1. 사실관계

○ 질의법인은 ’99. 12월 교회 집회소 용도로 사용하기 위해 토지와 지상 1층 주택건물을 취득하였으며, ’02. 10월경 지상 2층으로 증축

○ 쟁점주택건물의 지하 1층과 지상 2층은 집회소 용도로 사용하고 있고 지상 1층은 주택과 일부 교회 주방의 용도로 사용하고 있음

2. 질의내용

○ 법인으로 보는 단체인 교회가 집회소 용도로 취득한 주택을 3년 이상 사용하고 양도하는 경우 법인세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

 1. 각 사업연도의 소득

 2. 청산소득(淸算所得)

 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

 3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. <개정 2019.2.12>