[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 「방위사업법」에 의하여 정부로부터 방위산업체로 지정받아, 2017.6.26.부터 서울특별시 중구 OOO에서 무역업을 영위하고 있는 법인으로, 2023.10.19. 방위사업청에 방위산업용 시제품인 군용트럭(패트리어트 미사일 탑재 특수트럭으로, 이하 “쟁점군용트럭”이라 한다)을 납품(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 2023.10.20. 각 공급가액을 OOO원, OOO원(총 공급가액 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하는 계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 교부하였다.

나. 청구법인은 2024.1.25. 2023년 제2기 부가가치세 확정신고 시, ‘과세 및 영세율 매출금액 OOO원, 매입세액 공제액 OOO원, 환급받을 세액 OOO원, 면세사업 수입금액 OOO원(쟁점금액)’으로 하여 신고하였다가, 2024.2.8. 수정사유를 ‘기재사항 착오정정’으로 하여 공급가액 OOO원의 수정계산서를 발급하고, 2024.2.19. 영세율 매출액을 쟁점금액으로, ‘영세율 과세표준신고불성실 가산세’를 OOO원(쟁점금액의 0.5%)으로 하여 2023년 제2기 부가가치세를 수정신고하였다.

다. 처분청은 쟁점군용트럭이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제1호에 따른 부가가치세 영세율 적용대상으로서 세금계산서 발급대상에 해당됨에도 청구법인이 공급시기가 속하는 부가가치세 과세기간의 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 보아 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호를 적용하여 2024.6.12. 청구법인에게 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정⋅고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 “정당한 사유”가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)으로, 세금계산서 관련 불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 이러한 규정 취지를 충분히 고려하여 납세의무자에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 있는지 여부를 판단하여야 한다(대법원 2016.9.28. 선고 2014두11120 판결, 조심 2018서4076, 2019.8.21., 조심 2019인1841, 2019.6.20.).

 (2) 방위사업청과의 쟁점거래 관련 물품 납품약정서상 대금청구 시 필수적 구비서류로 계산서를 첨부하도록 명백하게 기재되어 있는바, 청구법인은 실제 거래상대방인 국가기관의 담당직원이 납품대금청구 시 계산서(부가가치세가 없는 영수증)를 첨부하도록 요구함에 따라 쟁점계산서를 홈텍스에서 출력받아 남품대금청구 시 이를 첨부하였다. 당시 청구법인이 전자세금계산서를 교부하여야 한다는 것을 알았거나 지적을 받았다면 전자세금계산서를 발급하지 않을 이유가 없었고, “을”의 위치에 있던 청구법인으로서는 위와 같은 관련 약정이나 담당직원의 말과 달리 전자세금계산서를 발급할 수 있는 상황이 아니었으며, 담당 직원이 지출심사과에 확인한 바에 의하면 청구법인이 제출한 쟁점계산서가 구비할 증빙으로 문제가 없는 것으로 회신받은 사실도 있는바, 이에 청구법인은 이를 믿고 부가가치세 신고 시 쟁점계산서를 첨부하여 신고한 것이다.

   이후 처분청 조사 시 비로소 세금계산서를 발급하여야 한다는 사실을 알고 쟁점계산서 관련 수정세금계산서를 발급하고자 하였으나 국세청 홈텍스의 시스템상 동일날짜로 수정발급이 불가능함에 따라 수정발급을 못하였는바, 이는 “정당한 사유”가 있다 할 것이다.

 (3) 또한, 국세청 예규에 의하면, 이 건과 반대의 상황으로 전자계산서 발급대상인 사업자가 전자세금계산서를 발급한 경우 조세를 회피한 사실이 없다는 이유 등으로 계산서 미발급가산세를 부과하지 않는 것으로 해석하고 있는바, 비록 청구법인이 영세율 적용대상으로 영세율 세금계산서 대신 쟁점계산서를 교부하였더라도 부가가치세가 모두 “0”이고, 법인세 신고 시에는 쟁점거래 물품대금을 면세분으로 신고하였기에 청구법인으로서는 그 어떤 조세를 회피한 사실도 없으며, 또한 쟁점계산서 발급으로 인하여 「부가가치세법」 상 세금계산서 관련 질서를 문란하게 한 사실도 없는 점 등으로 볼 때 위 제시 예규와 달리 해석할 특별한 사유가 없으므로 세금계산서 미발급가산세를 면제하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 쟁점거래가 「부가가치세법」 제32조 및 조특법 제105조에 따른 영세율 세금계산서 발급 대상에 해당됨에도, 세금계산서를 발급하지 아니하였으므로, 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호에 따른 세금계산서 미발급가산세 과세요건을 충족한다.

  (가) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 「부가가치세법」 제33조 등에 따른 세금계산서 발급의무의 면제 대상이 아닌한 사업자는 그 공급을 받는 자에게 세금계산서를 발급하여야 하는바, 이와 같이 세금계산서 발급은 공급받는 자의 결정 또는 요청과는 상관없이 재화 또는 용역을 공급하는 자가 공급을 받는 자에게 「부가가치세법」 등 관련 법령에 따라 당연히 발급해야하는 법적 의무가 있는 것이다.

  (나) 제출된 ‘국세청(처분청) 제출용 납품확인서 발급요청’을 보면 청구법인은 2024.1.16. 쟁점거래에 대하여 전자세금계산서를 발행하였어야 하나 착오로 전자계산서를 발급하였다고 명시되어있는바, 이는 청구법인이 부가가치세 확정신고 전에 쟁점거래를 면세계산서로 잘못 발급하였다는 것을 인지하였음을 알 수 있고, 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호에 따라 당초 잘못 발급하였다 하여도 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 발급할 수 있었음(지연발급가산세 1% 적용)에도 발급하지 아니한 사실이 명백히 확인된다.

 (2) 조세 포탈 목적이 아닌 단순 착오로 세금계산서 대신 계산서를 발급하였다는 이유는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

  (가) 영세율 제도는 국제적인 이중과세 방지 및 수출을 촉진 시키는 조세 지원 등 특정 목적을 위하여, 영의 세율을 적용하여 재화 또는 용역을 구입할 때 부담한 매입세액을 전액 환급받도록 하는 완전 면세제도로서, 부가가치세 납세의무를 면제하고 매입 시 거래징수한 부가가치세를 매입세액으로 공제받지 못하는 면세 거래와는 엄연히 구별된다.

  (나) 청구법인은 2021년 제1기부터 2023년 제2기까지 매입한 매입금액을 과세 매출에 대한 공제 대상 매입세액으로 차감하고 총 OOO원의 부가가치세 환급 신고하여 이 건 2023년 제2기 부가가치세를 제외하고 부가가치세 총 OOO원을 환급받았다.

  (다) 청구주장과 같이 착오로 인한 것이라 하여도 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하고 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

  (라) 또한, 상기와 같이 청구법인은 과세 대상 매출을 면세인 계산서로 발행하고 잘못 발행된 사실을 알았음에도 쟁점거래의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 미발급하여 면세수입금액으로 신고하면서 부가가치세 환급을 구하는 신고를 한 것으로 부지·착오로 인한 정당한 사유를 주장할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점거래와 관련하여, 영세율 세금계산서 미발급을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

 (2) 부가가치세법

 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

 3. 공급가액과 부가가치세액

 4. 작성 연월일

 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

 제33조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 제32조에도 불구하고 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 같다)를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

 제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

 1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트

 2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. (단서생략)

 (3) 부가가치세법 시행령

 제71조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 법 제33조 제1항에서 “세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.

 1. 택시운송 사업자, 노점 또는 행상을 하는 사람, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업자가 공급하는 재화 또는 용역

 2. 소매업 또는 미용, 욕탕 및 유사 서비스업을 경영하는 자가 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 소매업의 경우에는 공급받는 자가 세금계산서 발급을 요구하지 아니하는 경우로 한정한다.

 3. 법 제10조 제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화

 4. 법 제21조(제31조 제1항 제5호에 따른 원료, 같은 조 제2항 제1호에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화와 같은 항 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 한국국제협력단, 한국국제보건의료재단 및 대한적십자사에 공급하는 재화는 제외한다), 제22조 및 제23조(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우와 법 제23조 제2항에 따른 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 「항공사업법」에 따른 상업서류 송달용역으로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역

 5. 제33조 제2항 제1호, 제2호, 제5호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우로 한정한다), 제6호 및 제7호에 따른 재화 또는 용역과 법 제24조 제1항 제1호에 따른 외교공관등에 공급하는 재화 또는 용역

 6. 부동산 임대용역 중 제65조 제1항 및 제2항이 적용되는 부분

 7. 「전자서명법」 제2조 제8호에 따른 전자서명인증사업자가 같은 조 제6호에 따른 인증서를 발급하는 용역. 다만, 공급받는 자가 사업자로서 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다.

 8. 법 제53조의2 제1항 또는 제2항에 따라 간편사업자등록을 한 사업자가 국내에 공급하는 전자적 용역

 9. 그 밖에 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급하는 재화 또는 용역. (단서생략)

 (4) 조세특례제한법

 제105조(부가가치세 영세율의 적용) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다.(후단생략)

 1. 「방위사업법」에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법에 따른 방산물자(경찰이 작전용으로 사용하는 것을 포함한다)와 「비상대비에 관한 법률」에 따라 중점관리대상으로 지정된 자가 생산공급하는 시제품(試製品) 및 자원 동원으로 공급하는 용역

 (5) 법인세법

 제121조(계산서의 작성ㆍ발급 등) ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 “전자계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

⑥ 「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심라자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2021년 2월경 방위사업청과 쟁점군용트럭 납품계약을 체결하고, 2023.10.20. 쟁점거래와 관련하여, 방위사업청에 공급가액 OOO원, OOO원의 쟁점계산서를 각 발급하였는바, 청구법인과 방위사업청 간에 체결한 계약 관련 ‘계약일반조건의 붙임(Schedules of Terms & Conditions)’ 중 Schedule 7에 의하면 대금청구 시 구비서류 중의 하나로 ‘⑧ 수입신고필증 및 계산서 각 1부(계약업체가 국내 공급업체일 경우)’가 기재되어 있다.

  (나) 청구법인은 2023.10.23. 및 2023.11.17. 방위사업청에 전자계산서를 첨부하여 공문으로 물품대금을 청구하였고, 방위사업청은 해당 대금을 지급하였다.

  (다) 청구법인은 2024.1.16. 방위사업청(기반전력사업본부장)에 ‘국세청 제출용 납품확인서 발급 요청’ 공문을 발송하였는데, 해당 공문에 의하면, ‘대금청구시 전자세금계산서를 발행 제출하여야 하나 업무착오로 전자계산서를 발급하여 제출함, 이에 부가가치세 신고와 관련하여 납품확인서 발급을 요청한다’는 내용이 기재되어 있다.

  (라) 청구법인은 2024.1.25. ‘과세 및 영세율 매출금액 OOO원, 매입세액공제액 OOO원, 예정고지세액 OOO원, 환급받을 세액 OOO원, 면세사업 수입금액 OOO원(쟁점금액)’으로 하여 2023년 제2기 부가가치세 확정신고한 후, 2024.2.8. 작성일자를 2023.10.20.로, 수정사유를 ‘기재사항착오정정’으로 하여 OOO원, OOO원의 수정계산서를 발급하였다.

  (마) 청구법인은 2024.2.19. 쟁점금액을 영세율매출액으로 하고 ‘영세율 과세표준신고 불성실 가산세(OOO원, 쟁점금액의 0.5%)’만 적용하여 아래 <표1>과 같이 2023년 제2기 부가가치세를 수정신고하였다.

 <표1> 수정신고 내역

  (바) 처분청은 ‘청구법인이 쟁점군용트럭의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우’로 보아 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호에 따라 쟁점금액의 2%에 해당하는 세금계산서 미발급 가산세를 아래 <표2>와 같이 부과하였다.

 <표2> 이 건 부가가치세 경정내역

 (2) 한편, 청구법인의 부가가치세 과세표준 신고내역에 의하면, 청구법인은 2021년 제1기∼2022년 제2기 기간 동안 발생한 매입과 관련하여, 매 과세기간에 매입세액 공제를 받은 것으로 확인되고, 국세청 홈텍스상 전자계산서 입력 화면에 의하면, 상단에 ‘재화 등의 공급이 영세율에 해당하는 경우 전자세금계산서의 영세율을 선택하여 발급하시기 바랍니다’라는 문구가 기재되어 있는 것으로 나타난다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 영세율 세금계산서 미발급을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점, 청구법인은 쟁점군용트럭이 조특법 제105조 제1항 제1호에 따른 부가가치세 영세율 적용대상으로 세금계산서 발급대상에 해당됨에도 부가가치세 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 점, 「부가가치세법」제38조 제1항 및 제39조 제1항 제7호에 의하면, 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하되, 면세사업등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는데, 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 2021년 제1기부터 쟁점거래 관련 매입세액을 공제받은 사실을 보면 쟁점거래가 면세 계산서가 아닌 영세율 세금계산서 발급대상이라는 것을 인지하였던 것으로 보이므로 쟁점거래에 대한 계약서 첨부서류에 구비서류 중의 하나로 계산서가 기재되어 있다는 등의 사정은 세금계산서를 발급하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.