1. 처분의 경위

가. 원고들은 2015. 12. 1. ‘르OO’이라는 상호로 주택신축판매업을 영위하는 공동사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 개업하였다. 이 사건 사업에 관한 원고들의 지분은 원고 안AA이 60%, 원고 최BB,최CC이 각 20%였다.

나. 원고들은 이 사건 사업을 영위하면서, 2016. 4.경 경기도 OO시 OO(OO동)에서 총 27호(주택 24호, 상가 3호)로 이루어진 집합건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 신축공사에 착공하였고, 2017. 4.경 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았다.

다. 원고들은 이 사건 건물과 관련하여 2016년에 주택 2호, 2017년에 주택 16호, 2018년에 주택 2호를 각 매각하여 이에 따른 판매수입이 발생하였으나, 이 사건 건물 27호 전체가 2017년에 매각된 것으로 가정한 후 2018. 5. 17. 과세관청에 단순경비율1)을 적용한 소득금액 320,320,901원에 따른 2017년도 귀속 종합소득세를 신고하였다.

1) 2017년 귀속 경비율 고시(2018. 3. 30.자 국세청고시 제2018-7호) 제3조, 2018년 귀속 경비율 고시(2019. 3. 29.자 국세청고시

제2019-5호) 제3조에 따르면, 이 사건 사업(업종코드 451105, 업종명 건설/주택신축판매)에 적용되는 단순경비율은 2017년

및 2018년 모두 91.6%이고, 기준경비율은 2017년 12.2%, 2018년 11%이다.

라. 피고는 2019. 8.경 주택신축판매업자 단순경비율 적정여부 점검을 실시하였고, 이에 원고들은 2017년에 3,422,000,000원에 매각한 주택 16호 및 2018년에 461,000,000원에 매각한 주택 2호와 관련하여 단순경비율이 아닌 기준경비율을 적용하면서, 「매입비용․임차료의 범위와 증명서류의 종류 고시」(2018. 4. 13.자 국세청고시 제2018-8호, 이하 ‘이 사건 고시’라 한다) 제4조 제3항의 환산방법을 적용하여 기초재고자산에 포함된 주요경비와 기말재고자산에 포함된 주요경비를 계산하였다고 주장하며 추계방식으로 산정한 2017년 귀속 종합소득세 140,080,010원 및 2018년 귀속 종합소득세 13,777,120원을 수정신고하였다.

마. 이에 대하여 피고는 원고들이 이 사건 건물의 신축공사비 등 주요경비에 대한 증빙서류를 제시하지 않아 이 사건 고시 제4조 제3항을 적용할 수 없다는 이유로, 기초재고자산에 포함된 주요경비 및 기말재고자산에 포함된 주요경비를 모두 0원으로 보아 소득세법 제80조 제3항, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제143조 제3항 제1호에 따라 아래 <표 1> 기재와 같이 원고들의 2017년 귀속 소득금액을 919,833,600원으로, 2018년 귀속 소득금액을 123,916,800원으로 각 추계하였고, 2020. 3. 2. 아래 <표 2> 기재와 같이 원고들에게 2017년 및 2018년 귀속 각 종합소득세(가산세 포함)를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고들은 2020. 4. 22. 감사원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2022. 12. 8. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 고시 제4조 제1항은 수입금액에서 공제하는 주요경비의 계산방법을 해당 과세연도 지출금액에 기초재고자산에 포함된 주요경비를 가산하고, 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 계산한다고 규정하고 있다. 그런데 기말재고자산에 포함된 주요경비를 어떤 방법으로 계산해야 할 것인지에 대한 세법상 규정이 없으므로, 기초재고자산에 포함된 주요경비를 이 사건 고시 제4조 제3항에서 규정한 환산방법으로 계산하고, 당기지출 주요경비는 지출증빙에 의하여 확인되는 금액으로 계산하며, 위와 같이 계산한 ‘기초재고자산에 포함된 주요경비’ 및 ‘당기지출 주요경비’ 중 당기에 판매되지 않은 자산, 즉 기말재고자산에 해당하는 금액을 발췌하여 집계하는 방법으로 기말재고자산에 포함된 주요경비를 계산할 수 있다.

위와 같은 방법으로 주요경비를 계산하면, 원고들의 2017년 귀속 소득금액은 386,354,420원, 2018년 귀속 소득금액은 69,611,000원에 불과하므로(소장 13쪽 참조),이 사건 각 처분은 피고가 자의적으로 소득금액을 계산한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 소득세법 제80조 제1항, 제2항은 과세관청의 소득세 결정 및 경정에 대하여 규정하고 있고, 제3항 본문은 과세관청이 소득세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있으며, 다만 같은 항 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다’고 규정하고 있다.

그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제143조 제1항 제1호는 소득금액을 추계조사 결정할 수 있는 사유 중 하나로 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’를 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 소득금액 추계조사 방법을 규정하고 있는데, 그 중 이 사건에 적용되는 제1호는 ①수입금액에서 ‘매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액, 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액, 수입금액에 기준경비율의 1/2을 곱하여 계산한 금액’을 공제한 금액(제1호 본문, 이하 ‘기준소득금액’이라 한다)과 ② 수입금액에서 ‘수입금액에 단순경비율을 곱한 금액’을 공제한 금액에 구 소득세법 시행규칙(2020 3. 13. 기획재정부령 제781호로 개정되기 전의 것) 제67조에서 정한 배율인 3.2를 곱하여 계산한 금액(제1호 단서, 이하 ‘비교소득금액’이라 한다) 중 적은 금액을 소득금액으로 하는 결정방법을 규정하고 있다. 또한 구 소득세법 시행령 제143조 제5항은 ‘매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료의 범위 등은 국세청장이 정하는 바에 의한다’고 규정하고 있다.

이에 따른 이 사건 고시 제4조 제1항은 ‘해당 과세연도 수입금액에서 공제하는매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료 및 종업원의 급여․임금․퇴직급여(이하 ’주요경비‘라 한다)는 해당 과세연도에 지출하였거나 지출할 금액에 기초재고자산에 포함된 주요경비를 가산하고 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘해당 과세연도의 기초재고자산 또는 기말재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 없는 경우에는 기초재고자산 및 기말재고자산을 감안하지 않고 해당 과세연도에 지출하였거나 지출할 주요경비를 수입금액에서 공제할 주요경비로 할 수 있다’고 규정하고 있으며, 제3항은 ‘직전 과세연도 종료일 이전의 주요경비 지출에 대한 내용과 증명서류가 없어 해당 과세연도 개시일 현재 기초재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 없으나 해당 과세연도 종료일 현재 기말재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 있는 경우에는 “기초재고자산의 매출환산금액 × (직전과세연도 해당 업종의 단순경비율 – 직전과세연도 해당 업종의 기준경비율)”의 방법으로 해당 과세연도 개시일 현재 기초재고자산에 포함된 주요경비 금액을 계산할수 있다’고 규정하고 있다.

2) 위와 같은 규정을 종합하면, 소득세 과세표준 계산에 필요한 장부와 증빙서류가 미비 또는 허위인 경우 소득금액을 추계조사할 수 있고, 이 사건에 적용되는 소득금액 추계조사 방법은 ① 수입금액에서 ‘주요경비’ 및 ‘수입금액에 기준경비율의 1/2을 곱한 금액’을 공제한 기준소득금액과 ② 수입금액에서 ‘수입금액에 단순경비율을 곱한 금액’을 공제한 금액에 3.2를 곱한 비교소득금액 중 적은 금액을 소득금액으로 하도록 정하고 있다. 이 사건 고시 제4조 제1항은 ‘주요경비’를 해당 과세연도 지출금액에 기초재고자산에 포함된 주요경비를 가산하고 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 산정하도록 규정하고 있고, 제2항은 기초재고자산 또는 기말재고자산에 포함된 주요경비를 산출할 수 없는 경우 해당 과세연도 지출금액을 주요경비로 할 수 있도록 규정하고 있으며, 제3항은 기말재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 있는 경우 기초재고자산을 산정하는 방법에 관하여 규정하고 있다.

이에 따르면, 이 사건 고시 제4조 제3항은 ‘해당 과세연도 종료일 현재 기말재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 있는 경우’에 적용되는 것으로서, 증명서류에 의하여 기말재고자산에 포함된 주요경비를 계산할 수 있는 경우에 기초재고자산에 포함된 주요경비를 추계의 방법으로 환산할 수 있는 혜택을 주는 규정일 뿐이므로, 위 규정을 적용하기 위해서는 기말재고자산에 포함된 주요경비, 즉 기말재고자산의 매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료 및 종업원의 급여․임금․퇴직급여를 증명서류에 의하여 계산할 수 있어야 한다.

3) 그런데 갑 제3, 4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고들은 이 사건 사업과 관련하여 2017년에 지출한 취득세 및 일부 건축비 합계 102,647,625원에 대한 자료를 보유하고 있을 뿐 나머지 증명서류를 보유하고 있지 않은 사실이 인정된다. 이에 비추어 보면, 원고들은 2017년 기말재고자산인 이 사건 건물 9호, 2018년 기말재고자산인 이 사건 건물 7호에 관한 매입비용, 사업용고정자산 임차료, 종업원 급여 등에 관한 자료를 대부분 보유하고 있지 않은 것으로 보이므로, 기말재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 있는 경우에 해당하지 않는다. 따라서 원고들의 소득금액을 추계조사 함에 있어 이 사건 고시 제4조 제3항을 적용할 수는 없으므로, 기말재고자산에 포함된 주요경비와 기초재고자산에 포함된 주요경비를 모두 0원으로 하여야 한다.

4) 이에 대하여 원고들은, 이 사건 고시 제4조 제3항에 따른 기초재고자산 주요경비 계산방법, 즉 “기초재고자산의 매출환산금액 × (직전과세연도 해당 업종의 단순경비율 – 직전과세연도 해당 업종의 기준경비율)”을 적용하여 기초재고자산에 포함된 주요경비를 계산하고, 원고들이 보유한 증명서류에 의하여 ‘해당 과세연도에 지출한 주요경비’를 계산한 뒤, 위 각 주요경비에서 기말재고자산에 해당하는 금액을 발췌하여 집계하는 방법으로 기말재고자산에 포함된 주요경비를 계산할 수 있다고 주장한다. 그러나 이 사건 고시 제4조 제3항은 증명서류에 의하여 기말재고자산에 포함된 주요경비를계산할 수 있는 경우에 비로소 적용되는 것이므로, 이를 계산할 수 없는 원고들의 경우에는 이 사건 고시 제4조 제3항 자체가 적용되지 않는 것이어서 이 사건 고시 제4조 제3항에 의하여 ‘기초재고자산에 포함된 주요경비’를 계산할 수도 없다. 따라서 원고들이 주장하는 소득금액 산정방법은 이 사건 고시 제4조 제3항의 적용범위를 오인한 것으로서 받아들이기 어렵다.

5) 결국 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에서 한 원고들의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.