주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1999.8.10. CCC구 DDD 000 토지 330.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후 위 토지에 2000.1.22. 지상 7층 근린생활시설(의원)[1층은 계단실 47.17㎡, 2〜6층 근린생활시설(의원) 1,266.38㎡, 건축허가일 : 1999.9.8., 착공일 : 1999.9.13.] 연면적 1,313.55㎡(이하 “쟁점건물”이라고 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합쳐 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하였다.

 1) 청구인은 쟁점건물 신축 후 주택의 용도로 임대(임대사업자 미등록)하였다가 2021.11.30. 쟁점부동산을 부동산개발업을 영위하는 AAAA에 000백만원에 양도하였고(2024.1.10. 쟁점건물 멸실), 2022.1.31. 쟁점부동산 양도에 대해 양도소득세를 신고하면서 취득가액은 환산가액인 000백만원, 장기보유특별공제 000백만원을 적용하여, 양도소득세 과세표준 000백만원 및 세액 000백만원을 신고ㆍ납부하였다.

 2) 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 신고내용은 다음과 같다. (생략)

나. 부산지방국세청장(감사관)은 2024.4.11.∼2024.4.30. 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여,

 1) 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 신고내용의 적정여부를 검토한 결과, 쟁점건물은 건축물대장상에는 그 용도가 근린생활시설(의원)로 되어 있으나, 양도 당시 다세대주택으로 사용된 것으로 판단하고「소득세법」제104조(양도소득세 세율) 제7항 및 같은 법 제95조(양도소득금액) 제2항에 따라, 양도일 현재 조정대상지역에 소재한 1세대가 중과대상이 되는 3주택 이상을 보유하는 경우에 해당한다고 보았다. (생략)

 2) 감사관은 위 감사결과에 따라 2024.8.16. 청구인의 쟁점부동산 양도소득에 대해 「소득세법」상 3주택자 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 해당 양도소득세를 추가 고지하도록 처분지시를 하였다.

다. 처분청은 2024.8.30. 감사관의 위 처분지시에 따라 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세 000원을 과세한다는 감사결과 과세예고를 통지한 후, 2024.11.20. 위 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다.

 ※ 청구인은 이에 대해 2024.9.24. 재결청(BBB지방국세청장)에 과세전적부심사청구를 하면서 쟁점건물이 취득 시부터 실제 용도가 주거용이므로「조세특례제한법」제97조(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하므로 양도소득세 추가 고지예정세액 통지의 취소 및 당초 신고ㆍ납부한 양도소득세를 환급해 줄 것을 청구하는 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 2024.11.13. 재결청은 불채택 결정하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 쟁점건물은 외관상으로나 구조상ㆍ이용상으로 여러 세대가 독립하여 생활할 수 있는 형태로 신축된 주거용 건물(주택)이다.

나. 당초 근린생활시설(의원)로 신축한 후 주거용으로 용도변경한 것이 아니라 신축 당시부터 주거용으로 준공되었으며, 이러한 사정은 사용승인일(2000.1.22.) 이후 24일만에 주거용으로 1호실이 임대되었고, 37일쯤에 누계 4호실이 주거용으로 임대된 사실에 비추어 보아도 당연히 알 수 있다.

다. 2000.12.31. 이전에 쟁점건물 56호실 중 49호실에 대해 개인이 주민등록 전입한 사실이 확인되었으며, 49호실은 10년 이상 주택으로 임대되었음이 장부와 사업장현황신고 등으로 확인되는바, 쟁점규정에 따라 해당 부분 양도소득세는 면제되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. 청구인은 쟁점건물을 신축 시부터 양도 시까지 공부상 용도와 달리 주거용으로 준공하여 계속 사용하였다고 주장하나, 청구인이 2000.1.19. CCC구에 제출한 사용승인신청서 및 건축사사무소에서 CCC구에 제출한 사용승인조사 및 검토조서에도 근린생활시설로 기재되어 있음이 명백하고 당초 양도소득세 신고 시에도 일반건물로 양도신고하였으므로 쟁점건물이 주택임대를 목적으로 신축하였다고 보기 어렵다.

나. 그리고, 쟁점규정은 무주택 서민의 주거생활 안정 외에도 ‘소형임대주택 신축 촉진’을 목적으로 신설되었으며 대법원 판례 및 다수의 국세청 해석사례에서, ‘신축주택이라 함은 취득 당시를 기준으로 공부상 및 실질상 주택만을 의미하는 것’으로 판단하고 있으므로 신축 당시의 공부상 용도가 근린생활시설인 쟁점건물에는 쟁점규정이 적용될 여지가 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 쟁점부동산의 양도는 「조세특례제한법」제97조에서 정하는 장기임대주택의 양도에 해당하므로 양도소득세를 전액 면제하는 것이 타당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것)

  ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다. <개정 2015.8.28>

  1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

  2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

  ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

  ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

  ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.[전문개정 2010.1.1]

 1-1) 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】(2021.2.17. 대통령령 제31444호로 개정된 것)

  ① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다. <개정 2001.12.31, 2009.2.4, 2019.2.12>

  ② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제122조제4항 및 제5항을 준용한다. <개정 2010.2.18, 2014.2.21>

  ③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29>

  ④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19, 2008.2.29, 2015.12.28, 2020.2.11>

   1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

   2. 임대차계약서 사본

   3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 「주민등록법」 제29조제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

   4. 삭제 <2006.6.12>

   5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

  ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29>

   1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

   2. 삭제 <2001.12.31>

   3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

   3의2. 삭제 <2001.12.31>

   4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

   5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

  ⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다. <신설 2006.6.12, 2007.6.28, 2010.5.4, 2010.11.2., 2018.2.13>

 2) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

  ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.15>

   1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

   2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

  ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 3) 소득세법 제88조【정의】(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정된 것)

  이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2020.6.9, 2020.8.18., 2020.12.29>

   1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

   7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

 4) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2018.12.31, 2020.8.18>

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

    나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

다. 사실관계

 1) 쟁점부동산의 등기사항증명서, 건축물대장상 확인되는 건물구조 및 용도, 임차권 설정 내용 등은 다음과 같다.(생략)

 2) 국세청 대내포털시스템상 청구인의 사업내역을 살펴보면, 쟁점부동산 소재지와 그 외 장소를 사업장으로 사업자등록한 사실이 다음과 같이 확인되며, 청구인이 지방자치단체에 주택임대사업자로 등록한 사실은 확인되지 않는다. (생략)

 3) 쟁점부동산 매매계약서 내용은 다음과 같다. (생략)

 4) 국세청 대내포털시스템에 따르면 청구인은 2002년 과세연도부터 종합소득세 확정신고를 하였는데, 쟁점부동산을 양도한 2021년 과세연도까지의 종합소득세 신고서상 주거용건물임대업(업종코드 기준) 관련 사업소득 신고 내역은 다음과 같다. (생략)

 5) 이 건 종합소득세 과세처분에 이르게 된 경위를 살펴보면 다음과 같다. (생략)

 6) 청구인은 쟁점건물이 신축 당시부터 주택으로 신축되었으므로 쟁점규정의 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하면서, 쟁점건물 현황사진, 주택임대내역, 임대내역 정리자료 등을 다음과 같이 제출하였다.(생략)

 7) (관련 판례ㆍ예규 등) 처분청이 제출한 2000년 쟁점부동산 소재지 전ㆍ출입내역(49건)은 붙임1. “(청구인 제출) 처분청에서 주민등록 전입세대 열람한 자료” 내역과 같으며, 감사관은 ‘1986년도 하반기 개정세법’, ‘관련 판례 및 예규’, ‘「건축법 시행령」제65조제1항제4호 [별표5]를 제출하였는데 그 내용은 다음과 같다. (생략)

 8) 재결청(BBB지방국세청장)이 2024.10.28. CCC구 DDD에서 회신받은 자료의 주요 내용은 다음과 같다.(생략)

 9) (쟁점건물 재산세 부과내역상 용도현황) 국세청 대내포털시스템상 2006년 이후 쟁점건물 재산세 부과내역이 확인되었고 재산세 부과내역상 쟁점건물은 2006년∼2013년은 의료시설로, 2014년∼2021년은 사무실로 분류된 것으로 확인된다. (생략)

 10) 재결청이 2024.10.14. CCC구에서 회신받은 쟁점건물 무단 용도변경에 대한 처분사전통지, 쟁점건물 사용승인신청서, 사용승인 및 검사조서 등 관련 자료의 주요 내용은 다음과 같다. (생략)

 11) 인터넷상 검색된 쟁점건물에 대한 월세광고(일자 미상)의 내용은 다음과 같다. (생략)

라. 판단

1) 관련 법리

  가) 「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것, 이하 같다)제97조제1항에서는 “대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다”라고 규정하고 있고, 제1호에서는 “1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택”을 규정하고 있다.

  나) 「조세특례제한법」제97조가 일정기간에 신축한 주택 등을 5년 이상 장기 임대한 거주자 등의 경우 해당 임대주택의 양도에 대해 양도소득세 감면을 적용하도록 규정하고 있는 것은 특정기간에 임대주택의 건설을 촉진하여 무주택서민의 주거생활 안정을 도모하기 위한 것으로(헌법재판소 2006.2.23. 선고 2004헌바80 결정 등 참조), 위 ‘임대주택’은 ‘일정기간에 신축된 주택 등을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하는 주택’만을 의미한다고 해석하는 것이 조세법률주의의 엄격해석원칙에 위반된다고 할 수 없다[대전고등법원 2011.9.29. 선고 2011누1106 판결(대법원 2011두26053, 2심 인용) 참조].

 2) 쟁점부동산의 양도에 대해 「조세특례제한법」제97조에서 정하는 장기임대주택의 양도에 대한 양도소득세 감면을 적용하는지에 대한 판단

  가) 관련 법리와 다음의 사정들을 종합하여 볼 때, 쟁점건물은 준공 당시 근린생활시설(의원)로 신축된 것으로 봄이 타당하므로 쟁점부동산 양도에 대해 「조세특례제한법」제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 아니한 처분청의 처분은 정당하다.

     ① 청구인은 1999.9.8. 쟁점건물의 신축과 관련 근린생활시설(의원) 용도로 건축허가를 받아 2000.1.22. 지상 7층[지상 1층은 계단실, 지상 2〜7층은 근린생활시설(의원)] 건물로 사용승인(준공)을 받았다.

     ② 2000.1.22. 쟁점건물 준공일은 「조세특례제한법」제97조제1항제1호에서 정하고 있는 요건인 1986.1.1.〜2000.12.31. 기간 중에 해당되기는 하나, 쟁점건물의 준공 당시 주용도가 근린생활시설(의원)이어서 위 규정상 감면요건인 신축된 주택의 요건은 갖추지 못한 것으로 보인다.

     ③ 한편, 청구인은 준공 당시부터 쟁점건물이 주택으로 신축되었다고 주장하면서 관련 주택임대자료 등을 제시하고 있으나, 쟁점건물 소재지 주택건축 허가 등을 담당하는 CCC구청장의 2021.2.3. ‘쟁점건물의 무단 용도변경에 대한 행정처분 통지’내용을 살펴볼 때, 2000.1.22. 쟁점건물 준공 당시 행정청(CCC구청장)이 주택신축을 용인한 것으로는 보이지 않는바, 사정이 이와 같다면 청구인은 쟁점건물에 대한 행정청(CCC구청장)의 건축물 사용승인검사가 완료(신축ㆍ준공)된 후 곧바로 동 건물을 주택으로 불법 용도변경한 것으로 봄이 합리적이다.

     ④ 아울러, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건, 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법규의 문언대로 해석할 것이며, 합리적 이유 없이 이를 확장하거나 유추하여 해석하는 것은 허용할 수 없고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격히 해석함이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있는데(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조), 청구인이 제시한 증빙자료만으로는 쟁점건물이 신축주택에 해당한다고 보기 어렵다.

     ⑤ 위의 내용을 종합해 볼 때, 청구인이 쟁점건물을 1986.1.1.〜2000.12.31. 기간 중 임대사업자 등록없이 신축하여 주거용으로 임대하였다고 하더라도 「조세특례제한법」제97조제1항제1호에서 의미하는 신축된 주택에는 해당하는 것으로는 보기 어려워 위 규정상 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  나) 따라서, 쟁점부동산의 양도에 대해 「조세특례제한법」제97조의 장기임대주택의 양도에 대한 양도소득세 감면을 적용배제한 처분청의 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.