1. 피고가 2022. x. 20. 원고에 대하여 2022년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원, 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 건물 건설 및 임대사업자 등록

1) 원고는 20xx.x.x 주식회사 BBB종합건설과 사이에 원고가 위 회사에 OO시 OO동 xxx-xx 토지․ OO동 xxx-xx 토지에 건물[제1종 근린생활시설 및 다가구주택(x가구), 이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다]을 신축하는 공사를 도급하는 계약을 체결하였고, 20xx. x. xx. 주용도를 단독주택(다가구주택)으로 한 건축허가를 받아 이 사건 임대주택을 건설하여 20xx. x. xx. 사용승인을 받았으며, 20xx. x. x. 이 사건 임대주택에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

2) 원고는 20xx. x. xx. OO시 OO구청장에게 이 사건 임대주택(xxx호, xxx호, xxx호, xxx호, xxx호, xxx호)에 관하여 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다) 제5조에 따라 다음 표 기재와 같이 임대사업자 등록을 하였다.

나. 피고의 원고에 대한 종합부동산세․농어촌특별세 부과처분

1) 원고는 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2022. 6. 1.) 당시 이 사건 임대주택 및 OO시 O구 OO로 xx길 xx, xxx동 xxxx호(OO동, 20xx. x. xx. 취득, 이하 ‘이 사건 거주주택’이라 한다)를 소유하고 있었다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 주택’이라 한다).

2) 피고는 ① 원고는 임대를 목적으로 이 사건 임대주택을 건설한 것이 아니므로 이 사건 임대주택은 구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전 의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법’이라 한다) 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항 제7호에 따라 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되는 ‘건설임대주택’에 해당하지 않고, ② 이 사건 임대주택은 ‘매입임대주택’에 해당하는데, 원고가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 조정대상지역에 있는 이 사건 임대주택을 새로 취득하였으므로 이 사건 임대주택이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목에 따라 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되지 않는다고 보아, 다음 표 기재와 같이 이 사건 각 주택의 공시가격을 합산하여 세액을 산출한 뒤2022. 11. 20. 원고에게 2022년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원), 농어촌특별세xx,xxx,xxx원)을 결정․고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

인정근거】 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 3, 5, 7, 8, 11호증, 을1, 2호증의 각 기재, 변론

전체의 취지

2. 관계 규정

별지 기재와 같다.

3. 당사자들의 주장

가. 원고

이 사건 임대주택에 관하여 매입임대주택으로 임대사업자 등록이 되어 있기는 하나, 원고는 임대를 목적으로 이 사건 임대주택을 건설하여 취득하였으므로, 이 사건 임대주택은 실질적으로 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호에 따라 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되는 ‘건설임대주택’에 해당한다. 원고가 임대를 목적으로 이 사건 임대주택을 건설한 것은 객관적 자료를 통해 명확히 확인됨에도, 피고는단지 이 사건 임대주택에 관하여 매입임대주택으로 임대사업자 등록이 되어 있다는 이유만으로 이 사건 임대주택을 매입임대주택으로 보아 이 사건 각 처분을 하였는데, 이는 과도한 법 해석에 해당할 뿐만 아니라 국세기본법 제14조에 규정된 실질과세의 원칙에 반한다. 또한, 원고는 민간임대주택법에 정해진 규제를 받으면서도 이 사건 각 처분으로 인해 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되는 혜택은 받지 못하고 있으므로, 이 사건 각 처분은 조세정의를 훼손하는 결과를 초래한다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 피고

다음 사유로 이 사건 각 처분은 적법하다.

1) 이 사건 임대주택은 매입임대주택(장기일반민간임대주택)으로서 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호가 적용되는데, 원고는 이 사건 거주주택을 보유한 상태에서 조정대상지역에 있는 이 사건 임대주택을 취득하였으므로, 구 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 제8호 나목에 따라 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되지 않는다.

2) 종합부동산세 집행기준 8-3-4는 소유권보존등기 후에 임대사업자 등록을 한 경우 합산배제되는 건설임대주택에 해당하지 않는다고 명시하고 있고, 국토교통부․국토해양부․법제처․대국민서비스 렌트홈 역시 같은 내용으로 해석을 하고 있는데, 원고는 이 사건 임대주택에 관한 소유권보존등기일(20xx. x. x.) 이후인 20xx. x. xx. 임대사업자 등록을 하였다. 또한, 원고가 이 사건 임대주택을 임대 목적으로 건설하였음을 확인할 수 있는 자료도 없다. 따라서 이 사건 임대주택은 건설임대주택에 해당하지 않으므로, 이 사건 임대주택이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호에 따라 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제된다고 볼 수도 없다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관계 규정의 내용

구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제 7호는 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 건설임대주택 중 장기일반민간임대주택으로서 일정 요건(전용면적이 149제곱미터 이하이고 임대를 개시한 날 또는 최초로 합산배제신고를 한 연도의 공시가격이 900,000,000원 이하이며 임대보증금의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 등)을 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택은 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제된다고 규정하고 있다. 그리고 구 민간임대주택법(2023. 3. 28. 법률 제19313호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제2조 제2호 가목은 민간건설임대주택이란 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택을 말한다고 규정하고 있다.

나. 어떤 임대주택이 건설임대주택에 해당하는지 여부를 판단하는 기준

1) 관련 법리

상급행정기관이 소속 공무원이나 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석․적용 기준을 정해 주는 ‘행정규칙’은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다. 처분이 행정규칙을 위반하였다고 해서 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 처분이 행정규칙을 따른 것이라고 해서 적법성이 보장되는 것도 아니다. 처분이 적법한지는 행정규칙에 적합한지 여부가 아니라 상위법령의 규정과 입법 목적 등에 적합한지 여부에 따라 판단해야 한다(대법원 2019. 7. 11. 선고 2017두38874 판결 등 참조).

2) 판단

을4, 6호증의 각 기재에 따르면, ① ’종합부동산세 집행기준 8-3-4‘가 ’합산배제되는 건설임대주택은 소유권보존등기 전까지 임대사업자 등록을 마치고 임대한 경우에 해당하므로, 보존등기 후에 임대사업자 등록을 한 경우 합산배제되는 건설입대주택에 해당하지 않는다’고 정하고 있는 사실, ② 국토교통부 발간 업무매뉴얼이 ‘건축허가를 받은 경우라면 건축 목적이 명확하지 않아 소유권보존등기 전까지 임대사업자를 등록 하여야만 임대를 목적으로 건설하였다 판단하여 건설임대사업자로 등록할 수 있다’고 정하고 있는 사실, ③ 법제처가 주택을 신축하여 소유권보존등기를 마친 후 민간임대주택으로 등록하는 경우에는 해당 주택은 민간임대주택법 제2조 제2호 가목에 규정된 민간건설임대주택에 해당하지 않는다는 법령해석을 한 사실(안건번호 21-0140)이 인정된다.

그러나 관계 규정의 내용과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 어떤 임대주택이 구 민간임대주택법 제2조 제2호 가목에 규정된 건설임대주택에 해당하는지 여부는 해당 임대주택에 관하여 소유권보존등기를 마치기 전에 임대사업자 등록이 되었는지 여부에 따라 판단할 것이 아니라, 해당 임대주택이 실제로 임대를 목적으로 건설되었는지 여부를 그 임대주택 건설 전후의 사정에 비추어 구체적․개별적으로 살펴 판단하여야 한다고 봄이 타당하다.

가) 구 민간임대주택법은 ’민간건설임대주택‘을 ’임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택‘으로 정의하고 있을 뿐, 소유권보존등기를 마치기 전에 임대사업자 등록이 된 임대주택만을 민간건설임대주택으로 본다는 취지의 규정은 두고 있지않다. 또한, 민간임대주택법 시행령․시행규칙에도 어떤 임대주택이 민간건설임대주택에 해당하는지 여부를 소유권보존등기 이전에 임대사업자 등록이 되었는지 여부에 따라 판단한다는 내용은 규정되어 있지 않다.

나) 앞서 본 대로 ’종합부동산세 집행기준 8-3-4‘, 국토교통부 발간 업무매뉴얼, 법제처 법령해석은 임대주택에 관하여 소유권보존등기를 마치기 전까지 임대사업자 등록을 마치고 임대한 경우에만 그 임대주택이 건설임대주택에 해당하고, 소유권보존등기 이후에 임대사업자 등록을 마친 경우에는 건설임대주택에 해당하지 않는다는 취지로 규정하고 있다. 그러나 종합부동산세법, 민간임대주택법이 하위 규정에 건설임대주택의 판단기준을 정할 것을 위임하였다고 볼 만한 자료가 없는 이상, 위 종합부동산세 집행기준 등은 국토교통부 등이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호, 구 민간임대주택법 제2조 제2호 가목을 자체적으로 해석하여 어떤 임대주택이 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되는 건설임대주택에 해당하는지에 관한 판단기준을 정한 것으로, 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다.

다) 피고는 ’건축허가를 받아 주택을 건설하는 경우 해당 주택을 타인에게 분양하기 위해 건설한 것인지, 본인이 거주하기 위해 건설한 것인지, 임대하기 위해 건설한 것인지 구분할 수 없어 해당 주택이 임대를 목적으로 건설되었다는 것을 객관적으로 확인할 필요가 있으므로, 해당 주택에 관하여 소유권보존등기를 마치기 이전에 임대사업자로 등록한 경우에만 건설임대주택에 해당한다고 보아야 한다‘고 주장한다. 그러나 건축허가를 받아 주택을 건설하는 경우에도 주택 건설 전후의 사정을 종합하여 해당 주택의 건설 목적이 무엇인지 판단할 수 있으므로, 피고의 주장은 임대주택이 임대를 목적으로 건설된 것인지 여부를 ’임대사업자 등록이 소유권보존등기보다 먼저 이루어졌는지‘라는 형식적 기준에 따라 판단하여야 한다는 행정편의주의적인 해석일 뿐이어서 받아들이기 어렵다.

다. 원고가 임대를 목적으로 이 사건 임대주택을 건설하였는지 여부

1) 인정사실

갑4, 8호증, 갑9호증의 1 내지 6, 갑10호증의 1 내지 4, 을5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

가) 원고는 개업연월일을 20xx. x. xx.로, 사업장소재지를 OO시 OO동 xxx-xx 토지․OO동 xxx-xx 토지(이 사건 임대주택 소재지)로, 사업의 종류를 ’부동산(업태) 임대(종목)‘로 하여 사업자등록을 하였고, 20xx. x. xx. 사업의 종류에 ’부동산(업태) 주택임대(종목)‘를 추가하는 것으로 사업자등록을 정정하였다.

나) 원고는 이 사건 임대주택에 관하여 다음 표 기재와 같이 임대차계약을 체결하였다(이 사건 임대주택 XXX호는 원고의 아들이 임차하였다).

다) 원고는 이 사건 임대주택 xxx호, xxx호, xxx호, xxx호에 관하여 다시 다음 표 기재와 같이 임대차계약을 체결하였다.

2) 판단

원고가 이 사건 임대주택에 관하여 소유권보존등기를 마친 후인 20xx. x. xx. 구 민간임대주택법 제5조에 따라 임대사업자 등록을 하고 20xx. x. xx. 사업자등록상 사업의 종류에 ’주택임대‘를 추가한 사실, 원고가 20xx. x. xx. 이 사건 임대주택에 관하여 주택 구분을 ’민간매입임대주택‘으로 하여 임대사업자 등록을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 앞서 본 처분의 경위와 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어, 원고는 임대를 목적으로 이 사건 임대주택을 건설하였다고 봄이 타당하다.

가) 원고는 20xx. x. xx. 이 사건 임대주택에 관한 공사도급계약을 체결하고 20xx. x. xx. 건축허가를 받았는데, 그 직후인 20xx. x. xx.경 이 사건 임대주택에 관하여 사업의 종류를 ’부동산(업태) 임대(종목)‘로 하여 사업자등록을 하였으므로, 원고가 이 사건 임대주택을 임대할 목적으로 건설하였음을 추단할 수 있다[피고는 원고가 20xx. x. xx.경 한 사업자등록은 이 사건 임대주택 중 근린생활시설(상가) 부분에 대한 것일 뿐이어서 이 사건 임대주택이 임대 목적으로 건설되었음을 뒷받침할 수 없다고 주장하나, 원고가 이 사건 임대주택 중 근린생활시설 부분만을 임대하기 위해 사업자등록을 하였다고 볼 만한 사정이 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다].

나) 원고는 사용승인일(20xx. x. xx.) 직후인 20xx. x. x. 이 사건 임대주택 xxx호를 임대한 것을 비롯하여 20xx. x. xx.까지 이 사건 임대주택 xxx호, xxx호, xxx호, xxx호, xxx호, xxx호를 모두 임대하였고, 그중 xxx호, xxx호, xxx호, xxx호에 관한 임대차기간이 종료하자 20xx. x. xx.부터 20xx. x. x.까지 사이에 위 호수를 다시 임대하는 등 실제로 이 사건 임대주택을 계속하여 임대해 왔다.

다) 다가구주택은 건축법 제2조 제2호, 건축법 시행령 [별표 1]에 따라 단독주택으로 분류되는 주택으로서 구분소유의 대상이 되지 않아 다가구주택을 각 호실별로 분양하는 것은 용이하지 않다. 그럼에도 원고는 주용도를 단독주택(다가구주택)으로 한 건축허가를 받아 이 사건 임대주택을 건설하였는데, 이는 원고가 분양을 목적으로 이 사건 임대주택을 건설한 것이 아님을 뒷받침한다.

라) 달리 원고가 이 사건 임대주택 건설 이후 이 사건 임대주택에서 거주하였다거나 이 사건 임대주택의 분양을 시도하였다고 볼 만한 자료가 없다.

마) 원고가 20xx. x. xx. 이 사건 임대주택에 관하여 주택 구분을 ’민간매입임대주택‘으로 하여 임대사업자 등록을 하기는 하였으나, 을6호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정, 즉 ① 원고가 건설임대주택으로 임대사업자 등록을 신청하였으나 OO시 OO구청 직원으로부터 소유권보존등기 이후 이루어지는 임대사업자 등록은 예외 없이 민간매입임대주택으로 등록 신청을 해야 한다는 답변을 받고 어쩔 수 없이 민간매입임대주택으로 등록하였다고 주장하는 점, ② OO시 OO구청장이 관련 행정사건의 사실조회에 대하여 ‘소유권보존등기를 마친 후에는 건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하는 것이 불가능하다’고 회신하였으므로 원고의 위 주장이 신빙성이 있는 점 등에 비추어, 원고가 민간매입임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다는 사실만으로 이 사건 임대주택이 건설임대주택에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.

라. 소결

원고는 임대를 목적으로 이 사건 임대주택을 건설하였으므로 이 사건 임대주택은 건설임대주택에 해당한다. 또한, 앞서 본 사실관계에 따르면, 이 사건 임대주택 중 적어도 2호 이상의 주택)은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호 각 목에 규정된 요건(전용면적이 149㎡ 이하이고 임대를 개시한 날 또는 최초로 합산배제신고를 한 연도의 공시가격이 900,000,000원 이하이며 임대보증금의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 등)을 갖춘 것으로 보인다.

따라서 이 사건 임대주택 중 일부는 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호에서 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 배제되는 것으로 규정한 건설임대주택에 해당함에도, 피고는 이 사건 임대주택이 건설임대주택에 해당하지 않아 종합부동산세 과세표준 합산 대상에 포함된다는 전제에서 이 사건 임대주택과 이 사건 거주주택의 공시가격을 합산하여 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.