1. 사실관계

○‘19.7월 임대인은 QQ시 AA 소재 부동산을 임차인에게 월 임대료 00,000,000원의 조건으로 임대차계약을 체결하였음. 이후, ’21.1월부터 3월까지 월 임대료 00,000,000원의 66%를 인하하였고, ‘21.4월부터 12월까지 100%를 인하하였음

-임차인은 공동사업장으로 공동사업자 4명 중 3명은 임대인과 「국세기본법」제2조 제20호에 따른 특수관계인에 해당하고, 나머지 1명은 특수관계인에 해당하지 아니함

-임대인은 ’21년 귀속 종합소득세 확정신고시, 임대료 인하액 전액에 대해 쟁점 세액공제를 적용한 후, ‘23.11.20. 세액공제를 전액 배제하는 것으로 수정신고 하였으나

- ’24.1.3. 임대료 인하액 중 특수관계인에 해당하지 아니하는 공동사업자 1인의 지분비율 33%에 해당하는 만큼 쟁점 세액공제의 적용을 구하는 경정청구를 제기함

2. 질의요지

○「조세특례제한법」(이하 “조특법”)제96조의3에 따른 세액공제(이하 “쟁점 세액공제”)를 적용함에 있어서 다른 요건을 모두 충족하는 전제하에서

- 공동사업장인 임차인의 공동사업자 중 1인만 「국세기본법」제2조제20호에 따른 특수관계인이 아닌 경우, 쟁점 세액공제 적용 여부 및 적용 범위

3. 관련 법령

○ 소득세법 제2조의2 【납세의무의 범위】

①제43조에 따라 공동사업에 관한 소득금액을 계산하는 경우에는 해당 공동사업자별로 납세의무를 진다. 다만, 제43조제3항에 따른 주된 공동사업자(이하 이 항에서 "주된 공동사업자"라 한다)에게 합산과세되는 경우 그 합산과세되는 소득금액에 대해서는 주된 공동사업자의 특수관계인은 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 해당하는 그의 소득금액을 한도로 주된 공동사업자와 연대하여 납세의무를 진다. <개정 2012.1.1., 2013.1.1>

○ 소득세법 제43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다. <개정 2012.1.1.>

○ 소득세법 시행령 제98조【부당행위계산의 부인】

① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항, 제2항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인을 말한다. <개정 2012.2.2.>

○ 국세기본법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

20. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

   가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

   나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

   다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

○ 구 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】

① 법 제2조제20호가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

 1. 6촌 이내의 혈족

 2. 4촌 이내의 인척

 3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

② 법 제2조제20호나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

 1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조제20호다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인

라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항제1호 각 목, 같은 항 제2호가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

 1. 영리법인인 경우

   가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

   나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

 2. 비영리법인인 경우

   가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우

○ 조세특례제한법 제96조의3 【상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제】

① 대통령령으로 정하는 부동산임대사업을 하는 자가 대통령령으로 정하는 상가건물에 대한 임대료를 임차인(대통령령으로 정하는 소상공인에 한정한다)으로부터 2020년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지(이하 이 조에서 "공제기간"이라 한다) 인하하여 지급받는 경우 대통령령으로 정하는 임대료 인하액의 100분의 70(대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 해당 과세연도의 기준소득금액이 1억원을 초과하는 경우에는 100분의 50)에 해당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2020.12.29, 2021.3.16, 2021.12.28, 2022.12.31, 2023.12.31>

② 공제기간을 포함하는 계약기간 중 일정한 기간 내에 임대료 또는 보증금을 인상하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 공제를 적용하지 아니하거나 이미 공제받은 세액을 추징한다. <개정 2020.12.29>

③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 상가건물에 대한 임대료를 인하한 사실을 증명하는 서류 등을 갖추어 공제를 신청하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 세액공제의 계산방법, 세액공제에 대한 사후관리 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제96조의3【상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제】

① 법 제96조의3제1항에서 "대통령령으로 정하는 부동산임대사업을 하는 자"란 「소득세법」 제168조, 「법인세법」 제111조 또는 「부가가치세법」 제8조에 따라 상가건물에 대한 부동산임대업의 사업자등록을 한 자(이하 이 조에서 "상가임대인"이라 한다)를 말한다.

② 법 제96조의3제1항에서 "대통령령으로 정하는 상가건물"이란 「상가건물 임대차보호법」 제2조제1항 본문에 따른 상가건물(이하 이 조에서 "임대상가건물"이라 한다)을 말한다.

③ 법 제96조의3제1항에서 "대통령령으로 정하는 소상공인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "임차소상공인"이라 한다)를 말한다. <개정 2021.2.2, 2021.11.9>

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 자

   가. 「소상공인기본법」 제2조에 따른 소상공인

   나. 임대상가건물을 2021년 6월 30일 이전부터 계속하여 임차하여 영업용 목적으로 사용하고 있는 자

다. 별표 14에 따른 업종을 영위하지 않는 자

   라. 상가임대인과 「국세기본법」 제2조제20호에 따른 특수관계인이 아닌 자

   마. 「소득세법」 제168조, 「법인세법」 제111조 또는 「부가가치세법」 제8조에 따라 사업자등록을 한 자

 2. 임대상가건물 임대차계약이 종료되기 전에 폐업한 자로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 자

   가. 폐업하기 전에 제1호에 해당했을 것

   나. 2021년 1월 1일 이후에 임대차계약 기간이 남아 있을 것

④ 법 제96조의3제1항에서 "대통령령으로 정하는 임대료 인하액"이란 제1호에 따른 금액에서 제2호에 따른 금액을 뺀 금액(이하 이 조에서 "임대료인하액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 보증금을 임대료로 환산한 금액은 제외한다. <개정 2021.2.17, 2021.5.4, 2022.2.15, 2023.2.28, 2024.2.29>

  1. 임대료를 인하하기 직전의 임대상가건물 임대차계약에 따른 임대료를 기준으로 계산한 해당 과세연도[해당 과세연도 중 법 제96조의3제1항에 따른 공제기간(이하 이 조에서 "공제기간"이라 한다)에 해당하는 기간으로 한정한다. 이하 제2호에서 같다]의 임대료. 다만, 공제기간 중 임대상가건물의 임대차계약을 동일한 임차소상공인과 갱신하거나 재계약(이하 이 조에서 "갱신등"이라 한다)하고 갱신등의 임대차계약에 따른 임대료가 인하된 경우 갱신등에 따른 임대차계약이 적용되는 날부터 2024년 12월 31일까지는 갱신등에 따른 임대료를 기준으로 계산한 임대료를 말한다.

 2. 임대상가건물의 임대료로 지급했거나 지급하기로 하여 해당 과세연도에 상가임대인의 수입금액으로 발생한 임대료

⑤ 법 제96조의3제1항에 따른 해당 과세연도의 기준소득금액은 해당 과세기간의 종합소득과세표준에 합산되는 종합소득금액에 임대료 인하액을 더한 금액으로 한다. <신설 2021.5.4>

⑥법 제96조의3제2항에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우"란 임대료를 인하하기 직전의 임대차계약에 따른 임대료나 보증금보다 인상(임대차계약의 갱신등을 한 경우에는 갱신등에 따른 임대료나 보증금이 임대료를 인하하기 직전의 임대차계약에 따른 금액의 100분의 5를 초과한 것을 말한다)한 경우를 말한다. <개정 2021.2.17, 2021.5.4>

⑦ 해당 과세연도 중 제6항에 따른 요건에 해당하는 경우에는 법 제96조의3제1항에 따른 공제를 적용하지 않으며, 해당 과세연도 종료일 이후 6개월 이내에 제6항에 따른 요건에 해당하게 된 경우에는 이미 공제받은 세액을 추징한다. <신설 2021.2.17, 2021.5.4>

⑧법 제96조의3제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받으려는 자는 같은 조 제3항에 따라 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <개정 2021.2.17, 2021.5.4, 2021.11.9>

 1. 임대료를 인하하기 직전에 체결한 임대차계약서 및 2020년 1월 1일 이후 임대차계약에 대한 갱신등을 한 경우 갱신등을 한 임대차계약서의 사본

2. 확약서, 약정서 및 변경계약서 등 공제기간 동안 임대료 인하에 합의한 사실을 증명하는 서류

3. 세금계산서, 금융거래내역 등 임대료의 지급 등을 확인할 수 있는 서류

4.임차소상공인이 제3항제1호가목 및 다목의 요건을 갖췄음을 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제17조에 따른 소상공인시장진흥공단에서 확인하는 서류

○부가가치세법 제8조【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

○상가건물 임대차보호법 제2조【적용범위】

① 이 법은 상가건물(제3조제1항에 따른 사업자등록의 대상이 되는 건물을 말한다)의 임대차(임대차 목적물의 주된 부분을 영업용으로 사용하는 경우를 포함한다)에 대하여 적용한다. 다만, 제14조의2에 따른 상가건물임대차위원회의 심의를 거쳐 대통령령으로 정하는 보증금액을 초과하는 임대차에 대하여는 그러하지 아니하다.

○상가건물 임대차보호법 제3조【대항력 등】

① 임대차는 그 등기가 없는 경우에도 임차인이 건물의 인도와 「부가가치세법」 제8조, 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록을 신청하면 그 다음 날부터 제3자에 대하여 효력이 생긴다.

○소상공인기본법 제2조【정의】

① 이 법에서 "소상공인"이란 「중소기업기본법」 제2조제2항에 따른 소기업(小企業) 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 자를 말한다.

 1. 상시 근로자 수가 10명 미만일 것

2. 업종별 상시 근로자 수 등이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

② 제1항을 적용할 때 소상공인이 그 규모의 확대 등으로 소상공인에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 소상공인으로 본다. 다만, 소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 소상공인에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.