1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2020. x. 4. 원고에 대하여 한 2020년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 환급거부처분 및 2020년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

우리 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 일부 고치는 부분들을 빼면, 제1심 판결의 이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 제1심 판결 2면 13행, 3면 6행의 각 “CCC계약”을 모두 “CCC 계약”으로 고친다.

○ 제1심 판결 2면 하단에서 3, 4행의 “결제중개업체”를 “결제중계업체”로 고친다.

○ 제1심 판결 3면 2, 3행의 “일본 결제중계업체”를 “일본결제중계업체”로 고친다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고의 주된 업무는, 해외법인인 일본결제중계업체와 이들이 필요로 하는 업무를 제공할 수 있는 국내법인의 거래를 주선하고, 양 당사자를 잇는 자료중계시스템을 구축하여, 결제 정보의 송․수신이 원활히 이루어질 수 있도록 중개 및 연락업무를 수행하는 것이므로, 해외법인의 사업을 지원하는 ‘사업지원 서비스업’을 수행한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 용역에는 부가가치세법에 따른 영세율을 적용함이 마땅하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 2016년 제2기부터 2019년 제2기까지 총 7회에 걸쳐 영세율을 적용하여부가가치세 신고를 해왔고, 피고는 이에 따라 세액을 환급함으로써 이 사건 용역이 영세율 적용 대상이라는 공적 견해를 표명하였으며, 원고는 이를 신뢰하였으므로 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령 및 고시

별지 기재와 같다(제1심 판결 9면 2행의 “관계 법령”을 “관계 법령 및 고시”로, 13면 1행의 “한국표분산업분류”를 “한국표준산업분류”로 고치는 것을 빼면, 별지 자체는 제1심 판결과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다).

다. 판단

1) 영세율 적용 여부에 관한 판단

가) 이 사건 용역이 영세율 적용 대상에 해당하는지

(1) 다음의 사실들은 당사자들이 다투지 아니하거나, 갑 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(가) 원고와 일본결제중계업체인 DDD체크아웃이 이 사건 계약을 체결한 목적, 원고 및 DDD체크아웃의 역할과 책임, 처리 수수료 등에 관한 이 사건 계약 조항의 주요 내용은 아래 글상자의 기재와 같고, 다른 일본결제중계업체와 체결한 계약의 내용도, 가맹점수수료가 일본결제중계업체 또는 해외카드의 종류에 따라 3.3%부터 3.7%까지 차이가 있을 뿐, 그와 대동소이하다.

(나) 원고와 국내결제대행사가 체결한 CCC 계약의 목적, CCC이용수수료, 손해배상책임, 정산 등에 관한 조항의 주요 내용은 아래 글상자의 기재와 같다.

(2) 이 사건 용역은, 구 시행령에 달리 정한 바 없으므로, 한국표준산업분류에 따라 사업 구분을 하여야 할 것인데, 앞서 인정한 사실들이나 이 사건 변론에 드러난 다음의 여러 사정까지 보태어 보면, 설령 원고가 주장하는 바를 모두 고려하더라도, 그 제공하는 용역이, 그저 결제 데이터를 중계하는 것을 넘어, 신용카드 거래에 따른 매입대금의 정산 및 송금 등을 포괄하는 금융지원 서비스를 제공하는 것으로서, 구 시행령 제33조 제2항 ㈕목의 사업지원 서비스를 제공하는 데 그친다고 볼 수 없으므로, 영세율 적용 대상에 해당하지 않는다. 따라서 영세율 적용에 관한 나머지 요건은 더 살펴 볼 필요 없이 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. [제1심은 영세율 적용 요건 중 용역을 공급받은 외국법인의 국내 사업장 유무에 관한 입증책임이 원고에게 있다는 취지로 판시하였는바, 과세원인사실과 세율, 세액 등은 과세관청이 이를 증명하여야 할 것으로, 원고가 거래한 외국법인이 국내에 사업장이 있는지 및 원고가 국내에 있는 사업장을 통하여 외국법인과 거래를 하였는지는 피고의 입증책임에 속하는 것임이 명백하므로(대법원 1986. 1. 28. 선고 85누539 판결), 위와 같은 제1심의 설시는 부적절하나, 어차피 이 사건 용역이 영세율 적용 대상인 용역에 해당하지 않는 이상, 위와 같은 입증책임의 전도는 이 사건의 결론 자체에 아무 영향이 없다.]

(가) 이 사건 계약의 목적은, 일본결제중계업체가 일본 국내 결제대행서비스 계약을 맺은 온라인 가맹점으로부터 생성한 신용카드 결제정보를 받아 이를 원고에게 전송하고, 원고는 매입은행을 통하여 매입 승인 및 정산․결제가 이루어지도록 중계서비스를 수행한 후, 일본결제중계업체에 정산지급금액을 송금하도록 하는 것으로서, 원고가 수행하는 핵심 업무는, 매입대금의 승인․정산․결제가 이루어지도록 결제 데이터의 송․수신을 중계하는 것뿐만 아니라, 매입은행에서 받은 매입대금을 정산하여 일본결제중계업체에 송금하는 것까지 포함한다. 이는 금융업과 밀접한 서비스를 제공하는 것으로서, 한국표준산업분류 소정의 ‘그 외 기타 금융 지원 서비스업’에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

(나) 한국표준산업분류는, 생산 단위의 산업 활동을 그 생산 단위가 수행하는 주된 산업 활동(판매 또는 제공하는 재화 및 용역)의 종류에 따라 결정하되, 주된 산업 활동은 산출물(재화 또는 용역)에 대한 부가가치의 크기에 따라 결정하여야 하나, 그 측정이 어려우면 산출액에 따라 결정한다고 규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 국내결제대행사는 매입대금 중 원고가 일본결제중계업체로부터 받기로 한 수수료를 뺀 금액을 일본결제중계업체에 지급하고, 위 수수료 중 CCC 계약에 따른 수수료를 다시 공제하고 남은 금액을 원고에게 송금하고 있다. 원고가 일본결제중계업체로부터 받기로 한 가맹점수수료(MDR, Merchant discount rate)는 매입금액의 3.3%부터 3.7%까지에 해당하는 금액이고, 원고가 국내결제대행사에 지급해야 하는 수수료는 해외카드의 경우 매입금액의 2.85%이므로 그 차액 상당인 매입금액의 0.45%부터 0.85%까지에 해당하는 금액[이 사건 계약과 CCC 계약에 기재된 수수료 약정에 따르면 이와 같이 계산하는 것이 타당하다고 볼 수 있는바, 원고는 2023. 4. 28.자 준비서면에서, 매입대금에서 먼저 하나카드의 자사수수료 3.2%를 공제하고, 일본결제중계업체와 약정한 3.5%와 위 3.2%의 차이인 0.3%를 다시 공제한 금액을 일본결제중계업체에 지급한 다음, 남은 0.3%를 국내결제대행사와 원고가 0.15%씩 나눠가진다는 취지로 주장하고 있으나, 먼저 EE카드의 자사수수료 3.2%를 공제해야 한다는 자료를 찾아볼 수 없음은 물론(물론, EE카드도 수수료를 수취할 것이므로, 국내결제대행사와 어떤 약정은 존재할 것이고, CCC 계약상 수수료 2.85%의 일부가 하나카드 몫의 수수료일 것으로 추측할 수는 있다), 국내결제대행사와 원고가 위 0.3%를 절반씩 나누어 갖기로 하는 약정이 있다고 볼 증거도 없다]과 원고가 일본결제중계업체로부터 받기로 한 기타 수수료의 합계가 원고가 이 사건 용역을 통해 생산한 부가가치의 대가라고 볼 수 있는데, 기타 수수료는 거래 1건당 20엔인 처리데이터 수수료(Transaction fee)와 첫 거래 시에만 지급하는 연결처리 시 수수료(Connection fee) 2만 엔, 월 고정 수수료(Monthly fixed processing fee) 1만 엔 등으로서, 그 액수가 가맹점수수료에서 발생하는 이익에 비해 적을 것임은 어렵지 않게 추단할 수 있으므로, 이 사건 용역에 관한 원고의 주된 산업 활동은 가맹점수수료를 산출하는 업무를 기준으로 결정해야 한다. 이 사건 계약 제5조에서 처리 수수료의 종류를 가맹점수수료, 처리데이터 수수료, 연결처리 시 수수료, 월 고정 수수료, 매입대금 송금수수료로 나누고 있는 이상, 원고가 중계서비스를 제공함에 따라 수취하는 대가는 처리데이터의 수수료로 보아야 하고, 가맹점수수료는 통상 신용카드 가맹점이 매입대금을 은행이나 신용카드사로부터 대신 지급받으면서 그 일부를 은행이나 신용카드사에게 지급하는 수수료를 의미하므로, 이는 원고가 이 사건 계약 3조에 따라 매입대금의 정산을 수행하는 대가로 지급하는 것으로서, 원고의 주된 산업 활동은 금융업과 밀접한 서비스를 제공하는 것으로 보아야 한다.

(다) 원고는, CCC 계약이 이 사건 계약에 의해 체결을 예정한 후속 계약에 불과하고, 각 당사자 간의 업무 범위 등을 상세히 규정하고 있지 않은 이상, 이를 근거로 원고의 주된 업무를 파악해서는 안 되며, 이 사건 계약 조항에 비추어 원고의 주된 업무는 중계서비스 제공에 불과하다는 취지로 주장하나, ① 이 사건 계약은 원고가 국내결제대행사와 결제대행서비스 계약 및 CCC 계약을 체결하는 것을 전제로 하는 것으로 CCC 계약이 존재하지 않으면 일본결제중계업체로서는 원고와 이 사건 계약을체결할 아무런 이유가 없는 점, ② 원고는 조세심판청구 당시 일본결제중계업체 입장에서는 EE카드 및 국내결제대행사와 일일이 계약하기보다는 원고와 계약하는 것이 더 간편하고, 이러한 온라인거래를 원고의 책임 아래 진행하기를 원하기 때문에 원고에게 전체 수수료를 지급하는 것으로 하고 있는 등 원고가 모든 사업의 진행 및 책임을 지는 것으로 정하고 있다는 취지로 진술한바, 이 사건 계약에는 일본결제중계업체의 온라인거래에 관한 배상책임에 대해서는 규정하고 있는 반면, 원고의 그에 관한 배상책임에 대해서는 규정하고 있지 않고, CCC 계약에서 그에 관하여 규정하고 있어 두 계약을 합쳐서 볼 때 비로소 온라인거래에 대한 양자의 배상책임을 온전히 파악할 수 있는 점, ③ 일본결제중계업체는 단순히 원고가 국내결제대행사와 결제대행서비스 계약을 체결할 의무를 이 사건 계약 조항에 추가하는 것을 넘어서 실제로 원고로부터 CCC 계약에 대한 자료를 제공받아 결제대행서비스 계약과 CCC 계약의 내용 및 체결 여부를 검토했을 개연성이 매우 큰 점 등에 비추어 보면, CCC 계약은 이 사건 계약과 밀접한 관련이 있다 할 것이고, 이 사건 계약도 이를 바탕으로 해석하여야 한다.

(라) 원고는 일본결제중계업체와 EE카드 및 국내결제대행사 사이의 결제 데이터 중계업무만을 수행하고 있다는 취지로 주장하나, 이 사건 계약 제4조는 일본결제중계업체가 온라인거래 과정에서 발생하는 부도, 부정한 카드 결제 등에 관한 책임을 지는 등 그 역할과 책임에 대하여 상세히 규정하고 있는데, 만약 이 사건 계약에 따라 원고가 수행하는 업무가 단순히 결제데이터를 중계하는 데 불과하였다면, 결제 데이터 중계와는 무관한 온라인거래에 관한 책임을 이와 같이 구체적으로 정하고 있을 하등의 이유가 없다.

(마) 이 사건 계약 제3조 제10항에 의하면 원고는 매입금액이 일본결제중계업체의 은행계좌로 들어오도록 국내결제대행사에 송금을 요청하도록 하고 있으나, 같은 조 제1항에서 원고가 매입거래정산을 위한 중계역할을 담당한다고 정하고 있는 점, 제5조 제5항 제1호에서 매입대금 송금수수료 중 국내 송금수수료는 원고가 부담하도록 정하고 있는 점, CCC 계약 제10조 제5항에서 국내결제대행사가 일본결제중계업체(CCC 계약에서는 가맹점이라고 정하고 있고, 정의 조항에서 가맹점을 원고와 계약을 체결하고 해외 온라인 전자상거래 결제대행서비스를 이용하고자 하는 업체를 말한다고 정하고 있어, 이는 일본결제중계업체를 가리키는 것으로 볼 수밖에 없다. 이하 가맹점을 전부 일본결제중계업체로 본다)에 정산대금을 지급하는 것은 원고의 요청에 따라 원고의 정산업무를 대행하는 것일 뿐 일본결제중계업체에 대한 정산의무는 원칙적으로 원고에게 있음을 일본결제중계업체에게 고지하여야 한다고 정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 국내결제대행사가 매입대금을 일본결제중계업체에게 송금하는 것은 업무 편의상 원고를 대신하여 지급하는 데 불과하고, 이러한 정산업무는 원고가 제공하는 이 사건 용역의 주된 부분이라고 볼 수 있다.

(바) 원고는 CCC 계약 제7조 제4항에 따라 일본결제중계업체의 불법․변칙에 따른 책임, 제8조 제5항에 따라 거래의 진위성 및 부정사용여부에 대한 책임을 각 부담하고, 제14조 제3항에 따라 이러한 사항과 관련하여 국내결제대행사에 손해가 발생한 경우 그 손해를 배상할 의무를 지는바, 원고는 단순히 거래정보를 중계하는 것에 그치는 것이 아니라 이 사건 계약 및 CCC 계약에 따라 이루어지는 금융거래에 대한 정산업무에 핵심적으로 관여하여 그에 상응한 정도의 책임을 지고 있는 것으로 보아야 한다.

(사) 원고는 대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 판결에 의하면 신용카드조회, 결제승인 및 대금 정산 등의 업무를 처리할 수 있도록 네트워크를 구축․제공하고, 신용카드 매출전표를 수거․보관하는 서비스를 제공하여 금융업인 신용카드 결제 업무에 대하여 이 사건 용역보다 더욱 밀접한 관련성이 있는 용역의 경우에도, 그 주된 업무가 결제데이터의 중계업무라고 보아 금융 및 보험업이 아닌 통신업에 해당한다고 보았으므로, 이 사건 용역은 금융 지원 서비스업이 아니라는 취지로 주장하나, 위 판결은 부가가치세법상 영세율 적용 여부를 다룬 것이 아닐 뿐만 아니라, 산업 종류를 결정할 때 주된 산업 활동 또는 업무에 따라 판단해야 한다는 한국표준산업분류의 원론적인 산업결정방법을 바탕으로 해당 용역의 종류를 개별 판단한 데 불과하여, 이 사건과 사실관계가 다르다. 따라서 그 결론을 이 사건에 그대로 원용할 수 없고, 이 사건 용역의 종류는 앞서 본 것처럼 주된 업무에 따라 금융지원 서비스업으로 보아야 한다.

(아) 원고는 한국표준산업분류에 의하면 산업분류는 해당 활동의 종업원 수 및 노동시간, 임금 및 급여액 또는 설비의 정도에 의하여 결정하여야 하는바, 원고의 보유 인력이 대표이사, 비상근 자문, 계약직 직원 2명뿐으로, 그 중 금융 관련 업무를 상시 담당하는 직원이 전혀 존재하지 않고, 대표이사와 비상근 자문이 해외 신용카드 매입업무를 위한 가맹점 유치 및 관리, 계약직 직원 1명이 전산데이터 처리를 담당하므로, 이 사건 용역은 금융지원 서비스가 아닌 사업지원 서비스에 해당한다는 취지로 주장하나, 한국표준산업분류는 앞서 본 바와 같이 산출물의 부가가치의 크기에 따라 주된 산업 활동을 결정하되, 그러한 원칙에 따라 결정하는 것이 적합하지 않을 경우 해당 활동의 종업원 수 및 노동시간 등을 고려하여 결정하도록 하고 있는바, 이 사건 용역은 앞서 본 바와 같이 이 사건 계약에서 수수료의 종류마다 그 액수를 개별적으로 정하고 있어, 산출물의 부가가치의 크기에 따라 주된 산업 활동을 결정하는 것이 적합하지 않다고 볼 수 없고, 이 사건 계약 및 MCA 계약의 내용, 원고가 실제로 수행하는 정산업무의 특성 등을 종합하면 원고의 인력 구성이 위와 같다는 정도만으로 이 사건 용역이 금융지원 서비스가 아닌 사업지원 서비스에 해당한다고 보기는 어렵다.

2) 신뢰보호의 원칙에 관한 판단

가) 조세법률관계에서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 더 부합하는 것으로 인정할만한 특별한 사정이 있을 경우에만 예외적으로 적용하는 법 원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙을 적용하려면, 과세관청이 공적인 견해 표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결).

나) 부가가치세는 자진신고납세방식에 따라 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하면 1차적으로 납세의무 확정이 이루어지고 그 내용에 오류나 탈루 등이 있는 경우 과세관청이 정확한 과세표준과 세액을 결정하거나 경정 결정할 수 있는 것으로, 과세 관청에 의한 종국적 확정을 예정하고 있는 이상, 원고가 2016년 제2기부터 2019년 제2기까지 7회에 걸쳐 매출액에 영세율을 적용하여 부가가치세 신고를 하였고 피고가 이에 대하여 별다른 지적 없이 관련 세액을 환급해왔다거나, 원고가 피고의 직원에게 이 사건 용역에 대한 설명을 해왔다고 하더라도, 이를 피고가 이 사건 용역에 대해 영세율을 적용할 수 있는 용역이라는 공적 견해를 표명한 것이라거나 그러한 행위가 원고로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같으므로, 이를 부당하다고 볼 수 없다. 원고의 항소는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.