1. 피고가 20**. *. *. 원고에 대하여 한 20**년 제2기 부가가치세 33,647,660원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

가. 원고(주식회사 에*****가 20**. *. **. 상호를 현재의 원고로 변경하였는바 이하에서는 구분 없이 ‘원고’라 한다)는 소프트웨어 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사로, 20**. **. **. 주식회사 다*****(이하 ‘다*****’라 한다)로부터 공급가액 904,090,909원의 매입세금계산서 1매(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 수취하고, 20**. **. **. 주식회사 데********(이하 ‘데****’라 한다)에게 공급가액 927,727,272원의 매출세금계산서 1매(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행한 뒤 20**년 제*기 부가가치세를 신고․납부하였다[이하 이 사건 매입세금계산서와 매출세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 이 사건 (매입․매출)세금계산서와 관련된 계약․거래를 ‘이 사건 (매입․매출) 계약․거래’라 한다].

나. **지방국세청장은 다*****에 대한 세무조사 결과 다*****와 원고가 실제 재화․용역의 거래 없이 허위 세금계산서를 수수하였다고 보아 피고에게 관련 자료를 통보하였다.

다. 피고는 **지방국세청장의 통보에 따른 세무조사 후 이 사건 세금계산서가 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로, 20**. *. *. 원고에게 아래와 같이 매출세액 92,727,243원을 감액하고, 매입세액 90,409,090원을 불공제하였는데, 감액된 매출세액이 불공제된 매입세액보다 많아 부가가치세 본세(2,318,153원)는 환급하고, 세금계산서불성실가산세 35,965,819원만을 부과함으로써 20**년 제*기 부가가치세(가산세 포함) 33,647,660원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 이 사건 거래는 행정자치부가 실시하는 ‘*** 성능개선을 위한 상용 SW구매 사업’을 위해 소프트웨어를 납품하는 것으로, 실제 거래가 존재할 뿐만 아니라 설령 원고가 데****의 자금지원을 위하여 이 사건 거래에 개입하였다고 보더라도 이 사건 세금계산서가 허위 세금계산서에 해당한다고 할 수 없다.

2) 설령 이 사건 세금계산서가 허위 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 이 사건 거래가 가공거래라는 사실을 알지 못하였고, 오히려 데**** 및 다******가 주도한 사기 범죄의 피해자일 뿐이어서 가산세를 면할 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 계약 및 대금 지급, 소프트웨어 납품 경위

가) 데****는 20**. **. **. 행정자치부(이후 행정안전부로 명칭이 변경되었으나, 이하에서는 당시 명칭대로 표기하기로 한다)가 실시하는 ‘*** 성능개선을 위한 상용 SW 구매(분리발주) 사업’을 315,700,000원에 낙찰받고, 20**. **. **. 위 사업의 발주처인 **지방조달청과 물품공급계약을 체결하였다. 데****는 20**. **. **. 행정자치부가 실시하는 ’*** 성능개선을 위한 상용 SW 구매(통합발주) 사업‘을 773,240,000원에 낙찰받고, 20**. **. *. **지방조달청과 물품공급계약을 체결하였다(위 사업을 통틀어 ’이 사건 구매사업‘이라 한다).

나) 원고는 이 사건 구매사업의 내용을 확인한 뒤 20**. **. **. 데****와 이 사건 구매사업에 필요한 소프트웨어를 공급하기로 하는 물품공급계약을 체결하였고,20**. **. **. 대금지급을 담보하기 위해 공동명의 계좌를 개설하여 행정자치부로부터 위 계좌로 대금을 지급받기로 한다는 내용, 소프트웨어 납품과 관련하여 원고는 면책된다는 내용(물품 및 물품의 하자에 대한 반품, 교환, 수리, 품질보증 및 사후서비스 등의 모든 책임은 제조사에게 있다)의 추가계약을 체결하였다(위 물품공급계약과 추가계약이 이 사건 매출계약이다).

다) 원고가 20**. **. **.경 이 사건 거래를 위해 내부적으로 작성한 문서에는 각종 소프트웨어 벤더(실제 소프트웨어를 공급하는 업체를 의미하는 것으로 보인다), 다*****, 원고, 데****를 거쳐 행정자치부를 최종 수요자로 하는 이 사건 거래의 공급구조, 대금회수 및 납품 관리에 관한 방안, 이 사건 거래를 진행하는 이유 등에 관하여 다음과 같이 기재되어 있다.

라) 데****와 원고는 이 사건 매출계약의 내용에 따라 20**. **. **. **은행에 공동명의 계좌(이하 ‘이 사건 공동명의 계좌’라고 한다)를 개설하였다.

마) 원고는 20**. **. **. 다*****로부터 이 사건 구매사업에 필요한 소프트웨어를 공급받는 이 사건 매입계약을 체결하였고, 20**. **. **. 다*****에게 위 소프트웨어를 행정자치부에 직접 납품하도록 하는 발주서(대금 994,500,000원)를 작성교부하였다.

바) 원고는 20**. **. **. 물품대금으로 다***** 명의의 계좌에 994,500,000원을 송금하였는데, 다*****는 같은 날 주식회사 위** 명의의 계좌에 974,100,000원을, 주식회사 위**은 같은 날 주식회사 디****(데****의 대표이사 오**이 실운영자이다) 명의의 계좌에 958,800,000원을, 주식회사 디****는 같은 날 데**** 명의의 계좌에 958,800,000원을 순차로 각 송금하여, 결국 데****는 원고가 송금한 돈 중 958,800,000원을 전달받아 이를 직원들의 임금, 회사 운영자금 등으로 사용하였다.

사) 원고는 20**. **. **. 데****로부터 이 사건 구매사업에 필요한 소프트웨어를 공급받았다는 취지의 물품인수증을 교부받았다.

아) 데****는 원고, 다*****가 아닌 주식회사 비*** 등 다른 여러 회사들로부터 이 사건 구매사업에 필요한 소프트웨어를 공급받아 20**. **. **. 행정자치부에 위 소프트웨어를 납품하고서, 20**. **. **. 행정자치부로부터 이 사건 공동명의계좌가 아닌 단독명의 계좌로 1,088,940,000원을 지급받아, 같은 날 주식회사 코*****에 위 납품대금과 위 계좌에 보관하고 있던 돈을 합친 1,200,000,000원을 지급하였다.

2) 관련 형사소송 경과

가) 데****의 대표이사 오**은 20**. *. *.경 원고에게 “행정자치부로부터 대금지급이 지연된다는 통보를 받았다”고 고지하였으나, 원고는 20**. *.경 행정자치부가 이미 대금지급을 완료하였다는 사실을 확인하였다.

나) 데****는 20**. *. *. **회생법원 20**회합*****호로 회생절차 개시명령신청을 하였고, 원고는 20**. *. **. 오**을 사기 혐의로 고소하였다.

다) 오**은 “이 사건 구매사업을 위해 해당 소프트웨어를 다*****로부터 구입해야 하는데 자금이 부족하니 원고가 소프트웨어 구입자금을 우선 부담해 주면 행정자치부로부터 20**. **. **.까지 이 사건 공동명의 계좌로 대금을 입금하여 달라고 요청해 놓겠다고 거짓말을 하여 원고로 하여금 다*****의 계좌로 994,500,000원을 송금하게 하였다”는 내용의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)죄와 그 밖에 근로기준법위반죄 등으로 법원에서 징역 5년의 형을 선고받았다[****지방법원 20**. *. **. 선고 ****고합****, ****고합***(병합), ****고합***(병합) 판결, ****법원 ****. *. **. 선고 ****노****, ****노***(병합) 판결, *** ****. *. **. 선고 ****도***** 판결].

라) 원고의 직원 오**은 허위로 이 사건 매입세금계산서를 수취하거나 이 사건 매출세금계산서를 발급하였다는 혐의로 조세범처벌법위반죄로 기소되었으나 20**. **. *. 무죄 판결을 선고받아 그 무렵 확정되었다(******법원 ****. **. *. 선고 ****고단**** 판결).

3) 관련 민사소송 경과

가) 원고는 20**. *. **. 데****를 상대로 1,020,000,000원 및 지연손해금을 지급하라는 내용의 지급명령 신청을 하여 20**. *. **. 지급명령을 받아 그 무렵 확정되었다(******법원 ****차전*****호).

나) 원고는 다*****를 상대로 1,193,400,000원 및 지연손해금의 지급을 구하는 소송을 제기하였다. 이에 대하여 법원은 “원고와 다**** 모두 매출실적 및 단기 유통이익을 목적으로 이 사건 구매사업 관련 거래에 참여한 것으로 보인다. 제3의 실공급자인 비*** 등에 의하여 이 사건 구매사업에 필요한 물품이 공급된 것을 두고 다****의 채무불이행이라고 평가할 수는 없고, 다****의 직원이 원고를 기망하였다거나 오**의 사기범행에 가담하였다고 인정하기 부족하다”는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다(******법원 ****. *. **. 선고 ****가합****** 판결, ****법원 ****. *. **. 선고 ****나****** 판결).

라. 이 사건 세금계산서가 허위 세금계산서인지 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 등의 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 여기서 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 원고가 다*****와 이 사건 매입계약을 체결하고, 데****와 이 사건 매출계약을 체결하였으며, 각 그 계약에 따라 이 사건 세금계산서가 수수되고, 이 사건 계약의 목적물인 소프트웨어가 행정자치부에 최종 납품된 사실, 데****의 대표이사 오**은 이 사건 거래와 관련하여 원고를 기망하여 대금을 편취하였다는 혐의로 유죄판결을 받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제7호증의 기재에 의하면, 원고가 다*****를 상대로 한 부당이득반환청구 소송에서 법원은 “이 사건 각 거래는 별개의 독립된 거래로서 유효하고, 원고와 다**** 사이에서 실제 물품의 공급이 이루어지는 것이 아니라고 하더라도 이러한 사정만으로 이 사건 매입계약을 허위매출거래라고 보기 어렵다”고 판시한 사실이 인정되기는 한다.

나) 그러나 데****는 원고, 다*****가 아닌 주식회사 비*** 등 제3자로부터 이 사건 구매사업에 필요한 소프트웨어를 공급받아 행정자치부에 이를 납품한 사실 또한 앞서 본 바와 같다.

다) 따라서 이 사건 구매사업에 필요한 소프트웨어는 다****, 원고를 거쳐 데****에게 납품된 것이 아니라 제3자인 비*** 등을 거쳐 데****에게 납품되었다고 할 것이므로, 이 사건 세금계산서는 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다고 봄이 타당하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

마. 가산세를 면제받을 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

국세기본법 제48조 제1항 제2호는 ‘정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결 참조).

2) 구체적 판단

가) 원고가 20**. **. **. 데****와 이 사건 거래와 관련하여 원고는 면책된다는 내용의 추가계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제18, 29호증, 을 제2, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면, 다*****의 영업부장 온**은 오**에 대한 형사사건의 법정에 증인으로 출석하여 “데****가 구매자금이 부족하다고 요청을 함에 따라 원고를 접촉하여 구매자금을 지원받았다, 데****가 업체를 선정해서 물품을 구입하는 것이고, 그 업체에 대금을 내려주면 사업이 완료되는 것이다”는 취지로 진술하였으며(을 제5호증, 5, 6, 11면), 원고의 직원이었던 오**도 피고의 조사과정에서“데****가 물품을 구입할 자금이 부족해서 다*****와 원고에게 도움을 요청한 것이 맞다”는 취지로 진술한 사실(을 제6호증 14면), 원고가 당초 이 사건 거래 과정에서 데****에 직접 소프트웨어를 납품할 것을 예정하고 있지 않던 사실이 인정되기는 한다.

나) 그러나 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거 및 갑 제28호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해 보면, 원고로서는 이 사건 거래과정에서 제3자인 비*** 등 다른 회사들이 소프트웨어를 납품할 것이라는 사실을 알지 못하였고, 이를 의심할 수 있는 상황에 있지도 않았다고 보이므로, 이 사건 세금계산서 수수에 있어 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 봄이 타당하다.

(1) 이 사건 거래구조는 ‘경유매출’과 유사한 거래로서, 각 단계마다 별도의 단가가 적용되고 각 거래주체가 일정한 유통마진을 얻고 매출을 올리려는 목적에서 유통의 각 단계에 참여하여 이루어진 각 거래가 별개의 독립된 거래로서 유효하다고 보인다(다*****, 데****가 다른 사업과 관련하여 체결한 계약에 따른 납품의무 유무에 관한 대법원 2022. 7. 28. 선고 2018다283537 판결의 취지 참조).

(2) 원고는 데****의 이 사건 구매사업 낙찰, 데****와 **지방조달청과의 물품공급계약서를 확인하고, 데****가 행정자치부로부터 받게 될 대금 확보방안으로 이 사건 공동명의 계좌의 개설을 요구하였으며, 소프트웨어가 납품된 뒤에는 물품인수증을 교부받는 등 이 사건 거래와 관련하여 필요한 증빙을 모두 수취하였다.

그리고 이 사건 세금계산서는 그 대상인 소프트웨어가 납품될 무렵에 수수되었다.

(3) 원고는 다*****에 994,500,000원의 물품대금을 지급하고도 데****로부터 물품대금을 전혀 지급받지 못하였는바, 원고로서는 데****가 원고가 지급한 물품대금을 같은 날 돌려받아 회사운영자금으로 사용할 것임을 예측할 수 없었다고 보이고, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 결과에 이른 것은 데****의 대표이사 오**의 사기 범죄에 따른 것이다.

(4) 원고는 소프트웨어 유통을 주된 업무로 취급하는 회사로, 다*****, 데**** 등 새로운 거래처를 개척하는 과정에서 이 사건 거래를 하게 되었고, 이 사건 거래의 대상 또한 소프트웨어이다. 그리고 제조사는 복제를 방지하기 위해 최종 소비자로 하여금 직접 해당 소프트웨어를 다운로드 받을 수 있도록 제품키 인증을 부여하는 방식으로 이루어지는 소프트웨어 납품 거래의 특성상 원고와 같은 중간 유통상은 소프트웨어를 직접 교부받아 이를 납품할 수 없고, 최종 소비자가 작성한 물품인수증을 전달받는 방법 등으로 납품 여부를 확인할 수밖에 없을 것으로 보인다.

(5) 원고가 유통업체인 점을 고려할 때 이 사건 매출계약에서 소프트웨어의 하자와 관련하여 원고에 대하여 면책을 규정하고 있다는 사정은 가산세를 면할 정당한 사유인정에 방해가 되지 않는다.

바. 소결론

따라서 원고에게는 세금계산서불성실가산세를 부과할 수 없다고 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.