득 경위는 ① 전체매입가액 1,070백만원 중 325백만원이 건물가액인 부동산을 부동산 시세차익을 위하여 매입하였다는 진술을 신뢰할 수 없는 점, ② 교환부동산 매입 직후 부동산임대공급가액명세서 상 2019.12.3. 청구인에게 보증금 30백만원, 월세 2백만원에 임대한 이력이 나타나는 점, ③ ○○○은 이를 착오신고라고 주장하나 구리공장 2019년도 말 대차대조표 상 부채에 임대보증금 30백만원이 신고된 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점부동산 취득을 위하여 교환부동산을 취득한 것으로 보인다. 따라서 당초에 교환부동산 취득 목적이 쟁점계약을 위한 것으로 보이므로 교환부동산의 양도가액은 1,070백만원으로 봄이 타당하다.

다. 시가감정에 준하는 평가절차를 거쳤다면 그 평가액을 실지양도가액으로 인정할 수 있어 단순교환에 해당한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

 1) 교환거래의 경우 그것이 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 ‘교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 경우’에는 실지양도가액을 확인할 수 있는 경우로 볼 수 있고, 이는 예시적인 것으로 보아야 하며 반드시 시가감정을 거쳐 자산가액을 평가하지 않더라도 당사자가 평가한 가액이 허위나 가공의 가액이 아니라 진정한 가액임을 확인할 수 있는 절차를 거쳤다면 그 평가액을 실지양도가액으로 인정할 수 있는 것이다.

 2) 청구인은 양도소득세 집행기준 96-0-2를 인용하며 쟁점부동산과 교환부동산은 시가 감정 등이 없이 교환 당사자들이 각 교환목적물의 가액을 임의로 평가하여 상호간에 그 차액을 정산한 것이므로 단순교환에 해당하여 실지거래가액을 확인할 수 없다고 주장하나, 이는 예시적인 것으로 보아야 하며 교환계약 시 쟁점부동산에 대한 감정평가액이 존재하고 1년 5개월 전에 취득한 교환부동산에 대한 실지취득가액이 확인되는 등 교환가액 기준이 형성된 상태에서 교환대금 3,130백만원을 현금지급하기로 정산절차를 거친 쟁점계약은 시가 감정에 준하는 평가절차를 거쳤다고 할 것이며, 조사청이 확인한 쟁점부동산 실지거래가액 4,200백만원은 감정평가액 4,555백만원과 유사하여 허위나 가공의 가액이 아니라 진정한 가액으로 보아야 한다.

 3) ｢소득세법｣ 제96조의 연혁을 보면 2006.12.31. 양도분까지는 기준시가 과세가 원칙이었으나 법령 개정(2007.1.1.) 이후 양도분부터는 모든 자산에 대해 실지거래가액에 의하여 양도가액을 계산하도록 규정되어 있다. 청구인이 인용한 양도소득세 집행기준 96-0-1은 납세자의 신고 시 취득가액은 실지거래가액이 원칙이지만 실지거래가액이 불분명한 경우 매매사례가액 등으로 신고 가능하다고 규정하면서도 양도가액은 실지거래가액으로만 신고하도록 규정하고 있다. 따라서 청구인이 실지거래가액을 면밀히 확인하여 실지거래가액 확인이 불가능한 경우에만 예외적으로 기준시가로 양도가액을 신고할 수 있다.

 4) 교환대금이 3,130백만원인 고액의 부동산 교환계약을 하면서 각각의 부동산평가액을 기준시가로 기재한 것은 조세부담을 줄이기 위한 노력으로 보이고, 각각의 부동산에 대한 평가없이 교환대금을 산정하였다는 청구인의 주장은 상식적으로 불가능한 것으로 보이며 청구인의 주장과 같이 당사자들이 임의평가하여 교환대금을 산정하였다면 그 평가액이 허위나 가공의 것이 아닌 한 실지거래가액이라 할 것인데, 청구인은 평가액과 교환대금 산정과정 등에 대하여 기억이 나지 않는다고만 진술하고 있어 실지거래가액에 대한 진술을 회피하고 있는 것이지 실지거래가액의 확인이 불가능한 경우가 아니므로 실지거래가액으로 양도가액을 경정해야 한다.

 5) “실지거래가액”이란 자산의 양도 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거애한 가액으로서 해당 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말하는 것으로, 쟁점부동산 교환대가로 청구인이 취득한 것은 금전 3,130백만원과 교환부동산 가액 1,070백만원으로 실지거래가액은 4,200백만원이다. 금전 3,130백만원은 금융자료 등 소명자료에 의해 확인되고 교환부동산의 교환 당시 가액은 ○○○의 부가가치세 신고 시 제출한 세금계산서합계표 등에 의하여 취득가액과 동일하게 평가되어 거래된 것으로 확인된다.

 6) ｢소득세법｣ 제114조 제7항에 의하면 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당자산의 양도 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액을 추계조사하여 경정할 수 있다고 규정하고 있으나 쟁점계약은 금융자료, 세금계산서합계표 등 증명자료에 의하여 실지거래가액이 4,200백만원으로 인정되어 추계조사대상이 아니다.

라. 청구인 항변서에 대한 추가의견

 1) 실지거래가액을 4,200백만원으로 볼 수 없다는 항변에 대한 추가의견

  가) ｢소득세법｣ 제96조에 의하면 양도가액은 실지거래가액에 따라야 하고, 동법 제88조 제5호에 의하면 실지거래가액이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 쟁점계약으로 청구인은 현금 3,130백만원과 교환부동산을 취득한 바, 쟁점부동산 양도가액은 현금 3,130백만원에 교환부동산의 실지거래가액을 합하여 경정하여야 한다.

  나) 청구인은 “거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 각 물건에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액 상의 차이에 대하여 금전의 보충지급 등 정산절차를 수반한 때에는 그 실지양도가액을 파악할 수 있다고 할 것이나, 그렇지 아니한 단순한 교환의 경우에는 그 실지거래가액은 파악할 수 없는 것이라고 할 것이다”(대법원 1994.12.9. 선고 94누6840 판결)라는 법리를 오해하여 쟁점교환을 단순교환이라 주장하고 있다.

  다) 그러나, “목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 각 물건에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액 상의 차액에 대하여 금전의 보충지급 등 정산절차를 수반한 때의 경우는 예시적인 것으로 보아야 하고, 당사자 사이에 반드시 시가감정을 거쳐 자산의 가액을 평가하지 않았다고 하더라도 당사자가 평가한 가액이 허위나 가공의 가액이 아니라 진정한 가액임을 확인할 수 있는 절차 즉, 시가감정에 준하는 평가절차를 거쳤다면 그 평가액을 실지양도가액으로 인정할 수 있다고 하여야 할 것이다”(수원지방법원 2019.7.17. 선고 2018구단7345 판결)라는 판결요지와 같이,

  라) 쟁점계약은 ① 교환계약 시 청구인과 ○○○이 쟁점부동산에 대한 감정평가가 있었다는 것과 교환부동산에 대한 실지취득가액이 1,070백만원이라는 것을 인지한 상태였다는 점, ② 쌍방이 교환대금으로 3,130백만원을 산정하여 정산절차를 거친 것은 교환대상 목적물의 평가액을 감정가액이나 시장가격 등 객관적 금전가치에 의하여 정한 후 교환대금을 산정한 것으로 판단해야 한다는 점에 비추어 시가감정에 준하는 평가절차를 거친 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 있는 교환거래에 해당함을 확인할 수 있다.

  마) 고액 부동산을 교환하면서 ○○○이 임의평가하여 제시한 교환대금으로 교환이 이루어졌다는 청구인의 주장은 이해하기 어렵고 ○○○이 어떻게 평가하여 교환대금이 산정되었는지에 대한 계약당사자들의 설명이 있어야 ○○○의 평가가 임의평가인지 여부를 확인할 수 있다고 할 것이다.

  바) 청구인은 교환당사자가 아닌 금융기관이 의뢰하여 나타난 1개의 감정평가액은 담보목적으로 평가된 것이 불과하다고 항변하고 있으나, 조사청은 교환부동산이 1년 5개월 전 실지취득가액이 존재하고 쟁점부동산도 쟁점계약 체결 전에 감정평가액이 존재하여 각 부동산의 평가액 산정의 기초, 즉 교환가액의 기초가 형성된 상태에서의 교환계약이라는 점을 입증한 것이다. 교환가액의 기초가 형성된 상태에서 교환대금 3,130백만원을 산정한 것은 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 것으로 판단된다는 것이다.

  사) 청구인은 조사청이 쟁점부동산 양도가액을 교환부동산 취득가액 1,070백만원과 교환대금 3,130백만원을 합하여 임의로 산정하였다고 항변하나, ○○○의 세금계산서합계표에 의하여 취득할 때와 양도할 때의 건물의 부가가치세 과세표준이 동일하였다는 점과 ○○○이 청구인에게 교환부동산을 임대한 점으로 ○○○이 쟁점부동산 취득을 위하여 교환부동산을 취득한 정황이 입증되어, 실지거래가액 산정의 기초가 되었다고 보는 것이다.

  아) 청구인은 교환부동산의 개별공시지가가 상승하였기에 1년 5개월 전 취득가액을 실지거래가액 산정의 기초로 볼 수 없다고 주장하나, 사실관계의 대부분은 청구인이 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 조사청이 입증하기 곤란한 경우가 있으므로 청구인이 교환부동산의 토지를 취득가액과 달리 평가하여 호가 및 평가액을 산정하였다고 주장한다면 이를 받아들이겠다.

 2) 조사청 제시 사례의 사실관계가 이 사건과 다르다는 항변에 대한 의견

  가) 청구인은 조세심판원 심판례(조심2020서8297, 2021.6.3.)가 시가감정이 없었더라도 거래 등이 투명하여 당사자들이 평가한 가액을 실지거래가액으로 인정한 것으로 보인다고 주장하나, 대법원은 “교환계약서에 기재된 가액은 시가 감정이 없더라도 실제로 당사자들이 약정한 금액임을 충분히 인정할 수 있으므로 그 금액을 이 사건 부동산의 실지거래가액으로 봄이 타당하다(시가 감정이 없다고 하여 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없음)”(대법원 2017.7.10. 선고, 2014두5620 판결)라고 판시하고 있고,

  나) 조세심판원은 “부동산을 교환하면서 상호간 평가액으로 거래되었고 교환대상 부동산 간 평가차액에 대하여 정산이 이루어졌다면 교환거래 당시 양 당사자간에 합의된 평가액을 기준으로 실지거래가액을 산정하는 것이 타당하다”(조심2011중1512, 2011.7.20.)라고 하였으며, “부동산을 교환함에 있어 교환대상 부동산에 대한 상호간의 평가액에 따라 거래가 이루어지고 교환대상 부동산 간의 평가차액에 대하여 정산이 이루어졌다면 양 당사자 간에 합의된 평가액을 기준으로 실지거래가액을 산정하는 것이 타당하다”(조심2009전3416, 2009.12.9.)라고 하였다.

  다) 위 판례 및 심판례와 같이 쟁점계약은 정산절차를 거친 교환거래로서 충분히 인정할 수 있는 약정된 금액인 상호 간 평가액을 교환계약서에 기재하여 실지거래가액을 산정할 수 있음에도 청구인은 교환계약서에 각 물건의 평가액을 교환대금과 무관한 기준시가로 기재하여 실지거래가액 파악을 어렵게 하였다. 고액의 부동산을 교환하면서 각 물건에 대한 상호 간 평가액이 없이 교환대금 3,130백만원을 산정하였다는 것은 평가액을 숨기려는 의도 외에는 달리 해석되지 않는다.

  라) 청구인은 항변서에 수원지방법원 판례(수원지방법원 2018구단7345, 2019.7.17. 선고)를 인용하면서 교환계약을 체결하기 위하여 약 3개월 전에 감정평가를 하였고 교환계약 36억원이 감정가액과 비교해 보더라도 부당하지 아니한 점이 있다고 기재하였으나, 판례내용은 교환계약체결일 약 4개월 전에 감정평가가 있었고 평균감정가액은 21억여원이나 교환가액 기준이 형성되어 있엇고 개발과정을 거쳐 시가 상승이 예상되는 상황으로 36억원을 실지거래가액으로 인정한 것으로 기재되어 있다.

  마) 청구인은 쟁점계약이 교환당사자인 청구인과 ○○○이 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 한 사실이 없는 등의 사유로 단순교환이라고 주장하나, 청구인은 단순교환을 오인하고 있는 것으로 판단된다.

  바) 청구인은 금융기관이 의뢰하여 산출된 감정평가액 4,555백만원과 조사청이 결정한 실지거래가액 4,200백만원이 355백만원 차이가 나는 등의 사유로 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 주장하나, 교환계약서 상 교환대금 3,130백만원과 ○○○의 부가가치세 신고서 상의 공급가액 등 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 교환부동산의 실지거래가액이 1,070백만원으로 인정된다.

  사) 조사청이 양도소득세 집행기준 96-0-1을 의견서에 인용한 것은 청구인이 동 집행기준 96-0-2를 인용하여 강조한 것에 대한 반박으로 납세자의 신고 시 양도가액은 실지거래가액만으로 신고하도록 하고 있으며, 과거 ｢소득세법｣ 제96조 제2항이 개정되기 전에는 예외적으로 기준시가로 신고하도록 하였으나 2016.12.20. 동조 제2항은 삭제되어 쟁점계약이 귀속된 2021년에는 기준시가로 신고할 수 있는 법적 근거가 없다.

  아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면 쟁점계약은 정산절차를 거친 실지거래가액을 확인할 수 있는 교환거래로서 양도가액을 실지거래가액인 4,200백만원으로 경정한다는 세무조사결과통지는 정당하며 기준시가로 신고할 수 있다는 법적 근거도 없이 실지거래가액을 의도적으로 숨기며 쟁점부동산의 기준시가를 양도가액으로 주장하는 청구인의 주장은 이유 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

실지거래가액이 불분명하여 양도가액은 기준시가로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 소득세법 제88조【정의】(2020.12.19. 법률 제17757호로 개정된 것)

 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

 2) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 3) 소득세법 제96조【양도가액】(2020.12.19. 법률 제17757호로 개정된 것)

  ① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

  ② 삭제<개정 2016.12.20.>

 3-1) 소득세법 제96조【양도가액】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것)

  ① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

  ② 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

 3-2) 소득세법 제96조【양도가액】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

  ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

 4) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】(2020.12.19. 법률 제17757호로 개정된 것)

  ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

 5) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

  ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

  ⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  ⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

  ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 5-1) 소득세법 시행령 제176조의2【추계결정 및 경정】(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것)

  ① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

   2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

  ③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.

   1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

   2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

   3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

   4. 기준시가

다. 사실관계

 1) 신고내용과 경정내역 비교(생략)

 2) 부동산교환계약서(생략)

 3) 쟁점부동산 등기부등본(생략)

 4) 교환부동산 취득가액(생략)

 5) 금융기관 의뢰 감정평가표(생략)

라. 판단

 1) 관련 법리

  가) 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 그렇지 아니한 단순한 교환인 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 해야 할 것이다(대법원 1994.12.9. 선고 94누6840 판결 참조).

  나) ‘교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등’의 경우는 예시적인 것으로 보아야 하고, 당사자 사이에 반드시 시가감정을 거쳐 자산의 가액을 평가하지 않았다고 하더라도 당사자가 평가한 가액이 허위나 가공의 가액이 아니라 진정한 가액임을 확인할 수 있는 절차 즉, 시가감정에 준하는 평가절차를 거쳤다면 그 평가액을 실지양도가액으로 인정할 수 있다고 하여야 할 것이다(수원지방법원 2019.7.17. 선고 2018구단7345 판결).

  다) 교환대상 목적물에 대한 시가감정이 없더라도 실제로 당사자들이 평가한 가액을 진정한 가액으로 인정할 수 있는 경우에는 그 금액을 부동산의 실지거래가액으로 인정할 수 있다고 할 것이고, 쟁점토지에 대하여 감정평가를 하지는 않았으나, 양도인들이 양수법인들과의 합의에 따라 쟁점토지를 양도하고 그 대가로 교환토지 및 금전을 지급받았다면 쟁점토지의 양도가액은 ‘교환토지의 가액에 금전을 합한 금액’이라 할 것이다(조심 2020서8297, 2021.6.3. 참조).

 2) 실지거래가액이 불분명하여 양도가액은 기준시가로 보아야 하는지에 대한 판단

  가) 관련 법리와 앞서 살핀 사실관계 및 다음과 같은 사정에 비추어 조사청이 주장하는 4,200백만원을 실지양도가액으로 보기 어렵다.

 ①교환대상 목적물에 대한 시가감정이 없더라도 실제로 당사자들이 평가한 가액을 진정한 가액으로 인정할 수 있는 경우에는 그 금액을 부동산의 실지거래가액으로 인정할 수 있다고 할 것이나, 조사청이 주장하는 4,200백만원은 교환부동산 가액을 1,070백만원으로 산정할 근거가 없어 인정할 수 없다.

   ② 다만, ○○○이 복합시설신축공사와 관련하여 쟁점부동산에 발생할 피해에 대하여 청구인과 논의한 결과 이를 해결하기 위하여 쟁점거래에 이르게 된 점과 감정평가서 작성일이 2021.3.17.이고 기준시점이 2021.3.16.이며 쟁점계약은 2021.4.2. 체결된 점에 비추어 볼 때, 쟁점계약을 체결하기 전에 이미 쟁점부동산의 감정평가액이 산출되어 있었으므로 쌍방 사이에 객관적 교환가액 기준이 형성되어 있었으며, 이에 따라 교환된 부동산 간의 가치 차이 3,130백만원을 정산한 절차를 거친 것으로 보인다.

 ③ 부동산 교환계약서 상 확인되는 교환대금 3,130백만원이 청구인이 신고한 쟁점부동산 양도가액 1,430백만원을 현저히 초과함에도 교환대금에 더하여 교환부동산을 받았다고 하여 실지거래가액이 불분명하다고 주장하는 것은 청구인이 양도가액을 실지거래가액으로 신고할 의무가 있음에도 실지거래가액을 은닉하고 양도소득세를 회피하려는 목적 외에는 달리 합리적인 이유가 없다.

  나) 따라서 쟁점부동산의 실지거래가액을 파악하기 위하여 교환부동산 가액에 대한 객관적 근거, 거래상대방의 쟁점부동산 관련 신고내역 등의 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 다시 계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.