1. 피고가 2021. 9. 16. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 경정거부처분 중 172,752,999원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 95%는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 OO시 OOOO구 OOO동 OOO에 관하여 1980. 3. 31. 당시 시행 중이던 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법에 의하여 소유권보존등기를 마쳤다. 위 OOO 토지에서 OOO-2, OOO-5 각 토지가 분할되었다(이하 위 3필지 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다.

나. 원고는 이 사건 토지 위에 건물을 신축하고(2016. 8. 3. 사용승인됨), 기계장치들을 설치하였다(이하 기계장치가 설치된 위 건물을 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다). 이 사건 건물은 일반철골조 샌드위치판넬 구조로 1층은 필로티 형식으로 빈 상태로 내부에 세차기계가 설치되어 있고(세차장), 2층은 11평 규모의 사무실이다.

다. 원고는 이 사건 토지에 관하여 B 외 4명(이하 ‘양수인들’이라고 한다)에게 2020. 8. 28. 양도대금 3,040,000,000원에 양도하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고 2020. 11. 19. 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이 사건 매매계약의 특약사항은 다음과 같다.(표 생략)

라. 한편 원고는 2020. 9. 23. C(OO건설)와 사이에 도급금액을 18,000,000원으로 한 이 사건 건물(세차기 및 사무실) 해체공사계약(이하 ‘이 사건 철거계약’이라 한다)을 체결하여 2020. 10.경 이 사건 건물을 철거하였다. 이 사건 건물에 관하여 2020. 10. 26. 멸실등기가 마쳐졌다.

마. 원고는 2021. 1. 21. 피고에게 2020년 귀속 양도소득세 과세표준 1,869,181,479원, 납부할 세액 749,656,221원을 예정신고하였다. 당시 원고는 양도가액 3,040,000,000원, 필요경비로 취득가액 360,184,553원(환산취득가액), 기타 필요경비 5,984,765원으로 산정하였다.

바. 이후 원고는 2021. 8. 9. 이 사건 매매계약에 이 사건 건물도 포함되어 있으므로 이 사건 건물의 취득가액도 필요경비에 산입되어야 한다고 하면서, 이 사건 토지 환산가액을 339,183,324원으로 변경하고, 이 사건 건물의 취득가액 945,058,190원에서 감가상각비 473,581,809원을 차감한 471,476,381원, 이 사건 건물 철거비용 18,000,000원을 필요경비에 추가로 산입하여(과세표준 1,447,581,813원, 납부할 세액 572,584,361원) 양도소득세 177,071,860원의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였다.

사. 피고는 2021. 9. 16. ‘이 사건 매매계약의 매매가액에는 멸실건물 등 지상물 가액이 미포함된 것으로 판단된다‘는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다.

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 1. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 8. 9. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~6, 12호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 이 사건 건물의 건물을 신축하기 위하여 취득원가 37,330,155원을 지출하였고, 기계장치를 547,728,035원에 취득하였다. 원고는 이 사건 매매계약의 특약사항에 따라 이 사건 건물을 철거하였다. 이 사건 건물의 가액은 이 사건 매매계약의 양도가액에 포함된다. 원고가 이 사건 매매계약을 통해 얻은 이익은 양도대금과 이 사건 매매계약을 통해 상실 또는 지출을 하게 된 이 사건 각 토지의 소유권 이전, 이 사건 건물(부속 시설물 포함)의 소유권 상실, 이 사건 건물(부속 시설물 포함)을 철거하는 데 소요된 공사비용의 지출은 상호 대가관계에 있다.

따라서 이 사건 건물의 가치, 즉 이 사건 건물의 취득가액 945,058,190원에서 감가상각비 473,581,809원을 차감한 471,476,381원은 양도소득을 계산함에 있어 필요경비인 소득세법 제97조 제1항 제1호가 정한 취득가액으로 인정되어야 한다. 원고가 이 사건 매매계약의 특약에 따라 이 사건 건물을 철거하는 데 소요된 철거비용은 소득세법 제97조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제163조 제3항 제4호, 같은 법 시행규칙 제79조 제1항 제2호의 ‘토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용’에 해당한다. 따라서 철거하기 위해 지출한 철거비용 18,000,000원도 필요경비로 인정되어야 한다.

이 사건 매매계약에 따른 의무 이행을 위해 지출한 비용인 철거비용과 이 사건 건물의 가치는 소득세법 시행령은 제163조 제5항 제1호 라목에서 ‘매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용’으로 양도비에도 해당한다.

한편 이 사건 매매계약에서 이 사건 건물은 철거하기로 했으나 지하수 및 전기, 수도시설은 철거하지 않고 양도하기로 하였다. 원고는 이 사건 철거계약에서도 가로등, 변압기 등은 제외하였다. 지하수 및 전기, 수도시설은 이 사건 매매계약의 양도목적물에 포함되어 있으므로, 이 사건 건물의 잔존가치를 필요경비로 인정할 수 없더라도 이 사건 건물 중 지하수 및 전기, 수도시설과 관련하여 원고가 지출한 비용 67,200,000원은 소득세법 제97조 제1항의 필요경비 중 제1호의 취득가액으로 인정되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 필요경비

양도소득세 과세대상은 자산의 양도로 인해 발생하는 이익인 양도차익이고, 양도차익은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액이며, 소득세법 제97조 제1항은 양도가액에서 공제할 필요경비로 ① 취득가액, ② 자본적지출액 등, ③ 양도비 세 가지를 규정하고 있다. ① 취득가액은 자산 취득에 소요된 실지거래가액(확인할 수 없는 경우 감정가액 또는 환산가액)이고, ② 자본적지출액 등은 시행령 제67조 제2항에 따라 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비로서 본래의 용도를 변경하기 위한 개조 비용 등이나 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우 소송비용 등이며, ③ 양도비는 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 계약서 작성 비용, 공증비용, 양도세 신고서 작성 비용, 목적물 명도비용 등이다.

2) 이 사건 건물의 취득비용

앞서 본 바와 같이 이 사건 매매계약에는 ‘이 사건 토지를 매매한다’는 기재가 있고, 지상의 자동차 관련 시설(이 사건 건물)은 매매에서 제외하고 원고가 이 사건 건물을 철거하기로 하는 특약이 있다. 이 사건 토지 등기사항전부증명서에도 이 사건 토지의 거래가액으로 3,040,000,000원이 기재되어 있다. 양수인들도 철거될 이 사건 건물의 가치를 이 사건 토지 양도대금에 고려하지는 않았을 것이다. 따라서 이 사건 건물이 이 사건 매매계약의 목적물에 포함되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 건물의 잔존가치가 이 사건 매매계약의 포함되었다고 볼 수 없다.

이 사건 매매계약의 목적물은 이 사건 토지만이고 이 사건 건물은 포함되어 있지 않다. 이 사건 건물은 앞서 본 바와 같이 원고가 소유하고 있던 이 사건 토지에 신축한 것이므로 이 사건 건물의 잔존가치는 이 사건 토지의 취득가액과 무관하여 그 취득가액에 포함시킬 수 없다. 또한 이 사건 건물의 잔존가치는 이 사건 토지의 양도와는 무관한 비용이므로 양도비에 해당한다고도 할 수 없다. 따라서 이 사건 건물이 잔존가치는 이 사건 토지의 양도차익을 산정함에 있어 양도가액에서 공제할 필요경비라고 볼 수 없고 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3) 철거비용

이 사건 매매계약에서 이 사건 건물을 철거하기로 특약한 것은 이 사건 건물의 존재가 이 사건 토지 이용의 편의를 저해하는 장애에 해당하였기 때문으로 보인다. 이 사건 건물 철거에 관한 특약이 없었다면 양수인들이 이 사건 건물을 철거하였을 것이다. 이 사건 건물을 철거하지 않고 이 사건 토지를 매도하였다면 양수인들은 이 사건 건물 철거비용 상당액만큼 이 사건 토지에 관한 양도대금을 감액했을 것으로 보이므로, 이 사건 건물 철거는 이 사건 토지의 양도대금을 증가시켰다고 볼 수 있다. 따라서 이 사건 건물 철거비용은 소득세법 시행령 제163조 제3항 제4호, 소득세법 시행규칙 제79조 제1항 제2호의 ‘토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용 등’으로 소득세법 제97조 제1항 제2호에 해당하는 필요경비라고 인정할 수 있다. 이 사건 건물 철거비용은 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 라목이 정한 ‘매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용’으로 필요경비에 속하는 양도비에 해당한다고도 할 수 있다.

한편 원고는 이 사건 건물 철거비용은 18,000,000원이라고 주장하면서 OO건설 대표인 C에게 11,000,000원을 지급하였고, OO건설 측의 요청에 따라 6,925,050원(6,925,550원의 오기로 보인다)을 OO시, 수거업체 등에 대지급하였다고 주장한다. 갑 제12, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고가 이 사건 철거계약에 따른 대금으로 C 측에 14,690,000원을 지출한 사실을 인정할 수 있으나 한편, 갑 제13호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 의하면, 원고가 주장하는 6,925,550원 중 1,623,870원과 1,611,680원은 OO시에 낸 원고의 부가가치세인 사실을 인정할 수 있으므로 위 돈들은 원고가 이 사건 철거계약과 관련하여 OO건설 측의 요청에 따라 대지급한 돈이라고 볼 수 없다. 따라서 원고가 지출한 이 사건 건물 철거비용은 14,690,000원이고 14,690,000원을 초과하여 18,000,000원이라고 인정할 증거는 없다.

4) 지하수 및 전기, 수도시설 비용

앞에서 본 바와 같이 이 사건 건물 잔존가치는 이 사건 토지의 취득가액에 포함시킬 수 없다. 지하수 및 전기, 수도시설도 이 사건 건물의 일부에 해당하므로 지하수 및 전기, 수도시설 비용 또한 이 사건 토지의 취득가액으로 인정될 수 없다.

지하수 및 전기, 수도시설 비용이 이 사건 토지 양도대금에서 공제할 필요경비에 해당한다고 하더라도 갑 제14호증의 기재만으로는 원고가 주장하는 비용(통신공사 계약금, 세차장 전기공사 대금, 배수설비공사 대금)이 이 사건 매매계약에서 정한 지하수 및 전기, 수도시설과 관련 있는 비용이라고 인정할 수 없고, 달리 인정할 증거가 없다(원고는 이 사건 철거계약에서 가로등, 변압기만 철거대상에서 제외하였다).

5) 취소의 범위

과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 심판 대상은 과세관청이 부과·고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위 내에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조).

원고의 예정신고 세액 등과 철거비용 14,690,000원이 필요경비로 추가로 인정됨에 따른 정당한 세액은 다음과 같다.(표 생략)

따라서 이 사건 처분 중 4,318,861원 상당 부분[172,752,999원(= 177,071,860원 – 4,318,861원) 초과 부분]은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.