1. 사실관계

○ 신청인들은 ’15.00.00부터 대구광역시 00구에서 일반병원을 운영하는 공동사업자로

 -’24.1.2. 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세등 감면신청의 세액공제 한도를 공동사업자별 2억원으로 적용하여 경정청구 신청함

2. 질의요지

○감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세등 감면 신청시 공동사업장의 경우 세액감면 한도 적용방법

3. 관련법령

○소득세법 제1조의2 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 5. "사업자"란 사업소득이 있는 거주자를 말한다.

○소득세법 제2조 【납세의무】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

 1. 거주자

○소득세법 제43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다.

○소득세법 제87조 【공동사업장에 대한 특례】

① 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

② 제81조, 제81조의3, 제81조의4, 제81조의6 및 제81조의8부터 제81조의11까지의 규정과 「국세기본법」 제47조의5에 따른 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다. <개정 2010.12.27, 2012.1.1, 2019.12.31>

③ 공동사업장에 대해서는 그 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조제1항 및 제168조를 적용한다.

④ 공동사업자가 그 공동사업장에 관한 제168조제1항 및 제2항에 따른 사업자등록을 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동사업자(출자공동사업자 해당 여부에 관한 사항을 포함한다), 약정한 손익분배비율, 대표공동사업자, 지분ㆍ출자명세, 그 밖에 필요한 사항을 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑤ 제4항에 따라 신고한 내용에 변동사항이 발생한 경우 대표공동사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 변동 내용을 해당 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 공동사업장에 대한 소득금액의 신고, 결정, 경정 또는 조사 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 제99조의11 【감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면】

① 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따른 감염병의 확산으로 피해가 발생하여 「재난 및 안전관리 기본법」 제60조에 따라 선포된 특별재난지역에 선포일 당시 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)을 둔 중소기업에 대해서는 2020년 6월 30일이 속하는 과세연도에 감면대상사업장에서 영위하는 사업(부동산 임대 및 공급업 등 대통령령으로 정하는 사업은 제외한다)에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제1호의 감면비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제2호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다.

 1. 감면비율: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

  가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 경영하는 감면대상사업장: 100분의 60

  나. 소기업을 제외한 중소기업이 경영하는 감면대상사업장: 100분의 30

 2. 감면한도: 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  가. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우: 2억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)

  나. 그 밖의 경우: 2억원

② 제1항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제99조의10【감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면】

① 법 제99조의11제1항 각 호 외의 부분에서 "부동산 임대 및 공급업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다. <개정 2021.2.17>

 1. 부동산 임대 및 공급업

 2. 부동산 감정평가업

 3. 사행시설 관리 및 운영업

 4. 법무관련 서비스업

 5. 회계 및 세무관련 서비스업

 6. 통관 대리 및 관련서비스업

 7. 「도선법」에 따른 도선업

 8. 「건축사법」 제23조에 따라 신고된 건축사사무소를 운영하는 사업

 9. 「의료법」 제3조제2항제1호에 따른 의원급 의료기관을 운영하는 사업. 다만, 다음 각 목의 요건을 모두 충족하는 의원ㆍ치과의원 및 한의원을 운영하는 사업은 제외한다.

 가. 해당 과세연도의 수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 「국민건강보험법」 제47조에 따라 지급받는 요양급여비용이 차지하는 비율이 100분의 80 이상일 것

 나. 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하일 것

 10. 수의업

 11. 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시한 「블록체인기술 산업분류 고시」에 따른 블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업

 12. 금융 및 보험업(「소득세법 시행령」 제137조제1항제1호에 해당하는 경우는 제외한다)

② 법 제99조의11제1항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

③ 법 제99조의11제1항을 적용할 때 상시근로자란 같은 항에 따른 감면대상사업장에서 근무하는 근로자로서 그 범위에 관하여는 제23조제10항을 준용한다.

④ 법 제99조의11제1항을 적용할 때 상시근로자의 수 및 계산방법에 관하여는 제23조제11항부터 제13항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 법 제99조의11제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받으려는 중소기업은 같은 조 제3항에 따라 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.