[주 문]

OO세무서장이 2023.2.9. 청구인들에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 각 부과처분은 서울특별시 강남구 OOO 전 1808㎡의 11분의 2 지분 중 청구인들이 소유한 지분에 대하여 「조세특례제한법」제69조 제1항에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인 A과 B(이하 “청구인들”이라 한다)은 부친 C가 2010.10.29. 사망함에 따라 서울특별시 강남구 OOO 전 1808㎡(이하 “상속농지”라 한다)를 청구인들의 모친 D과 누이 E와 함께 각각 1/4 지분씩 상속받았고, 상속농지가 2020.12.22. 서울특별시에 수용된 후 청구인들은 2021.2.21. 상속농지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액 OOO원을 각각 적용하여 양도소득세를 신고 납부하였다.

한편, 피상속인은 1969.1.15. 피상속인의 부친 사망으로 상속농지 중 11분의 6 지분을 취득하였고, 1999.7.21. 피상속인의 모친 사망으로 상속농지 중 11분의 2 지분(이하 “쟁점농지”라 한다)을 취득하였으며, 2008.4.30. 피상속인의 누이들로부터 증여를 원인으로 상속농지 중 11분의 3 지분을 취득하였다.

나. 처분청은 2022.10.7.부터 2022.10.26.까지 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인들이 상속받은 농지를 1년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 세액감면을 부인하고 양도소득세를 과세하겠다는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.

다. 청구인들은 2022.11.28. 처분청에 과세전적부심사청구를 하였고, 처분청은 청구인들이 상속농지를 상속받은 후 1년 이상 직접 경작한 것으로 판단한 후, 상속농지 중 피상속인이 1969.1.15. 취득한 11분의 6 지분은 피상속인의 자경기간과 청구인들의 자경기간을 통산하면 8년 이상의 자경요건을 충족한다며 청구주장을 채택하는 결정을 하였으나,

상속농지 중 11분의 5 지분(쟁점농지 포함)에 대하여는 피상속인의 취득일을 등기부상 소유권이전등기접수일인 2008.4.30.로 보아 피상속인의 자경기간과 청구인들의 자경기간을 통산하여도 8년 이상 자경요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 청구주장을 불채택하는 결정을 한 후, 2023.2.9. 청구인들에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각각 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2023.5.4. 이의신청을 거쳐 2023.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

처분청의 2023.1.10. 과세전적부심사 결정내용을 살펴보면, 처분청에서는 피상속인이 생전에 상속농지를 직접 자경한 사실을 시인하고 청구인들이 상속농지를 상속개시일 후 1년 이상 직접 경작한 사실을 인정하여, 상속농지 중 피상속인이 1969.1.15. 취득한 11분의 6 지분에 대하여는 8년 이상 자경농지에 대한 세액감면 요건을 충족한 것으로 보아 청구주장을 채택하는 결정을 하였다.

반면, 처분청에서는 상속농지의 11분의 2 지분에 해당하는 쟁점농지에 대하여는 등기부상 소유권이전등기접수일인 2008.4.30.을 피상속인이 농지를 취득한 날로 보아, 2008.4.30.부터 피상속인의 경작기간을 계산한 결과 상속인들이 상속 이후에 1년 이상 자경한 기간을 통산하더라도 피상속인과 청구인들의 자경기간이 3년 6개월에 지나지 않아 8년 이상 자경요건을 충족하지 못한다는 이유를 들어 세액감면을 배제하는 처분을 하였다.

그러나 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제5호에서 상속으로 취득한 자산에 대하여는 “그 상속이 개시된 날”을 자산의 취득시기로 규정하고 있으므로, 피상속인이 피상속인의 모친 사망으로 인하여 취득한 쟁점농지에 대하여는 마땅히 상속개시일인 1999.7.21.을 취득시기로 보아야 하고 쟁점농지에 대한 피상속인의 자경 기간은 1999.7.21.부터 기산하여야 하며, 이에 따르면 피상속인과 청구인들의 경작기간이 8년 이상이 되므로 8년 이상 자경농지에 대한 세액감면 요건을 충족하게 된다.

그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점농지의 취득시기를 소유권이전등기접수일인 2008.4.30.로 보아 피상속인과 청구인들의 자경기간을 통산한 것이 8년에 미달한다고 하여 8년 자경 감면을 배제하였는바, 이는 자산의 취득시기에 관한 세법적용을 명백하게 잘못 적용한 결과로서 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 것이므로, 쟁점농지에 대하여 청구인들에게 8년 이상 자경 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인들은 쟁점농지를 직접 자경하였다고 주장하는 기간에 근로?사업소득금액이 계속?반복적으로 발생한 것으로 확인되고, 쟁점농지를 직접 경작함에 따른 농작물 수익을 신고한 사실도 나타나지 않으며 쟁점농지를 직접 경작한 사실도 확인되지 않는바, 「조세특례제한법」제69조에서 정한 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였다고 볼 수 없다.

처분청에서는 청구인들의 모친 D에 대한 세무조사 과정에서 D이 상속받은 농지에 대하여는 실제 D의 자경사실이 확인되어 8년 자경 감면을 인정한 사실이 있는바, 청구인들은 쟁점농지의 보유기간(2010년∼2020년) 동안 계속하여 근로소득과 사업소득이 발생한 근로ㆍ사업소득자로 모친 D이 쟁점농지를 경작하는 것을 도와주거나 주말농장 형식으로 일부 경작에 참여한 것으로 볼 개연성은 있을지 모르겠으나, 청구인들이 자신의 노동력을 1/2 이상 투입하여 농지를 직접 경작하였다고 볼 수는 없고 이는 자경농민에 대하여 조세부담을 덜어주고자 하는 감면규정의 입법취지에도 맞지 않는다.

청구인들이 세무조사 당시 제출한 비료ㆍ농약 등의 농자재 구입내역, 농지원부, 농업경영체등록증 등의 증빙서류는 피상속인이나 청구인들의 모친 D이 상속농지를 직접 경작한 사실을 나타내는 증빙자료에는 해당할 수 있지만 청구인들의 직접 경작사실을 입증하는 서류로는 볼 수 없다.

또한 청구인들이 쟁점농지를 직접 경작하였다면 당연히 농작물과 관련한 수입이 발생하여야 하나 이와 관련한 수입금액 신고내역 등도 확인되지 아니하므로 쟁점농지를 직접 경작하였다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

피상속인이 경작한 기간을 포함하여 쟁점농지를 8년 이상 경작하였으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 조세특례제한법

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (각 호 생략)

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

(4) 소득세법

제19조【사업소득】② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다.

제20조【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 “총급여액”이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다.

제24조【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(5) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

제208조【장부의 비치ㆍ기록】⑤ 법 제160조 제2항 및 제3항에서 “대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 「부가가치세법 시행령」 제109조 제2항 제7호에 따른 사업자는 제외한다.

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.

가. 농업ㆍ임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업(상품중개업을 제외한다), 제122조 제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 나목 및 다목에 해당되지 아니하는 사업 : 3억원

나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기ㆍ가스ㆍ증기 및 공기조절 공급업, 수도ㆍ하수ㆍ폐기물처리ㆍ원료재생업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외한다), 부동산 개발 및 공급업(주거용 건물 개발 및 공급업에 한정한다), 운수업 및 창고업, 정보통신업, 금융 및 보험업, 상품중개업 : 1억5천만원

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2021.2.21. 상속농지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액 OOO원을 각각 적용하여 양도소득세를 신고?납부하였다가 이후 이의재결로 인해 보상금이 증가되어 2021.8.31. 양도소득세를 수정신고?납부하였으며, 처분청에서는 청구인들에 대한 세무조사를 실시하고 청구인들의 과세전적부심사청구를 심리한 결과 상속농지 중 쟁점농지를 포함한 11분의 5 지분에 대하여는 8년 자경 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 세액감면을 일부 부인하고 청구인들에게 양도소득세 등을 경정ㆍ고지하였다.

＜표1＞ 청구인들의 양도소득세 수정신고내용 및 처분청 경정내역

○○○

(2) 피상속인이 피상속인의 모친 사망으로 취득한 쟁점농지의 부동산등기사항전부증명서 내용 등을 살펴보면, 등기원인은 1999년 7월 21일 협의분할에 의한 상속으로 기재되어 있고, 접수일은 2008년 4월 30일로 기재되어 있다.

처분청에서 과세전적부심사청구 심리과정상 종로1∼4동장으로부터 회신받은 피상속인 모친 F의 제적등본에 의하면, F는 1999.7.21. 사망한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 제출한 청구인들에 대한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건 중 거주 요건(농지소재지에 8년 이상 거주)과 농지 요건은 충족한 것으로 보았으나 경작요건(직접경작)은 불충족한 것으로 판단하였으며, 청구인들에 대한 처분청의 양도소득세 조사종결보고서 주요내용 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 조사종결보고서 주요내용

○○○

(4) 처분청에서 결정한 과세전적부심사결정서에 의하면, 아래 ＜표3＞과 같이 상속농지 중 피상속인이 1969.1.15. 취득한 11분의 6 지분에 대하여는 청구인들이 농지를 상속받은 후 1년 이상 경작한 것으로 보아 피상속인의 자경기간을 통산하여 8년 이상 자경 감면을 인정하였고,

상속농지 중 쟁점농지를 포함한 11분의 5 지분에 대하여는 피상속인의 농지취득일을 소유권이전등기접수일인 2008.4.30.로 판단하여 피상속인의 자경기간과 청구인들의 자경기간을 통산하여도 8년 이상 자경요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 청구주장을 불채택하는 결정을 하였다.

＜표3＞ 처분청의 과세전적부심사결정서 이유(판단) 부분 주요내용

○○○

(5) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인들과 모친 D의 주민등록내역은 다음과 같고, 청구인들과 모친이 거주한 ‘서울특별시 강남구 OOO’과 상속농지 사이의 직선거리는 350m 가량 되는 것으로 나타난다.

＜표4＞ 청구인들과 모친 D의 주민등록내역

○○○

(6) 청구인들이 세무조사 당시 쟁점농지의 자경과 관련하여 처분청에 제출한 증빙자료는 다음과 같다.

(가) 청구인들과 피상속인이 상속농지를 직접 경작하였다는 내용을 확인하는 내용의 마을 주민들의 확인서 3매를 제출하였다.

(나) 서울특별시 강남구 OOO동장이 발급한 상속농지에 대한 농지원부에 의하면, 농업인은 청구인들의 모친으로 기재되어 있고, 청구인들과 모친 소유의 상속농지에서 채소를 자경한 것으로 기재되어 있다.

(다) 청구인들이 처분청에 제출하였던 OOO지점에서 발급한 거래자별 매출내역에 의하면, 2012.3.26.∼2020.4.22. 기간 동안 D은 퇴비, 전정기 등의 물품을 OOO원에 구입한 것으로 나타난다.

(라) 국립농산물품질관리원장이 2020.10.14. 발급한 농업경영체 등록(변경등록) 확인서상 경영주는 D이고 등록한 기간은 2014.10.16.부터 양도일까지 약 6년 2개월인 것으로 나타난다.

(마) 청구인들은 쟁점농지를 직접 경작하였다고 주장하며 쟁점농지에 대한 경작사진을 다수 제출하였다.

(7) 처분청은 청구인들은 쟁점농지의 보유기간 동안 계속하여 근로소득과 사업소득이 발생한 근로ㆍ사업소득자로 명백한 증거자료가 없는 한 직접 자경사실을 인정할 수 없다는 의견으로, 아래 ＜표5＞, ＜표6＞ 및 ＜표7＞과 같이 청구인들의 소득신고내용 및 사업자등록내역을 제출하였다.

＜표5＞ 청구인 A의 근로소득 신고내용

○○○

＜표6＞ 청구인 B의 근로ㆍ사업소득 신고내용

○○○

＜표7＞ 청구인 B의 사업자등록 내용

○○○

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건데, 처분청은 청구인들이 쟁점농지를 소유한 기간 동안 근로?사업소득이 계속적으로 발생한 근로ㆍ사업소득자로 쟁점농지를 직접 경작한 사실이 확인되지 않으므로 청구인들의 자경사실을 인정할 수 없다는 의견이나,

처분청의 과세전적부심사청구 결정서 등에 의하면, 처분청에서는 청구인들이 상속개시일 후 1년 이상 쟁점농지를 포함한 상속농지를 직접 자경한 것으로 보아 피상속인이 1969.1.15. 취득한 상속농지 중 11분의 6 지분에 대하여는 8년 이상 자경농지에 대한 세액감면을 인정하였고, 청구인들이 제출한 상속농지에 대한 농지원부 및 경작사진 등의 증빙자료를 살펴보면 청구인들이 상속농지를 상속개시일 후 1년 이상은 경작한 것으로 보이는 점, 처분청은 쟁점농지에 대하여는 피상속인이 이를 2008.4.30. 취득한 것으로 보아 2010.10.29. 사망시까지 피상속인의 경작기간은 2년 6개월경에 불과하고 청구인들이 쟁점농지를 1년 이상 직접 자경하였다 하더라도 「조세특례제한법」상 자경인정 제외기준 소득금액 등을 감안할 때 피상속인과 청구인들이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 것으로는 볼 수 없다고 판단하였으나, 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 상속으로 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날을 자산의 취득시기로 규정하고 있는바, 쟁점농지는 피상속인의 모친 F가 1999.7.21. 사망함에 따라 피상속인이 취득한 것으로 나타나므로 쟁점농지의 취득시기는 1999.7.21.로 보아야 하고, 「조세특례제한법 시행령」제66조 제11항에 따라 피상속인과 청구인들이 쟁점농지를 경작한 기간을 계산하면 8년 이상에 해당하는 점 등에 비추어, 청구인들은 쟁점농지에 대한 자경요건을 충족하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청은 쟁점농지 중 청구인들이 소유한 지분에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.