사 건 2024구합50532 양도소득세부과처분취소

원 고 AAA

피 고 BB세무서장

변 론 종 결 2024. 8. 29.

판 결 선 고 2024. 10. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 12. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 248,159,420원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 별지1 부동산 목록 기재 순번 1 내지 3토지(이하 각 ‘제1 내지 3토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 CCC에게 2020. 12. 17. 제1, 2토지에 관하여 2020. 12. 1.자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를, 2021. 3. 5. 제3토지에 관하여 2021. 2. 23.자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 각 마쳐주었다.

나. 원고는 2020년 및 2021년 귀속 양도소득세를 각 신고하면서 매매대금이 제1, 2토지의 경우 379,200,000원으로, 제3토지의 경우 512,800,000원으로 각 기재된 매매계약서를 제출하였고, 위 각 매매계약서에 기재된 매매대금을 기초로 위 각 토지의 양도소득세액을 산출한 후, 위 각 토지가 8년 이상 자경농지라는 이유로 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 구 조세특례제한법이라 한다) 제69조 제1항의 양도소득세 감면규정을 적용하여 같은 법 제133조 제1항 제1호의 감면세액 연간 한도 1억 원의 범위 내에서 아래와 같이 각 산출세액 전액이 감면되어 납부세액이 없다고 신고하였다.

다. 원고는 별지1 부동산 목록 기재 순번 4 내지 6토지(이하 각 ‘제4 내지 6토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2022. 2. 18. DDD, OOO, OOO, OOO(이하 ‘DDD 등’이라 한다)에게 2022. 2. 10.자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다.

라. 원고는 2022년 귀속 양도소득세를 신고하면서 제4 내지 6토지의 매매대금을 360,000,000으로 기재한 매매계약서를 제출하였고, 위 매매계약서에 기재된 매매대금을 기초로 위 각 토지의 양도소득세액을 62,796,805원으로 산출한 후, 위 각 토지가 8년 이상 자경농지라는 이유로 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 양도소득세 감면규정을 적용하여 같은 법 제133조 제1항 제1호, 제2호 나목의 감면세액 5년간 한도 2억 원의 범위 내에서 산출세액 중 28,429,040원 이 감면되어 납부세액이 34,367,765원이라고 신고하였다.

마. 피고는 2022. 8. 29.부터 같은 해 10. 2.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, ① 제1 내지 3토지에 관하여는 위 각 토지가 2020년 및 2021년으로 나뉘어서 양도되었으나 그 실질은 하나의 거래로서 위 각 토지 전체가 2020년도에 양도되었고, 위 각 토지의 양도가액이 총 725,000,000원임에도 원고가 피고에게 제출한 매매계약서의 양도가액이 892,000,000원(= 제1, 2토지 매매계약서상 양도대금 379,200,000원+ 제3토지 매매계약서상 양도대금 512,800,000원)으로 실제 양도가액과 다르며, ② 제4 내지 6토지에 관하여는 위 각 토지의 양도가액이 총 253,800,000원이고 2021년도에 양도되었음에도 원고가 피고에게 제출한 매매계약서의 양도가액이 360,000,000원, 양도시기가 2022년으로 실제와 다르다고 판단하였다.

바. 이에 피고는 2022. 12. 5. 원고에게 ① 제1 내지 3토지 양도에 관하여는 양도시기를 2020년으로, 양도가액을 2020년과 2021년의 양도소득을 합산한 725,000,000원으로 보고 양도소득세를 산정하고, 구 조세특례제한법 제129조 제1항, 소득세법 제91조 제2항 제2호에 의하여 위 각 토지에 대한 양도소득세의 감면을 제한하여, ② 제4 내지 6토지 양도에 관하여는 양도시기를 2021년으로, 양도가액을 253,800,000원으로 보고 양도소득세를 산정하고, 위 구 조세특례제한법 및 소득세법 규정에 의하여 위 각 토지에 대한 양도소득세의 감면을 제한하여 각 아래 표와 같이 양도소득세를 경정·고지하였다

사. 원고는 2023. 3. 3. 이의신청을 거쳐 2023. 7. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2023. 12. 12. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 각 토지의 잔금 중 일부를 언제 청산하였는지 명확하지 않은 이 사건에서는 소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호에 따라 등기사항전부증명서상 소유권이전등기일을 양도시기로 보아야 한다. 이 사건에서 제1, 2토지의 양도시기는 2020. 12. 17., 제3토지의 양도시기는 2021. 3. 5., 제4 내지 6토지의 양도시기는 2022. 2. 18.이므로 위 각 토지에 관한 양도소득은 각 2020년, 2021년, 2022년에 귀속

되고, 각 양도소득에 대하여 1억 원 한도에서 양도소득세가 감면되어야 한다.

나. 미지급된 매매대금에 대하여 이 사건 각 토지의 양수인들이 지불각서를 작성하였던 점, 이 사건 각 토지에 대한 감정평가결과는 피고가 주장하는 양도가액이 아닌 이 사건 각 토지에 대한 매매계약서상의 매매대금에 더욱 가까운 점, 제3토지와 관련하여 원고가 잔금을 지급받기 위하여 CCC 소유 부동산에 대하여 가압류를 하기도 한 점, 제4 내지 6토지와 관련하여 원고가 제6토지 입구에 위치한 구거에 대한 점용허가를 받지 못하여 위 각 토지 양수인들이 매매대금 일부를 지급하지 않은 것이고, 위 각 토지 양수인들이 미지급된 매매대금을 원고에게 계속 상환하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 피고에게 양도가액이 실제와 다르게 기재된 매매계약서를 제출한 사실이 없다. 따라서 이 사건 각 토지에 대하여 양도소득세 감면이 제한됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 판단

가. 제1 내지 3토지에 관하여

1) 관련 법리

국세기본법 제14조 제1항, 제2항이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).

여러 당사자 사이에서 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지의 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2003. 5. 16. 선고 2000다54659 판결 등 참조).

2) 제1 내지 3토지 매매계약이 실질적으로 하나의 거래인지 여부

앞서 든 증거들, 갑 제12호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들, 즉 ① 제1, 2토지의 양도와 제3토지의 양도는 불과 3개월 간격으로 이루어졌고, 위 각 토지의 양수인 역시 CCC으로 동일한 점, ② 위 각 토지의 매매대금으로 2020. 9. 15. 725,000,000원이 CCC으로부터 원고에게 지급되었을 뿐 위 각 토지의 양도일 무렵에 매매대금이 지급된 사실이 없는 점, ③ CCC은 피고에게 제출한 진술서에서 2020. 8.경 원고와 제1 내지 3토지 전체의 매매에 합의하고, 매매대금 역시 일괄적으로 정하였다고 인정하고 있는 점, ④ 원고는 위 각 토지에 대한 매매합의 내용과 달리 두 차례에 걸쳐 위 각 토지를 양도한 이유에 대하여 설명하지 못하고 있는 점, ⑤ CCC 역시 자신이 원고에게 위 각 토지 중 제1, 2토지에 관한 소유권이전등기를 먼저 경료하여 줄 것을 요청하였다고만 진술하였을 뿐 위 각 토지를 나누어 별개로 매수할 경제적 동기나 납득할 만한 이유를 들지 못하고 있는 점, ⑥ 아래에서 보는 바와 같이 제1 내지 3토지의 매매대금은 725,000,000원으로 봄이 상당한바, 2020. 9. 15. 위 매매대금이 모두 지급된 이상 원고의 주장과 같이 위 각 토지 매매가 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에서 정한 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우’에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 2개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 부당하게 받으려는 목적으로 제1 내지 3토지를 2차에 걸쳐 나누어 양도하였다고 보인다. 따라서 피고가 제1 내지 3토지 양도를 실질상 연속된 하나의 거래로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3) 매매계약서의 거래가액이 실지거래가액과 다른지 여부

앞서 든 증거들, 갑 제15호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 부동산 자산을 매매하는 거래당사자로서 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적었다고 볼 수 있으므로, 구 조세특례제한법 제129조 제1항, 구 소득세법 제91조 제2항에 따라 이 사건 제1 내지 3토지에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 제한한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 제1 내지 3토지 매매계약서상 매매대금이 총 892,000,000원으로 기재되어 있고, CCC이 앞서 본 진술서에서 위 금액이 위 각 토지의 실제 거래가액이고, 다만 위 금원 중 167,000,000원은 과수원 수확이 끝나는 연말 이후에 지급하기로 하였다고 기재한 사실은 인정된다. 그러나 위 각 토지의 소유권이 CCC에게 이전된 시점으로부터 약 3년 이상이 경과한 현재까지 원고가 실제로 지급받은 매매대금은 725,000,000에 불과하다.

② 원고나 CCC의 주장에 따르면, 원고는 매매대금 전부를 지급받지 못한 상태에서 CCC에게 소유권이전등기를 경료하여 주었다는 것인데, 원고가 167,000,000원이라는 상당한 액수의 잔금 확보를 위한 아무런 조치도 하지 않은 채 제1 내지 3토지의 소유권을 CCC에게 이전하여 줄만한 특별한 사정이 존재하지 않는다. 원고는 이 사건 처분 이전까지 위 잔금을 지급받기 위한 별다른 조치를 취한 사실이 없는 것으로 보이고, 이 사건 처분 이후에야 비로소 위 잔금을 청구채권으로 하여 CCC 소유 부동산을 가압류하였을 뿐이다.

③ 원고는 CCC 명의의 2021. 2. 23.자 지불각서(갑 제11호증)를 근거로 제1 내지 3토지의 매매대금이 892,000,000원이라고 주장한다. 그러나 위 지불각서와 같은 날짜에 작성된 제3토지 매매계약서에는 위 매매계약서 작성 당일 매매대금 전액을 지급받고 소유권이전등기를 경료하여 주기로 규정되어 있을 뿐, 잔금 일부의 지급을 유예한다거나, 별도의 지불각서를 작성한다는 등에 관한 아무런 언급이 없다. 더구나 위 지불각서에 의하면 CCC이 2023. 2. 23. 이후까지 잔금을 완납치 못할 경우 CCC 소유 부동산에 근저당권을 설정하여 주기로 기재되어 있으나, 위 잔금지급 기일로부터 1년 이상 경과한 현재까지도 위 기재와 같은 근저당권이 설정되었음을 인정할 만한 자료도 존재하지 않는다. 여기에 위 지불각서에 첨부된 인감증명서는 2022. 10. 6. 발급된 것인 점까지 더하여 보면, 위 지불각서의 존재만으로 위 각 토지의 매매대금이 892,000,000원이라고 보기 어렵다.

나. 제4 내지 6토지에 관하여

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 부동산 자산을 매매하는 거래당사자로서 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적었다고 볼 수 있으므로, 구 조세특례제한법 제129조 제1항, 구 소득세법 제91조 제2항에 따라 제4 내지 6토지에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 제한한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른

전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 제4 내지 6토지 매매계약서상 매매대금이 360,000,000원으로 기재되어 있고, DDD이 피고에게 제출한 진술서에서 위 금액이 위 각 토지의 실제 거래가액이라고 기재한 사실은 인정된다. 그러나 위 각 토지의 소유권이 DDD 등에게 이전된 시점으로부터 약 2년 이상이 경과한 현재까지 원고가 실제로 지급받은 매매대금은 253,800,000원에 불과하다. 원고나 DDD의 주장에 따르면, 원고는 매매대금 전부를 지급받지 못한 상태에서 DDD 등에게 소유권이전등기를 경료하여 주었다는 것인데, 원고가 106,200,000원이라는 상당한 액수의 잔금 확보를 위한 아무런 조치도 하지 않은 채 제4 내지 6토지의 소유권을 DDD 등에게 이전하여 줄만한 특별한 사정이 존재하지 않는다. 원고가 현재까지 위 잔금을 지급받기 위하여 별다른 조치를 취한 사실도 없는 것으로 보인다.

② 원고는 DDD 명의의 2022. 2. 10.자 지불각서(갑 제13호증)를 근거로 제4 내지 6토지의 매매대금이 360,000,000원이라고 주장한다. 그러나 위 지불각서와 같은 날짜에 작성된 제4 내지 6토지 매매계약서에는 위 매매계약서 작성 당일 매매대금 전액을 지급받고, 소유권이전등기를 경료하며, 제4토지 지상의 건축물 명도 및 철거는 DDD등이 한다고 기재되어 있을 뿐, 위 지불각서 기재와 같이 위 제4토지 지상 건축물과 관련된 지상권 문제가 해결될 때까지 잔금 일부의 지급을 유예한다거나, 별도의 지불각서를 작성한다는 등에 관한 아무런 언급이 없다. 또한 위 지불각서는 2023. 12. 31. 이후까지 지상권 문제가 해결되지 못할 경우 DDD 등이 60,000,000원을 제외한 나머지 금액을 완불하여 준다고 기재되어 있으나, 위 금원이 지급되었다고 볼만한 자료 역시 존재하지 않는다. 여기에 지불각서에 첨부된 인감증명서가 2022. 8. 19. 및 같은 해 10. 5. 발급된 것인 점까지 더하여 보면, 위 지불각서의 존재만으로 위 각 토지의 매매대금이 360,000,000원이라고 보기 어렵다.

③ 원고는 제6토지 입구에 위치한 구거에 대한 점용허가를 받지 못하여 위 각 토지 양수인들이 매매대금 일부를 지급하지 않고 있는 것뿐이라고 주장한다. 그러나 위 토지 주변에 구거가 위치하고 있어 위 토지가 맹지라는 사정은 위 토지 매매협의 당시부터 존재하던 사정이었던 것으로 보임에도 앞서 본 바와 같이 제4 내지 6토지 매매계약서상 구거에 대한 점용허가와 관련된 내용이 전혀 존재하지 않는바, 위와 같은 원고의 주장은 그대로 믿기 어렵다. 또한 원고는 DDD 등이 위 각 토지의 양도소득세를 대납하는 등으로 잔금을 원고에게 계속 상환하고 있다고도 주장하나, 위와 같은 양도소득세 대납금이 잔금의 일부라고 볼만한 근거가 존재하지 않으므로 이 부분 원고의 주장 역시 받아들일 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.