1. 사실관계

○ AA공단(이하 “신청공단”)은 수산자원관리 사업 수행 등을 위하여 ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 법인이며 ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 정부업무대행단체에 지정됨

○ 이에 따라 신청공단이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③의 사업 중 국가‧지방자치단체의 업무를 대행‧위탁받아 수행하는 사업은 ’21.4.1. 이후 공급분부터 면세로 전환됨

○ 신청인은 해양수산부, 환경부 등과 협약을 맺고 아래의 수탁사업 (이하 “쟁점 수탁사업”이라 함)을 수행하기로 함

2. 질의내용

○질의법인이 쟁점 수탁사업을 수행하면서 공급한 재화 또는 용역이 조특법 제106조 제1항에 따른 부가가치세 면제대상인지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. <단서생략>

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  58. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따른 한국수산자원공단

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

  1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업

  2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업

  3. 부동산임대업

  4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업

  5. 수상오락서비스업

  6. 유원지‧테마파크운영업

  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

 ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 [정부업무대행단체의 면세사업]

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제31444호, 2021.2.17>

 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호‧제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호 아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다.

 제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.

○ 수산자원관리법 제2조【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. "수산자원관리"란 수산자원의 보호‧회복 및 조성 등의 행위를 말한다.

  5. "바다목장"이란 일정한 해역에 수산자원조성을 위한 시설을 종합적으로 설치하고 수산종자를 방류하는 등 수산자원을 조성한 후 체계적으로 관리하여 이를 포획‧채취하는 장소를 말한다.

○ 수산자원관리법 제55조의2【한국수산자원공단】

 ① 정부는 수산자원을 보호‧육성하고 어장관리 및 기술을 연구‧개발‧보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립‧운영한다.

 ③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다. <단서생략>

  1. 인공어초‧바다숲‧바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업

  2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업

  3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업

  4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다)

  5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업

○ 수산자원관리법 제47조의3【공단의 사업】

 법 제55조의2제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

  1. 수산자원의 생태체험 및 이용사업

  2. 수산자원 브랜드의 가치 제고 및 관련 시설 운영 사업

  3. 수산자원관리 사업에 필요한 외국과의 교류‧협력사업

  4. 수산자원 정보화사업

○ 해양공간계획 및 관리에 관한 법률 제20조【해양공간계획평가 전문기관의 지정 등】

 ① 해양수산부장관은 해양공간정보의 통합적 관리 및 해양공간 관리에 관한 업무를 효율적으로 추진하기 위하여 전문기관을 지정할 수 있으며, 전문기관의 업무 수행을 위하여 필요한 비용을 예산의 범위에서 지원할 수 있다.