1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

 피고가 2022. 6. 13. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세 2,069,130,320원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위 등

 가. 원고(구 ○○ 주식회사)는 1991. 11. 2. 설립된 법인으로 ○○시 ○○로 ○○, ○○호(○○동, ○○빌딩)에 본점소재지를 두고, 대형 의류종합 도매 및 소매업, 백화점, 부동산 개발업 등을 영위하고 있다.

 나. 김○○은 원고의 발행주식 총수 237,637주 중 234,617주(지분 98.73%)를 보유한 대주주로서, 2001. 12. 26.부터 2011. 3. 30.까지 원고의 대표이사, 2001. 12. 26.부터 2013. 3. 31.까지 원고의 이사, 2013. 12. 3.부터 2018. 7. 20.까지 원고의 사내이사의 지위에 있었다.

 다. 김○○은 2018. 7. 20. 원고의 사내이사에서 퇴임하였는데, 원고의 법인등기부상 2018. 8. 10. 퇴임 등기가 경료되었고, 같은 날 보유하고 있던 원고의 발행주식 전부를 원고의 현재 대표이사인 김○○ 등에게 양도하여 원고와의 특수관계가 소멸하였다.

 라. ○○지방국세청장은 원고 및 그 주주 등에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 김○○과의 특수관계가 소멸되는 날까지 김○○에 대한 가지급금 4,687,531,723원(이하 ‘이 사건 가지급금’이라 한다)을 회수하지 아니한 채 2018 사업연도 중 대손 처리하고, 2018 사업연도 법인세 신고시 이를 익금에 산입하였으며, 유보로 소득처분한 사실을 확인하였다.

 마. 원고는 2021. 7. 6. 이 사건 가지급금을 김○○에 대한 상여로 소득처분함을 취지로 하는 법인세 수정신고(이하 ‘1차 수정신고’라고 한다)를 하면서 소득구분을 상여로 하고, 귀속자를 김○○으로 하는 소득자료 명세서를 제출하였고, 김○○은 2021. 7. 7. 이 사건 가지급금을 근로소득 총수입금액으로 하여 2018년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고서를 제출하였다.

 바. 원고는 이 사건 가지급금과 관련한 김○○에 대한 근로소득세를 원천징수하지 아니하였고, 2022. 1. 25. 김○○에 대한 상여처분을 배당으로 소득처분하는 것으로 변경하여 법인세 수정신고(이하 ‘2차 수정신고’라고 한다)를 하면서 소득구분을 배당으로 변경하고, 귀속자를 김○○으로 하는 소득자료 명세서를 제출하였다.

 사. 피고는 2차 수정신고에 대한 검토를 거쳐 이 사건 가지급금과 관련한 소득처분의 종류를 김○○에 대한 상여로 보아 2022. 3. 10. 원고에 대하여 원천납세의무자 김○○에 대한 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세 2,069,130,320원을 과세한다는 내용의 과세예고통지를 하였다.

 아. 원고는 이에 불복하여 2022. 4. 8. 국세청에 과세전적부심사청구를 하였는데, 국세청은 2022. 5. 25. 원고의 위 청구에 대해 불채택 결정을 하였다.

 자. 피고는 원고가 1차 수정신고 후 원천징수분 근로소득세를 신고·납부하지 않았다는 이유로 2022. 6. 13. 원고에 대하여 원천납세의무자 김○○에 대한 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세 2,069,130,320원을 결정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

 차. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 9. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 2. 16. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

   김○○은 원고와의 특수관계가 소멸할 당시 주주로서의 지위만 가지고 있었을 뿐 임원이 아니었으므로, 이 사건 가지급금과 관련하여 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 가목이 아닌 나목을 적용하여 배당으로 소득처분되어야 함에도, 피고는 이를 상여로 소득처분한 것으로 보고 원고에게 원천납세의무자 김○○에 대한 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세를 부과하였는바, 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

   별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

 다. 판단

   1) 관련 법리

     구 법인세법 시행령은 제43조 제6항에서 ‘제1항 내지 제5항의 규정에 의한 임원(이하 “임원”이라 한다)은 다음 각 호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자로 한다. 1. 법인의 회장·사장·부사장·이사장·대표이사·전무이사·상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인, 2. 합명회사·합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사, 3. 감사, 4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자’라고 규정하여 ‘임원’에 대한 정의규정도 두고 있는바, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 소정의 “임원”을 이와 다르게 볼 이유가 없고, 임원에 관한 위 정의규정에서 ‘기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자’도 임원에 포함시키고 있는 점, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에서 ‘법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자를 대표자로 한다’는 취지로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 법인등기나 정관에 기재된 임원이 아니라고 하더라도 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자는 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 소정의 “임원”에 포함된다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2011두8802 판결, 대법원 2012. 9. 13. 선고 2012두11799 판결, 대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두4231 판결 등 참조).

     회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있는 사람이라도 당해 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 회사의 귀속불명 소득을 그에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다. 한편 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010두18116 판결 등 참조).

   2) 구체적 판단

    상법 제383조 제1항은 이사는 3명 이상이어야 하고, 다만 자본금 총액이 10억 원 미만인 회사는 1명 또는 2명으로 할 수 있다고 규정하고, 상법 제386조 제1항은 법률에 정한 이사의 원수를 결한 경우에는 임기의 만료 또는 사임으로 퇴임한 이사는 새로 선임한 이사가 취임할 때까지 이사의 권리의무가 있다고 규정하고 있다. 갑 제3호증 및 을 제1호증의 각 기재에 의하면 원고는 자본금이 23억 7,637만 원이므로 3명 이상의 이사가 있어야 하는데, 2018년경 원고의 이사는 대표이사 겸 사내이사 전○○, 사내이사 김○○, 사내이사 김○○으로 총 3명이 있었으나, 위 3명이 모두 2018. 7. 20. 동시에 퇴임하였고, 이후 김○○ 등의 대표이사 내지 사내이사 취임등기가 이루어진 2018. 8. 10.까지 대표이사 취임등기나 사내이사 취임등기가 전혀 없어 원고의 법인등기부상으로 사내이사나 대표이사가 존재하지 않으므로, 2018. 7. 20.부터 2018. 8. 10.까지의 기간에도 김○○은 상법 제386조 제1항에 따라 원고의 적법한 이사로서의 지위를 유지하고 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 김○○은 위 기간 동안 구 법인세법 제67조 및 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에 규정된 임원에 해당한다.

     한편, 원고는 김○○이 원고의 대표이사의 지위에 있을 때도 건강상의 이유로 정상적인 대표이사 업무 수행이 불가능하였고, 김○○의 아들 김○○이 2010. 3. 31. 원고의 이사로 취임한 뒤부터는 김○○이 원고를 실질적으로 경영하였으므로, 김○○은 위 규정상 임원에 해당하지 않는다는 취지로 주장하나, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

     오히려 김○○이 2021. 7. 7. 이 사건 가지급금을 근로소득 총수입금액으로 하여 2018년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고서를 제출한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제8호증의 기재에 의하면 김○○ 명의로 2021. 6. 21. 작성된 확인서에 “상기 본인은 1991년도부터 2018년 8월까지 ○○ 주식회사의 대주주로서 그 기간 동안 ○○ 주식회사 운영에 관한 모든 사항 및 본인주식매각에 대한 의사결정을 본인이 직접 보고 받고 결정하였음을 확인합니다.”라고 기재되어 있는 점, 원고는 위 확인서를 김○○이 아니라 그 아들인 김○○이 작성하였기 때문에 허위의 내용이라는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고의 주장에 의하더라도 김○○을 대신하여 원고를 실질적으로 경영하였다는 김○○이 스스로 김○○이 원고 운영에 관한 사항을 보고받고 결정하였다는 내용으로 확인서를 작성한 것인바, 그 내용이 허위라고 보기 어려운 점, 과세관청이 세무조사를 실시하는 과정에서 조사상대방 측으로부터 구체적인 위반사항을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것인데(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결 등 참조), 위 확인서가 세무조사 담당자들의 강압이나 회유에 의해 작성되었다고 볼 만한 증거도 없는 점 등을 종합하여 보면, 김○○은 그가 보유하던 원고의 발행주식 전부를 양도하여 원고와의 특수관계가 소멸하던 당시까지 원고의 임원의 지위에서 원고 경영전반에 관여하였다고 봄이 타당하다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.