중소기업취업자에 대한 소득세감면 관련 해당 법인이 중소기업에 해당하는지 여부

예규·판례

중소기업취업자에 대한 소득세감면 관련...

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질의회신

서면-2025-원천-0448

생산일자 2025.02.24.

AI 요약

요지

중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우, 중소기업기본법 시행령 제9조(유예제외)에 해당하는 경우를 제외하고는 그 사유가 발생한 연도의 다음연도부터 3년간은 중소기업에 해당하므로 2023년 이전 입사자들은 유예기간 동안 소득세 감면을 적용받을 수 있으며, 자산규모의 초과 이후 시점인 2023년 이후 취업한 자는 해당 중소기업의 유예기간 동안에는 조세특례제한법 제30조에 규정된 소득세 감면을 적용받을 수 있음

회신

(질의1)조세특례제한법 제30조 규정을 적용함에 있어 중소기업기본법 제2조에 규정된 중소기업이 같은 법 같은 조 제3항에 따라 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우, 같은 법 시행령 제9조(유예제외)에 해당하는 경우를 제외하고는 그 사유가 발생한 연도의 다음연도부터 3년간은 중소기업에 해당하므로 2023년 이전 입사자들은 유예기간 동안 소득세 감면을 적용받을 수 있음(질의2) 자산규모의 초과 이후 시점인 2023년 이후 취업한 자는 해당 중소기업의 유예기간 동안에는 조세특례제한법 제30조에 규정된 소득세 감면을 적용받을 수 있음

질의내용

1.사실관계

○농업협동조합으로 중소기업 요건(중소기업기본법 제2조)에 해당되며, 원래는 자산 5,000억원 미만의 협동조합이라서 중소기업 취업자 소득세 감면 대상 사무소였음

○’22.12.31.기준 자산이 5,000억원을 초과하여 유예기간인 3년이 적용되어 23,24,25년 과세기간은 감면 대상이 되는 것으로 알고 있음 현재(’25.2.12.)는 자산이 5,000억원 이상임

2.질의내용

○(질의1) 자산 5,000억원 초과 전인 ’23년 이전 입사자들은 중소기업 유예기간을 적용하여 유예기간 동안 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

○(질의2) 유예가 가능하다면 자산 5,000억원 초과 후인 ’23년 이후 입사자들은 소득세 감면 적용이 안되는 것인지? 또한, 취업시점이 중소기업 유예기간에는 소득세 감면을 받을 수 없는 것인지?

3.관련법령

○조세특례제한법 제30조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】

①대통령령으로 정하는 청년(이하 이 항에서 "청년"이라 한다), 60세 이상인 사람, 장애인 및 경력단절 여성이「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일(60세 이상인 사람 또는 장애인의 경우 2014년 1월 1일)부터 2026년 12월 31일까지 취업하는 경우 ~

○중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】

①중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만,「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

1.다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가.업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나.지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2.｢사회적기업 육성법｣ 제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

3.｢협동조합 기본법｣ 제2조에 따른 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합, 사회적협동조합연합회, 이종(異種)협동조합연합회(이 법 제2조제1항 각 호에 따른 중소기업을 회원으로 하는 경우로 한정한다) 중 대통령령으로 정하는 자

4.｢소비자생활협동조합법｣ 제2조에 따른 조합, 연합회, 전국연합회 중 대통령령으로 정하는 자

5.｢중소기업협동조합법｣ 제3조에 따른 협동조합, 사업협동조합, 협동조합연합회 중 대통령령으로 정하는 자

②중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

○중소기업기본법 시행령 제9조【유예 제외】

법 제2조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1.중소기업이 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업을 흡수합병한 경우로서 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 당초 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년이 지난 경우

2.중소기업이 법 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하게 된 경우

3.법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보았던 기업이 같은 조 제1항에 따른 중소기업이 되었다가 그 평균매출액등의 증가 등으로 다시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우

4. 삭제 <2014.4.14>

4.관련예규

○원천세과-307(2012.6.1.)

귀 질의의 경우, 취업일이 속하는 과세연도에는「조세특례제한법」제30조제1항에서 규정하는 중소기업체에 해당하였으나, 해당 중소기업체가 그 규모의 확대 등으로 그 다음연도부터 중소기업체에 해당하지 아니하게 된 경우라도 「중소기업기본법」제2조제3항과 「조세특례제한법 시행령」제2조2항에서 규정하고 있는 기간까지는 중소기업으로 보고 있으므로 중소기업으로 보는 유예기간까지는 중소기업체로 보아 「조세특례제한법」제30조에 따른 감면규정을 적용받을 수 있는 것입니다.