1. 이 사건 소 중 2018년 귀속 종합소득세 74,545,580원(가산세 포함) 중 70,536,535원(가산세 포함)을 초과하는 부분에 대한 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2020. 10. 23. 원고에 대하여 한, ① 2015년 귀속 종합소득세 18,259,680원, 2016년 귀속 종합소득세 112,296,360원, 2017년 귀속 종합소득세 75,324,680원, 2018년 귀속 종합소득세 74,545,580원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을, ② 2018년 1기분 부가가치세 443,700원, 2018년 2기분 부가가치세 4,043,050원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을, ③ 2019년 귀속 근로소득세 1,053,700원의 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 4. 1.부터 인천 ○○구 ○○대로29번길 16, 105동 1701호에서‘○○관세사업장’(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)이라는 상호로 관세사업을 영위하고 있다.

나. 피고는 2020. 6. 3.부터 2020. 8. 4.까지 아래 <표1> 기재와 같이 원고에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, ① 원고의 배우자 이○○의 근로소득 137,800,000원과 원고의 배우자 이○○, 처남 이△△, 사위 양△△의 각 사업소득 470,500,000원 합계 608,300,000원의 가공인건비를 계상하였고, ② 이 사건 사업장 운영과 관련하여 필요경비로 지출한 일부 비용에 대한 증빙이 없고 접대비 1,000,000원과 교육비 2,220,000원은 업무목적 외 가사목적 사용경비에 해당하며, ③ 이 사건 사업장 운영과 관련하여 2018년도에 발생한 35,507,852원의 매출을 누락하였다고 보아(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 2020. 8. 11. 원고에게 위와 같은 취지의 이 사건 세무조사 결과통지를 하였다. 원고는 2020. 8. 14. 위 결과통지를 수령하였고, 2020. 9. 3. 과세전적부심사청구를 하였으나, 피고는 2020. 10. 16. 불채택 결정을 하였다.

<표1> 조사기간 및 사유

다. 피고는 2020. 10. 23. 원고에게 청구취지 기재와 같이 종합소득세, 부가가치세 및 근로소득세를 각 경정․고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2020. 11. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2022. 5. 16. ‘피고의 2018년 귀속 종합소득세 부과처분과 관련하여 복리후생비, 여비교통비, 차량유지비에 한하여 실제로 사업과 관련하여 지출된 필요경비인지 여부를 재조사하고, 그 외의 청구는 기각한다’는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 2022. 6. 29. 조세심판원의 결정에 따라 당초 부과처분 중 2018년 귀속 종합소득세 4,009,045원(가산세 포함)을 감액 경정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증(가지번호가 있는 경우 가지번호를

포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 감액 경정된 부분에 대한 취소청구의 적법 여부

이 사건 소 중 피고가 2022. 6. 29. 감액 경정한 부분에 대한 취소청구의 적법 여부에 관하여 직권으로 살펴본다. 감액 경정 처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이어서, 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조). 피고가 2022. 6. 29. 당초 원고에게 부과하였던 2018년 귀속 종합소득세 74,545,580원(가산세 포함) 중 4,009,045원을 감액 경정한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 항고소송의 대상은 위 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 70,536,535원(가산세 포함)부분이 된다. 따라서 위 감액 경정 처분에 의하여 취소된 부분(2018년 귀속 종합소득세 74,545,580원 중 70,536,535원을 초과하는 부분)에 대한 취소청구는 이미 소멸하고 없는 부분에 대한 것으로 그 소의 이익이 없어 부적법하다(이하 위와 같이 피고가 감액 경정한 후 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분에는 아래와 같은 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 세무조사의 위법

가) 피고는 국세기본법 제81조의8(세무조사 기간), 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) 및 조사사무처리규정에서 정한 절차를 위반하여 부당하게 세무조사 기간을 연장하고 세무조사 범위를 확대하였으므로, 이처럼 위법한 세무조사에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 이 사건 세무조사 결과통지서에는 2015년∼2018년 귀속 종합소득세의 과세표준 합계액이 608,300,000원으로 기재되어 있었는데, 피고가 그 과세표준을 임의로 81,390,773원 증액하여 이 사건 처분을 함으로써 원고의 절차적 권리를 침해하였다.

다) 이 사건 세무조사의 담당 공무원은 원고의 세무대리인과 임의로 협의하여 이 사건 세무조사의 방향과 원고에 대한 예상추징액을 결정한 다음 원고의 세무대리인을 통해 원고에게 1억 원 상당의 추징액 등을 인정할 것을 요구하였으나 원고가 이를 거절하자 원고의 세무대리인으로 하여금 사임서를 제출하도록 하고 원고에 대한 세무조사 기간을 연장하고 세무조사 범위를 확대하였다. 이처럼 이 사건 세무조사는 원고의 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적의 수단으로 활용되었다.

라) 원고는 피고의 담당 공무원에게 가공인건비 내역, 매출누락액의 산정기준 등 이 사건 처분의 근거를 문의하였으나, 담당 공무원은 ”맞다“라고만 답변할 뿐 어떠한 사항도 알려주지 않았다. 이는 국세기본법 제81조의14 제1항, 제81조의16 제1항을 위반한 것으로 위법하다.

2) 필요경비 부인의 위법(종합소득세 부과처분 관련)

가) 이○○은 이 사건 사업장에 출근하여 입․출금 및 정산업무의 관리․감독, 업무계획 수립과 직원채용, 관리감독 및 영업활동, 사무실 환경업무 등을 수행하였다. 따라서 피고가 이○○의 근로소득을 가공인건비로 보아 필요경비에 불산입한 것은 위법하다.

나) 원고는 이○○, 이△△, 양△△의 사업소득으로 신고한 것보다 더 많은 돈을 실제 이 사건 사업장의 영업을 위하여 지출하였다. 따라서 피고가 이들의 사업소득을 가공인건비로 보아 필요경비에 불산입한 것은 위법하다.

다) 피고가 업무목적 외 가사목적 사용경비에 해당한다고 본 비용은 이 사건 사업장의 운영을 위하여 지출되었으므로, 피고가 이를 필요경비에 불산입한 것은 위법하다.

3) 매출 누락 인정의 위법(부가가치세 부과처분 관련)

피고는 원고의 사업용 계좌에 있는 잔고액을 기준으로 매출 누락액을 산정하였으나, 원고가 사업용 계좌의 입․출금 내역을 분석한 자료(갑 제17호증)에 의하면 원고가 매출액을 누락하였다고 보기 어렵다.

4) 피고의 귀책사유로 인한 신고 지연(근로소득세 부과처분 관련)

원고는 이 사건 세무조사로 인하여 2019년 귀속 종합소득세의 신고기한 내에 신고를 하지 못하였고 그로 인하여 신고지연가산세 2,056,783원을 부담하게 되었다. 이처럼 피고의 귀책사유로 인하여 원고가 위와 같은 손해를 입게 되었으므로 적어도 2019년 귀속 근로소득세 1,053,700원은 이미 납부된 것으로 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 세무조사의 위법 주장에 관한 판단

1) 세무조사 기간연장 및 범위확대의 위법 여부

가) 관계 규정 및 관련 법리

국세기본법 제81조의9 제1항은 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 있다고 규정하고 있는데, 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의11 제1항 제1호는 위와 같이 세무조사의 범위를 확대할 수 있는 경우로서, 다른 과세기간․세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간․세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우(제1호)를 들고 있다. 한편 구 조사사무처리규정(2020. 7. 10. 국세청훈령 제2379호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자(이하 ‘중소규모 납세자’라 한다)에 대하여 조사범위를 확대하는 경우에는 최초 조사범위 확대는 조사관할 관서의 납세자보호담당관의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 확대는 상급 관서의 납세자보호(담당)관의 승인을 받아야 하되, ‘부분조사’로 조사범위를 확대하는 경우에는 조서관서장의 승인을 받아야 한다(제15조 제2항, 제39조 제3항). 여기서 ‘부분조사’란 국세기본법 제81조의11 제1항 및 제2항에 따른 통합조사 또는 세목별조사에 의하지 아니하고 특정 사업장, 특정 항목․부분 또는 거래 일부 등에 한정하여 적정 여부를 검증하는 세무조사를 말한다(제3조 제25호). 국세기본법 제81조의8 제1항은 ‘세무공무원은 조사대상 세목․업종․규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 하되, 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우(제2호) 등의 사유에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.’고 규정하고 있다. 한편 구 조사사무처리규정에 의하면 중소규모 납세자에 대하여 세무서장이 실시하는 조사의 조사기간을 연장하는 경우에는 최초 연장은 조서관할 관서의 납세자보호담당관의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장은 지방국세청 납세자보호담당관의 승인을 받아야 한다(제15조 제2항, 제36조 제2항 제2호). 국세기본법 제81조의8 제1항, 제4항에 의하면, 세무공무원은 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 하되, 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 국세기본법 시행령 제63조의10 제3호는 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우에 관하여 규정하면서 (다)목에서 ‘납세자가 장부․서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우를, (마)목에서 ‘그 밖에 이와 유사한 사유가 있는 경우’라는 포괄적인 사유를 규정하고 있다. 한편, 과세자료의 수집에 절차상 위법이 있는 경우의 과세처분의 효력은 그 절차위배의 내용, 정도, 대상 등에 따라 달라질 것이지만, 과세처분은 과세표준의 근거를 그 존재로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의하여 결정되어야 하는 것이어서, 세무조사절차에 위법이 있었다고 하더라도 그것이 실질적으로 전혀 조사가 없었던 경우와 같거나 선량한 풍속 기타 사회질서에 위반되는 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만으로는 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다.

나) 판단

위 관련 규정 및 법리에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 피고가 이 사건 세무조사 과정에서 조사기간을 연장하고 조사범위를 확대한 것에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다. 나아가 피고의 이 사건 세무조사 절차에 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 중대하여 이 사건 처분의 취소사유가 된다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 피고는 원고의 2018년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고서를 검토한 결과, 가공인건비 계상 혐의 등 소득세 탈루 혐의가 있다고 보아 당초 조사대상 과세기간을 2018년으로 하여 원고를 개인통합조사 대상자로 선정하고 원고에게 2018년 귀속종합소득세에 관한 세무조사를 조사기간을 2020. 6. 3.부터 2020. 6. 22.까지로 정하여 실시한다고 통지하였다.

② 피고는 이 사건 세무조사 개시 후 2015년∼2017년 귀속 종합소득세 확정신고 내용 역시 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의가 있을 것으로 의심되어 그에 대한 조사가 필요하다고 판단하고 국세기본법 제81조의9 제1항, 구 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항 제1호에 따라 조사대상 범위를 확대하여 2015년∼2017년 과세기간의 인건비 부분을 조사하기로 결정하였다. 한편 원고는 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액이 100억 원 미만인 납세자로서 구 조사사무처리규정 제15조 제2항에서 정한 중소규모 납세자에 해당하고, 피고는 2015년∼2017년 과세기간 중 인건비 부분에 한정하여 적정여부를 검증하려는 것으로 이는 구 조사사무처리규정 제3조 제25호에서 정한 ‘부분조사’에 해당하므로, 이와 같은 조사범위의 확대는 구 조사사무처리규정 제39조 제3항 단서에서 정한 ‘부분조사로 조사범위를 확대하는 경우’로서 조사관서장의 승인대상에 해당한다. 이에 피고는 2020. 6. 15. 조사대상 범위 확대에 관한 잠실세무서장의 승인을 받고 원고에게 그에 관한 조사범위 확대 통지서를 송달하였다.

③ 또한 피고는 가공인건비 계상 여부를 판단하기 위해서는 이○○ 등의 금융거래 현지확인이 필요하다고 판단하여 2020. 6. 17. 국세기본법 제81조의8 제1항 제2호에 따라 원고에 대한 세무조사 기간(2020. 6. 3. ∼ 2020. 6. 22.)을 앞서 본 <표1> 기재와 같이 2020. 7. 17.까지로 연장하기로 결정하였다. 이에 피고는 구 조사사무처리규정 제36조 제2항 제2호에 따라 세무조사 기간연장에 관한 납세자보호담당관의 승인을 받고 원고에게 그에 관한 세무조사 기간연장 통지서를 송달하였다.

④ 피고는 이 사건 세무조사 과정에서 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 확정신고서에 필요경비로 기재된 판매비 및 관리비 항목 중 총계정별원장상 코드번호가 기재되지 않은 식비 및 주유비 등의 증빙 자료 소명을 요구하였으나 원고는 여직원의 사직으로 인해 시간이 소요된다는 등의 이유로 이를 제출하지 않았다. 이에 피고는 2020. 7. 9. 구 국세기본법 시행령 제63조의10 제3호 (다)목의 ‘납세자가 장부․서류등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우’라는 사유로 세무조사를 중지하였다가 원고의 재개요청에 따라 2020. 7. 28. 조사를 재개하여 2020. 8. 4. 종료하였다.

⑤ 이 사건 세무조사의 총 조사기간은 2020. 6. 3.부터 2020. 8. 4.까지이고 위와 같이 조사가 중지된 기간은 2020. 7. 10.부터 2020. 7. 27.까지인바, 피고가 실제 세무조사를 실시한 기간은 총 45일인 것으로 보인다. 매출 누락 및 가공인건비 계상의 규모, 필요경비 관련 증빙 자료의 확인 등으로 인한 조사의 곤란성 등을 고려할 때 피고가 부당하게 세무조사 기간을 연장하였다거나 그 기간이 지나치게 장기간인 것으로 보이지 아니한다.

⑥ 원고는 피고가 이 사건 세무조사의 조사대상 범위 확대 및 조사기간 연장에 있어 납세자보호위원회의 심의를 거치지 않았다고 주장하나, 국세기본법 제81조의18 제2항은 중소규모납세자 이외의 납세자에 대한 세무조사 기간의 연장(제1호) 및 세무조사 범위의 확대(제2호) 등을 납세자보호위원회의 심의대상으로 규정하고 있을 뿐 달리 국세기본법 관계 법령에서 이 사건 세무조사의 조사대상 범위 확대 및 조사기간 연장에 있어 납세자보호위원회의 심의를 거치도록 요구하는 규정은 찾아볼 수 없다.

2) 과세표준의 임의 증액 여부

을 제4, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2020. 8. 11. 원고에게 교부한 이 사건 세무조사 결과통지서에는 2015년∼2018년 귀속 종합소득세의 과세표준이 아래 <표2>와 같이 기재되어 있는 사실, 이에 원고는 2020. 9. 4. 과세전적부심사를 청구하였고 피고가 2020. 10. 16. 불채택 결정한 다음 2020. 10. 23. 2018년 귀속 종합소득세 과세표준을 197,128,790원에서 125,000원을 감액한 197,003,790원으로 결정한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 피고가 이 사건 세무조사 결과통지 이후 종합소득세 과세표준을 오히려 감액한 것으로 보일 뿐 원고 주장과 같이 종합소득세 과세표준을 증액하였다고 보이지 않는다(원고가 이 사건세무조사 결과통지서상 과세표준이었다고 주장하는 608,300,000원은 피고가 가공인건비로 판단한 사업소득의 합계액으로 보인다). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

<표2> 이 사건 세무조사 결과통지서에 기재된 종합소득세 과세표준

3) 부정한 목적의 세무조사 여부

갑 제2, 4호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 세무조사와 관련하여 국세기본법 제81조의5에 따른 ‘조사에 입회하거나 의견을 진술할 수 있는 권한’을 위임한 세무대리인 이□□ 세무사가 2020. 6. 30. 원고에게 ”제가 문제를 일으킨 게 아니라 관세사님이 너무 강경하게 대응하시고 공무원 자극해서 일이 커진 거에요 이게 팩트에요“라는 내용의 문자메시지를 보낸 사실을 인정할 수 있다.

그러나 갑 제3, 5, 23호증, 을 제16, 18, 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정, 즉 ① 피고 소속 공무원은 2020. 6. 11. 원고의 요청에 따라 원고와 이 사건 세무조사 담당 공무원인 허△△ 팀장과의 대화 내용을 수기로 기록하였고 총 42쪽의 기록을 A4용지 한 장에 두 쪽씩 복사한 21쪽의 서류를 원고와 피고가 각 1부씩 나누어 가졌는데, 원고가 제출한 위 서류(갑 제3호증), 피고가 위 서류의 내용을 타이핑한 기록(을 제18호증) 및 원고가 당시의 대화내용 일부를 녹음한 녹음파일(갑 제23호증)과 녹취록(갑 제14호증)에 의하면 당시 원고가 허△△에게 이□□ 세무사와 사이에 이 사건 세무조사의 방향과 원고에 대한 예상추징액 등을 합의하였는지를 추궁한 사실은 인정되나, 허△△은 이를 부인하거나 어떠한 답변을 하지 않으면서 이 사건 처분사유와 관련된 내용만 진술할 것을 요구하고 있을 뿐인 점, ② 원고는 국세청에 이 사건 세무조사의 담당 공무원이 세무대리인과 공모하여 부당한 세무조사를 강행한다는 취지의 민원을 제기하였으나, 이에 대해서 피고는 그와 같은 사실이 없다는 취지로 답변한 점, ③ 이 사건 세무조사의 기간 연장은 2020. 6. 16. 피고 소속 공무원 7명이 참석한 회의에서 결정되었고 여기에 허△△은 참석하지 아니한 점, ④ 피고는 2020. 8.경 국세청장에게 세무사 이□□가 원고의 종합소득세 신고 시 지출 사실 확인 없이 가공인건비를 필요경비로 계상하여 세금을 탈루하도록 함으로써 세무사법 제12조의 성실의무를 위반하였다는 이유로 이□□에 대한 징계를 요구한 점, ⑤피고는 이 사건 세무조사 과정에서 원고가 필요경비로 신고하지 아니한 부분(이△△,양△△의 관내출장비 35,000,000원, 차량사용비 20,000,000원, 야간출장비 3,901,200원 합계 58,901,200원)을 필요경비로 추인하는 등 원고에게 유리한 사정을 충분히 참작한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 앞서 본 인정사실만으로 이 사건 세무조사 담당 공무원이 원고의 세무대리인과 공모하여 원고에게 예상추징액 등을 수용할 것을 강요하고 이를 거부하였다는 이유로 세무조사를 부당하게 강행하였다고 인정하기 어렵고 달리 피고가 부정한 목적으로 세무조사를 실시하였다고 볼 만한 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 국세기본법 제81조의14 제1항 등의 위반 여부

국세기본법 제81조의14 제1항이 납세자에게 권리 행사에 필요한 정보를 신속하게 제공하도록 정한 취지는 납세자의 정보 비대칭성을 저감하여 과세관청의 처분 등을 다투는 납세자의 권리구제 실효성을 제고하기 위함인데, 앞서 살펴본 바와 같이 피고는 이 사건 세무조사 결과 통지서를 통해 원고에게 가공인건비, 매출 누락 내역 등을 구체적으로 제시하였고 원고는 위 자료를 제시받고 이 사건 처분의 주요 내용을 파악하고 있었던 것으로 보이며 실제 그에 따라 조세심판청구를 한 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로 이 사건 처분에 국세기본법 제81조의14 제1항 등을 위반한 절차상 하자가 있다거나 그러한 하자가 이 사건 처분 자체의 적법성에 영향을 미칠만큼 중대한 것이라 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

라. 필요경비 부인의 위법 주장에 관한 판단(종합소득세 부과처분 관련)

1) 관련 법리

과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2009. 3. 26. 선고 2007두22955 판결 등 참조).

2) 이○○ 근로소득의 가공인건비 여부

앞서 든 증거, 을 제5 내지 7, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정, 즉 ① 이○○은 원고의 배우자로 2015∼2018 과세기간에 서울 송파구에 소재한 주거지에서 손자녀를 양육하였던 점, ② 이○○은 1992년 이후부터 이 사건 사업장의 근로소득자로 신고된 2015. 6. 1. 이전까지의 기간 동안 근로소득 신고이력이 확인되지 않는 60대 여성인 점, ③ 이○○이 이 사건 사업장의 직원으로서 업무를 수행하였음을 인정할 객관적인 자료가 존재하지 않는 점, ④ 원고가 당초 제출한 ‘세무조사에 대한 자료제출 및 일반현황 설명’에는 이○○이 주중이나 주말에 사무실 청소 등 주변환경 정리를 담당하고 서울 송파구 소재 교회의 권사로 활동하면서 이 사건 사업장의 홍보를 하였다고 기재되어 있는데 이는 이 사건 사업장의 직원으로서 수행하는 고유 업무라고 보기 어렵고 위와 같은 업무 수행을 위하여 별도로 근로자를 고용할 필요가 있다고 보이지 않는 점, ⑤ 이후 원고는 이○○이 이 사건 사업장의 업무계획 수립과 직원의 채용, 관리감독 업무 등을 수행하였다고 주장하면서 일계표 결재 자료를 제출하였으나, 이○○이 이 사건 사업장의 전무이사 직함을 가지고 있는 이상 형식적으로 결재서명자 중 한 명으로 이○○을 지정할 수 있으므로 위 자료만으로 이○○이 이 사건 사업장의 입․출금 및 정산 업무 등을 담당했다고 보기 어려운 점,⑥ 이○○ 명의 계좌에 급여 명목의 돈이 입금되는 즉시 또는 며칠 내에 그 대부분이 원고, 양△△, 이△△의 계좌로 이체되었고, 위 계좌내역에 의하면 이○○이 2015. 6. 30.부터 2018. 12. 31.까지의 기간 동안 급여 내지 영업활동비 명목으로 합계 296,978,450원을 입금받았는데 그중 179,160,800원이 원고(163,338,600원1)), 양△△(7,666,600원), 이△△(8,155,600원)에게 이체되었고 그 외에도 이○○의 계좌에서 이 사건 사업장의 영업비, 영업활동비 등의 명목으로 상당한 액수의 돈이 수시로 출금된 점, ⑦ 피고는 2020. 10. 23. 이○○의 근로소득에 대한 원천징수분 근로소득세를 경정하여 원고에게 507,170원을 환급한 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 원고가 이○○에게 급여 명목으로 지급한 돈은 이○○의 근로에 대한 대가로 지급한 것이라고 볼 수 없으므로 가공인건비에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이○○의 급여를 가공인건비로 보아 필요경비에 불산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이○○, 이△△, 양△△ 사업소득의 가공인건비 인정 여부

앞서 든 증거, 을 제3, 9 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정에 비추어 보면, 피고가 이○○, 이△△, 양△△의 사업소득에 관한 잡금을 가공인건비로 보아 필요경비에 불산입한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

가) 원고는 2015년부터 2018년까지의 과세기간 동안 이○○, 이△△, 양△△에게 사업소득을 지급하였음을 이유로 이를 필요경비(잡금)로 계상하였는데, 이들은 원고의 배우자(이○○), 처남(이△△), 사위(양△△)로 모두 이 사건 사업장의 근로소득자로 신고된 사람들이다.

나) 원고가 실제 이○○, 이△△, 양△△로부터 사업용역을 제공받았음을 인정할 만한 객관적인 자료가 존재하지 않는다. 원고는 이 사건 세무조사 과정에서 아래 라)항 기재와 같이 이들로부터 사업용역을 제공받은 사실이 없었음을 인정하다가 과세전적부심사청구에 이르러서야 이들에 대한 사업소득을 초과하는 비용이 이 사건 사업장의 사업과 관련하여 사용되었다고 주장하면서 그 사용내역을 아래 <표3> 기재와 같이 제시하였다. 그러나 위 사용내역 중 피고가 필요경비로 추인한 부분(이△△, 양△△의 관내출장비 35,000,000원, 차량사용비 20,000,000원, 야간출장비 3,901,200원 합계 58,901,200원)을 제외한 나머지 내역은 대부분 음식점, 생활마트이용, 피부과 등 이 사건 사업장의 사업과 무관하게 지출된 것으로 보이는 점, 아래 다), 라)항 기재와 같이 원고는 이 사건 사업장의 필요경비로 증빙이 어려운 지출 내역을 이○○, 이△△, 양△△의 사업소득으로 신고하고 그에 관한 잡금으로 계상한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 위와 같은 비용이 이 사건 사업장의 영업을 위하여 지출된 필요경비에 해당한다고 보기 어렵다.

다) 이 사건 사업장의 기장 업무를 담당한 세무법인 ◎◎ 경기 xx지사 팀장 박○○은 2020. 6. 30. 제출한 경위서에서 ‘2015년부터 매년 이 사건 사업장의 경리담당직원인 심○○ 과장으로부터 원고의 공무원연금 전액수령가능 소득금액 및 증빙이 제출되지 않은 경비를 확인하여 이○○, 이△△, 양△△의 사업소득으로 이를 계상하였다.’는 취지로 진술하였고, 이 사건 사업장의 경리담당직원인 심○○ 과장 또한 원고의 공무원연금 전액 수령을 위해 원고의 결재를 받아 지출증빙이 없는 경비를 이○○, 이△△, 양△△에게 사업소득을 지급한 것으로 처리하였다고 진술하였으며, 박○○과 심○○의 네이트온(NATEON) 대화내역이 위 각 진술 내용에 부합한다.

라) 원고는 이 사건 세무조사 과정에서 2015년부터 2018년까지의 과세기간 동안 이○○, 이△△, 양△△로부터 별도의 사업용역을 제공받은 사실 없이 가공인건비를 계상하였다는 사실을 인정하는 내용의 의견서를 수차례 제출하였고, 이 사건 세무조사 과정에서 위와 같은 사실을 인정하는 내용의 확인서를 작성하였다.

마) 이○○, 이△△, 양△△에게 사업소득을 지급하였음을 이유로 이를 필요경비로 계상함에 따라 이들에게 발생한 2016년∼2017년 귀속 종합소득세 납부세액 총 10,245,040원은 모두 원고의 사업용계좌에서 납부되었다.

바) 피고는 2020. 10. 26. 이○○, 이△△, 양△△의 사업소득금액에 대한 종합소득세를 경정감하여 종합소득세 14,396,990원을 환급하였다.

4) 접대비, 교육훈련비의 필요경비 인정 여부

앞서 든 증거, 을 제14호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 접대비 1,000,000원은 원고의 사위 유○○의 부친상 관련 경조사비용으로 지출되었고, 접대비 1,740,000원 및 교육훈련비 480,000원은 원고의 아들이자 이 사건 사업장의 직원인 조○○의 독서실 비용으로 지출된 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면 접대비등 명목으로 지출된 합계 3,220,000원이 거래상대방과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적으로 지출된 것이라고 보기 어렵다. 원고 역시 이 사건 사업장의 관세사업과 위 접대비, 교육훈련비의 지출이 어떠한 관련이 있는지에 관하여 구체적으로 밝히고 있지 않다. 따라서 피고가 이를 필요경비에 불산입한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 매출 누락 인정의 위법 주장에 관한 판단(부가가치세 부과처분 관련)

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결등 참조). 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 사정에 비추어 보면, 원고의 2018년 귀속 부가가치세 신고내용에 매출 누락의 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 피고의 이 사건 사업장의 2018년 매출누락금액에 대한 판단은 합리적이라고 보인다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

가) 원고는 이 사건 사업장 운영과 관련하여 3개의 사업용 계좌(화주, 부가가치세,수수료)를 사용하였는데, 이 사건 사업장의 모든 수입은 화주 관련 사업용 계좌(이하 ’이 사건 계좌‘라 한다)로 입금되었다. 피고는 이 사건 계좌의 입금액 중 관세사업과 무관하게 입금된 금액을 제외한 부분과 이 사건 계좌의 출금액 중 관세사업과 무관하게 출금된 금액을 제외한 부분의 차액 상당액을 이 사건 사업장의 매출로 보아, 원고의 2018 사업연도 부가가치세 과세표준 신고금액과의 차액인 35,507,852원을 매출 누락으로 판단하였다.

나) 원고는 복식부기의무자로서 소득세법 제160조의5 제1항에 따라 사업과 관련하여 용역을 공급하는 거래의 경우로서 거래의 대금을 금융회사 등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우 사업용 계좌를 사용해야 하고, 소득세법 시행령 제208조의5 제1항 제2호에 의하면 사업용 계좌는 사업에 관련되지 아니한 용도로 사용되지 않아야 한다. 따라서 사업자가 신고한 사업용 계좌인 이 사건 계좌에 입금된 금액은 특별한 사정이 없는 한 거래의 대금을 금융회사 등을 통하여 결제받은 금액으로 추정된다 할 것이고, 이와 달리 사업과 관련 없이 입금된 금액이라는 등의 사정은 이 사건 계좌를 통제․관리하는 원고가 증명하여야 할 것이다.

다) 그러나 원고는 위와 같은 사정을 인정할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다. 원고가 제출한 통장별(화주, 수수료, 부가가치세) 증빙자료(갑 제17호증)는 이 사건 계좌에 입금된 돈 중 일부를 수수료, 부가가치세 관련 사업용 계좌로 이체하여 지출하였다는 취지에 불과하다.

바. 피고의 귀책사유로 인한 신고 지연 주장에 관한 판단(근로소득세 부과처분 관련)

2019년 귀속 종합소득세 과세표준의 확정신고기한은 2020. 5. 31.인데(소득세법 제70조 제1항) 이 사건 세무조사가 그 이후인 2020. 6. 3. 개시되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 이 사건 세무조사로 인하여 원고의 2019년 귀속 종합소득세 신고가 지연되었다고 보기 어렵다. 또한 원고가 소득세법 제70조의2 제1, 2항에 따라 성실신고확인대상사업자로서 성실신고확인서를 제출한다면 2020. 6. 30.까지 종합소득과세표준확정신고를 하여야 하고 이 경우 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 확인하고 작성한 확인서를 제출하여야 하는데, 원고가 이 사건 세무조사의 개시로 인하여 가공인건비 계상 등의 적정성 문제로 세무사 등의 확인서를 얻지 못해 신고기한 내에 종합소득세과세표준 확정신고서를 제출하지 못하였다면 이는 원고의 귀책사유로 인한 것으로 보인다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 감액 경정 처분에 의하여 취소된 부분(2018년 귀속 종합소득세 74,545,580원 중 70,536,535원을 초과하는 부분)에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.