1.사실관계

○질의인은 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하는 회사로서 2016년에 설립하였으며, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 규정에 의하여 벤처기업임을 2018년 10월에 확인받았으며,

○이후 우수한 인재 채용 및 인센티브 제공을 위해 임직원에게 주식매수선택권을 부여하였고 당시 부여한 주식매수선택권 행사기간은 2년 후인 2021.8.1.부터 2022.7.31.까지이며, 2021.8.1.기준으로 질의인은 상호출자제한기업집단으로 편입이 되었음.

○2022년 코스닥 상장사인 A사로의 “합병”(당 사는 피합병법인) 또는 A사로의 “완전자회사 편입”이 예정되어 있고, 이 때 A사는 중소기업이 아니며, 벤처기업에도 해당되지 않음.

○앞서 법무법인에 의뢰하여 자문을 구한 바, 질의인이 A사로 “합병”이 될 경우 질의인이 과거에 부여했던 주식매수선택권을 A사가 그대로 인수(포괄승계)하게 되고, 질의인의 주식매수선택권을 부여받았던 기존 임직원이 A사에게 주식매수선선택권을 행사하고 A사의 주식을 받는게 가능하다고 답변 받았음

2.질의내용

○질의인이 과거에 주식매수선택권을 부여하였지만 위 A사로의 “합병”이후 A사에게 주식매수선택권을 행사하여 A사의 주식을 받을 경우 조세특례제한법 제16조의2, 3, 4 규정을 적용할 수 있는지를 질의함

3.관련법령

○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】

①벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다.

②제1항이 적용되는 주식매수선택권은「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)으로 한정한다.

③제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 제16조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

①벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및「상법」제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1.벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

 2.제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한「소득세법」제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

○조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】

①벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는「소득세법」제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에「소득세법」제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다.

 1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따른 주식 매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

 2.해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

⑨제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다.

4.관련예규

○질의회신-2021-법령해석소득-3480(2021.8.31.)

 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업")으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나, 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도「조세특례제한법」제16조의2, 제16조의3, 제16조의4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.