1. 사실관계

○ ********** 주식회사(이하 ‘질의법인’)는 2010사업연도부터 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고·납부하고 있음

  -법인세법 제2조의 개정^*으로 현재 질의법인이 **.**%의 지분을 보유하고 있는 ****중공업(이하 ‘신규 연결자법인’)이 ’24년부터 연결집단에 추가될 예정임

   * 2024.1.1. 이후부터 연결납세 적용 지분율이 100%에서 90%로 완화

  -기존 연결집단과 신규 연결자법인은 모두 이월결손금을 보유하고 있으며, ’24년에 신규 연결자법인에서 소득금액이 발생하여 이월결손금이 공제될 것으로 예상됨

○법인세법 제76조의13 제1항 제1호에서는 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 발생한 이월결손금(연결 전에 발생한 결손금 포함) 중 먼저 발생한 결손금부터 공제하도록 규정하고 있으며,

  -법인세법 제76조의13 제3항 제1호에서는 연결납세방식 적용 전에 발생한 결손금은 각 연결 사업연도의 소득 중 해당 연결법인의 연결소득 개별귀속액을 한도로 공제하도록 규정하고 있음

   * 연결납세방식 적용 전에 발생한 결손금은 다른 연결법인의 연결소득 개별귀속액에서는 공제가 불가능

2. 질의내용

○ 연결자법인이 추가된 경우 신규 연결자법인의 연결소득 개별귀속액에서 공제하는 이월결손금의 공제순서

  -(갑설)기존 연결집단의 이월결손금과 신규 연결자법인의 이월결손금 중 먼저 발생한 이월결손금부터 공제

  -(을설)기존 연결집단의 이월결손금이 먼저 발생하였다 하더라도 신규 연결자법인의 이월결손금부터 공제

3. 관련법령

○ 법인세법 제2조【 정의 】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

<중략>

 6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

 7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

 8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

 9. "연결모법인"이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다.

10. "연결자법인"이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다.

10의2. "연결지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다.

<중략>

11. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 연결지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의13【연결과세표준】

① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제3항제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

 1. 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

 2. 이 법과 ｢조세특례제한법｣에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

 3. 이 법과 ｢조세특례제한법｣에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

② 제1항제1호에서 "연결사업연도의 결손금"이란 제76조의14제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득이 0보다 적은 경우 해당 금액으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, ｢국세기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금과 제76조의14제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 해당 연결사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 처분손실을 말한다.

③ 제1항제1호에 따라 결손금을 공제하는 경우 다음 각 호의 결손금은 해당 각 호의 금액을 한도로 공제한다.

 1. 연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금: 각 연결사업연도의 소득 중 해당 연결법인에 귀속되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득금액(이하 이 조에서 "연결소득 개별귀속액"이라 한다)

 2. 연결모법인이 적격합병에 따라 피합병법인의 자산을 양도받는 경우 합병등기일 현재 피합병법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 법인만 해당한다)의 제13조제1항제1호의 결손금: 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

 3. 연결모법인이 적격분할합병에 따라 소멸한 분할법인의 자산을 양도받는 경우 분할등기일 현재 소멸한 분할법인의 제13조제1항제1호의 결손금 중 연결모법인이 승계받은 사업에 귀속하는 금액: 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 소멸한 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

④ 제1항에 따른 결손금, 비과세소득, 소득공제액의 공제 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제120조의17 【과세표준】

① 법 제76조의13제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 연결법인"이란 제10조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

② 법 제76조의13제1항제1호를 적용할 때에는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 공제한다.

③ 법 제76조의12제3항에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 법인의 제120조의14제3항에 따른 결손금 상당액은 법 제76조의13제1항제1호의 결손금에서 차감한다.

④ 법 제76조의13제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 소득금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 장에서 "연결소득개별귀속액"이라 한다)을 말한다.

⑤ 법 제76조의14제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득금액이 0보다 작은 경우 해당 금액의 각 연결법인별 배분액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

⑥ 제3항 및 제120조의14제3항을 적용할 때 같은 사업연도에 2 이상의 연결법인에서 발생한 결손금이 있는 경우에는 연결사업연도의 과세표준을 계산할 때 해당 연결법인에서 발생한 결손금부터 연결소득개별귀속액을 한도로 먼저 공제하고 해당 연결법인에서 발생하지 아니한 2 이상의 다른 연결법인의 결손금은 해당 결손금의 크기에 비례하여 각각 공제된 것으로 본다.