1. 사실관계

○ 질의법인은 도소매업을 주업으로 하는 중소기업으로 2017~2021년 상시근로자 현황은 다음과 같음

 - 2018 사업연도분 법인세 경정청구 기간이 경과하여 고용증대세액공제 경정청구를 하지 못함

2. 질의내용

○ 경정청구 기간 경과로 2018 과세연도에 고용증대세액공제 최초공제를 적용받지 못한 경우 경정청구 기간이 경과되지 않은 과세연도에 추가공제가 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】 (2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것)

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

 2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

  가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

  나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ (삭제)

④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다

○ 부칙 <제16009호, 2018.12.24.>

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (생략)

제13조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제29조의7의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제26조의7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)

⑤ 법 제29조의7제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 제1호의 금액(해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의7제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)에서 제2호의 금액을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 본다)으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2019.2.12>

 1. 법 제29조의7제1항에 따라 공제받은 과세연도(2개 과세연도 이상 연속으로 공제받은 경우에는 공제받은 마지막 과세연도로 하며, 이하 이 조에서 "공제받은 과세연도"라 한다) 대비 해당 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액

 2. 공제받은 과세연도 대비 직전 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액(공제받은 과세연도가 직전 과세연도인 경우에는 영으로 본다)

○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때