청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2018. 1. 16. 원고에게 한 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지에 대한 부가가치세 등 합계 00,000원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

국가는 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하고자 2003. 7. 29. 법률 제6955호로 구 철도산업발전기본법을 제정하고, 기존의 철도청과 ○○공단의 관련 조직을 통·폐합하거나 그 조직을 전환하여 □□공단(2020. 9. 10. 원고로 명칭이 변경되었다. 이하 명칭 변경 전후를 통틀어 ‘원고’라 한다)과 ○○공사를 각 각 설립한 후, 철도시설 부문은 원고로 하여금 철도의 선로 등 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 업무의 일부를 대행하도록 하고, 철도운영 부문은 ○○공사로 하여금 철도 여객 및 화물운송 등 철도운영사업을 수행하도록 하였다. 이에 따라 원고는 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업을 효율적으로 시행함으로써 국민의 교통편의의 증진과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위하여 2003. 12. 31. 설립되었다.

나. 관련 계약의 체결 및 경과

1) 국가는 2004. 4.경 원고와 사이에 철도자산 전반에 관한 관리업무를 위탁하고자 ‘일반철도 시설자산 관리위탁계약’을 체결하고, 현재에 이르기까지 수차례에 걸쳐 유사한 내용으로 계약을 연장하여 오고 있다.

2) 원고는 철도산업발전기본법상 철도시설관리자로서 철도산업발전기본법 제31조에 따라 ○○공사와, 고속철도·일반철도 선로 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 등 원고가 관리하는 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 계약(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 하고, 위 계약에 따라 임대용역을 공급하는 사업을 ‘이 사건 임대사업’이라 한다)을 체결하였다.

3) 이와 별도로 원고는, ○○공사와 일반철도 건널목 관리업무 위‧수탁계약을, 민간업체와 터널, 교량, 관제센터 등 국가중요시설에 대한 방호용역계약을 각 체결하고, 정부로부터 출연금을 받아 건널목 관리용역 및 방호용역(이하 통틀어 ‘이 사건 용역’이라 한다)에 대한 대가를 지급하였다.

다. 원고의 부가가치세 신고 및 이 사건 처분 등

1) 원고는 매출세액에서 이 사건 용역과 관련한 매입세액 00,000원(= 건널목관리용역 00,000원 + 방호용역 00,000원, 이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 공제하여 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 각 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.

2) 대전지방국세청은 2017. 10. 31.부터 2018. 1. 5.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 위 조사결과 이 사건 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없다고 판단하여 이를 피고에게 통보하였다. 이에 피고는 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 2018. 1. 16. 원고에게 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 부가가치세 등(각 가산세가 포함된 금액이다) 00.000원을 부과하는 처분을 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3) 원고는 2018. 3. 29. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 행정심판을 청구하였으나, 2018. 9. 27. 이를 기각하는 결정이 내려졌다.

2. 원고의 주장 요지

원고가 철도시설관리권에 터 잡아 ○○공사에 선로를 제공하고 그 사용료를 징수하는 이 사건 임대사업은 부가가치세 과세사업임이 명백하고, 한편 이 사건 용역은 이 사건 사업을 영위하기 위하여 필요한 것이다. 따라서 원고가 공급받는 이 사건 용역에 관한 이 사건 매입세액은 이 사건 임대사업과 관련된 매입세액으로 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에 따라 매출세액에서 공제되어야 한다.

3. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

1) 부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업등’으로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제40조는 “사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.“라고 규정하고 있다.

2) 따라서 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세 사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결, 대법원 2023. 8. 31. 선고 2020두56384 판결 등 참조).

나. 인정사실

앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거에다가 갑 제14호증, 을 제5, 6, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 아래와 같은 사실이 인정된다.

1) 원고는 철도시설의 건설 및 관리사업 외에도 정부가 위탁한 사업 등을 시행하고(국가철도공단법 제7조), 그 운영과 사업에 필요한 자금을 정부 출연금 또는 보조금 등 의 재원으로 조달하는데(국가철도공단법 제17조 제1항), 원고의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용을 충당하기 위하여 정부로부터 사업출연금을 받는 경우에는 해당 출연금을 특정 출연사업을 위해서만 사용하여야 하는 제한이 있고, 이에 따라 원고는 사업출연금에 대하여 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있다.

2) 원고는 ｢건널목 개량촉진법｣제3조에 따른 건널목과 건널목 시설물의 유지·보수 및 관리책임자로서 정부로부터 ‘철도건널목위탁관리비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 사고 위험이 높은 건널목에 위탁관리원을 배치하여 자동차와 보행자를 안전하게 유도함으로써 사고를 방지하는 등 ‘철도건널목 관리사업’을 시행하고, 위 출 연금을 다른 사업출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하였다.

3) 원고는 통합방위법상 국가중요시설로 지정된 교량, 터널 및 관제센터 등의 관리자로서 통합방위법 제21조에 따라 해당 국가중요시설에 대한 경비·보안 및 방호책임을 지는데, 정부로부터 ‘국가중요시설방호비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 위 교량, 터널 및 관제센터 등에 방호인력·시설·장비를 갖추는 등 ‘국가중요시설 방호사업’을 시행하고, 위 출연금을 다른 사업출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하였다.

4) 한편 철도산업발전기본법 제38조 제1항 단서는 ‘철도시설유지보수 시행업무는 ○○공사에 위탁한다’고 규정하고 있고, 이에 따라 원고는 ○○공사와 철도시설 유지보수 위·수탁계약(이하 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였다. 그리고 이 사건 사용계약은 ○○공사가 원고에게 납부해야 할 사용료를 ‘이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 70%에서 정부의 선로사용료 감면금액을 제외한 금액’으로 정하고 있고, 이에 따라 원고는 ○○공사에 지급해야 하는 유지보수비와 ○○공사가 원고에게 납부해야 하는 사용료를 상계하여 왔다.

다. 구체적인 판단

앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 매입세액은 오로지 비과세사업에 관련되므로, 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 이 사건 사용계약이 ‘원고는 철도운행에 적합한 건전한 선로 등을 제공하여야 한다’고 규정하고 있기는 하나, 원고가 ○○공사에 이행해야 할 급부의 내용에 이 사건 용역은 포함되어 있지 않고, 이 사건 사용계약에 따른 임대용역의 공급에 원고가 공익적 목적에서 수행하는 건널목 관리용역과 방호용역이 통상적으로 수반한다고 볼수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아 건널목 관리용역과 방호용역을 일반 공중에 무상으로 공급하였으므로, 위 각 용역의 공급은 원고가 스스로의 설립목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다. 따라서 원고는 과세사업인 이 사건 임대사업 이외에 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있는 것으로 보아야 한다.

2) 이 사건 용역은 원고가 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것이고, 원고는 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있다. 또한 이 사건 사용계약상 사용료는 이 사건 용역의 공급과는 무관하게 정책적 목적에서 이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 약 70%로 책정되었는바,이 사건 용역의 공급 여부는 이 사건 임대사업의 공급대가에 아무런 영향을 미치지 않고, 원고가 이 사건 임대사업을 영위하는 데 이 사건 용역 관련 비용이 필수적으로 소요되는 것도 아니다. 따라서 이 사건 매입세액은 모두 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업에만 관련된 것으로서 실지귀속을 구분할 수 있다고 보아야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각한다.