1. 피고가 2018. 10. 10. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 376,506,330원의 부과처분 중 346,667,126원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2018. 10. 10. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 376,506,330원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 8. 20. 인천 ○○군 ○○면 ○○리 1519 답 3,164㎡를 2억 1,000만원에 매수하여 2013. 10. 21. 그 소유권이전등기를 마쳤고, 2014. 5. 23. 인천 ○○군 ○○면 ○○리 1520-1 답 2,356㎡를 1억 300만 원에 매수하여 2014. 8. 4. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 원고가 대표이사로 재직(재직기간 2015. 6. 16.~2017. 3. 20.)하고 있던 주식회사 BB개발(이하 ‘BB개발’이라 한다)과 위 각 토지에 관하여 아래와 같은 내용의 공사계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 공사’라 한다).

다. BB개발과 당시 BB개발의 대표 내지 임원이었던 원고와 김CC 등은 2015. 3.경 ○○군수로부터 이 사건 공사와 관련하여 인천 ○○군 ○○면 ○○리 1519 일부 토지에 관한 개발행위(토지형질변경) 허가를 받았다.

라. 인천 ○○군 ○○면 ○○리 1519 답 3,164㎡ 및 같은리 1520-1 답 2,356㎡는 아래 표와 같이 분할 및 지목 변경되었고, 분할 후 위 토지의 지적도는 아래 그림과 같다(분할된 토지 전체를 이하 ‘이 사건 토지’라 하고, ○○리 1519 토지에서 분할된 1519-1 내지 4 토지를 이하 ‘이 사건 제1토지’라 하며, ○○리 1520-1 토지에서 분할된 1520-1, 5, 6, 7 토지를 이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다).

<표 생략>

마. 원고는 2017. 7. 21. 박DD을 대리한 김EE, 김FF과 이 사건 토지 중 인천 ○○군 ○○면 ○○리 1519 답 674㎡, 1519-1 답 660㎡, 1519-2 답 660㎡, 1519-3 답 660㎡ 합계 2,654㎡ 및 같은 리 1519-4 및 1519-7 중 일부 지분을 인천 ○○군 ○○면 ○○리 497-2에 위치한 건물(○○랜드 모텔)과 교환하기로 하는 내용의 교환계약을 체결하였다. 위 교환계약의 내용은 모텔 건물의 교환 가액을 18억 5,000만 원으로, 원고 소유의 위 토지의 가액을 8억 6,000만 원으로 각 평가하고, 원고가 위 모텔 건물에 관한 대출금 10억 9,000만 원을 인수하며, 박DD이 원고에게 교환 차액 1억 원을 지급하기로 하는 것이었다.

바. 위 교환계약 이후 ○○랜드 모텔 건물은 2017. 8. 14. 박DD에서 김EE, 김FF 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다가 2017. 9. 8. 원고가 대표이사로 재직하던 주식회사 카○○ 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

사. 이 사건 제1토지와 이 사건 토지 중 도로로 지목변경된 부분에 관하여는 2017. 9. 8. 원고와 김EE, 김GG, 김HH, 김JJ 사이에 아래와 같은 내용의 매매계약서가, 이 사건 제2토지와 이 사건 토지 중 도로로 지목변경된 부분에 관하여는 2017. 11. 23. 원고와 한KK, 한LL 사이에 아래와 같은 내용의 매매계약서가 각 작성되었다(이하 위 매수인들을 이하 ‘김EE 등’이라 한다).

아. 원고와 BB개발 사이에는 2017. 11. 30. 아래와 같은 내용의 공사대금 정산합의서가 작성되었다.

자. 원고는 2017. 11. 30. 피고에게 이 사건 제1토지에 관한 양도소득세를 신고하면서 위 토지에 관한 양도가액을 735,932,000원, 취득가액을 184,060,026원, 필요경비로 위 토지에 대한 토목공사비 490,206,070원으로 신고하면서 양도소득세 7,499,835원을 신고․납부하였고, 2018. 1. 25. 피고에게 이 사건 제2토지에 관한 양도소득세를 신고하면서 위 토지에 관한 양도가액을 494,243,920원, 취득가액을 98,486,481원, 필요경비로 위 토지에 대한 토목공사비 364,420,768원을 신고하면서 양도소득세 5,001,999원을 신고․납부하였다.

차. 피고는 2018. 10. 10. 원고가 필요경비로 신고한 토목공사비 812,810,695원 중 737,680,815원(이 사건 제1토지 중 361,680,815원, 이 사건 제2토지 376,000,000원)을 인정하지 않고, 원고가 양도소득세를 불성실하게 신고하였다는 이유로 이 사건 토지에 관한 2017년 귀속 양도소득세로 원고에게 376,506,330원을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

카. 원고는 이 사건 처분에 대해 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 12. 21. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 6, 8 내지 13호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재 내지는 영상, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고는 BB개발에 이 사건 토지에 관한 토목공사를 합계 10억 원의 공사대금으로 도급을 주었으나, 자금 사정으로 인하여 현금으로 지급한 8,400만 원을 제외한 나머지 공사대금 916,000,000원과 공사대금 지연지급에 따른 지연이자 14,175,920원 합계 930,175,920원의 지급에 갈음하여 이 사건 토지를 BB개발에 대물변제하기로 하였고, 위 정산합의에 따라 원고는 BB개발이 지정하는 김EE 등에게 이 사건 토지의 소유권을 이전하였다.

  이에 의하면, 이 사건 토지에 관한 양도차익을 산정함에 있어 양도가액은 곧 원고가 BB개발에 대물변제하기로 한 미지급 공사대금 상당액이고, 양도가액에서 공제할 자본적 지출액 역시 위 미지급 공사대금 상당액이다. 그럼에도 피고는 원고와 BB개발 사이의 대물변제 합의가 허위임을 전제로 원고가 신고한 자본적 지출액 중 원고가 BB개발에게 현실적으로 지급한 8,400여만 원만을 인정하면서도, 모순적으로 원고가 BB개발에 대물변제하기로 한 액수에 해당하는 매매대금 전체를 양도가액으로 인정하였다.

  BB개발이 이 사건 공사를 실시하였음은 명백하므로, 피고로서는 이 사건 토지에 관한 매매대금을 양도가액으로 인정하는 경우 원고가 BB개발에 부담하는 공사대금 채무액을 자본적 지출액으로 인정하여야 한다.

 2) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 원고가 양도소득세를 부당하게 과소신고하였다는 이유로 가산세를 부과하였으나, 위에서 보는 바와 같이 실제 원고가 BB개발에 공사를 도급주고 BB개발이 그 공사를 모두 완료하여 원고가 BB개발에 지급할 공사대금이 존재하는 이상 원고는 양도소득세를 부당하게 과소신고한 것이 아니다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 토지의 양도에 따른 원고의 양도차익 발생 여부

 1) 원고는 BB개발에 미지급 공사대금의 지급에 갈음하여 BB개발이 지정하는 김EE 등 매수인에게 이 사건 토지를 직접 매도하는 형태로 대물변제를 하였으므로, 원고가 이 사건 부동산을 양도함에 있어 양도차익을 얻은 것은 없다고 주장한다.

 2) 원고의 위 주장은 원고와 BB개발 사이에 체결된 2017. 11. 30.자 공사대금 정산합의서의 내용과 그 공사대금 액수가 진실함을 전제로 하고 있다. 그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 각 사정들을 종합하면, 원고와 BB개발 사이의 공사도급 계약 및 정산합의의 내용은 그대로 믿기 어렵고, 이 사건 토지를 김EE 등에게 매도하고 매매대금 상당액의 이익을 얻은 것은 원고임을 인정할 수 있다.

   ① 대물변제의 방법으로 자산을 양도한 경우 대물변제를 주장하는 사람이 대물변제를 입증할 책임이 있다. 그런데 개인이 부동산을 매수한 후 그 개인과 밀접한 관련이 있는 공사업체에 거액의 공사대금을 책정하여 해당 부동산에 관한 공사를 도급주고, 공사대금 상당액을 대물변제액으로 하여 해당 부동산을 공사업체에 대물변제하는 구조에서는, 양도가액과 자본적 지출액으로 공제되는 공사대금이 일치하게 되어 사실상 양도소득세가 부과될 여지가 없게 된다. 따라서 이와 같은 거래관계에 있어서는 해당 대물변제가 실지에 부합한지, 공사대금이 실제 공사를 반영한 대금인지 여부를 꼼꼼히 따질 필요가 있다.

  ② 원고의 주장대로라면 이 사건 토지를 대물변제받기로 한 BB개발이 김EE 등에게 토지를 다시 양도한 것인데, BB개발과 김EE 등 사이에서는 이 사건 토지의 양도와 관련해 작성한 서류(분양계약 내지는 매매계약서 등)가 존재하지 않고, 처분문서인 이 사건 토지에 관한 각 매매계약서상 매도인은 원고일 뿐이다.

  ③ 이 사건 토지의 양도에 있어서 원고와 BB개발 사이의 공사대금 정산합의서 내용대로라면 원고의 미지급 공사대금 상당액이 BB개발에게 귀속되어야 함에도, 김EE 등 매수인들이 BB개발에게 매매대금을 지급하였음을 인정할 만한 증거가 없다. 오히려, 아래와 같은 사실관계에 의하면, 이 사건 토지의 매매대금은 원고에게 귀속된 것으로 보인다.

   ㉮ 원고는 BB개발과 공사대금 정산을 하기 앞서 이 사건 제1토지의 매수인 중 1인인 김EE과 그가 소유하게 될 ○○랜드 모텔 건물과 매매대상 토지인 이 사건 제1토지 중 일부를 교환하면서 그 차액으로 1억 원을 지급받기로 하였다.

   원고와 ○○랜드 모텔에 관한 교환계약을 체결한 김EE은 제1토지의 매수인이자, 다른 매수인 김GG, 김HH, 김JJ를 대리해 원고와 이 사건 제1토지에 관한 매매계약을 체결하였고, 위 매매계약일인 2017. 9. 8.에 ○○랜드 모텔 건물은 원고가 대표이사로 재직하던 주식회사 카○○ 앞으로, 이 사건 제1토지는 김EE, 김GG, 김HH, 김JJ 앞으로 각 소유권이전등기가 마쳐진 점, 이 사건 제1토지의 매매대금 합계액(735,932,000원)이 공사대금 정산합의서에 적힌 교환대금과 일치하는 점에 비추어 보면, 이 사건 제1토지의 매수인들은 BB개발이 아닌 원고에게 매매대금의 지급에 갈음하여 위 모텔 건물의 소유권을 원고 내지는 원고가 지정하는 주식회사 카○○ 앞으로 소유권을 이전한 것으로 보인다.

   ㉯ 이 사건 제2토지 역시 원고의 주장대로라면 원고가 BB개발이 지정하는 한KK, 한MM에게 매도하면서 그 미지급 공사대금에 해당하는 매매대금이 BB개발에 귀속되어야 함에도 그 매매대금이 BB개발에 귀속되었음을 인정할 만한 증거는 전혀 없다.

   ⑤ 원고는 전원주택 부지를 매입하여 해당 토지를 전원주택 부지로 형질변경 및 개량하여 이를 분양하는 사업을 해왔다. 원고가 이 사건 토지를 매수한 것도 같은 목적이었고, 원고는 기존에 ‘답’이었던 이 사건 토지를 ‘대지’와 ‘도로’로 개발하면서 7개의 전원주택 부지 및 그 부지에 이르는 도로를 만들었고, 실제 김EE 등 매수인 중 일부는 매수한 대지 위에 주택을 건축하였다. 그리고 이 사건 토지 일대에는 전원주택부지를 개발하여 “토지주가 직접 토지를 분양”한다는 내용의 플래카드가 걸려 있고, 실제 그 내용대로 원고와 김EE 등 매수인들 사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약서가 작성된 점에서 이 사건 토지는 원고가 김GG 등에게 직접 매도한 것이 분명하다.

나. 양도차익에서 공제할 필요경비의 범위

 1) 원고의 주장

  원고는 BB개발이 실제 이 사건 토지에 관한 토목공사 등을 모두 완료하였고, 원고와 BB개발 사이에 체결된 공사도급계약 및 공사정산 합의는 모두 진실하므로, 피고는 이 사건 토지의 양도에 따른 양도차익을 계산함에 원고가 신고한 이 사건 토지에 관한 공사비용 490,206,070원(이 사건 제1토지) 및 364,420,768원(이 사건 제2토지) 전부를 자본적 지출액으로서 공제해야 한다고 주장한다.

 2) 판단

   가) 관련 규정

   소득세법 제97조 제1항 제2호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것)에서는 위 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하나로 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 들고 있으며, 위 비용에 대한 필요경비의 인정은 ‘소득세법 및 법인세법에 따른 계산서, 부가가치세법에 따른 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증을 수취․보관한 경우’로 규정하고 있다.

   나) 입증책임

    양도소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 양도소득세 과세표준 산정을 위한 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 기타 필요경비 등을 공제한 것이므로 양도가액뿐만 아니라 취득가액, 기타 필요경비 등의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하므로(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 취지 참조), 이 사건 양도차익을 계산함에 있어 자본적 지출액에 관한 입증책임은 원고에게 있다.

   다) 구체적인 판단

    을 제13호증, 을 제19호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, BB개발이 원고에게 이 사건 토지에 관한 공사계약에서 정한 공사대금 액수를 공급가액으로 하는 세금계산서를 발급해주었고, BB개발이 위 공사에 관한 부가가치세 신고를 한 사실은 인정된다.

    그러나 한편, 앞서 든 증거들에 을 제7 내지 19호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정들, 즉 ① 이 사건과 같이 양도차익에서 공제될 미지급 공사대금 상당액을 대물변제 하였다면서 대물변제금액을 양도가액으로 신고하는 경우 부당하게 공사대금을 부풀려 양도소득세를 면탈할 가능성이 높은 점, ② BB개발이 이 사건 공사 즈음에 이 사건 공사 외 다른 공사 또한 진행하였을 가능성도 존재하므로, BB개발이 이 사건 공사 즈음에 지출한 금액 전액이 이 사건 공사에 투입된 비용이라고 단정할 수 없는 점, ③ BB개발이 이 사건 공사에 관한 부가가치세를 신고하였으나 해당 세금을 납부하지 않은 점, ④ 원고는 BB개발이 이 사건 공사를 실시하면서 다수의 공사업체에 장비 사용료를 지급하고, 건축자재 등을 매입하였다고 주장하고 있으나, BB개발이 그 당시 부가가치세를 신고하면서 매입자료로 신고한 내역은 58,443,000원에 불과한 점, ⑤ BB개발의 2015년~2017년 사이의 대차대조표에도 건설용 장비, 기계장치 등 관련 계정항목이 존재하지 않는 점에서 이 사건에서 원고의 양도차익에서 공제할 자본적 지출액은 원고가 실제 BB개발에 이 사건 공사대금으로 지급한 금액(8,400만 원)과 BB개발이 공사대금으로 지출하였다고 주장하는 금액 중 금융거래자료에 의해 그 금액이 객관적으로 입증되고, 상대 업체에 의해 위 비용이 이 사건 공사와 관련된 비용임이 인정되는 금액에 한하여 인정하는 것이 타당하다.

   이에 의하면, 피고가 이 사건 처분 당시 인정한 자본적 지출액에 추가로 인정되는 이 사건 토지에 관한 자본적 지출액은 아래 [표] 인정금액란 합계액인 82,451,664원이다.

<표 생략>

다. 과소신고에 따른 가산세 부과의 적법 여부

국세기본법 제47조의3 제1항 제1호가 규정하는 부정행위로 과소신고한 경우란 과세요건 사실의 발견을 곤라하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미하며, 이 경우 허위의 세금계산서를 수취하는 방법으로 경비를 허위계상하여 과세표준을 과소신고한 경우는 부정과소신고 가산세의 대상이 될 수 있다.

  앞서 본 사실 및 사정들에 의하면, 원고는 양도소득세를 감면받기 위해 자신이 대표이사로 있던 BB개발과의 공사대금 정산서 및 대물변제 약정을 통해 부당하게 양도소득세를 감면받으려 과소신고함이 분명하므로, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 원고에 대하여 부정행위로 과소신고하였음을 이유로 가산세를 부과한 것은 적법하다.

라. 소결론

 앞서 인정한 이 사건 토지의 양도에 따른 양도차익에서 공제할 자본적 지출액을 반영하였을 때 이 사건 토지의 양도에 따른 원고의 양도소득액수는 별지 기재와 같이 346,667,126원이다.

따라서 이 사건 처분은 위 세액의 범위 내에서 적법하고 그 범위를 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.