주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 20. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 57,547,680원에 관한 경정거

부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. BBB는 2007. 9. 21. 대한주택공사와 사이에 △△△시 □□□읍 ■■■리 1929 대

266.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관한 단독주택용지 분양계약서(갑 제3호증의

2 내지 5)를 작성하였고 계약금 22,050,000원의 납부 역시 같은 날 이루어졌다. 이어서

같은 날 BBB와 원고 사이에 이 사건 토지 관련 분양권을 원고에게 위 22,050,000원

에다가 프리미엄 45,000,000원을 더한 총 67,050,000원에 양도한다는 계약서(갑 제3호

증의 1)가 작성됨과 동시에, 분양자 대한주택공사, 수분양자1 BBB, 수분양자2 원고

로 하는 3자간 용지 권리의무승계계약서(갑 제3호증의 6, 7)까지 작성이 이루어짐으로

써 이 사건 토지 관련 분양권은 원고에게 양도하였다. 위 권리의무승계계약서에는, 수

분양자2 원고가 2007. 9. 21.자로 이 사건 토지에 관하여 수분양자 1 BBB가 분양자

대한주택공사와 사이에 체결한 매매계약상 일체의 권리의무를 그대로 승계한다는 내용

이 기재되어 있다.

나. BBB는 위 분양권 양도에 대해 2007. 9. 30. 양도가액 67,050,000원, 취득가액

22,050,000원으로 양도소득세를 신고하였고, 이에 따라 양도소득세(지방세 포함)

21,037,500원의 납부가 이루어졌는데, 이는 원고와 BBB의 약정에 따라 원고가 대납

한 것이었다.

다. 그 후 대한주택공사가 조성하는 택지개발사업이 완료됨에 따라 원고는 2015. 5.

14. 위 공사로부터 이 사건 토지의 소유권을 이전받았다(그 전에 분양대금이 이미 완

납되었다). 원고는 2016. 11. 23. 이 사건 토지를 양도한 후 2017. 1. 31. 양도가액을

450,000,000원으로, 취득가액을 위 분양권 프리미엄(45,000,000원)을 포함하여 총

296,630,800원[= 단독주택용지 분양대금 219,103,300원 + 프리미엄 45,000,000원 + 양

도소득세(지방세 포함) 대납액 21,037,500원 + 취득세 등 11,490,000원]으로, 그에 따라

양도차익 146,369,200원(과세표준 143,869,200원), 산출세액 57,547,680원으로 하여 양

도소득세를 (예정)신고ㆍ납부하였다.

라. 원고는 2022. 1. 28. 이 사건 토지 관련 분양권을 취득할 당시 원고가 지출한 분

양권 프리미엄이 45,000,000원이 아니라 210,000,000원이라고 주장하며 기신고ㆍ납부

한 양도소득세 전부의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 피고는 분양권 프리미엄을

원고가 새롭게 주장하는 바와 같이 210,000,000원으로 볼 수 없다는 이유로 2022. 5.

20. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

마. 한편, 원고는 이 사건 토지에 관한 취득세를 신고할 당시 토지대금을

222,198,650원(= 원금 219,103,300원 + 지연손해금 3,128,380원 – 선납할인액 33,030

원)으로, 완납일을 2015. 4. 3.로 각 신고하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 7, 을 제1, 2호

증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

원고는 BBB로부터 이 사건 토지 관련 분양권을 4,500,000원이 아닌

210,000,000원의 프리미엄을 주고서 양수하였는바, 이는 원고와 BBB가 위 2007. 9.

21.자 계약서들이 작성되기에 이전인 2005. 10. 14. 작성한 매매계약서(갑 제2호증의

1)에 이 사건 토지 관련 분양권의 대금이 210,000,000원으로 기재되어 있고 BBB가

이를 수령하였다는 같은 일자 영수증(갑 제2호증의 2)도 있는 점, 원고가 BBB 측에

25,000,000원을 무통장입금하였을 뿐 아니라 190,000,000원의 수표가 교부됨으로써 총

215,000,000원이 지급된 점 등에 의해 뒷받침된다. 이와 달리 본 피고의 이 사건 처분

은 실질과세의 원칙 및 경험칙에 반하는 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고와 BBB 사이에는 이 사건 토지 관련 분양권

의 프리미엄을 45,000,000원으로 정한다는 내용의 2007. 9. 21.자 계약서가 작성되었을

뿐만 아니라 이를 토대로 BBB가 위 분양권 양도에 대하여 양도소득세를 신고ㆍ납부

하는 한편, 원고 역시 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄이 45,000,000원임을 전제로

이 사건 토지에 관한 취득세의 신고ㆍ납부를 하였고, 이 사건 토지의 양도에 관해서도

당초 같은 전제 하에서 신고ㆍ납부하였던 사실을 종합하면, 피고가 BBB에게 지급한

이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄은 45,000,000원을 초과하지 아니하였을 것으로 넉

넉히 추인되고, 따라서 피고가 동일한 이유에서 원고의 경정청구를 받아들이지 아니한

것은 적법하다고 판단된다.

한편 앞서 본 바와 같이 2007. 9. 21. 체결된 3자간 용지 권리의무승계계약에 따라

원고는 대한주택공사에 대하여 분양대금을 지급할 의무를 승계하게 되었고, 이에 따라

이 사건 토지에 대한 분양대금의 납부가 실질적으로 원고의 재원(財源)으로 이루어지

게 되었을 가능성을 배제할 수 없다고 할 것인바, 원고가 BBB에게 이 사건 토지 관

련 분양권의 프리미엄으로 210,000,000을 지급하였다는 내역으로 제시한 25,000,000원

의 무통장입금과 190,000,000원의 수표 교부가 이 사건 토지 분양과 관련하여 대한주

택공사에 납부된 분양대금과는 별개라는 점에 관한 증명까지 추가로 이루어지지 아니

한 이상, 원고가 주장하는 사정 내지 제출한 증거만으로는 위와 같은 추인을 뒤집고

이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄이 45,000,000원을 초과하여 원고 주장과 같이

210,000,000원에 이르렀다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.