1. 사실관계

○(현황) 연결모법인인 A법인은 ’23사업연도까지 B법인을 연결자법인으로 하여 연결납세방식 적용

○(자회사 인수) 2024.11.xx. A법인은 C법인의 주식 100%를 인수

○(연결자법인 흡수합병) 2024.12.xx. A법인은 C법인 인수 직후 기존 연결자법인인 B법인을 흡수합병

2. 질의요지

○연결모법인이 다른 내국법인을 인수한 후 동일 사업연도에 연결자법인을 합병한 경우, 해당 내국법인에 대한 연결납세 적용방법

3. 관련 법령

○ 법인세법 제2조【정의】

6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다.

10. "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다.

10의2. "연결지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다.(각 목 생략)

11. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.

○ 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

① 다른 내국법인을 연결지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "연결가능모법인"이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "연결가능자법인"이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결가능모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제120조의13【연결납세방식의 적용 신청 등】

① 연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의 8 제1항의 연결가능자법인(이하 이 조에서 “연결대상법인등”이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의9【연결납세방식의 취소】

① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.

1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

2. 연결모법인이 연결지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

3. 연결모법인의 연결가능자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우

5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우

6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 연결지배를 받는 경우

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제120조의16【연결법인의 변경신고 등】

① 법 제76조의11제3항 또는 제76조의12제4항에 따라 연결모법인이 연결자법인의 변경 사실을 신고하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 연결법인 변경신고서를 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

① 연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.