1. 사실관계

○ 산학협력단이 임직원에게 일시적으로 8천만원을 초과하는 인건비를 지급하고자 함

2. 질의요지

○ 산학협력단이 「법인세법 시행령」 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

 가. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

 나. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립･운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑧ 법 제29조 제8항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 해당 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세･면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.

⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 직원이 지급받는 「소득세법」 제20조 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 “총급여액”이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항 제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 법 제29조 제1항 제2호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

2. 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

⑬ 인건비 지급규정을 승인받은 자는 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 한다. 다만, 그 기간 내에 인건비 지급규정이 변경되는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 한다.

⑭ 주무관청의 승인을 받은 법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

 가. 「사립학교법」에 따른 학교법인

 나. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

 다. 「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조에 따른 비영리법인

 라. 「국립대학법인 서울대학교 설립･운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 서울대학교 및 발전기금

 마. 삭제

 바. 「국립대학법인 인천대학교 설립･운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 인천대학교 및 발전기금

2. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

8. 「공익법인의 설립･운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 「법인세법」 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인

○ 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조【산학협력단의 설립･운영】

① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 “산학협력단”이라 한다)을 둘 수 있다.

② 산학협력단은 법인으로 한다.

③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.

⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립･경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 편입한다. 제2조 제2호 다목에 따른 외국교육기관의 경우 「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 상응하는 회계에 편입한다.

⑥ 산학협력단의 능력, 주소, 등기, 재산목록, 이사, 해산 및 청산에 관하여는 「민법」 제34조부터 제36조까지, 제50조부터 제52조까지, 제53조, 제54조, 제55조 제1항, 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지를 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조 및 제65조를 준용한다.

○ 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제26조【정관】

대학의 장은 산학협력단을 설립하려면 다음 각 호의 사항이 포함된 정관을 작성하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 주된 사무소의 소재지

4. 업무와 그 집행에 관한 사항

5. 재산과 회계에 관한 사항

6. 하부조직의 설치에 관한 사항

7. 단장, 연구원 및 직원의 임면(任免)에 관한 사항

8. 단장의 직무대행에 관한 사항

9. 정관의 변경에 관한 사항

10. 해산에 관한 사항

11. 공고의 방법에 관한 사항

12. 교직원의 직무발명 권리의 산학협력단 승계 및 그에 따른 수익의 외국교육기관(제2조 제2호 다목에 따른 외국교육기관에 한정한다) 사용 등에 관한 사항

○ 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제24조【산학협력단의 회계관리】

① 산학협력단 소관의 모든 수입과 지출은 산학협력단의 회계에 계상하여야 한다.

② 산학협력단의 회계는 산학연협력에 관한 법령이나 산학연협력에 관한 계약으로 정하는 바에 따라 재원별 또는 사업단위별로 별도의 계정을 두어 관리할 수 있다.

○ 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제27조【산학협력단의 회계처리 등】

① 산학협력단의 회계처리는 신뢰할 수 있도록 객관적인 자료와 증거에 따라 공정하게 하여야 한다.

② 산학협력단은 재무제표를 작성하여야 한다.

③ 제2항의 재무제표는 재무상태표･운영계산서 및 현금흐름표로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 회계처리와 재무제표 작성에 필요한 세부 사항은 교육부장관이 정하여 고시한다.

○ 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제28조【산학협력단의 예산 및 결산】

① 산학협력단의 예산 및 결산을 심의하기 위하여 정관으로 정하는 바에 따라 산학협력단에 심의기구를 두어야 한다.

② 단장은 사업연도마다 산학협력단의 총수입과 총지출에 관한 예산안을 편성하고, 제1항에 따른 심의기구의 심의를 거쳐 사업연도가 시작되기 20일 전까지 해당 예산안을 대학의 장에게 제출하여야 한다.

③ 대학의 장은 산학협력단의 사업연도가 시작되기 10일 전까지 산학협력단의 예산을 확정하여야 한다.

④ 단장은 산학협력단의 사업연도가 끝난 후 60일 이내에 제1항에 따른 심의기구의 심의를 거친 결산보고서를 대학의 장에게 제출하여야 한다.

⑤ 제4항의 결산보고서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 재무상태표와 재무상태표 부속 명세서

2. 운영계산서와 운영계산서 부속 명세서

3. 현금흐름표

4. 부속서류

⑥ 대학의 장은 산학협력단의 사업연도가 끝난 후 70일 이내에 산학협력단의 결산을 확정하여야 한다.

○ 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제30조【감사】

  대학의 장은 학칙으로 정하는 바에 따라 소속 직원이나 외부 전문가로 하여금 산학협력단의 재산 상황과 회계를 매년 1회 이상 감사하게 하여야 한다.

4. 관련법령 개정이유

○ 기획재정부 공고 제2012-3호(2012.1.6.)

  다. 공익법인의 과다인건비 제한(안 제56조 제11항부터 제13항까지)

    장학법인과 사회복지법인이 개별 임직원에게 지급하는 인건비 중 연간 8천만원을 초과하는 금액은 주무관청의 승인을 받지 않은 경우 고유목적사업준비금의 지출대상에서 제외하여 공익법인 경영의 투명성을 제고함