1. 처분의 경위

가. 원고는 통신기기 판매업, 전자상 거래업 등을 영위할 목적으로 2017. 1. 1. 설립된 회사로 2020년 1월부터 12월까지 중고 휴대폰을 매입하여 국내에 판매하거나 해외로 수출하였다.

나. 00지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. 9.부터 2022. 5.까지 원고에 대하여 2020 사업연도 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과 원고가 2020년 제2기(2020. 7. 1.부터 2020. 12. 31.까지)에 주식회사 00라스 외 23개 매입처로부터 실물거래 없이 공급가액 2,100,000,000원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 것으로 보아 관련 자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2022. 7. 25. 원고에게 원고가 이 사건 세금계산서의 매입액을 법인세법상 매출원가로 손금처리한 부분을 부인하여 법인세 과세표준을 2,000,000,000원 증가시킨 후 이에 대해 법인세 600,000,000원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

피고는 가공거래로 의심되는 이 사건 세금계산서 수취분에 대해, 그와 관련하여 원고가 신고한 매출은 수출신고필증, 국내거래명세서 등에 근거하여 정상적인 수입금액으로 인정하였으면서도 이에 대응하는 중고 핸드폰 구매비용인 매출원가는 전액을 필요경비로 인정하지 않았다. 그런데 법인세법 제66조 제3항, 같은 법 시행령 제104조는 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우 추계과세 등 대체적인 방법에 의하여 이를 계산하도록 규정하고 있으므로, 피고가 수출신고자료에 의해 휴대폰 매출액을 인정하는 이상 그에 대응하는 매출원가는 증빙이 없는 경우 추계조사의 방법에 의하여서라도 산정이 가능한 범위에서 이를 산정하여 소득금액을 계산하였어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다. 다만 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 증명이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 과세관청이 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 그 금액을 증명하여야 하고 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 증명의 필요가 돌아간다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참고).

2) 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고가 이 사건 처분을 하면서 이 사건 세금계산서에 따른 매출원가를 전부 부인하면서도 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 매출원가에 관하여 아무런 입증을 하지 않은 것은 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

가) 조사청은 이 사건 조사 당시 원고가 신고한 휴대폰 매출액은 수출신고필증, 국내거래명세서 등에 의하여 정상거래로 판단하여 이를 그대로 인정하였다.

나) 휴대폰의 IMEI는 각 단말기마다 고유하게 부여되는 식별번호로서 중고 휴대폰 판매의 경우 이를 통하여 휴대폰의 매출액과 휴대폰 구매비용인 매출원가를 1:1로 대응시키는 것이 가능하므로 휴대폰의 IMEI에 대응하는 매출액이 존재하는 경우 그에 대응하는 중고 휴대폰 구매비용인 매출원가도 존재한다고 보는 것이 경험칙에 부합한다. 그런데 피고는 휴대폰의 IMEI에 대응하는 매출액은 그대로 인정하면서도 그에 대응하는 매출원가의 경우에는 휴대폰 모델, IMEI, 판매단가 등 세부내역을 확인할 수 있는 증빙이 제출된 일부만을 인정하고 이 사건 세금계산서에 대응하는 부분은 가공증빙으로 보아 그에 따른 매출원가를 전액 부인하였다.

다) 법인세법 제66조 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할수 있다.’고 규정하고, 같은 법 시행령 제104조 제1항은 ‘법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.’고 하면서 제1호로 ‘소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’를 규정하고 있는바, 위 규정에 따르면 수입금액이나 필요경비 중 실지조사에 의하여 산정가능한 것은 실지조사에 의하여 하는 것을 원칙으로 하되 실지조사가 불가능한 경우에 추계가 허용된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

따라서 이 사건과 같이 실지조사를 통해 원고가 신고한 휴대폰 매출액을 수입금액으로 인정하였으나 그에 대응하는 필요경비, 즉 매출원가에 대하여 증빙서류가 없거나 중요 부분이 허위로 기재되어 신뢰성이 없는 때에는 추계조사 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서 피고가 그 금액을 입증하여야 한다.

라) 이에 대하여 피고는 대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등을 들면서 이 사건의 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제1항이 정한 ‘장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하지 아니하여 이 사건 세금계산서에 대응하는 매출원가 부분을 추계조사의 방법으로 산정할 수 없다고 주장한다. 즉, 납세의무자가 신고한 비용 중 일부에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지는 경우 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대해서는 그에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있고, 납세의무자가 증명활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 타당한데, 원고가 신고한 휴대폰 매출액에 대응하는 매출원가와 관련하여 이 사건 세금계산서에 대응하는 매출원가 부분에 대해서는 원고가 그 거래품목, IMEI, 매입단가 등을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있으므로 해당 부분의 매출원가는 인정할 수 없으나 나머지 매출원가 부분은 원고의 장부나 증빙의 내용이 명백히 허위임을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 2020 사업연도 법인세 산정과 관련하여 필요한 장부와 증빙서류의 중요부분이 없거나 허위에 해당한다고 할 수 없다는 것이다.

그러나 피고가 들고 있는 판례의 사례들은 납세의무자가 주장하는 해당 필요경비가 실제로 발생하였는지 여부 또는 발생한 것이 확실하다고 하더라도 소득금액에 이미 반영된 것인지 여부가 불분명한 경우로서 이러한 때에는 납세의무자가 적극적으로 증명활동을 하지 않는 이상 부존재 추정을 하는 것이 타당할 수 있다. 그러나 원고가 주장하는 필요경비는 매출액에 대응된 중고 휴대폰의 구매비용으로서 실제로 발생하였으나 소득금액에 반영되지 않았음이 명백하므로, 위 사례들과 같이 납세의무자인 원고가 객관적인 증빙을 제출하지 못한다고 하여 부존재를 추정하는 것은 경험칙에 반하고, 법인세법 시행령 제104조 제1항이 정한 ‘장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 과세관청은 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 그 금액을 증명하여야 할 것인바, 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 받아들이지 않는다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.