주 문
이 건 심사청구는 기각합니다.
이 유
1. 처분개요
가.청구인은 2004.11.3. ○○시 ○구 ○○동 **-* 외 2필지 대지 *,***㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ○○공사로부터 *,***,***,***원에 취득한 뒤 2009.6.16. 지상건물 *,***㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하였으며, 쟁점토지를 양도하기 직전 쟁점건물을 철거하고 2016. 2. 26. ㈜□□□□□에게 매매가액 *,***,***,***원에 양도하였으며, 2016. 4. 25. 양도소득세 예정신고 시 쟁점토지가 사업용 토지에 해당하고, 철거된 쟁점건물의 취득가액도 자본적 지출액에 해당한다고 보아 쟁점토지의 필요경비로 계상한 뒤 2016년 과세연도 양도소득세 ***,***,***원을 신고․납부하였다.
나. 처분청은 2016.7.중 청구인의 양도소득세 신고서를 검토하는 과정에서 쟁점토지의 일부면적(*,***.**㎡)이 일반건축물(영업용)의 기준 면적을 초과하여 재산세 종합합산과세대상으로서 비사업용토지에 해당되는 것으로 보아 2016.7.26. 비사업용 토지에 해당하는 세율을 적용하고 장기보유특별세액공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세 ***,***,***원을 과세예고통지하였으며, 2016.10.18. 청구인이 제기한 과세전적부심사청구가 불채택 됨에 따라 2016.11.1. 청구인에게 2016년 과세연도 양도소득세 ***,***,***원을 고지(이하 “1차 경정”이라 한다)하였다.
다. 처분청은 2020.8. 쟁점토지 양도시 필요경비의 적정여부 확인이 필요하다는 사유로 청구인을 양도소득세 조사대상자로 선정하였으며, 2020.9.10.부터 2020.9.29.까지 양도소득세 조사(이하“쟁점세무조사”라고 한다)를 실시한 뒤, 철거된 쟁점건물의 취득가액 ***,***,***원을 필요경비로 인정할 수 없다고 하여 2020.11.10. 필요경비를 부인하고 2016년 과세연도 양도소득세 ***,***,***원을 고지(이하“2차 경정”또는“쟁점부과처분”이라 한다)하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2020. 10. 19. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
가. 사실관계
○ 청구인은 2016.2.26. 쟁점부동산을 ㈜□□□□□에 양도하였는데, 매수자 측에서 건물을 신축해야 하므로 기존 건물의 멸실을 요구하여 청구인이 지상건물을 멸실하였으며, 청구인은 쟁점부동산의 양도가액과 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득금액을 계산하고 2016.4.30.양도소득세 ***,***,***원을 신고 납부하였다.
○ 처분청은 2016.9. 이 건 신고에 대하여 1차 세무조사를 하여 청구인이 신고한 토지의 일부가 비사업용토지에 해당한다고 보아 2016.11.30. 양도소득세 ***,***,***원을 청구인에게 부과 처분하여 이를 납부하였다.
○ 처분청에서는 1차 세무조사로부터 약 4년이 경과한 뒤 2차 세무조사를 실시하여 청구인에게 양도소득세 ***,***,***원을 부과처분하였다.
나. 조사권의 남용
○ 국세기본법 제81조의4 제1항 및 제2항에서 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 내에서 세무조사를 하여야 하며 다른 목적을 위하여 조사권을 남용해서는 아니되며, 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등이 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하면서 세무공무원의 조사권남용을 규제하고 있으나, 처분청은 동일 세목, 동일 건에 대하여 명백한 조세탈루혐의가 없음에도 중복조사를 하였으므로 납세자의 성실성 추정과 세무조사권 남용금지의 규정을 위배하였다.
다. 처분의 부당성
○ 처분청은 2020.9.10.부터 2020.9.29.까지 2차 세무조사를 실시하여 청구인이 당초 신고시 필요경비로 계상한 철거된 쟁점건물의 취득비용 ***,***,***원에 대하여 토지만을 양도하였기 때문에 필요경비로 인정할 수 없다고 하며 필요경비를 부인하고 양도소득금액을 재계산하여 양도소득세를 고지하였다.
○ 소득세 기본통칙 97-10【철거되는 건물의 필요경비 산입】에서는,“토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 철거된 잔설처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다. 다만 그 양도차익을 기준으로 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득 당시의 기준시가에 영 제163조 제6항 제1호의 금액을 가산한 금액을 양도자산의 필요경비로 산입한다” 라고 되어 있으며, 청구인은 이 통칙에 근거하여 건물취득과 부대비용을 필요경비로 계상하였으며, 처분청의 1차 세무조사에서도 이를 인정한 바 있다. 국세청에서 제정 고시한 기본통칙은 모든 세무공무원이나 납세자가 따라야 할 준거 규정인바, 이 규정에 의하여 성실하게 신고한 납세자의 성실납세행위를 부정한 채 세무공무원의 자의적인 법 해석으로 한 당해 처분은 부당하고 신의칙에도 어긋나므로 마땅히 취소되어야 한다.
○ 처분청은 청구인이 쟁점건물을 신축하여 임대용 건물로 사용하다가 양도 직전에 철거하고 나대지 상태로 2016.2.26. 양도하였다고 하나, 쟁점부동산의 매매계약일은 2015.11.16.이고, 쟁점토지 소유권 이전등기 접수일은 2016.2.26. 이며, 쟁점건물 철거 완료일은 2016.2. 24.이므로, 쟁점부동산 매매계약 당시에는 쟁점건물이 존재하였으며, 건물과 토지를 양도한 경우, 토지만을 대상으로 매매대금을 평가하고 건물가액은 사실상 매매가액에서 제외되는 것이 거래의 관행이고, 이 건 역시 매수자가 토지만을 이용할 목적으로 건물의 철거를 매도자인 청구인에게 요구하여 매매계약 체결 후 청구인의 책임 하에 건물을 멸실한 것일 뿐이므로 매매대상 목적물에 쟁점건물이 포함된 것이다.
○ 매수자가 계획 변경으로 매매계약 후 기존 건물을 그대로 사용한다고 하더라도 매도자가 받을 매매가액은 변동이 없을 것이므로, 양도한 건물에 대응되는 필요경비는 당연히 인정되어야 한다.
○ 청구인은 단지 건물의 평가액만을 매매가액에서 제외하였을 뿐 사실상 매수자의 요구에 의하여 매매계약 체결 후 건물을 멸실하였고, 양도자의 입장에서 토지와 건물을 함께 양도하였으므로 건물에 대응된 취득비용도 당연히 필요경비로 인정되어야 한다. 처분청은 쟁점토지와 별개의 자산인 쟁점건물을 취득가액은 원칙적으로 필요경비에 해당하지 않으며, 예외적으로 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지만을 이용하려는 목적이 명백한 경우에 한하여 필요경비에 산입할 수 있다고 주장하나, 이는 토지와 건물의 취득자 입장에서만의 해석으로 볼 수 있으며, 토지․건물의 양도자의 입장에서 살펴보면 토지와 건물을 함께 취득하여 건물의 사용기간의 장단기에 관계없이 토지취득자의 이용편의를 위하여 건물을 멸실한 경우로 해석되어야 한다.
○ 한편, 쟁점건물은 청구외 R○○이 2009년부터 임차하여 세차장, 식당, 마트 등의 용도로 사용하여 왔는데, 매수인이 쟁점부동산을 매도하지 않으면 안 될 부득이한 사정으로 수차례에 걸쳐 R○○에게 쟁점건물의 명도를 요구하였으나 불응하였고, 매수희망자가 쟁점건물의 명도와 멸실을 조건으로 계약하기를 원하는 불가피한 상황에서 부득이 매도자, 매수자, 임차인(R○○)의 합석 하에 특약사항을 체결하고 수 회에 걸쳐 R○○에게 이주비 명목으로 *억원(이하 “쟁점명도비”라한다)을 지급하였다. 이는 소득세법 시행령 제163조 제3항 제4호 및 동법 시행규칙 제79조 제1항 제2호 규정의 매매계약을 이행하기 위하여 부득이 하게 지출하지 않으면 안되는 비용으로서 궁극적으로는 쟁점토지에 대한 자본적 지출 또는 쟁점토지의 이용편의를 위하여 지출한 장애철거비용으로 보아야 할 것이므로 쟁점토지의 양도차익 계산시 필요경비로 인정함이 타당하다.
3. 처분청 의견
가. 청구인은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 중복조사를 하여「국세기본법」제81조의4【세무조사권의 남용금지】규정을 위반하였다고 하나, 당초 2016. 11월에 ‘1차 경정’고지한 건은 단순히 신고서 검토과정에 오류 내용이 확인되어「소득세법」제114조에 따라 경정고지한 건으로,「국세기본법」제2조에 따른 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다.
나. 청구인은 쟁점토지를 2004.11. ○○공사로부터 *,***백만원에 취득하고, 토지 취득 후 2009.4.부터 ㈜▤▤▤과 공사도급계약을 체결하고 소매점 등 일반 건물을 신축하여 임대용 건물로 사용하다가 양도직전에 건물을 철거하고 토지만을 2016.2.26. ㈜□□□□□에 양도하였는바, 중개대상물 확인서에 실제권리관계 또는 공시되지 않은 물건의 권리 사항란에‘위 지상물 있음’으로 기재되어 있으며,‘잔금 지불시까지 청구인 소유권 이외의 권리멸실 및 건축물 등 철거로 나대지 상태로 인도’하기로 명시되어 있어 실제 건물 철거 후 나대지 상태인 쟁점토지만 양도한 것으로 확인된다.
다. 한편, 청구인은 소득세법 기본통칙 97-10【철거되는 건물의 필요경비 산입】규정을 들어 철거된 쟁점건물의 취득가액이 필요경비에 해당한다고 주장하나,「소득세법」제97조 제1항에서 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는‘해당 토지와 관련된 취득가액, 자본적지출액, 양도비 등’을 규정하고 있어서 쟁점토지와 별개의 자산인 쟁점건물의 취득가액은 원칙적으로 필요경비에 해당하지 않으며, 예외적으로 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지만을 이용하려는 목적이 명백한 경우에 한하여 건물의 취득가액을 필요경비에 산입할 수 있는바, 청구인의 경우처럼 장기간 임대업에 사용하다 철거한 건물의 취득가액을 토지에 대응하는 필요경비로 인정하기는 어렵다.
라. 청구인의 경우와 유사한 건에 대한 최근 조세심판원 결정례(조심-2019-서-0160, 2019.6.13.)를 보더라도 양도일 전에 양도자의 책임하에 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우 건물의 취득가액을 토지에 대응하는 필요경비로 인정하기 어렵다고 판시하고 있다.
마. 따라서, 나대지 상태인 토지만을 양도한 것으로 확인되고, 쟁점건물의 취득가액은 쟁점토지의 양도가액에 대응되는 필요경비로 볼 수 없어 쟁점건물취득가액을 필요경비에서 차감하여 부과한 처분은 적법하게 이루어졌으며, 청구인의 주장은 이유 없으므로, 당초 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.
바. 청구인은 당초 양도소득세 신고시 임차인의 명도비를 필요경비에 산입하여 신고한 사실이 없고, 양도소득세 조사 과정에서도 임차인의 명도비에 대해 필요경비로 인정해줄 것을 요청한 적이 없다. 양도가액에서 공제하는 필요경비는 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 열거된 항목에 한하는 것으로, 쟁점토지 양도 당시 해당 법령에 근거한 국세청 질의회신(부동산거래관리과-676,2011.8.2.)과 사전답변(사전-2015-법령해석재산-0404, 2016.2.5.)에서는 부동산의 양도와 관련하여 임차인에게 지급한 보상금이나 이사비용 및 명도소송비용은 필요경비에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있으므로, 쟁점명도비를 쟁점토지의 필요경비로 인정하기 어렵다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점부과처분이 중복조사에 근거한 처분에 해당하여 위법 부당한 지
② (쟁점①기각시) 쟁점건물 취득가액을 쟁점토지 양도차익 계산 시 필요경비로 인정할 수 있는 지
③ (쟁점②기각시) 쟁점건물 명도비로 지출한 금액을 쟁점토지 양도차익 계산 시 필요경비로 인정할 수 있는 지
나. 관련 법령
1) 국세기본법 제2조【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.
2) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】
① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부 등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.
④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.
3) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
가. 제1항 제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. <개정 2010. 12. 27.>
④ 삭제 <2014. 1. 1.>
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2014. 1. 1.>
⑥ 삭제 <2014. 1. 1.>
⑦ 제1항 제1호 가목 본문을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우
2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우
4) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】[2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것]
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2.~ 2의2. (생략)
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
3의2. ~ 3의3. (생략)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 1998.4.1, 2000.12.29, 2005.2.19, 2007.2.28, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18>
1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세
나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
다. 공증비용, 인지대 및 소개비
라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용
4-1) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】[2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것]
⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세
나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
다. 공증비용, 인지대 및 소개비
라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용
5) 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산등】
① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. 「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용
2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용
3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비
4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액
5. 사방사업에 소요된 비용
6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용
다. 사실관계
1) 쟁점토지 등기전부사항증명서 및 쟁점건물 건축물대장 내역
○ 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2003.10.7. ○○공사로부터 매매를 원인으로 하여 2004.11.3.소유권 이전 등기하였으며, 2015.11.6. 매매를 원인으로 하여 2016. 2.26. (주)□□□□□에게 소유권을 이전한 사실이 나타난다.
○ 쟁점건물의 (말소)일반건축물대장에 따르면, 청구인은 2009.7.6. 쟁점토지 지상(대지위치 : ○○동 **-*, 대지면적 *,***.**㎡)에 쟁점건물을 소유권 보존등기 하였으며(2동, 3동은 2010.5.4. 소유자 등록), 2016.2.24. 철거에 따라 말소된 사실이 나타난다.
2) 청구인 등 사업자등록내역
○ 국세통합전산망에 따르면, 청구인은 2007.3.14. 쟁점부동산 소재지에서 부동산 임대업을 개업하였다가 2016.3.1. 폐업신고한 것으로 나타난다.
○ 청구인과 임차인 R○○과의 부동산임대차계약서에 따르면, 청구인은 2009.2.12. R○○에게 전세금 ***백만원, 월세 **백만원에 쟁점토지(계약 당시 대지 면적 *,***㎡, 건물면적 0㎡)를 임대하기로 계약한 사실이 나타나며,
- 국세통합전산망에 따르면, R○○은 2009.4.29. 쟁점부동산 소재지로 사업장을 이전하여 ☆☆☆☆☆(사업의 종류 : 소매/슈퍼, 소매/담배, 부동산/임대)를 운영하다가 2016.3.31. 폐업 신고한 사실이 나타난다.
3) 양도소득세 신고 및 경정내역(신고 양도물건 : 쟁점토지)
* 양도소득세 신고시 취득가액 및 필요경비 계산 상세명세
4) 청구인은 상기 양도소득세 신고 시 자본적 지출액과 관련된 증빙을 제출하였으며(주식회사 ▤▤▤의 ○○마트 신축공사 견적서*, 건물취득세 영수증, 정화조 부담분 영수증, 전기공사 및 소방공사 도급계약서), 동 금액의 적정여부에 대해서는 처분청과 청구인 사이에 다툼은 없다.
* 국세통합전산망에 따르면, 청구인은 쟁점건물 취득과 관련하여 2009년 제1기 부가가치세 신고 시 ☆☆☆로부터 사업용 고정자산을 매입(매입공급가액 ***,***천원)한 것으로 신고하였음
5) 국세통합전산망에서 청구인이 쟁점부동산 임대사업과 관련하여 종합소득세 과세표준 신고시 제출한 대차대조표를 조회한 결과, 2009년부터 2015년까지 유형자산가액 *,***,***,***원(토지 *,***,***,***원, 건물 ***,***,***원)과 임대보증금 ***,***,***원이 계상되어 있으며, 동 과세연도 중 쟁점건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 산입한 사실이 나타나지는 않는다.
6) 처분청의 세무조사 관련 내역
7) 부동산 매매계약서
○ 청구인은 2015.11.6. 쟁점부동산을 (주)□□□□□에게 매매대금 *,***백만원에 매도하는 계약을 아래와 같이 체결하였으며, 1. 부동산의 표시에서 토지 면적은 총 *,***㎡로 기재되어 있으나 건물 면적은 공란으로 나타나며, 총 매매대금 중 계약금 ***백만원은 계약시, 중도금 *,***백만원(명도비용 ***백만원은 매수자가 지불)은 2015. 12. 15., 잔금 *,***백만원은 2016.2.15. 지불하기로 한 사실이 나타난다.
8) 명도비 관련하여 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.
가) 공인중개사의「중개대상물 확인․설명서」 및 특약사항B
- ⑧번 실제권리관계 또는 공시되지 않은 물건의 권리사항에는‘위 지상물 있음(잔금지불시까지 청구인 소유권 이외의 권리멸실 및 건축물 등 철거로 나대지 상태로 인도)’라는 내용이 기록되어 있으며, 특약사항(B)에는 매수인, 매도인, 점유자(R○○) 및 중개사는 현재 점유하고 있는 ☆☆☆ 및 식당, 세차장을 2016.2.15.까지 완전 명도하기로 합의하였다는 내용이 나타난다.
나) 청구인은 2009.2.12. R○○과의 대지 임대차계약 당시 계약사항이행과 명도 등 후일에 대비하기 위하여 특약사항을 쌍방 합의하에 작성하였으며, 청구인은 R○○에게 당초 임대차 계약 당시의 합의와 약속을 이행할 것을 구두로 누차에 걸쳐 촉구하였으나 이행하지 않고 청구인에게 막대한 손해를 끼치게 됨에 따라 2015.9.17. 명도 소송 전단계로 계약사항 이행을 촉구하는 통고문을 송부하였다.
다) 장기간에 걸친 명도소송을 할 경우 발생할 수 있는 사업상 손해 등을 고려하여 청구인, 매수인, R○○ 합의하에 명도비를 *억원으로 하고 지급의무자를 청구인으로 하는 특약사항[상기 특약사항(B)]을 체결하였고, 2015.12.21. 위 합의한 금액을 계좌이체 및 자기앞수표 등으로 명도비 *억원과 전세보증금 반환금 *억원 합계 *억원을 지급하였다.
* 청구인은 2015. 12. 21. ***,***,***원을 R○○에게 수표로 지급하였다고 주장하면서 수표사본을 제출하였으나, 수표수취인이 R○○인지 여부는 확인되지 아니함
9) ‘1차경정’ 관련 과세전적부심사청구 진행상황안내문(청구일자 2016.9.1.) 중 처분청의 과세전적부심사청구에 대한 의견서
∙ 과세예고통지일자 : 2016.7.26., 과세예고통지서 수령일 : 2016.8.4.,
∙ 과세예고통지내용 : 2016귀속 양도소득세 예상고지세액 ***,***,***원
∙ 과세예고구분 : 과세자료
∙ 과세예고통지내용 : 쟁점토지에는 근린생활시설용도의 건물(마트, 음식점, 세차장)이 있었으며, 양도 직전인 2016.2.3. 건물을 철거하고 양도 당시는 나대지상태였음. 청구인은 쟁점토지를 영업용으로 사용하였다는 이유로 장기보유특별공제를 적용하여 신고하였으며, 이에 처분청은 쟁점토지 중 소득세법 제104조의3【비사업용토지의 범위】에 따라 비사업용으로 확인되는 일부 면적에 대해 양도소득세 ***,***,***원을 과세예고통지하였음
10) ‘1차경정’관련 양도소득세 결정결의서의 ‘결의서 요약 및 과세근거사유’에서,‘해당 물건지는 건물(영업용)이 있었던 토지(대지)로 재산세 부과가 종합합산적용부분에 대해서는 비사업용토지로 신청해야 하나 이를 사업용토지로 신고하여 이에 대해 고지하고자 한다(취득가액 혐의부분에 대해 현장확인 의뢰함)’는 내용이 나타나며, 처분청은 2020.7.20.~7.24. 까지 현장확인을 거쳐 2020.8. 조사전환 하였으며, 현장확인 종결보고서 상 조사자 의견은 다음과 같다.
- “건물을 본인이 철거한 후 양도한 건으로 건물에 대한 취득가액을 토지 양도에 대한 취득가액으로 차감하여 양도소득세를 탈루한 혐의가 있어 조사대상자로 선정하고 본 건 현장확인 종결하고자 합니다.”
11) 국세통합전산망에서 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 이력을 조회해 본바,‘2차경정’과 관련하여 2020.9.10.부터 9.29.까지 진행되었던 건 외에는 없는 것으로 나타난다.
라. 판단
1) 쟁점부과처분이 중복조사에 근거한 처분에 해당하여 위법 부당한 지
가) 관련법리
세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것이다. 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다. 그렇지만 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부・서류・물건 등을 검사・조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).
나) 쟁점부과처분이 중복조사에 근거한 처분에 해당하는 지
(1) 위 법리와 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점부과처분이 중복조사에 근거한 처분이므로 위법 부당하여 취소되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.
청구인은 처분청이 2016년 9월 중 1차 세무조사를 진행하여 2016.11.1. 청구인에게 양도소득세 ***,***,***원을 고지한 뒤 약 4년 뒤에 또다시 2차로 쟁점세무조사를 실시하여 이 건 양도소득세를 부과 처분하였다고 주장하고 있으나,
2016년에 있었던 1차 경정과 관련하여 청구인에 대한 세무조사 이력이 국세통합전산망에서 조회되지 아니하는 점, 청구인도 1차 경정이 세무조사에 따라 이루어진 것이라고 주장만 할 뿐 이에 대한 근거 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 1차 경정과 관련하여 2016.9.1. 청구인이 제기한 과세전적부심사청구 진행 과정에서 처분청이 청구인에게 발송한‘처분청 의견서’의 ‘과세예고구분’란에 ‘세무조사’가 아닌 ‘과세자료’라고 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때,
처분청의 1차 경정은 단순히 청구인의 양도소득세 신고서를 검토하는 과정에서 오류가 확인되어 경정 고지한 것으로 보이며, 질문조사권의 행사가 없는 단순 신고서 검토는 세무조사로 볼 여지가 없으므로, 처분청이 2020. 9.10.부터 2020.9.29.까지 실시한 쟁점세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하고 있는 재조사 또는 중복조사에 해당한다고 보기 어렵다.
(2) 따라서 처분청이 쟁점세무조사를 실시함에 따라 이루어진 쟁점부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
2) 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지 양도차익 계산 시 필요경비로 인정할 수 있는 지
가) 관련법리
(1) 소득세법 제97조 제1항은 양도가액에서 공제할 필요경비로‘제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액’,‘자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것’등을 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제1호, 제3호, 제67조 제2항은 ’양도 자산의 용도변경・개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’이나‘사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비’ 등을 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것’에 해당한다고 규정하고 있으며,
(2) 토지와 건물을 함께 취득하였다가 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우에는 철거된 건물의 취득가액 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다고 할 것이다(대법원 1990. 1. 25. 선고 89누53 판결 참조).
나) 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 있는 지
(1) 위 법리와 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 철거된 쟁점건물의 취득가액이 양도자산의 필요경비에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 할 것이다.
① 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 시 부동산매매계약서와 함께‘중개대상물 확인․설명서’를 제출하였는데,‘실제권리관계 또는 공시되지 않은 물건의 권리사항’란에 ‘잔금 지불시까지 청구인 소유권 이외의 권리멸실 및 건축물 등 철거로 나대지 상태로 인도’하는 것으로 기재되어 있는 점, 쟁점건물의 (말소)일반건축물대장에서 쟁점건물은 2016. 2. 24. 철거에 따라 말소된 사실이 나타나고, 2016.2.26. 매수인이 쟁점토지에 관한 소유권 이전 등기를 경료한 점, 부동산 매매계약서에 쟁점토지의 면적과 필지는 정확히 기재되어 있으나 쟁점건물의 면적은 공란으로 되어 있는 점, 양도소득세 신고서 제출 시 쟁점토지 만을 양도자산으로 하여 신고한 점 등에 비추어 볼 때 청구인은 쟁점토지 만을 매매계약의 목적물로 하여 양도한 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.
② 기존건물을 매수하여 단시일 내에 기존 건물을 헐고 신축건물을 지어 이를 양도한 경우와 같이 당초부터 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에는 철거된 기존 건물의 취득가액과 철거비용 등은 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다고 할 것이나, 쟁점건물을 신축하여 6년여가 지난 뒤 쟁점토지를 양도하면서 매수인의 요구에 따라 쟁점건물을 철거하고 나대지 상태로 양도한 이 건의 경우, 쟁점건물의 취득이 당초부터 쟁점건물을 철거하여 쟁점토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백하다고 볼 수 없고, 쟁점건물의 취득가액이 쟁점토지의 용도 변경 개량 또는 이용편의를 위해 지출한 비용인 자본적 지출액에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 양도자산의 필요경비에 산입하기는 어렵다고 할 것이다.
(2) 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도차익 계산 시 쟁점건물 취득가액을 필요경비에서 부인하여 이 건 양도소득세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
3) 쟁점건물 명도비로 지출한 금액을 쟁점토지 양도차익 계산 시 필요경비로 인정할 수 있는 지
가) 관련법리
양도소득세의 과세표준은 양도가액으로부터 취득가액 등 필요경비를 공제한 것이므로 양도가액 및 취득가액 등 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 취득가액 등 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 취득가액 등 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).
나) 쟁점명도비를 필요경비로 인정할 수 있는 지
(1) 위 법리와 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점명도비를 필요경비로 인정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.
청구인은 쟁점토지 매수 희망자가 쟁점건물의 명도와 멸실을 조건으로 계약하기를 원하는 불가피한 상황에서 임차인에게 이주비 명목으로 쟁점명도비를 부득이하게 지출하였다고 주장하고 있으나,
청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 쟁점부동산의 매매계약서에는 명도비 *억원을 매수인이 지불하는 것으로 기재되어 있는 반면, 심사청구 시 제출한 서류인‘특약사항B’에서는 매도인인 청구인이 명도비용으로 *억원을 지급하는 것으로 되어 있어 쟁점부동산의 매매계약서 내용과 상이한 내용이 기재되어 있고, 청구인이 임차인에게 쟁점명도비를 수표로 지급하였다고 하나 청구인의 계좌에서 수표 출금된 사실만 확인될 뿐 임차인에게 동 금액을 실제로 지급하였는 지 여부가 불분명한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점명도비를 쟁점토지의 이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용 또는 쟁점토지를 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로 보기는 어렵다고 할 것이다.
(2) 따라서 쟁점명도비를 필요경비로 인정해달라는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
5. 결론
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.