이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. ㈜〇〇(이하 ‘청구법인’이라 한다.)은 2000.4.10. 개업하여 자동차 부품 제조업을 영위하는 법인으로, 특수관계법인인 ㈜△△으로부터 금형을 매입(이하 ‘쟁점거래’라고 한다.)하고 있고, ㈜△△은 청구법인에 매출하는 금형 제작을 위해 외주를 주고 있다.(거래단계 : 외주업체→(주)△△→청구법인)

나. ●●지방국세청장(이하‘조사청’이라 한다.)은 2024.9.10.부터10.31.까지 청구법인의 2020사업연도부터 2023사업연도에 대한 법인통합조사를 시행하고,

㈜△△이 외주업체로부터 매입한 금액에 1.5배 또는 2배(’21년 6월부터 ’22년 3월까지는 1.5배, ’22년 4월부터는 2배를 적용함, 이하 ‘쟁점이익률’이라 한다.)를 가산하여 청구법인에 매출 세금계산서를 발행한 쟁점거래에 대해, 청구법인이 ㈜△△에 이익을 분여할 의도로 거래단계에 ㈜△△을 끼워 넣은 것으로 보고,

㈜△△이 외주업체로부터 매입한 금액을 쟁점거래의 시가로 보고, 쟁점이익률을 더해 ㈜△△에 지급한 금액을 시가 초과액으로 보아 ’21사업연도부터 ’23사업연도 시가 초과액 2,967백만원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다.)을「법인세법」제52조 규정을 적용하여 부당행위계산 부인하고,

인건비 과대계상, 인정이자 누락액 등을 익금에 산입하여 법인세 총 862,606천원(’20사업연도 33,721천원, ’21사업연도 113,795천원, ’22사업연도 241,865천원, ’23사업연도 473,225천원)을 부과하는 결의안을 ◇◇세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다.)에게 통보하였고, 처분청은 2024.12.1. 부과 결정하였다.

다. 이에 청구법인은 시가에 대한 구체적인 근거의 제시나 입증을 하지 못하였으므로 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다는 취지의 이 건 이의신청을 2025.2.6.제기하였다.

2. 청구주장

가. 사실관계

 청구법인과 ㈜△△은 특수관계법인으로, 금형 매입처는 ㈜△△밖에 없고, ㈜△△의 금형 매출처는 청구법인이 유일하므로 금형 매출단가의 시가를 비교할 대상 거래처가 없다.

나. 구체적 청구주장

 1) 조사청은 청구법인이 ㈜△△에 지급한 쟁점금액이 과다하다는 이유로 부당행위계산부인 대상으로 판단하였지만, 조사청은 쟁점금액이 시가에 부합한다는 구체적인 근거 또는 입증을 제시하지 못하였다.

 2) ㈜△△의 금형 매출처가 청구법인밖에 없다 보니 매출단가를 비교할 대상이 없어 ㈜△△이 매월 외주업체에 금형 제작을 의뢰하여 매입한 금액에 노무비, 기타 경비 등 총 제조(예상)비용에 예상 수익률을 감안하여 외주비에 쟁점이익률(약 1.5배～2배)에 해당하는 금액을 더해 ㈜△△의 매출금액으로 결정하였다.

＜ 표 삽입을 위한 공란 ＞

 3) ㈜△△의 금형제조 공정을 설명하면 다음과 같다.

위와 같이 ㈜△△에서 위 ①～③공정에서 제품 모델을 설계한 도면을 외주업체에 의뢰하고, 외주업체는 위 ④～⑤공정을 거쳐 금형 제품을 1차 가공하여 ㈜△△에 입고시키고, ㈜△△은 위 ⑥～⑪공정을 거친 후에 청구법인에 납품할 최종 금형 제품이 완성된다. 결과적으로 외주업체에서 1차 가공된 금형 제품은 ㈜△△에게 입고되고, 6단계의 공정을 거쳐야만 청구법인에 납품할 완제품이 출고될 수 있다.

청구법인에 납품하는 금형은 제품마다 수익률이 달라 ㈜△△이 외주업체에서 매입한 금액에 연간 발생할 기타비용을 고려하여 매월 청구법인에 대한 매출금액을 정하는 것이 제일 나은 방법이었고, 이것은 ㈜△△의 연간 총수익률을 고려한 회사방침에 의하여 결정한 수익률이다.

 4) ㈜△△의 연도별 원가율을 보더라도 ㈜△△에서 참고 자료로 작성한 수익률(1.5배～2배)범위 내 있는 수치와 별 차이가 없으므로 쟁점이익률은 ㈜△△의 수익률 산정을 위한 참고 자료일 뿐 부당행위계산 부인의 근거가 될 수 없다.

＜(주)△△_ 연도별 매출 및 재무제표 신고 내역＞

(단위: 백만원)

 5) 조사청은 비교 시가를 제시하지 않고, 확실치 않은 쟁점이익률을 근거로 하여 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상이라는 의견이나,

조사청은 이 건에 관한 조사 당시부터 처분 시까지 청구법인에 시가 산정의 기준이 되는 유사사례와 쟁점거래가 어떤 측면에서 유사한지, ㈜△△에서 작성한 쟁점이익률을 시가에서 제외한 근거가 무엇인지 등을 청구법인에 밝히지 않고 무조건 ㈜△△의 매입금액보다 과하다는 주장만을 되풀이하였다. 이는「헌법」상의 적법절차의 원칙 및 처분의 근거와 이유를 제시하도록 한「행정절차법」제23조에 반하여 위법하다.

 6) ‘시가’에 대한 증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 조사청에 있고, 조사청이 제시한 비교 대상 재화의 일정률이 ‘시가’가 되려면 해당 재화가 쟁점재화와 유사한 상황에서 제공되었고 그 수수료율이 일반적인 거래에 대한 것임이 입증되어야 하며, ‘유사한 상황’이란 단순히 계약 내용이 유사한 것에 그치는 것이 아니라, 거래 당시 당사자들의 구체적인 상황(각각 영위하는 사업의 종류, 지배구조, 재무 상태, 계약 체결ㆍ거래의 목적 등)도 유사하여야 하고, 구체적으로는 재화의 내용ㆍ구성요소, 품질, 수요자의 특성, 재화 제공인력의 구성, 재화의 제공 시기, 위험부담, 시장 환경ㆍ경제 상황 등의 유사성이 입증되어야 하나, ① 조사청은 단순히 (주)△△의 원가 상당액만을 시가로 보고 쟁점법인의 매입금액보다 과다하다고만 하였을 뿐, (주)△△의 매입액이 시가에 해당하는 구체적인 이유[재화의 내용, 위 일정률의 산출 근거 (분자ㆍ분모의 값, 하나의 거래 값 인지 아니면 수 개의 거래 값의 평균인지) 등]를 제시하지 않은 점 ② 이에 따라 쟁점거래와 비교 대상 거래 간의 유사성을 확인할 수 없는 점 등을 감안하면, 조사청에서 쟁점금액이 시가임을 입증한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점수익률을 시가 초과액으로 보아 과세한 처분은 위법하다.

 7) 결론적으로 조사청은 청구법인이 매입금액을 과다하게 신고하였다고 하는데, 무엇을 기준(시가)으로 하여 청구법인이 매입한 가액이 과다한지, 쟁점이익률이 왜 시가와 비교해서 부당행위에 해당하는지 등을 밝히지 않았고, 이는「헌법」상의 적법절차의 원칙 및 처분의 근거와 이유를 제시하도록 한「행정절차법」제23조,「법인세법 시행령」제89조에 반하여 위법하고,

청구법인의 매입금액이 증가한 만큼 ㈜△△의 매출금액은 상대적으로 증가하게 되고 그로 인해 법인세가 가중되어 결과적으로 ㈜△△에 손해가 되는 행위를 할 이유가 없으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청(조사청) 의견

가. 청구법인은 쟁점거래 단계에 특수관계법인 ㈜△△을 끼워 넣어 이익을 분여하였다.

조사착수 당시 ㈜△△의 경리업무를 담당했던 전**의 컴퓨터에서 확보한 전산 자료 중 아래와 같이 ’21.6월부터 ㈜△△이 청구법인에 발급한 세금계산서 내역을 정리한 자료가 있어 관련성을 검토한바,

매달 실제 같은 금액으로 ㈜△△에서 청구법인에 세금계산서를 발급한 내역이 확인되며, ’21.9월부터 ’22.3월까지는 ㈜△△의 금형 매입(마감) 금액(외주업체로부터 매입한 금액) 대비 1.5배의 금액을, ’22.4월부터는 2배의 금액을 일률적으로 기재해 청구법인에 세금계산서를 발급한 것으로 확인되었다.

청구법인은 ㈜△△의 마감 금액 대비 일정한 배율이 적용된 금액의 세금계산서를 수수한 사유에 대해 이해할 수 있거나 합리적인 사유를 제시하지 못하였고, 이에 조사청은 청구법인과 ㈜△△ 간 임의로 거래가액을 기재하여 세금계산서를 수수한 것으로 판단하고,

㈜△△에서 마감 금액으로 기재한 금액과 금형 관련 세금계산서 수취금액을 비교한 결과 상당 부분 유사한 것으로 파악되어, ㈜△△이 외주업체로부터 매입한 금액을 시가로 보아 ㈜△△에서 청구법인에 발급한 공급가액과의 차액에 대해 부당행위계산 부인하였다.

나. 청구법인은 ㈜△△의 금형 매출 대비 매출원가 내역을 제시하고 그 비율에 따라 산정된 가액을 시가로 보아야 한다고 주장하나,

 제시한 원가 내역에는 제품매출에 대한 경비도 포함하여 계산한 것이므로 그 비율에 따라 산정된 가액을 시가로 보기 어렵고, 금형 외주업체인 우신공업㈜과 ㈜▢▢특수강정공 등은 애초 청구법인의 매입처이기도 하여, 이는 단순 매입한 주체만 청구법인에서 ㈜△△으로 변경되었을 뿐,

㈜△△이 외주업체로부터 매입한 금형에 어느 정도의 가공을 하였는지와 매입가액에 가산한 금액의 산정 근거에 대해 구체적인 자료를 제시하지 못하였고, 조사 기간 중 금형 제품의 종류가 다양하고 제품별 원가가 상이하여 개별적으로 산정 근거를 산출할 수 없다고 소명하였다.

따라서 조사청은 ㈜△△과의 거래액이 산정 근거가 명확하지 않은 것으로 판단하고,「국세기본법」제16조【근거과세】에 따라 부득이하게 ㈜△△에서 확보한 쟁점이익률 자료를 근거로 각 사업연도 소득금액을 재계산하였다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ㈜△△이 외주업체에서 매입한 금액을 청구법인에 매출한 금형의 시가로 보고 청구법인이 외주매입액에 쟁점이익률에 해당하는 금액을 더해 지급한 금액을 부당행위계산 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령

1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】［시행 2021.1.1.］제17652호, 2020.12.22.일부개정

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

  ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가"라 한다)을 기준으로 한다.

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 1-1) 법인세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1-2) 법인세법시행령 제2조【정의】［시행 2021.1.1.］제30396호, 2020.2.11.일부개정

  ⑤ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. <신설 2019.2.12>

   1. 임원(제40조제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

   2. 제50조 제2항에 따른 소액주주 등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

    가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주 등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

    나. 법인 또는 비소액주주 등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

   4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

   5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

 1-3) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

  ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

   9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

  ② 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

  ③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

 1-4) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

  ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

  ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

   1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

   2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. (생략)

 2) 상속세 및 증여세법 제62조 【선박 등 그 밖의 유형재산의 평가】

  ② 상품, 제품, 서화(書畵), 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

 2-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 【그 밖의 유형재산의 평가 】

  ② 법 제62조 제2항의 규정에 의한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

   1. 상품ㆍ제품ㆍ반제품ㆍ재공품ㆍ원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액. 다만, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인과 ㈜△△의 사업자 기본사항은 다음과 같고, 청구법인과 ㈜△△의 주주들은 가족관계로 특수관계법인에 해당한다.

                         〈법인별 주주현황〉

 2) 조사청은 ㈜△△의 금형 매입금액을 쟁점거래의 시가로 보고, 시가를 초과하여 지급한 2,967백만원을 부당행위계산 부인하고, 다른 과소신고금액 포함하여 ’21～’23년 사업연도 법인세 829백만원을 경정 결정하였다.

 3) 조사청은 경리직원 전산에서 ㈜△△에서 외주업체로부터 금형을 매입한 금액에 1.5배 또는 2배(’22.4월부터)를 적용하여 청구법인에 세금계산서를 발급한 증빙을 다음과 같이 제출하였다.

 4) 심리담당자가 청구법인의 직원(직책:감사)으로부터 쟁점거래에 대해 설명받은 내용은 다음과 같다.

 5) ㈜△△의 금형 사업장 전경은 다음과 같다.

라. 판단

청구법인은 ㈜△△이 외주업체로부터 매입한 금액을 쟁점거래의 시가로 보고 청구법인이 ㈜△△에 지급한 쟁점이익률에 해당하는 금액을 부당행위계산 부인한 처분이 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

이 건 사실관계를 살펴보면, 쟁점거래에서 ㈜△△이 투입하는 원가 내역이나 쟁점이익률(1.5배, 2배)을 산정하게 된 구체적인 근거는 확인되지 않아 쟁점이익률에 해당하는 금액이 청구법인이 ㈜△△에 시가를 초과하여 이익을 분여한 금액인지 단정하기 어려우나, 외주매입액에 일률적으로 1.5배 또는 2배에 해당하는 금액을 더하여 ㈜△△에 지급하고 있는 행태는 제3자 간 거래에서 이루어지는 일반적인 거래행태로 보기는 어렵다.

반면에 외주매입액을 ㈜△△이 청구법인에 공급한 금형의 시가로 보기 위해서는 외주업체에서 받은 가공품 또는 제품이 거래단계에서 ㈜△△을 거치지 않고 청구법인에 직접 공급되었거나, 청구법인에 공급하는 과정에서 ㈜△△은 금형 제작에 관여한 사실이 없었음이 입증되어야 하나, ㈜△△이 금형 제조에 관여하지 않았다는 조사청의 의견은 그 근거가 부족해 보이고, 외주업체는 금형 조립에 투입하는 부품을 가공하여 ㈜△△에 납품하고, ㈜△△은 금형 조립, 수정작업 등 추가공정을 거쳐 청구법인에 금형을 매출하고 있다고 청구법인의 임원이 진술한 내용에 비추어 보면 ㈜△△에서 투입하는 제조원가를 반영하지 않고 산정한 시가를 적정 시가로 보기는 어렵다고 판단된다.

그러므로 ㈜△△이 외주업체로부터 매입한 금형 등에 2차 가공을 거쳐 청구법인에 매출하였는지 및 외주업체 매입액에 쟁점이익률을 가산하여 지급한 금액 중 고가 매입에 해당하는 금액이 얼마인지 판단할 수 있도록 적법한 시가를 재조사하고, 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 국세기본법 제65조 제1항 제3호 및 같은 법 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.