이 유

1. 처분개요

가. A(이하“청구법인”이라 한다)은 2017.5.1. B로부터 인적분할되어 설립된 법인으로서, **도 **군 **읍에 소재해 있고 종사업장으로 **공장과 부설연구소가 있으며, 현재‘***’종목명으로 코스피에 상장된 업체로서, UV경화에 사용되는 핵심 아크릴계 제품 및 모바일폰 외장 코팅, 디스플레이 핵심 소재 필름 코팅 제품을 개발 및 생산하고 있다.

나. C지방국세청장(이하“통지관서”라 한다)은 2024.10.24.부터 2024.12.12.까지 청구법인에 대해 2020년 ~ 2022년 사업연도(이하“조사대상기간”이라 한다)에 대한 법인통합조사를 실시하여,

1) 청구법인과 해외 자매회사인 D와의 국제 거래시 청구법인이 저가에 원재료를 판매하였다고 보아 2,040백만원을 익금산입하였고,

2) 해외 자매회사인 E, K, D 및 해외 자회사인 F에 파견한 직원 7명에 대한 인건비 중 청구법인이 부담한 인건비 1,489백만원을 업무무관비용으로 보아 손금 부인하였으며,

3) 청구법인이 해외 자회사인 F에 대해 지급보증 수수료를 수익으로 인식하였으나 낮은 지급보증 수수료율을 적용하여 257백만원을 과소 수취한 것으로 보아 익금산입하고,

4) 청구법인이 중국 내 특수관계법인인 G, H, I( G, H, I을 합쳐“중국특수관계법인”이라 한다)에게 제품을 판매하고 매출채권을 지연회수한 것으로 보아 인정이자 94백만원을 익금산입하였으며,

5) 청구법인이 해외 특수관계법인 J로부터 기술지원용역을 제공받으면서 기술지원 용역비를 과다 제공한 것으로 보아 소득조정금액 29백만원을 익금산입하고,

6) 청구법인의 기업부설연구소 직원 중 A-1, A-2, A-3(이하 “쟁점직원”이라 한다)은 사실상 연구활동에 전담하지 않은 것으로 판단하여 쟁점인원에 대한 인건비 175백만에 대한 연구·인력개발비에 대한 세액공제 14백만원을 부인하였으며,

7) 미환류소득에 대한 법인세 과세대상인 청구법인에게 쟁점1 ~ 쟁점5에 따른 익금산입액이 미환류소득 계산시 사업연도 소득에 가산되어 미환류소득이 증가됨에 따라 미환류소득에 대한 법인세 342백만원을 추가하여,

통지관서는 2024.12.26. 청구법인에게 각사업연도소득에 대한 법인세 1,153,032,180원 및 미환류소득에 대한 법인세 342,431,973원 합계 1,495,464,150원을 고지한다는 세무조사 결과 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.23. 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. (쟁점1) 청구법인은 해외 자매회사인 D와 정상가격으로 거래하였으므로 통지관서가 이와 관련하여 2,040백만원을 익금산입한 것은 취소되어야 한다.

1) 청구법인은 스페인에 소재하고 있는 D에게 에너지 경화수지 원료를 판매하고 있으며, D는 청구법인으로부터 매입한 원재료와 제3자로부터 매입한 원재료를 조합하여 에너지 경화수지 제품을 제조하여 유럽지역에 공급하고 있다.

   가) 통지관서는 청구법인이 D에 원재료를 저가로 공급하여 D가 정상가격 범위를 초과하는 이익률을 달성한 것으로 보아 아래와 같이 정상가격 조정금액을 익금산입 하였다.

       < 연도별 D의 총원가가산율 및 조정금액 >

       (도표 생략)

나) 청구법인은 K와 D에게 동일한 종류의 화학제품을 공급하고 있다. K는 판매법인으로 청구법인 또는 D로부터 화학제품을 공급받아 유럽 내 End User에게 공급하고 있고, D는 생산법인으로 아래와 같이 청구법인으로부터 화학제품(원재료)를 공급받아 추가 가공을 한 후 K 또는 유럽 내 제3자 고객에게 공급하고 있다.

      < 청구법인과 D, K 거래 구조 >

      (그림 생략)

다) 청구법인은 유럽지역 내에 일관된 정책에 따라 청구법인의 제품을 국외특수관계자에게 공급하고 있으며, 아래와 같이 유럽 내 특수관계자인 D와 K에게 동일한 가격수준에서 공급하고 있는 바 청구법인이 D에만 제품을 낮은 가격으로 거래하였다고 볼 수 없다.

      < 청구법인의 K, D에 대한 제품 매출가격 비교 >

      (그림 생략)

  라) 청구법인이 D에 정상가격보다 낮은 가격으로 제품을 공급하였다면 K에도 정상가격보다 낮은 가격으로 공급한 것이 되며, 이 경우 K도 높은 수준의 이익률이 발생하여야 하지만 조사대상기간 동안 K가 달성한 영업이익률은 3.6 ~ 4.0% 수준으로 동일 기간 동안 D의 영업이익률인 9.5 ~ 15.1% 와 차이가 커 청구법인이 D에게 정상가격보다 낮은 가격으로 제품을 공급한 것은 아니다.

  마) 청구법인과 D는 화학제품 시장 호황으로 인하여 아래와 같이 높은 수준의 영업이익률을 달성하였다.

      < 연도별 청구법인과 D의 영업이익률 >

      (도표 생략)

      조사대상기간은 Covid-19가 유행했던 기간으로 중국 내 화학제품을 생산하는 업체들이 셧다운되고 화학제품에 대한 수요 증가로 인하여 화학제품 생산업계 전체적으로 호황이 있었던 시기였다. 더욱이 D가 생산하는 품목의 전세계 시장 1위 업체인 L은 2021년 2월에 발생한 미국 텍사스 지역 대 한파 및 정전사태로 인하여 공장 셧다운을 하였고 이로 인하여 D의 매출이 크게 증가하여 D의 이익률 또한 크게 증가하였다.

바) 통지관서가 비교가능성을 높이기 위하여 수행한 정성분석 과정에서 제외된 기업 중 취급하는 품목이 유사한 기업을 다시 포함하거나, 선정된 기업 중 취급하는 품목이 상이하여 제외하는 분석을 재수행하는 경우 D의 총원가가산율은 정상가격 범위에 포함된다.

   (1) 통지관서가 청구법인과 D와의 거래의 정상가격 범위를 선정한 과정을 살펴보면, 비교대상기업을 선정하기 위한 모집단은 아래의 기준을 적용하였고,

         < 비교대상기업 모집단 산정 대상 >

         (그림 생략)

      선정 기준은 ①조사대상기간에 외부감사 적정의견을 받지 못한 기업, ②조사대상기간 1년 이상의 재무데이터를 확보할 수 없는 기업, ③조사대상기간 평균 영업손실이 발생한 기업, ④조사대상기간 평균 매출액이 1/4에 미달하거나 4배를 초과하는 기업, ⑤ 조사대상기간 평균 매출액 대비 연구개발비가 1% 이상인 기업 등은 제외하였다.

   (2) 통지관서는 정량기준을 적용하여 34개 업체를 선정한 후 정성분석을 통해 18개 업체를 제외하여 마지막으로 아래와 같이 16개 업체를 비교대상기업으로 선정하였으나, 비교가능성이 높은 업체를 선정하기 위해서는 ①D와 취급제품에 있어 차이가 나는 업체는 제외하고, ②D와 취급제품이 유사함에도 불구하고 제외된 업체는 포함하여야 하며, ③사업연도 영업손실이 발생한 업체는 제외하여야 한다.

    < 통지관서가 선정한 비교대상기업의 총원가가산율 범위 >

    (그림 생략)

    (3) 따라서 통지관서가 선정한 비교대상기업 중 제외할 3개 업체 및 추가로 포함할 4개 업체는 다음과 같다.

        (그림 생략)

* 청구법인에 따르면 M의 경우 TP Catalyst database version(jun 2024)에서 모집단 선정시 US SIC, primary code “2819(기타 공업용 무기화학품 제조업)”으로 설정하면 검색됨.

 (4) 통지관서가 선정한 비교대상기업에 위 다)의 내용을 반영하는 경우 총원가가산율의 정상가격의 범위는 아래와 같이 변동되며, 이 경우 MSP의 총원가가산율은 상위값 및 하위값 범위내에 포함되어 정상가격 범위안에 존재하게 되므로 통지관서가 2,040백만원을 익금산입한 것은 취소되어야 한다.

        < D 거래 관련 정상가격 범위 재산정 내역 >

        (그림 생략)

 2) 청구법인은 D에 공급한 제품과 동일한 제품을 아래와 같이 K 및 이외의 국외특수관계자, 제3자에게도 유사한 수준의 가격으로 공급하였으므로 청구법인은 D에 제품을 정상가격보다 낮은 가격으로 공급한 것이 아니다.

    < 청구법인의 D, K 등에 대한 공급 내역 >

    (표 생략)

나. (쟁점2) 청구법인이 해외 자매회사인 E, K, D 및 해외 자회사인 F에 파견한 직원에 대해 부담한 인건비는 파견대상법인, 파견목적, 효과를 고려하였을 때 과다경비가 아니고 경제적으로 합리적인 의사결정의 결과이므로 손금으로 인정되어야 한다.

1) 청구법인은 해외 매출을 증가시키고 매출 수급을 안정적으로 관리하기 위하여 직접적인 사업상의 관계가 있는 해외 자매회사 및 자회사에 직원을 파견하고 있고, 청구법인이 조사대상기간 동안 해외에 파견한 직원 현황은 아래와 같다.

    < 청구법인의 자매회사 및 자회사에 대한 직원 파견 현황 >

    (도표 생략)

2) 청구법인은 파견한 직원이 청구법인의 업무를 수행하고 있어 파견직원의 인건비 중 일부를 부담하였으나, 통지관서는 파견한 직원이 해외현지법인의 업무만을 수행한 것으로 보아 청구법인이 부담한 인건비 전액을 손금 부인하였다. 조사대상기간 동안에 청구법인이 부담한 인건비 및 인건비 부담 비율은 아래와 같다.

    < 파견 직원에 대한 청구법인의 인건비 부담 내역 >

    (도표 생략)

    < 파견 직원에 대한 청구법인의 인건비 부담비율 >

    (도표 생략)

3) 파견대상 법인 측면에서 볼 때 해외 자매회사인 E, K, D와 해외 자회사인 F 중 청구법인과 직접적인 지분관계가 있는 법인은 F가 유일하며, 나머지 법인은 모두 B의 자회사이다. 즉, 청구법인이 해외 관계회사에 직원을 파견한 것은 주주로서 경영감독이나 관리업무를 위하여 파견한 인원이 아니며, 해외 관계사가 청구법인으로부터 주요 원재료 혹은 상품을 수입하여 미국과 유럽 시장에 판매하거나 제조하는 등의 사업상 중요한 거래처에 해당되기 때문이다.

 4) 파견목적 측면에서 볼 때, 청구법인은 에너지 경화수지 제품을 제조하여 판매하고 있으며 해외 현지법인은 청구법인의 제품을 거래처에 판매하거나 청구법인의 제품을 원재료로 하여 추가적인 제조과정을 거쳐 판매하는 역할을 수행하므로, 해외 현지법인의 재고현황 파악, 재무상황, 시장상황, 거래처 상황 등을 정확하게 파악하여 청구법인의 사업계획 등에 반영하여야 할 필요가 있다. 이러한 과정에서 청구법인이 업무상 필요하다고 판단되는 경우 직원을 파견하고 해당 직원의 인건비 중 일부를 청구법인이 부담하고 있다.

 5) 청구법인이 직원을 파견한 사유는 아래와 같다.

    (도표 생략)

6) 청구법인은 직원 파견이 다음과 같은 측면에서 청구법인에게 직접적인 영향을 미치고 있다고 판단하고 있다.

  가) 청구법인의 사업에 중요한 영향을 미치는 관계회사의 제반상황을 신속하게 청구법인의 사업계획 등에 반영함으로써 청구법인 수익 증진 및 관리에 직접적인 도움을 주고, 해외 현지 거래처 동향 및 매출실적 등을 청구법인이 파악하여 해외매출을 증진시키는데 도움을 주며, 해외 신규법인 및 공장설립, 신규거래처 상황 파악 등을 청구법인이 파악후 사업계획 등에 반영하여 해외매출 신장에 도움을 준다.

 나) 조세심판원 심판례(조심2022광6223, 2024.9.12.등 )에서도 현지법인에 직원을 파견하는 경우 직원의 파견이 파견회사의 수익과 연관성이 있는 경우 손금으로 인정되는 것으로 하고 있고, 다른 조세심판원 심판례(조심2020서7379, 2021.10.26.)에서는 현지법인의 영업실적 향상을 위하여 철저한 관리·감독 및 보고 등의 업무를 수행할 직원이 필요함에 따라 직원을 파견하고, 파견직원이 현지법인에서 수행한 업무를 정리하여 실제로 보고를 수행하는 경우 해당 파견직원에 대한 인건비는 손금으로 인정된다고 결정하고 있다.

7) 해외 파견 직원은 청구법인을 위한 업무를 수행하고 있기 때문에 청구법인이 지출한 인건비는 당연히 손금에 해당된다.

    < 청구법인의 해외지사 관리규정 제5조(해외조직의 업무) >

    (그림 생략)

가) 위 청구법인의 해외지사 관리규정에 따르면 해외 지사의 구성원은 청구법인의 수출입 알선 및 지원, 해외지역 내 기술정보 조사, 시장 개척 및 홍보 등의 업무를 수행하도록 규정하고 있다.

   실제로 청구법인의 각 해외 파견직원은 해외지사 관리규정에 준하여 해외 관계사 재고보유 현황의 보고, 해와 관계사 재무현황의 보고, 해외 현지의 청구법인 제품 수요처 파악, 해외 현지법인 원료 구입현황 보고, 해외 현지 고객사 현황 보고, 해외 현지의 청구법인 제품 수요 및 납기 일정 보고, 현재 대리점 관리, 미국 현지공장 설립 현황 보고, 미국 현지 신규 거래처 관리, 해외현지 그룹웨어 도입 관련 보고 등의 업무를 수행하고 있다.

나) 청구법인은 파견 직원의 인건비 전액을 부담한 것이 아니고 실질적인 업무수행 비중 등을 고려하여 인건비의 30% ~ 70% 수준의 인건비를 부담하였다. 해외 파견직원이 해외 현지법인의 업무만을 수행한 것이 아닌 청구법인의 업무도 겸직하였으므로 통지관서가 청구법인이 부담한 인건비 전액을 손금불산입한 것은 불합리하므로 취소되어야 한다.

다. (쟁점3) 청구법인이 해외 자회사인 F에 대해 적용한 지급보증수수료율은 합리적 의사결정 과정에 따른 결과이고, 무디스 모형을 적용하는 경우 지급보증수수료율은 정상가격에 해당된다.

1) 청구법인은 2019년 F를 설립하였고, 설립 초기에 F는 현지공장을 건설하는 등의 사유로 미국 현지에서 자금을 차입하였고 차입시 청구법인이 지급보증을 제공하였으며, 조사대상기간 동안 지급보증에 대한 지급보증수수료 수익을 인식할 때 지급보증수수료율을 2021년 0.42%, 2022년 상반기 0.42%, 2022년 하반기 0.9%를 적용하였다.

  통지관서는 이와 관련하여 2021년 ~ 2022년 상반기 기간 동안 청구법인이 적용한 지급보증수수료율 0.42%가 국세청 모형에 따른 지급보증수수료율의 정상가격 범위(0.9% ~ 3.08%, 중위값 1.99%)에 미달하는 것으로 보아 중위값과의 차이에 대해 익금산입 하였다.

2) 청구법인이 적용한 해외 자회사 지급보증수수료율은 청구법인의 합리적인 의사결정 과정에 따른 것이다. 청구법인은 F 지급보증과 관련하여 국세청이 고시하는 지급보증수수료율을 참고하고자 하였으나, 국세청 모형 고시 요율은 과거 해외 현지법인 재무상황표를 2개년 이상 제출한 법인에 대해서만 고시가 되므로 F 설립 후 2년이 경과한 2022년 이후가 되어서야 F에 적용되는 요율을 확인할 수 있었다.

  이에 청구법인은 2022년 6월까지는 B가 미국 자회사인 E에 적용한 지급보증수수료율 0.42%를 참고하여 지급보증수수료를 수취하였고 F에 적용되는 국세청 모형 고시 요율이 고시된 이후에는 0.9%를 적용하여 지급보증수수료를 수취하였다.

3) 지급보증수수료율 산정시 국세청 모형이 아닌 무디스 모형도 적용이 가능하며, 무디스 모형을 적용하는 경우 청구법인이 2021년과 2022년 상반기에 적용한 지급보증수수료율은 정상가격에 해당된다.

가) 국세청 모형이 해외 자회사가 지급보증을 통하여 받을 이익을 기준으로 한 편익접근법을 기초로 하여 만들어진 것이라면, 무디스 모형은 국내의 모회사가 지급보증으로 인하여 입을 수 있는 손실을 기준으로 한 위험접근법을 기초로 하고 있다.

  나) 조세심판원 심판례(조심2019부2128, 2019.11.19., 조심2021중5861, 2022.7.12.) 및 법원 판례(창원지방법원 2014구합20825, 2017.11.14., 대법원 2017두73983, 2018.3.29. 등)에서는 지급보증수수료율의 적정성에 대해 무디스모형을 적정한 기준으로 판단하고 있으며, 국세청도 무디스 모형에 대한 내부기준을 두고 있어 실무적으로 무디스 모형도 인정되는 것으로 이해하고 있다.

다) 2021년과 2022년 지급보증수수료율의 정상가격 산정방식을 국세청 모형이 아닌 무디스 모형을 적용하는 경우 청구법인이 2021년과 2022년 상반기에 적용한 지급보증수수료율 0.42%는 아래와 같이 최소값과 최대값 범위내에 해당되어 정상가격에 해당하므로 통지관서가 지급보증수수료를 정상가격보다 과소 수취한 것으로 간주하여 익금산입한 것은 취소되어야 한다.

      < F 지급보증수수료율 정상가격 범위 내역 >

      (그림 생략)

라. (쟁점4) 청구법인이 적용한 회수기일은 실질적인 채권회수 기간을 고려한 경제적 의사결정으로서 통지관서가 매출채권 지연회수로 보아 인정이자를 익금산입한 처분은 부당하다.

1) 청구법인은 중국특수관계법인에 경화수지 제품을 판매하고 있다. 청구법인은 중국특수관계법인에 대한 매출채권 회수기일을 선적일이 속하는 달의 말일로부터 120일 기준으로 회수하는 것으로 약정하였는데, 통지관서는 중국 내 제3자에 대한 매출채권 회수기간보다 정당한 사유없이 지연회수한 것으로 보아 해당 기간에 대한 인정이자를 익금산입 하였다.

 2) 통지관서는 중국특수관계법인의 제3자 대비 회수기간 초과 평균 매출채권에 연도별 가중평균차입이자율을 곱하여 익금산입액을 아래와 같이 산정하였다.

    < 청구법인에 대한 연도별 매출채권 지연회수 인정이자 익금산입액 >

    (도표 생략)

3) 청구법인의 매출채권 회수기일은 부당하게 매출채권을 지연한 것이 아니라 중국특수관계법인의 실질적인 채권회수 기간을 고려한 경제적 의사결정에 따라 결정되었다.

 중국특수관계법인은 청구법인의 에너지 경화수지 제품을 구입하여 창고에 보관하였다가, 중국 내 제3자 고객에게 판매하는 거래를 수행하고 있다. 통상 중국특수관계법인이 제품을 구입하여 매출 후 대금을 회수하는 것에 소요되는 기간이 약 120일 정도 소요되기 때문에 청구법인은 매출채권 회수 약정기일을 선적일로부터 120일로 설정하였다. 중국특수관계법인은 매출대금을 회수하여야만 청구법인에게 매입대금을 지불할 수 있으므로, 매출채권 회수 약정기간을 선적일로부터 120일 기준으로 선정한 것은 경제적으로 합리적이다.

  구체적으로 중국특수관계법인의 매입 및 매출 프로세스는 다음과 같다.

     < 중국특수관계법인의 매입 및 매출 대금 회수 프로세스 >

     (그림 생략)

4) 통지관서가 비교대상으로 선정한 중국 내 비특수관계자와의 거래는 중국특수관계법인과 거래 규모, 업종 등 거래조건의 차이가 크기 때문에 해당 거래를 청구법인의 매출채권 회수기간과 비교하여 청구법인이 매출채권을 지연회수 하였다고 판단할 수는 없다.

가) ｢국제조세조정에관한법률｣ 제8조 제1항에서는“정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제14조 제1항 및 제2항에서는“정상가격을 산출할 때에는 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이의 비교가능성 등을 고려하여야 하고, 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약조건, 경제여건, 사업전략 등의 요소에 관한 사항을 분석해야 한다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에서는“비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업전략 등을 분석해야 한다”라고 규정하고 있다.

  나) 조세심판원 심판례(조심2023인7168, 2024.4.16., 조심2020서8110, 2021.6.22.)에서도 거래조건과 상황이 유사하지 아니한 거래에서의 채권 회수기간과 국외특수관계자와의 채권 회수기간을 비교하는 경우 매출채권을 지연회수한 것으로 볼 수 없다고 결정하고 있다.

다) 통지관서가 비교대상기업으로 선정한 청구법인의 비특수관계 거래처와 중국특수관계법인의 업종 및 대금청구조건을 비교하면 다음과 같다.

   < 청구법인과 중국소재 거래대상 업체와의 거래조건 비교 >

   (그림 생략)

 (1) 비교대상기업 2곳은 제조업을 영위하는 업체로서 도매업을 영위하는 중국특수관계법인과 업종이 다르며, 거래규모 면에서도 매출액 및 매출건수에서 비교대상기업과 중국특수관계법인의 거래는 아래와 같이 비교가능성이 현저히 떨어지는 것을 알 수 있다.

    < 청구법인의 중국특수관계법인 및 비교대상기업에 대한 매출 등 비교 >

      (도표 생략)

(2) 일반적으로 거래규모가 작은 업체의 경우 발생한 채권을 빠르게 회수하여 대금을 확보할 유인이 되므로 이러한 거래규모에 대한 차이는 충분히 고려되어야 하고, 실제로 중국특수관계법인과 비교대상기업간에 매출채권 평균 회수기간에 있어서도 2020년 28일, 2021년 6일, 2022년 11일 차이가 나 유의적인 차이가 발생하지 않았고 이러한 차이는 국제무역 거래의 특성상 용인 가능한 차이로 판단되므로 청구법인이 매출채권을 지연회수한 것으로 볼 수 없다.

마. (쟁점5) 청구법인의 J에 대한 기술지원 용역등 대가는 정상가격 범위를 재산정한 결과 정상가격 범위 이내이므로 과다 지급된 것이 아니다.

1) 청구법인은 인도에 제품을 판매하고 있으며, J로부터 판매지원 및 기술지원 용역을 제공받고 있다. 청구법인은 J의 판매관리비 대비 매출총이익 비율인 BR(Berry Ratio)이 1.15가 되도록 용역대가를 산정하여 J에게 지급하고 있다. 통지관서는 2022년에 청구법인이 J에게 지급한 용역대가가 정상가격 범위를 초과하여 과다 지급한 것으로 보아 29백만원을 익금산입 하였다. 통지관서가 적용한 정상가격 범위 및 익금산입액은 아래와 같다.

< 통지관서의 청구법인과 J와의 용역대가 정상가격 산정 내역 >

(도표 생략)

2) 통지관서는 청구법인과 J와의 기술지원용역 거래에 대해 위와 같이 세무조사 결과통지 하였으나, 청구법인이 통지관서가 제시한 비교대상기업의 재무정보와 정상가격 범위를 재계산한 결과 통지관서가 제시한 정상가격 범위에 오류가 있는 것으로 확인된다. 청구법인이 재계산한 정상가격 범위는 다음과 같다.

    < 정상가격 범위 재계산 내역 >

    (도표 생략)

 청구법인이 통지관서가 제시한 비교대상기업의 정상가격 범위를 재계산한 결과 위와 같이 J의 BR이 상위값 및 하위값 사이에 있어 정상가격 범위 내에 있으므로 통지관서가 29백만원을 익금산입한 것은 취소되어야 한다.

바. (쟁점6) 쟁점직원은 부설연구소 전담인원으로 연구업무를 수행하였으므로 쟁점직원에 대한 인건비는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당된다.

1) 통지관서는 쟁점직원이 연구소 전담 직원이 아닌 것으로 보아 쟁점직원에 대한 인건비를 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하였다. 세액공제 부인 대상 인건비 및 부인된 세액공제액은 다음과 같다.

 < 통지관서의 세액공제 부인 대상 인건비 및 세액공제액 >

    (도표 생략)

2) 쟁점직원은 청구법인이 한국산업기술진흥협회에 기업 부설연구소 연구개발 전담요원으로 적정하게 신고한 인원에 해당되고, 쟁점직원은 고등학교 졸업 학력을 보유한 인원이기는 하나 공업고등학교에서 화학공학을 전공하였기 때문에 연구개발 활동을 충분히 수행할 수 있는 자격을 갖추고 있다.

3) 쟁점직원은 연구소 연구2팀 소속으로 기술 동향 파악 및 신기술 연구를 수행하는 부서에 소속되어 있다. 쟁점직원의 구체적인 수행 업무 내용은 아래와 같다.

    < 쟁점직원 수행업무 내용 >

    (그림 생략)

  쟁점직원은 위 수행업무 내용에서 살펴본 바와 같이 연구개발에 필수적인 신규개발 물질의 적용성, 고객의 화학물질 개발 요청에 따른 물질 배합 방법의 모색 등의 활용을 수행하였으므로 쟁점직원은 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 연구 전담 직원에 해당된다.

사. (쟁점7) 미환류소득의 과세대상 소득 계산시 증가된 법인세액등은 차감해서 계산하여야 한다.

1) 내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제100조의 32 【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】제2항에 따른 기업소득을 계산하는 경우, 같은 법 시행령 제100조의 32 제4항 제2호 가목에 따라 해당 사업연도의 법인세액, 외국납부세액, 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액(이하 법인세액등)을 차감하는 것이며, 같은 법 시행규칙 제45조의9 제2항에 따라 차감하는 법인세액에는 가산세액이 포함된다.

    < 기업소득에서 과세처분된 법인세액등이 차감되어야 하는 근거 >

    (그림 생략)

2) 통지관서는 청구법인에 대한 세무조사로 익금산입된 금액을 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세 계산시 사업연도 소득에 가산하였으나 증가된 법인세액등은 차감항목 임에도 불구하고 차감하지 않았으므로, 통지관서는 세무조사에 따라 과세처분 될 법인세액등을 사업연도 소득에서 차감하여야 한다.

3. 통지관서 의견

가. (쟁점1) 청구법인이 해외 자매회사인 D에 원재료를 공급하면서 적용한 가격은 정상가격 범위에 해당되지 않으므로 통지관서가 이와 관련하여 2,040백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

1) 청구법인은 D에게 원재료를 판매하고 있으며, D의 영업이익률은 아래와 같이 평균 13.15%로 확인된다.

    < D의 영업 이익률 >

    (도표 생략)

 가) 통지관서는 청구법인과 거래당사자인 D와의 국제거래(이전가격)와 관련하여 청구법인이 신고한 개별기업보고서상 비교대상기업 선정 및 정상가격 산출 근거를 검토한 결과, 청구법인이 적시성이 떨어지는 과거 정보와 비교가능성이 저하된 비교대상기업을 선정하여 사분위 값을 상승시켜 정상가격 조정을 회피한 혐의를 확인하였다.

      그리하여 통지관서는 상업용 데이터베이스인‘TP Catalyst’를 이용하여 비교대상기업 16개를 선정하고,‘거래순이익률법/총원가가산율’방법으로 D의 총원가가산율과 비교대상 16개 기업의 중위값과의 차액에 원재료 거래금액을 곱한 금액인 2,040백만원을 익금산입 하였다.

    <비교대상기업과 D와의 정상가격 조정 내역>

      (도표 생략)

 나) 청구법인이 당초 산정한 정상가격에는 다음과 같은 문제점이 있다.

(1) 적시성이 떨어지는 과거 정보와 다년도 자료를 사용하였다. 청구법인은 직전 3개년도의 재무자료를 이용하여 비교대상기업을 선정하였으나 2020 사업연도에 선정된 기업들의 경우 당해연도에 재무자료의 신뢰성이 떨어지는 기업이 다수 있었고, 해당 기업들 중 절반 이상이 D보다 총원가가산율이 높아 상위 사분위 값을 상승시킴으로써 정상가격 조정을 회피한 혐의가 있다.

      (그림 생략)

(2) 청구법인은 정상가격 산출 방법 적용 시 다년도 자료를 사용하였는데 아래와 같이 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행규칙｣ 제9조에 해당하는 경우를 제외하면, 개별연도별 자료를 사용하는 것이 원칙이다. 청구법인은 당해 법규에 해당 사항이 없음에도 불구하고 적법하지 않은 다년도 자료를 사용하였으므로 개별연도별 자료로 정상가격을 재산출하여야 한다.

 (3) 청구법인은 비교가능성이 떨어지는 양적 기준을 사용하였다.

  (가) 청구법인은 비교가능성 분석 시 양적 기준으로 재무정보의 이용가능성, 감사의견, 영업손실 발생 여부, 연구개발비 과다 여부를 사용하였으나, 화학산업은 규모의 경제가 발생하는 대표적인 산업으로 설비 규모와 원재료 구입량에 비례하여 생산능력･제조단가에 차이가 크게 발생하므로 아래와 같이 비교대상기업 선정시 매출액 규모는 필수적으로 고려하여야 한다.

         청구법인이 제출한 개별기업보고서에서 D의 비교대상기업으로 선정한 기업들을 검토한 결과 D의 매출액보다 10∼2000배 큰 기업들이 다수 선정되었고, 당해 기업들의 총원가가산율은 모두 D보다 높아 상위 사분위값이 높아지는 효과가 발생하여, 결과적으로 D의 총원가가산율이 정상가격의 범위 내에 들어오게 되어, 과세조정 대상에 해당하지 않게 되었다. 따라서 적절한 매출액 범위의 설정을 통해 비교대상기업을 재선정하여 정상가격을 산출해야 한다

        < 청구법인이 선정한 D의 비교대상기업 중 규모가 과다한 업체 >

        (도표 생략)

   (나) 청구법인은‘최근 3개년 평균 매출액 대비 연구개발비가 1% 이상’인 기업을 제외하였으나, TP Catalyst로 추출한 기업 중 재무자료의 신뢰성이 떨어져 비교 가능한 기업으로 선정하기 어려운 업체가 전체의 94%이고, 남은 49개 중 40개 기업은 연구개발과 관련된 재무자료의 확보가 불가능하여 연구개발비 비율을 양적 기준으로 적용할 경우 비교가능성이 높은 기업들이 상당수 배제될 가능성이 있어, 질적분석을 통해 핵심적인 연구개발프로젝트를 수행하거나 가치 있는 무형자산을 보유한 기업만을 개별적으로 제외하는 것이 타당하다 판단되었다.

(4) 청구법인은 정상가격 산정을 위한 기초 자료(D와의 거래계약서, D 정상가격 산정 내역 등)를 부실하게 제출하였다.

(가) 국제 거래별 이전가격 분석에 있어 거래계약서는 거래내용･거래조건을 파악하기 위한 가장 기본이자 필수적인 자료이나, 청구법인이 제출한 개별기업보고서 중 D와의 거래계약서는 해당 원재료 거래와 관련된 계약서가 아닌 2014년도에 체결한 자금대여 거래계약서를 제출하여 원재료 거래와 관련된 내용･조건의 확인이 불가하였다.

          < 개별기업보고서 중 D와의 거래계약서 >

          (그림 생략)

 (나) 특히 2021 사업연도의 경우 청구법인은 아래와 같이 청구법인이 D에 판매하는 가격이 K에 판매하는 가격과 동일하다는 이유만으로 청구법인과 D와의 거래 가격 분석을 별도로 하지 않았다.

          < 2021사업연도 개별기업보고서 중 D 비교가능 제3자거래 목록 >

          (그림 생략)

     청구법인의 개별기업보고서상 아래와 같이 청구법인과 D간의 거래는 원재료 매각 거래이고, 청구법인과 K간의 거래는 제품 판매거래로서 정상가격 산출 시 같은 거래로 전제한 청구법인의 주장은 타당하지 않고, 동일 품목을 거래한다 하더라도 D와 K는 서로 업태･규모･거래 상대방 등 서로의 특성이 다르므로 2021 사업연도 또한 D 기준의 정상가격을 별도로 산출하여야 한다.

        < 청구법인과 D, K 등 거래 흐름도 >

        (그림 생략)

        < 2021년 D와 K의 업태･규모･이익률 >

        (도표 생략)

2) 통지관서는 1)에서 언급한 문제점을 파악하고 기능·위험분석으로 분석대상자를 D로 선정하고 정상가격 산출 방법으로 거래순이익률법을 적용하였다.

가) 청구법인이 제출한 개별기업보고서상 D는 K를 상대로 판매하는 제품에 대해서는 연구개발·마케팅·고객관리 활동은 수행하지 않고 제3자에게 판매하는 부분에 대해서만 상기 활동을 수행한다고 하였으나, D의 손익계산서상 특수관계인과의 거래가 매출액의 95% 이상(2020년 97.5%, 2021년 95.8%, 2022년 100%)을 차지하여 제3자 고객과의 매출액은 거의 없는 것을 확인되어 특수관계인과의 거래를 중심으로 기능·위험·자산분석을 수행한 결과,

D는 실질적으로 연구개발·마케팅·고객관리와 관련된 수행기능·부담위험·관련 자산이 매우 적은 아래와 같은‘계약제조업자’로 봄이 타당하여 상대적으로 단순한 기능을 수행하고 중요한 무형자산을 보유하고 있지 않은 D를 분석대상자로 선정하였다.

나) 통지관서는 D가 생산한 제품을 대부분 특수관계인인 K에 판매하고 있으므로, 정상가격 산출방법을‘거래순이익률법’으로 하고 이에 대한 수익성 지표를 총원가를 기준(분모)으로 하는‘총원가가산율’로 결정하였다.

다) 통지관서는 비교대상기업을 최종 16개 기업으로 선정하였다.

(1) 통지관서는 뷰로반다익(Bureau van Dijk)사에서 제공하는 TP Catalyst 데이터베이스를 사용하여, Europe 지역에 등록된 BVD 독립성 지표가 A+, A, A-, B+, B, B-인 1,092개 업체를 1차로 추출하였다.

    (도표 생략)

(2) 이후 통지관서는 1차 추출한 1,092개 업체 중 ‘재무정보 없는 기업 등’아래와 같이 5개 제외 기준에 의해 1,076개 기업을 제외하여 최종적으로 16개의 비교대상기업을 선정하였다.

       (도표 생략)

 라) 통지관서는 청구법인의 주장을 다음과 같이 반박하고자 한다.

(1) 청구법인은 통지관서가 선정한 16개 업체 중 3개 업체를 제외하고, 추가로 4개 업체를 포함하면 정상가격 범위가 높아져서 당초 청구법인이 신고한 이전가격은 정상가격 범위 안에 있게 되므로 통지관서의 과세가 문제가 있다고 주장한다.

(2) 그러나 청구법인이 비교대상기업에서 제외하여야 한다고 지적한 영업손실이 발생한 N은 1개년만 영업손실이 있고 3개년 평균 영업이익을 달성하였으므로 제외 사유가 되지 않고, O는 제조업을 영위 하는 것으로 홈페이지 등에서 확인 가능하다.

   (3) 청구법인이 비교대상기업 선정시 추가로 포함하여야 한다고 주장하는 업체 중 2개 업체(P, Q)는 질적분석(비교가능성 확보) 결과 중요한 연구개발 활동을 수행하는 것으로 확인되지만 D는 연구개발 활동을 거의 수행하지 않는 것으로 파악되고, R은 매출기준으로 D의 4배를 초과하여 제외 기준에 해당되므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

   < 통지관서 검토 결과 포함/제외할 비교대상기업 및 사유 >

    (도표 생략)

    (그림 생략)

 3) 청구법인은 D에 공급한 제품과 동일한 제품을 K 및 이외의 국외특수관계자, 제3자에게도 유사한 수준의 가격으로 공급하였으므로 청구법인이 D에 제품을 정상가격보다 낮은 가격으로 공급한 것이 아니다는 주장과 관련하여,

가) 청구법인은 K와 D에 동일한 가격으로 제품을 공급하였으므로 D에 저가로 공급한 것이 아니라고 주장하나, K는 도매업을 영위하고 D는 제조업을 영위하여 서로 다른 기능과 역할을 수행하는 점을 고려하지 않은 주장이다. ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제5조【정상가격의 산출방법】및 같은 법 시행령 제5조【정상가격 산출방법의 선택】에 따르면, 정상가격은 거래 당사자의 기능(생산, 유통 등), 위험, 자산 활용 등을 반영하여 산정해야 한다.

    K는 판매법인으로서 시장 위험과 고객 관리 역할을 수행하며 최종 소비자에게 판매하는 반면에, D는 생산법인으로서 원재료를 가공하여 제품을 생산한다. 동일한 가격으로 공급되었다면, 이는 D의 가공 과정에서 추가된 가치와 비용이 반영되지 않은 비정상적인 가격 책정으로 해석될 수 있다.

     K와 D의 기능 및 경제적 역할 차이를 무시한 동일 가격 적용은 정상가격 기준에 부합하지 않으며, 오히려 청구법인이 D에 낮은 가격으로 공급한 증거로 볼 수 있다.

나) 국제조세조정에 관한 법률에서는 특수관계자 간 거래에서 독립기업 간 거래원칙(arm's length principle)를 기준으로 정상가격을 산정하도록 요구하고 있다. 청구법인이 D와 K에 동일한 가격을 적용했다 하더라도, 이는 독립적인 제3자와의 거래 조건과 비교되지 않은 것이다.

  D가 청구법인에게서 제공받은 원재료를 가공한 후 제3자에게 판매하며 높은 이익을 창출했다면, 청구법인은 독립기업이라면 얻었을 추가 이익을 D에 양도한 것으로 볼 수 있다.

다) 청구법인이 추가의견으로 제출한 제3자와의 거래 내역을 살펴보면, 청구법인은 특수관계법인(D, K)외에 제3자와 거래한 가격도 유사하다고 주장하나, 독립기업 간 거래라면 D의 가공 비용과 시장 위험을 반영해 D와 거래시에는 더 높은 가격이 책정되었을 것이므로, 동일 가격 적용은 정상가격 원칙에 어긋나는 것이다.

    (1) 세부적으로 검토시 정상가격 여부를 판단하려면 가격뿐만 아니라 거래 조건(예: 거래 물량, 결제 조건, 시장 상황 등)이 유사해야 한다. 그러나 제공된 자료는 물량이 각 거래마다 동일하지 않다. 제3자 간 거래가 대량 구매의 경우 할인이 적용될 수 있고, 거래 시점의 원자재 가격 상승 등시장 가격 변동이 가격에 반영되었는지를 확인할 수 없는데 예를 들어, MIR**** M***의 경우 2022년 거래에서 제3자 가격이 낮은 이유가 시장 조건 때문일 수 있다.

  (2) 청구법인은 거래 시점의 환율로 KRW 가격을 환산했다고 하였으나 사용된 환율의 출처나 정확성이 명시되지 않았다.

 (3) 청구법인이 제출한 거래금액은 3개년에 670백만원으로 전체 거래 데이터가 아닌 일부 거래만 발췌한 것이다. 따라서 이 데이터가 거래 전반을 대표한다고 보기 어렵고 가격이 일관되지 않은 다른 거래가 존재할 가능성을 배제할 수 없다.

 (4) 동일 가격이라도 지역별 시장 조건 차이로 인하여 청구법인과 D와의 거래가격이 정상이라고 보장되지 않는다. 아시아 제3자와의 거래가 운송비나 관세로 조정되었다면 D와 동일한 가격에 판매하였더라도 경제적 실질이 다를 수 있다.

   라) 청구법인은 D의 높은 이익률이 화학제품 시장 호황과 올리**의 전세계 시장 1위 업체인 L의 셧다운 때문이라고 주장하나, 시장 호황은 산업 전반에 영향을 미치므로 D가 독립적인 시장 경쟁자보다 높은 이익률을 달성한 것은 청구법인으로부터 원재료를 저가로 공급받은 결과로 해석된다.

4) 청구법인은 거래와 관련된 증빙자료를 부실하게 제출하였고, 특히 2021년에는 D와의 거래가격 분석을 생략하였다. ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제16조【국제거래에 대한 자료제출 의무】제6항에서는 자료 제출을 요구받은 자가 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하고, 불복신청 또는 상호합의 절차시 자료를 제출하는 경우 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세자료로 이용하지 아니할 수 있다고 규정하고 있는데, 그 취지는 다음과 같다.

가) 과세 절차의 신속성 확보로 자료가 기한 내에 제출되지 않으면 과세당국은 불완전한 정보로 조사를 진행해야 하고 이는 조사 지연과 비효율을 초래한다. 납세자가 정당한 사유 없이 제출기한을 넘겨 자료를 제출하면 제출 자료를 배제할 수 있게 하여 조사의 신속성을 보장하기 위함이다.

나) 공정성 유지로 모든 납세자가 동일한 기한 내에 자료를 제출하도록 요구함으로써, 기한 준수자와 비준수자 간의 형평성을 유지하기 위함이다. 기한 후 자료 제출을 허용하면 기한을 준수하지 않은 납세자가 불복 과정에서 유리한 자료를 추가로 제출할 기회를 얻어 불공정성이 발생할 수 있기 때문이다.

다) 청구법인이 주장하는 제3자와의 동일 가격은 실제 검증되지 않았고, 소량에 불과하여 선택적인 자료 제출을 근거로 청구법인과 D와의 거래를 정상으로 판단하는 것은 비교가능성 원칙 및 국제조세조정에 관한 법률 제16조 제6항에 위배된다.

5) 이전가격 과세제도는 국외특수관계자와의 국제거래가 조세회피 의도와 무관하게 정상가격에 미달하거나 초과하여 소득의 이전 행위가 있는 경우에 적용하는 것으로, 과세관청이 납세자의 조세회피 의도에 대한 부분을 입증할 법적 의무는 없다.

    따라서 청구법인이 동일하거나 유사한 가격으로 공급하였으므로 조세회피 의도가 없었다는 점 보다, 청구법인과 D와의 이전가격이 정상가격 범주에 있는지 여부만 검토해야 한다.

  청구법인은 과세전적부심사청구시 비교대상기업을 선정하는 과정에서 총원가가산율이 높은 업체를 포함해야 한다고 주장하지만, 추후 유사한 사건들에게 악용될 여지가 있어 청구법인의 주장을 채택시 부당한 선례를 남길 우려가 있다.

  통지관서는 비교대상기업 선정시 객관적이고 일관된 기준을 적용하였고, 이는 OECD 이전가격 가이드라인에 부합하는 합리적인 접근방법이다.

나. (쟁점2) 해외 자매회사인 E, K, D 및 해외 자회사인 F에 파견한 직원에 대한 인건비 1,489백만원은 청구법인의 업무와 무관하게 지급된 비용에 해당되므로 청구법인의 손금으로 인정될 수 없다.

1) 청구법인의 지배 구조도를 살펴보면 아래와 같이 청구법인이 지분율 100%를 보유한 자회사인 F가 있으며, 해외 자매회사인 E, D, K와는 지분 관계가 없다. 해외 자매회사 3곳은 B가 지분을 100% 보유하고 있다.

    < 청구법인의 지배 구조도 >

    (그림 생략)

 2) 청구법인이 1년 이상 해외 자매회사와 자회사에 파견한 파견직원은 아래와 같으며, 파견직원은 파견기간 동안 청구법인의 조직도에서는 확인되지 않는다.

    < 청구법인의 해외 자매회사 및 자회사 파견 현황 >

    (도표 생략)

 3) 통지관서는 청구법인과 해외 자매회사 및 해외 자회사와의 고용관계를 확인하기 위해 파견직원에 대한 규정 및 용역계약서를 요청하였으나, 청구법인은 통지관서에 제출하지 않았다. 통지관서는 청구법인이 미국, 유럽 등 해외 자매회사 및 해외 자회사에게 총 7명의 직원을 파견하였고, 청구법인이 파견직원에 대한 총급여액의 32.25% ~ 75.55%를 부담한 사실을 아래와 같이 확인하였다.

     < 청구법인의 해외 파견직원에 대한 실제 인건비 부담액 >

     (도표 생략)

    < 청구법인의 해외 파견직원에 대한 실제 인건비 부담비율 >

     (도표 생략)

4) 통지관서는 청구법인이 제시한 해외파견 직원에 대한 국내외 업무 비중 자료를 검토한 결과, 파견직원들은 1년 이상 파견된 주재원으로서 해외 자매회사 및 해외 자회사의 업무(관리, 영업)만을 수행한 것으로 판단하였고, 청구법인이 32.25% ~ 75.55%의 인건비를 부담한 근거자료는 객관성이 결여된 자료임을 확인하였다.

  가) 청구법인이 청구법인과 관련된 업무 수행의 증거자료로 제출한 메일 내역은 해당 해외 파견 직원들 중 3명(A-4, A-5, A-6) 뿐이고 4명의 업무 내역은 미제출 하였으며, 제출된 메일 내역 또한 해외 자매회사 및 자회사와의 단순 업무 연락으로서 메일 수·발신 내역은 업무 경계가 불분명하고 파견직원이 메일 보고로 국내 고유 업무를 수행하였다고 보기 어려워,

    통지관서는 이 3명에 대한 인건비를 해외 자매회사 및 자회사가 부담하여야 할 인건비로 판단하였고 업무무관비용으로 손금불산입 하였다.

    이후 청구법인은 세무조사시 제출 안된 4명의 업무내역 중 과세전적부심사 청구시에 A-7, A-8의 메일 내용만 추가로 제출하였다.

나) 청구법인이 통지관서에 세무조사시 제출한 파견직원의 업무 비중 비율값을 검토한 결과, 아래 비교표와 같이 청구법인이 파견 직원의 급여에 대해 실제 부담한 비율과 일치하지 않는 것으로 확인되어 통지관서는 청구법인이 제출한 업무 비중 비율값 소명자료가 신빙성이 없는 임의로 작성된 것으로 판단되고, 청구법인이 지급한 인건비는 업무무관비용에 해당된다.

      < 해외 파견직원의 인건비 실제 국내 부담비율과 소명비율 비교 >

      (도표 생략)

 5) 조세심판원 심판례(조심2009중1822, 2010.11.3.)에서는 해외파견 직원 급여 중 일부를 모법인에서 지급한 경우 해당 급여에 대한 실제 지급의무가 해외 현지법인에 있으므로 모법인이 이를 손금으로 계상한 경우 업무무관비용으로 보는 것이라고 결정하고 있고,

    다른 조세심판원 심판례(조심2015구2667, 2015.10.8.)에서도 ooo본부장은 oooo공사에 파견되어 중국 현지 제품 판매 및 새로운 사업 개척 등을 주도적으로 수행한 것으로 보이고 청구법인이 oooo공사로부터 직원파견계약 또는 경영자문계약 등을 체결한 사실이 없으며 달리 ooo본부장이 청구법인의 업무를 수행하였다는 점을 객관적으로 입증할 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 청구 주장을 받아들이기 어렵다고 결정하고 있다.

  가) 사무분장표 및 청구법인 조직도 등을 살펴볼 때 파견직원의 실제 청구법인의 국내업무 수행 여부가 불분명한 점, 세무조사시 제출된 소명자료상의 파견직원의 업무비율이 객관적이고 구체적이지 않아 신빙성이 떨어지는 점 등으로 볼 때 파견직원들은 사실상 해외 자매회사 및 자회사의 업무를 수행한 것으로 판단된다.

나) 청구법인과 해외 자매회사 및 자회사가 별도의 용역제공 계약 없이 청구법인이 지급한 파견직원에 대한 인건비는 업무무관비용에 해당되며, 청구법인은 파견직원들이 해외 자매회사 및 자회사의 경영지원, 영업지원 목적으로 파견되었다고 주장하나 결국 해당 업무는 해외 자매회사 및 자회사를 위한 업무이고 명확한 기준 없는 인건비 부담은 업무무관비용임을 방증하는 주장에 해당되어 청구 주장은 이유 없다고 할 것이다.

다. (쟁점3) 청구법인은 해외 자회사인 F에게서 지급보증수수료를 정상가격 범위액보다 과소 수취하였으므로 통지관서가 257백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

1) 청구법인은 2021년 ~ 2022년 기간 동안 해외 자회사인 F에게 지급보증을 제공하고 지급보증 수수료로 총 255백만원을 수익으로 인식하였다. 청구법인이 제출한 개별기업보고서를 검토한 결과 청구법인은 지급보증수수료율을 아래와 같이 국세청 모형을 사용하여 신고하였다.

2) 2020 ~ 2021년에 대해 국세청이 고시한 F에 대한 지급보증수수료율은 아래와 같다.

    (그림 생략)

    < F에 대한 국세청 모형 지급보증수수료율 >

    (도표 생략)

3) 통지관서가 청구법인의 F에 대한 지급수수료 수취내역을 검토한 결과, 청구법인이 2021 ~ 2022년 상반기 기간 동안 아래와 같이 모기업인 B의 지급보증수수료율인 0.42%를 적용하여 사용한 사실을 확인하여 통지관서는 국세청 고시 지급보증수수료율인 1.99%를 적용하여 아래와 같이 경정하였다.

 < 청구법인이 B의 지급보증수수료율을 적용한 내역 >

(그림 생략)

< 2021 ~ 2022년 청구법인의 지급보증수수료 과소 수취액 >

  (그림 생략)

4) 청구법인은 국세청 모형 고시 지급보증 수수료율이 조회되지 않았다고 주장하나, 2020년 사업연도부터 조회가 됨에도 불구하고 임의적으로 모법인 B의 E에 대한 지급보증수수료율 0.42%를 계속 적용하였으며, 만약 조회가 되지 않았다면 국세청 모형이 아닌 무디스 모형을 적용하여야 하지만 청구법인은 2021~ 2022년 사업연도 개별기업보고서에 기재된 것과 같이 무디스 모형을 적용하지 않았다.

 그리고 과세전적부심사 청구시 무디스모형을 적용하면 정상가격에 해당된다고 주장하고 있으나, 아래 ｢국제조세 조정에 관한 법률｣ 제16조【국제거래에 대한 자료 제출의무】제6항에 따라 불복신청시 자료를 제출하는 경우 통지관서는 그 자료를 과세에 활용하지 않을 수 있으므로 통지관서가 지급보증수수료 과소 수취 금액 257백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

<｢국제조세 조정에 관한 법률｣ 제16조【국제거래에 대한 자료 제출의무】>

 (그림 생략)

라. (쟁점4) 청구법인은 중국특수관계법인에 대한 매출채권을 지연회수하였으므로 통지관서가 인정이자 94백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

1) 통지관서가 조사대상기간 동안 청구법인의 중국특수관계법인에 대한 매출채권 지연회수 여부를 검토한 결과, 아래과 같이 청구법인이 매출채권을 지연회수한 사실이 확인되었다.

    < 청구법인의 중국특수관계법인에 대한 매출채권 지연회수 내역 >

    (도표 생략)

2) 위 표와 같이 중국특수관계법인과 중국 내 비특수관계자인 비교대상기업의 매출채권 회수기간은 차이가 있었고, 매출채권 회전율 또한 중국특수관계법인이 낮은 것으로 확인되어, 통지관서는 청구법인에게 거래 관련 계약서, 거래처별 지급기준, 실지 대금 지급 증빙, 거래처원장, 매출채권 연령조사표 등을 제출하도록 요구하였으나 청구법인은 중국 소재 거래 대상 회사와의 거래조건 비교에 관한 계약서는 세무조사시 제출하지 않았다.

3) 조사대상기간 동안 청구법인이 거래한 주요 해외 거래처는 아래와 같으며, 특히 중국특수관계법인을 포함한 중국 업체가 다수 파악되었다.

    < 청구법인의 해외 거래처 >

    (그림 생략)

4) 통지관서는 조사대상기간에 대해 청구법인의 해외 특수관계자와 비특수관계자의 매출채권 관련 자료 검토하여, 거래비중 및 취급제품, 동일무역조건, 경제환경 등 거래조건을 고려하여 독일, 미국, 스페인은 정상 처리 하였으나, 중국은 중국특수관계법인과 비특수관계자인 비교대상기업을 선정하여 비교한 후, 거래 비중 및 동일 국가 내 유사 품목 여부 등을 고려하여 지연회수 여부를 검토하였고 가중평균차입이자율을 적용하여 매출채권 지연에 따른 인정이자를 아래와 같이 계산하여 익금산입 하였다.

     < 중국특수관계법인 매출채권 지연회수 조사결과 >

     (도표 생략)

5) 청구법인의 주장을 살펴보면 매출액 비교시 중국특수관계법인 전체 매출과 비교대상기업 각각의 매출을 비교하였으나, 올바르게 비교하기 위해서는 중국특수관계법인 전체 매출이 아닌 중국특수관계법인에 속한 각각의 업체 매출과 비교대상기업 각각의 업체 매출을 비교해야 하므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

6) 통지관서는 합리적인 기준과 타당성을 갖추어 최소한의 범위 내에서 과세처분을 하였으므로, 통지관서가 청구법인의 중국특수관계법인에 대한 매출채권 지연회수에 대해 익금산입한 것은 정당하다.

마. (쟁점5) 청구법인은 J에게 기술지원 용역 대가를 과다 지급하였으므로 통지관서가 29백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

1) 조사대상기간에 청구법인은 J와 기술용역계약을 체결하고 기술지원용역 대가로 발생비용에 10%를 가산한 금액을 아래와 같이 J에게 지급한 것으로 확인된다.

   < 청구법인의 J에 대한 용역대가 지급액 >

      (도표 생략)

2) 통지관서는 청구법인에게 J 기술지원 용역거래와 관련하여 용역보고서, 용역 세부내역서, 용역 이행확인서 등 공급받은 용역에 대한 관련 자료를 요청하였으나 청구법인은 계약서와 금융거래내역 외에 이에 대한 명확한 자료를 제시하지 않았다.

가) 이에 따라 통지관서는 청구법인이 신고한 개별기업보고서상 비교대상기업 선정 및 정상가격 산출 근거를 검토한 결과, 청구법인이 아래와 같이 J의 업종과 무관한 비교대상기업 5개를 선정하여 정상가격을 도출한 혐의를 확인하였다.

     < 청구법인이 선정한 J의 업종 무관 비교대상기업 >

     (도표 생략)

   ※통지관서는 청구법인에게서 J로부터 공급받은 기술지원용역에 대한 구체적인 자료를 받지 못하여, 위 5개 업체 업종을 기술지원서비스와 무관한 것으로 판단함

나) 통지관서는 TP Catalyst를 이용하여 비교대상기업 6개를 아래와 같이 선정하여 정상가격을 산출(거래순이익률법/영업비용기준순이익 적용)한 결과, 2022년 사업연도에 청구법인이 정상가격 범위를 초과하여 J에게 용역수수료를 지급한 것을 확인하여 29백만원을 익금산입 하였다.

     < 통지관서가 선정한 인도 내 유사 업종 비교대상기업 >

     (도표 생략)

   < 통지관서의 J 기술지원용역 대가 정상가격 조정 내역 >

      (도표 생략)

 다) 청구법인은 통지관서가 계산한 값이 오류라고 주장하나, 통지관서가 산출한 정상가격은 위 통지관서가 선정한 비교대상기업 6곳에 대해 ｢국제조세 조정에 관한 법률 기본통칙｣ 5-6…1 【사분위 범위】에 따라 계산한 값으로서 재검증한 결과 이상이 없는 것으로 확인되므로 통지관서가 29백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

바. (쟁점6) 쟁점직원은 연구 전담 업무를 수행하지 않아 쟁점직원에 대한 인건비는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당되지 않으므로 통지관서가 세액공제 14백만원을 부인한 것은 정당하다.

1) 조사대상기간에 대해 청구법인이 법인세 신고시 ｢조세특례제한법｣ 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】규정에 따라 세액공제로 반영한 금액은 2020년 210백만원, 2021년 238백만원, 2022년 217백만원이다.

 2) 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 받기 위해서는 아래 판례와 같이 연구소 보유, 전담연구원의 등록 등 형식적 요건뿐만 아니라 연구개발 활동에 대한 실질적 요건의 충족이 필요하므로, 통지관서는 형식적 요건과 실질적 요건을 검증하기 위하여 청구법인에게 연구소 업무분장표, 연구계획서, 연구 노트 등 연구 증빙 자료를 요청하였다.

3) 그러나 청구법인은 업무분장표상 담당자를 아래와 같이 음영 처리하여 1차로 통지관서에게 제출하였고, 2차로 연구과제 리스트는 제출하였으나 구체적 연구내용을 확인할 수 있는 서류는 기업비밀이라는 사유로 미제출하거나 음영 처리하였다.

    < 청구법인의 부설연구소 업무분장표 1차 제출 내역 >

     (그림 생략)

   < 연구과제 리스트 >

     (그림 생략)

4) 위와 같은 청구법인의 불성실하고 비협조적인 세무조사 협력 태도에 통지관서는‘자료 미제출시 과태료 부과’공문을 발송하여 구체적 업무 분장 및 담당자 확인 가능한 자료를 요구하였으나, 청구법인은 세부 업무 구분 없이 각자 모든 연구 업무를 수행한다고 제출하였다.

   < 통지관서가 발송한 자료 미제출시 과태료 부과 공문 >

     (그림 생략)

     < 청구법인의 업무분장표 2차 제출 내역 >

     (그림 생략)

 5) 청구법인은 기업 부설연구소 전담 인원으로 11명을 신고하고 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 반영하였으나, 통지관서는 쟁점직원인 A-1, A-2, A-3이 성과를 낸 연구보고서나 연구실적 수행 여부가 명확히 확인되지 않아, 조사대상기간 중 쟁점직원의 인건비 175백만원에 대한 연구·인력개발비 세액공제액 14백만원을 아래와 같이 부인하였다.

      < 통지관서의 연구·인력개발비에 대한 세액공제 부인 내역>

      (도표 생략)

 6) 청구법인은 쟁점직원이 기업 부설연구소 전담 인원으로 적정하게 신고된 직원이고 연구개발을 수행할 수 있는 화학공학 분야 학력을 갖추고 있다고 주장하고 있으나, 기업 부설연구소 전담 인원으로 신고 되었다고 하여 세액공제 대상이 되는 것은 아니며, 세액공제 대상이 되기 위해서는 실질적이고 창의적인 연구실적 수행 여부에 따라 판단되어야 하는 바,

   청구법인이 쟁점직원의 구체적인 연구 실적을 미제출한 점, 경력 및 나이로 보아 입사 직후 연구 전담 업무를 수행하지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 통지관서가 서울행정법원 2016구합56905(2017.7.13.) 판례를 원용하여 쟁점직원에 대한 인건비를 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에서 제외한 것은 정당하다.

사. (쟁점7) 미환류소득의 과세대상 소득 계산시 증가된 법인세액등은 차감해서 계산하는 것이 타당하므로 청구 주장을 인정한다.

통지관서는 청구법인에 대한 세무조사로 익금산입된 금액을 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세 계산시 사업연도 소득에 가산하였으나 증가된 법인세액등은 차감항목 임에도 불구하고 차감하지 않고 세액을 계산하였으므로, 청구법인의 주장을 인정하여 증가된 법인세액 등을 사업연도 소득에서 차감할 예정이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

(쟁점1) 청구법인은 D와 정상가격으로 거래하였다는 청구 주장의 당부

(쟁점2) 청구법인이 해외 자매회사 및 해외 자회사에 파견한 직원에 대한 인건비는 과대경비가 아니므로 손금으로 인정되어야 한다는 청구 주장의 당부

(쟁점3) 청구법인은 F에 대해 지급보증수수료를 과소 수취하지 않았다는 청구 주장의 당부

(쟁점4) 청구법인은 중국특수관계법인에 대해 매출채권을 지연회수하지 않았으므로 인정이자 익금산입은 부당하다는 청구 주장의 당부

(쟁점5) 청구법인은 J에게 기술지원용역등 대가를 과다 지급하지 않았다는 청구 주장의 당부

(쟁점6) 쟁점직원에 대한 인건비는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당된다는 청구 주장의 당부

(쟁점7) 미환류소득의 과세대상 소득 계산시 증가된 법인세액등을 차감해서 계산하여야 한다는 청구 주장의 당부

나. 관련법령

1) 1) 국제조세조정에 관한 법률 제4조【정상가격에 의한 과세조정】

① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

② 납세자가 제2조 제1항 제8호 다목 및 라목에 따른 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유를 제시한 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 2) 국제조세조정에 관한 법률 제5조【정상가격의 산출방법】

① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

 1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

    2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법

 3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

   6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법

② 과세당국은 제1항을 적용할 때 거주자와 국외특수관계인 사이의 상업적 또는 재무적 관계 및 해당 국제거래에서 중요한 거래조건을 고려하여 해당 국제거래의 실질적인 내용을 명확하게 파악하여야 하며, 해당 국제거래가 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 사이의 거래와 비교하여 상업적으로 합리적인 거래인지 여부를 판단하여야 한다.

③ 과세당국은 제2항에 따른 판단 결과 거주자와 국외특수관계인 사이의 국제거래가 상업적으로 합리적인 거래가 아니고, 해당 국제거래에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이 현저히 곤란한 경우 그 경제적 실질에 따라 해당 국제거래를 없는 것으로 보거나 합리적인 방법에 따라 새로운 거래로 재구성하여 제1항을 적용할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.

3) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조【정상가격의 산출방법】

③ 법 제5조 제1항 제5호에 따른 거래순이익률방법을 적용할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.

 1. 통상의 거래순이익률은 다음 각 목에 따른 사항을 기초로 산출한다.

     가. 매출에 대한 거래순이익의 비율

     나. 자산에 대한 거래순이익의 비율

     다. 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율

  라. 영업비용에 대한 매출총이익(거래순이익과 영업비용을 합산한 것을 말한다. 이하 같다)의 비율

     마. 그 밖에 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

2. 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)가 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 비슷한 거래를 특수관계가 없는 자와는 한 적이 없는 경우에는 다음 각 목의 거래 중 해당 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

    가. 국외특수관계인과 특수관계가 없는 자 간의 거래

    나. 특수관계가 없는 제3자 간의 거래

 4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제5조【정상가격 산출방법의 선택】

  ① 법 제5조 제1항에 따라 정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

    1. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 가. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우

  나. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

 2. 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것

    3. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래를 비교하기 위하여 설정된 경제 여건, 경영 환경 등에 대한 가정(假定)이 현실에 부합하는 정도가 높을 것

    4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 적을 것

  5. 특수관계가 있는 자 간의 거래와 정상가격 산출방법의 적합성이 높을 것

  ② 제1항 제1호에 따라 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로 정하는 사항을 분석하여야 한다.

③ 제1항 제5호에 따라 적합성이 높은지를 평가하는 경우에는 특수관계 거래에서 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익 중 어느 지표가 산출하기 쉬운지 여부, 특수관계 거래를 구별하는 요소가 거래되는 재화나 용역인지 또는 수행되는 기능의 특성인지 여부, 거래순이익률방법 적용 시 거래순이익률 지표와 영업활동의 상관관계 등에 관하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 분석하여야 한다.

  ④ 삭제 <2010.12.30>

⑤ 과세당국은 특수관계가 없는 자 간의 거래가 거래 당사자에 의하여 임의로 조작되어 정상적인 거래로 취급될 수 없는 경우에는 그 거래를 비교가능한 거래로 선택하지 아니할 수 있다.

 5) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】

다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 인건비

  2. 복리후생비

  3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

  4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

  5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

6) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】 〔2020.2.11.- 30396호〕

법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비[내국법인{「조세특례제한법 시행령」제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 같은 영 제4조 제1항에 따른 중견기업으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다}이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다]

7) 국제조세조정에 관한 법률 제11조【국제거래에 대한 자료제출 의무】

② 국외특수관계인과의 국제거래규모 및 납세의무자의 매출액 등이 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 납세의무자는 사업활동 및 거래내용 등에 관하여 대통령령으로 정하는 통합기업보고서, 개별기업보고서 및 국가별보고서(이하 "국제거래정보통합보고서"라 한다)를 「법인세법」 제6조에 따른 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 12개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 과세당국은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4조, 제5조 및 제6조의2를 적용하기 위하여 필요한 거래가격 산정방법 등의 관련 자료를 제출할 것을 납세의무자에게 요구할 수 있다.

⑥ 제4항에 따라 자료 제출을 요구받은 자가 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하고, 불복신청 또는 상호합의절차 시 자료를 제출하는 경우 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 아니할 수 있다.

8) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의2【용역거래의 경우 정상가격】

⑤ 거주자와 국외특수관계인 간 지급보증 용역거래의 가격에 대한 정상가격 산출방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다.

   1. 보증인의 예상 위험과 비용을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

   2. 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

 3. 보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

⑥ 제5항을 적용할 때 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 지급보증 용역거래에 대한 가격으로 적용한 경우에는 이를 정상가격으로 본다.

1. 지급보증계약 체결 당시 해당 금융회사가 산정한 지급보증 유무에 따른 이자율 차이를 근거로 하여 산출한 수수료의 금액(해당 금융회사가 작성한 이자율 차이 산정 내역서에 의해 확인되는 것에 한정한다)

 2. 제5항 각 호의 방법으로서 국세청장이 정하는 바에 따라 산출한 수수료의 금액

 9) 서면인터넷방문상담2팀-258(2007.2.6.)

내국법인이 「국제조세조정에 관한 법률」(이하“국조법”이라 한다) 제2조에서 규정하는 국외특수관계에 있는 자회사에 대한 매출에 있어서 매출대금의 회수기간을 자회사와 동일지역에 소재하는 비특수관계기업에 대한 매출대금의 회수기간보다 장기로 하는 경우 「국조법」 제3조에 따라 「국조법」 제4조에 의한 정상가격에 의한 과세조정 규정이 적용되는 것이고 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산의 부인 규정은 적용되지 아니하는 것입니다.
그러나 「법인세법」 제28조 제1항 제4호 나목 및 「법인세법 시행령」 제53조의 규정은 「국조법」 제4조와는 상관없이 업무무관 가지급금에 해당하면 적용하는 것임.

10) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의2【용역거래의 경우 정상가격】

  ① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다.

  1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것

  2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것

    3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. 이 경우 법 제5조 제1항 제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제4조 제3항 제1호 다목에 따른 거래순이익률 방법인 경우에는 다음 각 목의 기준에 따라 산정한다.

  가. 발생한 원가에는 그 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것

   나. 용역 제공자가 그 용역을 수행하기 위하여 제3자에게 그 용역의 일부 또는 전부를 대행하여 수행할 것을 의뢰하고 대금을 한꺼번에 지급한 후 이에 대한 비용을 용역을 제공받는 자에게 재청구하는 경우 용역 제공자는 자신이 그 용역과 관련하여 직접 수행한 활동으로부터 발생한 원가에 대해서만 통상의 이윤을 더할 것. 다만, 용역의 내용과 거래 상황 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관ㆍ비치하고 있을 것

11) 조세특례제한법 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

   나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

       1) 중소기업인 경우: 100분의 25

     3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

    4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

     해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

12) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

13) 조세특례제한법 시행령 별표 6

1. 연구개발

 가. 자체연구개발

    1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비

14) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다.

 15) 조세특례제한법 시행령 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】

④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의 3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.

    1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

     가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자

     나. 「법인세법」 제18조의2에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액

  (이하 생략)

    2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  가. 해당 사업연도의 법인세액(「법인세법」 제57조에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액

다. 사실관계

 1) 청구법인의 사업자등록 내역 및 법인세 신고내역, 세무조사내역 등은 국세청 대내포털시스템에서 다음과 같이 확인된다.

 가) 청구법인 및 종사업장의 사업자등록 기본사항

     (도표 생략)

나) 청구법인의 법인세 신고내역

     (도표 생략)

2) 청구법인이 제출한 2020 사업연도 개별기업보고서상 국외특수관계인 현황 및 특수관계인과의 거래 내역은 다음과 같다.

가) 청구법인의 주요 국외특수관계인 현황은 다음과 같다.

      < 주요 국외특수관계인 현황 - 2020.12월말 기준 >

      (그림 생략)

나) 청구법인의 주요 국외특수관계인과의 거래 내역은 다음과 같다.

   (1) 도매거래(청구법인과 E, K, H, G, I)

       (그림 생략)

 (2) 제조거래(청구법인과 D)

       (그림 생략)

(3) 용역거래(청구법인과 J)

       (그림 생략)

3) 통지관서의 청구법인에 대한 세무조사 결과는 다음과 같다.

  가) 청구법인의 법인세 경정 내역

      < 2020 ~ 2022년 각사업연도 소득에 대한 법인세 경정 내역 등 >

      (도표 생략)

      < 2020 ~ 2022년 미환류 소득에 대한 법인세 경정 내역 >

      (도표 생략)

  나) 청구법인의 법인세 경정 결의서 내용 중 일부

      (도표 생략)

4) 쟁점1과 관련하여 통지관서가 선정한 비교대상기업 16개 업체 및 청구법인이 제시한 비교대상기업 17개 업체는 다음과 같다.

  가) 통지관서가 선정한 비교대상기업 16개 업체

      (그림 생략)

  나) 청구법인이 제시한 비교대상기업 17개 업체

      (그림 생략)

5) 청구법인이 과세전적부심사 청구시 추가로 제출한 D, K, 제3자와의 거래가격 비교표는 다음과 같다.

    (그림 생략)

 ✱ 위 비교표는 2020년 ~ 2022년 기간 동안 거래분으로, D와 K를 제외한 제3자는 스위스 1곳을 제외하면 아시아 국가이고, 매출금액(원화) 합계액은 670백만원으로 파악됨.

6) 쟁점2와 관련하여 청구법인이 제출한 청구법인이 해외 자매회사 및 자회사에 파견한 직원과 주고받은 이메일 내용의 일부, 통지관서가 제출한 청구법인이 신빙성 없이 임의적으로 작성한 것으로 통지관서가 판단한 파견직원의 업무분담 소명 자료 및 청구법인의 조직도는 다음과 같다.

  가) 청구법인과 파견 직원이 주고받은 이메일 내용(일부 발췌)

      (그림 생략)

나) 통지관서가 소명비율과 실제 인건비 부담비율이 달라 청구법인이 신빙성 없이 임의적으로 작성한 것으로 판단한 파견직원의 업무분담 소명 자료 및 조사대상기간 동안 청구법인의 조직도는 다음과 같고, 파견직원은 파견기간 동안 청구법인의 조직도에는 없는 것으로 확인된다.

  (1) A-5 업무 분담 소명 자료

     (그림 생략)

  (2) A-6 업무 분담 소명 자료

     (그림 생략)

  (3) A-7, A-4 업무 분담 소명 자료

     (그림 생략)

  (4) 2020년 청구법인의 조직도

      (그림 생략)

  (5) 2021년 청구법인의 조직도

      (그림 생략)

  (6) 2022년 청구법인의 조직도

      (그림 생략)

7) 쟁점5와 관련하여 J의 정상가격 조정시 청구법인은 재계산때 비교대상기업으로 54개 업체를, 통지관서는 54개 업체에서 J와 관련 없는 업종 등을 제외하여 최종적으로 6개 업체를 비교대상기업으로 선정하여 사분위값을 산정한 것으로 아래와 같이 파악된다.

  가) 청구법인이 재계산때 선정한 비교대상기업 54개 업체

      (그림 생략)

  나) 통지관서가 최종 선정한 비교대상기업 6개 업체

      (그림 생략)

 8) 쟁점6과 관련하여 청구법인이 제출한 연구전담부서 등록현황은 아래와 같다.

  가) 2020년 기업부설연구소 연구개발 인력현황 (일부 발췌)

      (그림 생략)

  나) 2021년 기업부설연구소 연구개발 인력현황 (일부 발췌)

      (그림 생략)

  다) 2022년 기업부설연구소 연구개발 인력현황 (일부 발췌)

      (그림 생략)

 9) 사전열람 이후 청구법인과 통지관서는 다음과 같은 추가의견을 제출하였다.

 가) 청구법인은 다음과 같은 추가의견을 제출하였다.

(1) 쟁점2와 관련하여, 청구법인이 파견한 직원은 실제 청구법인을 위하여 업무를 수행하였으며, 파견 직원이 청구법인을 위한 업무를 수행하였다는 증빙을 아래와 같이 추가로 제출한다.

 < 청구법인과 파견 직원이 주고받은 이메일 내용 (일부 발췌) >

   (그림 생략)

(2) 쟁점5와 관련하여, 통지관서는 청구법인이 개별기업보고서상 선정한 비교대상기업은 기술지원용역과는 무관한 업종으로 보았으나, 해당용역은 인도 지역 내의 고객에게 에너지경화수지 제품을 판매하는 것에 대한 판매(영업)지원 서비스로서 제품의 판매(영업)지원 서비스에는 화학제품에 대한 이해가 필수적으로 수반되는 기술지원(영업)이 포함된다.

  또한 Berry Ratio 방식은 ｢국제조세조정에 관한 법률 기본통칙｣ 5-4…1에 따르면 단순용역을 수행하는 기업이나 단순유통업 등에 적합한 방법으로 수행하는 용역의 종류에 고도의 비교가능성을 요하는 방식이 아니다. 따라서 통지관서가 기술지원서비스 업종만을 비교대상기업으로 선정한 것은 불합리하다.

  통지관서가 세무조사시 제시한 정성분석 전 비교대상기업 54개의 정상가격 범위를 살펴보면 아래와 같고 정성분석 전 비교대상기업의 이익률은 상위값 및 중위값이 일정한 범위를 보이고 있으나, 통지관서가 정성분석 후 산정한 6개 기업의 정상가격 범위는 2022년 사업연도만 특이하게 상위값 및 중위값이 이전 사업연도에 비해 크게 낮아 이는 비교대상기업의 선정과정에 문제가 있음을 반증하는 것이다.

    < 통지관서의 정성분석 전·후 정상가격 범위 >

    (도표 생략)

(3) 쟁점6과 관련하여, 통지관서는 쟁점직원의 연구보고서나 연구실적 수행 여부가 명확히 확인되지 않고 연구개발 활동이 아닌 단순 사무보조 업무를 수행한 것으로 보아 쟁점직원에 대한 인건비를 세액공제 대상 인건비에서 부인하였다.

  그러나 쟁점직원은 연구소에서 단순 사무보조 역할을 수행한 것이 아니라 실제 연구소에서 개발하고 있는 화학물질 배합 방법에 대한 평가 및 연구개발 매뉴얼 설정 등의 연구개발 활동을 수행하였다. 이에 대한 증빙으로 아래와 같이 쟁점직원에 대한 업무일정표와 업무증빙 자료를 추가로 제출한다.

      < A-1, A-2 업무일정표 (일부 발췌) >

      (그림 생략)

      < A-3 업무증빙 자료 (일부 발췌) >

      (그림 생략)

  나) 통지관서는 다음과 같은 추가의견을 제출하였다.

   (1) 쟁점2와 관련하여,

    (가) 청구법인은 해외 자매회사(E, K, D) 및 해외 자회사(F)의 재고, 재무, 시장 상황 등을 청구법인의 사업계획에 반영할 필요가 있어 직원을 파견하였다고 주장하나, 직원 파견은 실질적으로 파견 대상 법인의 경영을 지원하는 업무로 판단된다. 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】에 따르면, 손금으로 인정되려면 경비지출이 법인의 사업과 직접적인 관련이 있어야 하고 타 법인을 위한 비용 부담은 원칙적으로 손금불산입 대상이다.

     청구법인이 파견한 직원이 수행한 업무(재고 현황 보고, 고객 관리 등)는 주로 해외 자매회사 및 자회사의 영업 및 운영을 지원하는 성격이 강하며, 청구법인의 수익 증대와는 직접적인 연계성이 불명확하다. 직원 파견 목적이 청구법인의 사업계획에 반영하려는 것보다 해외 자매회사 및 자회사의 운영 지원에 초점이 맞춰져 있으며, 청구법인의 인건비 부담은 경제적 합리성을 결여한 비용 부담으로 판단된다.

 (나) 청구법인은 파견직원이 해외지사 관리 규정에 따라 수출입 지원, 시장 조사 등의 업무를 수행했다고 주장하나, 제출된 증빙은 주로 해외 자매회사 및 자회사의 재고 관리, 고객 관리, 공장 설립 보고 등 해외 자매회사 및 자회사의 이익을 위한 활동임을 보여준다.

        조세심판원 심판례(조심2020서7379, 2021.10.26. 등)에서 손금 인정 사례로 언급된 경우는 파견된 직원의 업무가 파견 법인의 수익 증대에 직접적으로 기여하였음이 명확히 입증된 경우에 한정된 것으로서 청구법인에게는 적용될 수 없다. 청구법인의 파견 직원이 청구법인의 직접 거래처 관리 등을 일부 수행했다고 하더라도, 파견 직원 업무 대부분이 해외 자매회사 및 자회사의 재고 관리, 거래처 관리 등에 집중되어 있어 해외 자매회사 및 자회사의 영업 실적 향상 및 운영 효율성을 위한 것으로 보인다.

      파견직원이 청구법인에게 보고 업무를 수행하였다고 하더라도 이는 해외 자매회사 및 자회사의 경영 효율성을 위한 것이고 청구법인의 사업에 필수적인 것이라고 단정할 수 없다.

     청구법인이 추가로 제출한 메일 내용을 살펴보면 재고 파악과 관련한 메일은 K, E가 청구법인(자매회사, 지분관계 없음)이 아닌 모법인 B에 보고할 사항으로 판단되며, 청구법인에는 일반적인 정보 공유에 불과하다.

      파견직원의 업무가 청구법인의 수익 증대에 직접 기여한다고 보기 어렵고, 해외 자매회사 및 자회사의 이익을 위한 업무가 주를 이루므로 파견직원에 대한 인건비 손금 인정은 타당하지 않다.

(다) 청구법인은 파견직원 인건비를 30% ~ 70% 정도 부담하며 업무 비중을 고려했다고 주장하나, 이는 객관적이고 합리적인 기준에 의한 부담이 아니라 자의적 결정으로 보인다. 법인세법상 손금 인정은 비용이 법인의 사업 목적에 필수적이고 합리적인 범위 내에서 지출되었음을 납세자가 입증해야 한다.

   청구법인이 제출한 증빙 자료는 업무 비중을 정량적으로 산정한 자료(예: 시간 분장표, 성과 보고서 등)를 포함하고 있지 않아, 청구법인의 인건비 부담 비율은 파견 직원의 청구법인에 대한 기여도와 비례한다고 보기 어렵다. 청구법인은 인건비를 일부 부담한 것이 파견직원의 업무 비중에 근거한 것이라고 주장하지만, 이를 입증할 구체적 자료가 부족하며 해외 자매회사 및 자회사에 대한 과도한 지원으로 판단된다.

(라) 파견 대상 법인 중 F를 제외한 E, K, D는 청구법인의 자회사가 아닌 B의 자회사로서, 특수관계자에 해당한다. 특수관계자 간 비용 분담은 정당한 대가 없이 이루어질 경우 손금불산입 대상으로, 청구법인이 해외 특수관계자의 운영을 지원하기 위해 인건비를 부담했다면, 이는 독립기업 간 거래원칙(arm's length principle)에 비추어 상호 대가 없는 지원으로 해석될 수 있다.

      특히 F의 공장 설립 지원은 청구법인의 직접적 수익 증대가 아닌 장기적 이익을 위한 투자로 보이며, 특수관계자간 인건비 부담은 정당한 대가성이 입증되지 않았으며, 독립기업이라면 발생하지 않았을 비용으로 손금불산입함이 타당하다.

(2) 쟁점5와 관련하여, 청구법인은 통지관서가 제시한 값이 오류라고 주장하나, 통지관서는 국제조세조정에 관한 법률 기본통칙에 의거 상업용 데이터베이스를 이용하여 양적 검색을 통해 54개 업체를 1차로 추출하였으며,

  이후 통지관서는 2차로 질적 검색(홈페이지 및 뉴스 등)을 통해 최종 6개 업체를 비교대상기업으로 선정하여 정상가격을 제시한 것으로 통지관서가 29백만원을 익금산입한 것은 정당하다.

(3) 쟁점6과 관련하여, 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조에 따르면 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 전담요원은 연구개발 활동을 수행할 수 있는 전문성을 갖춘 인원이어야 하고, 청구법인은 쟁점직원이 고등학교에서 화학공학을 전공하여 연구개발 활동을 충분히 수행할 수 있는 자격을 갖추고 있다고 주장하나, 쟁점직원은 고등학교 졸업 후 이론적 깊이와 실무 경험 면에서 법령에서 기대하는 연구개발 전담요원의 전문성 기준을 충족하지 못한다는 점에 비추어 볼 때 쟁점직원에 대한 인건비는 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다.

(가) 청구법인이 제출한 쟁점직원의 업무 내용은‘제품 특성 파악을 통한 적합 application 발굴’,‘요구배합 및 평가 결과 제공’,‘물성 평가 기준 검토’등으로 기재되어 있으나, 이는 연구개발 활동이라기보다는 고객 지원, 품질 관리, 또는 기술 검토와 같은 운영·지원 업무로 해석된다.

    조세특례제한법에서 연구개발 활동은 새로운 기술이나 제품의 개발, 기존 기술의 획기적 개선 등 창의적이고 혁신적인 활동을 의미하며, 단순히 기존 제품의 적용성을 검토하거나 고객 요청에 따른 배합 평가 업무는 연구개발 활동에 부합하지 않는다.

   청구법인은 쟁점직원이 부설연구소 소속임을 강조하지만, 쟁점직원의 업무 내용은 연구개발의 본질적 요소(신규성, 창의성)보다는 사후 관리나 지원 업무에 가깝다고 판단된다.

(나) 청구법인은 쟁점직원을 한국산업기술진흥협회에 연구개발 전담요원으로 신고했다고 주장하나, 이는 형식적 신고일 뿐이며 실질적으로 세액공제 요건을 충족한다는 근거가 되는 것은 아니다. 조세특례제한법 시행령에서는 전담요원이 실제 연구개발 활동에 전념하고, 그 활동이 세액공제 대상임을 입증할 책임을 납세자에게 부과하고 있다. 쟁점직원이 단순히 등록현황에 포함되었다는 사실만으로는 전문성이나 활동의 적격성이 보장되지 않는다.

(다) 설령 쟁점직원이 청구법인의 부설연구소 소속으로 일부 업무를 수행했다 하더라도, 쟁점직원이 연구개발 활동에 직접적으로 기여했다고 보기 어렵다. 세액공제 대상 인건비는 연구개발 활동에 전념한 시간과 비용에 한정되며, 쟁점직원의 업무가 혼재된 성격(연구개발 외 지원 업무 포함)을 띠고 있다면, 쟁점직원에 대한 인건비를 세액공제 대상으로 인정할 수 없다.

   청구법인이 제시한 자료로는 쟁점직원의 업무 중 연구개발 비중이 구체적으로 입증되지 않았고, 쟁점직원의 인건비가 연구개발에 전념한 비용임을 입증할 객관적인 자료(예: 연구 성과물 등)가 제시되지 않았다.

   (라) 조세특례제한법은 조세 감면 혜택을 부여하는 특례 규정으로, 그 요건은 엄격히 해석되어야 하며 세액공제 적용 가능 여부는 청구법인이 명확히 입증해야 한다.

  쟁점직원의 학력, 업무 내용, 연구개발 기여도에 대한 청구법인의 주장은 법령 요건을 충족한다고 보기에는 불충분하며, 통지관서는 이를 근거로 쟁점직원에 대한 인건비를 세액공제 대상에서 제외한 것이다.

라. 판단

 (쟁점1) 청구법인은 D와 정상가격으로 거래하였다는 청구 주장의 당부

국제조세조정에 관한 법률 제5조【정상가격의 산출방법】제1항에서 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다고 규정하면서, 제5호에서 거래순이익률방법은 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법이라고 설명하고 있다.

청구법인이 제출한 개별기업보고서에 따르면 정상가격 산출방법으로 2020년 사업연도는 거래순이익률법 중 총원가가산이익률을 적용하여 13개 업체를 비교대상기업으로 선정하였고, 2021 사업연도는 청구법인이 D와 K에 동일한 가격으로 판매하였고 K와의 거래가 정상가격에 해당되므로 별도의 분석을 하지 않았으며, 2022 사업연도는 거래순이익률법 중 총원가가산이익률을 적용하여 16개 업체를 비교대상기업으로 선정한 것으로 파악된다.

통지관서는 청구법인에 대한 세무조사를 통해 청구법인이 D보다 매출액이 과다한 업체를 포함하는 방식 등을 통해 총원가가산율이 높은 업체를 비교대상기업으로 선정하여 D의 총원가가산율이 비교대상기업의 총원가가산율 사분위값 범위내에 해당되도록 한 혐의가 있다고 보아, 비교대상기업을 16개 재선정하여 총원가가산율 사분위값을 재산정한 후 익금산입액을 계산한 것으로 파악된다.

청구법인은 통지관서가 재선정한 16개 비교대상기업 중 13개 업체에 대해서는 이견이 없으나, 3개 업체(N, O, S)는 제외하고 4개 업체(P, Q, R,M)를 추가로 반영하여 17개 비교대상기업으로 총원가가산율 사분위값을 계산함이 타당하며, 이렇게 할 경우 D의 총원가가산율이 비교대상기업의 총원가가산율 사분위값 범위내에 해당되어 익금산입될 금액은 없다고 주장하고 있다.

따라서 비교대상기업의 선정에 따라 비교대상기업의 총원가가산율 사분위값이 달라지고, 비교대상기업 선정에 대하여 청구법인과 통지관서의 이견이 크므로, 이 건 정상가격을 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점1에 대한 익금산입액을 계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

(쟁점2) 청구법인이 해외 자매회사 및 해외 자회사에 파견한 직원에 대한 인건비는 과다경비가 아니므로 손금으로 인정되어야 한다는 청구 주장의 당부

법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】에서는 인건비 중 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령〔 2020.2.11.- 30396호〕제19조【손비의 범위】에서는 제3호에서 손비로 인정하는 인건비에 내국법인{「조세특례제한법 시행령」제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 같은 영 제4조 제1항에 따른 중견기업으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다}이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다고 규정하고 있다.

청구법인이 해외 자매회사 및 자회사에 파견한 파견직원은 파견기간 동안 청구법인의 조직도에서 확인되지 않고, 청구법인이 직원을 파견함으로써 청구법인의 해외 매출이 증가되었다는 사실에 대한 연관성 입증 자료가 제출되지 않았으며, 청구법인은 조사대상기간 동안 대기업에 해당되어 법인세법 시행령〔 2020.2.11.- 30396호〕제19조【손비의 범위】제3호에서 손비로 인정되는 인건비 대상이 아닌 점,

청구법인이 제출한 청구법인과 파견직원 간의 이메일 자료로는 파견직원이 청구법인의 업무를 수행하였다고 보고 어렵고, 청구법인이 세무조사시 소명자료로 제출한 업무 비중 값과 실제 청구법인이 파견직원에 대해 부담한 인건비 부담 비율이 일치하지 않는 점 등,

이상의 법령과 사실관계를 종합하여 살펴보면, 통지관서가 청구법인이 해외 자매회사 및 해외 자회사에 파견한 직원에 대한 인건비를 업무무관비용으로 보아 1,489백만원을 손금불산입한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(쟁점3) 청구법인은 F에 대해 지급보증수수료를 과소 수취하지 않았다는 청구 주장의 당부

국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의2【용역거래의 경우 정상가격】제5항에서는 거주자와 국외특수관계인 간 지급보증 용역거래의 가격에 대한 정상가격 산출방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다고 규정하면서, ①보증인의 예상 위험과 비용을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법, ②피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법, ③보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법을 열거하고 있다.

청구법인은 F에 대한 지급보증수수료 수익에 대해 무디스모형을 적용하면 2021년 및 2022년 상반기 기간 동안에 대해 인식한 지급보증수수료율이 정상가격 범위 내라고 주장하나, 청구법인의 개별기업보고서에서 F에 대한 지급보증수수료 수익 인식시 국세청 모형을 적용한다고 기재되어 있고, ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제16조에 불복신청시 자료를 제출하는 경우 통지관서가 자료를 과세자료로 이용하지 아니할 수 있다는 규정이 있는 점,

2021년 및 2022년 상반기에 적용할 지급보증수수료율이 고시되었지만 청구법인이 임의적으로 B가 자회사 E에 적용하는 지급보증수수료율을 적용하였고, 만약 청구법인의 주장대로 국세청 모형 고시 지급보증수수료율이 조회되지 않았다면 청구법인이 무디스 모형을 적용하여야 하지만 당초 무디스 모형을 적용하지 않았다는 통지관서의 주장이 일리 있는 점 등,

이상의 법령과 사실관계를 종합하여 살펴보면, 통지관서가 청구법인이 F에 대해 지급보증수수료를 과소 수취한 것으로 보아 257백만원을 익금산입한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(쟁점4) 청구법인은 중국특수관계법인에 대해 매출채권을 지연회수하지 않았으므로 인정이자 익금산입은 부당하다는 청구 주장의 당부

청구법인은 중국특수관계법인이 제품을 구입하여 매출 후 대금을 회수하는 기간이 약 120일 정도임을 고려하여 중국특수관계법인에 대한 매출채권 회수 약정기일을 120일로 설정하였으므로 합리적인 의사결정에 따른 것이었다는 청구법인의 주장이 일리 있는 점,

 통지관서가 중국특수관계법인과 비교대상기업으로 선정한 T업체 및 U업체는 업종이 제조업이지만 중국특수관계법인은 업종이 도매업으로 차이가 있고, 중국특수관계법인과 비교대상기업의 실제 매출채권 평균 회수기간이 큰 차이가 나지 않는 점 등,

이상의 법령과 사실관계를 종합하여 살펴보면, 통지관서가 청구법인이 중국특수관계법인에 대한 매출채권을 지연회수하였다고 보아 인정이자 94백만원을 익금산입한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

(쟁점5) 청구법인은 J에게 기술지원 용역 등 대가를 과다 지급하지 않았다는 청구 주장의 당부

청구법인이 제출한 2020년 귀속 개별기업보고서에서 청구법인과 J와의 용역계약서를 살펴보면, 계약 서비스 범위에“Technical Service”로 표시되어 있고, 통지관서가 선정한 비교대상기업 6개는 인도에 소재한 기술지원 서비스 업종의 기업이며, 청구법인이 재계산시 적용한 54개 비교대상기업에는 기술서비스 제공과 관련 없는 업체가 다수 포함되어 있는 것으로 파악되는 점,

 통지관서는 세무조사시 최종 선정한 6개 비교대상기업을 기준으로 BR을 계산하였지만, 청구법인이 과세전적부심사청구시 재계산한 BR은 54개 비교대상기업을 기준으로 계산한 값으로서 통지관서가 계산한 값이 더 신뢰성이 있는 것으로 보이는 점 등,

   이상의 사실관계를 종합하여 살펴보면, 통지관서가 청구법인이 J에게 기술지원 용역 대가를 과다 지급한 것으로 보아 29백만원을 익금산입한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(쟁점6) 쟁점직원에 대한 인건비는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당된다는 청구 주장의 당부

세액감면의 타당성에 대한 입증책임은 청구법인에게 있지만 통지관서가 청구법인에 대한 세무조사시 쟁점직원에 대한 인건비가 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에 해당하는지를 검토하기 위하여 청구법인에게 자료 요청하였으나 청구법인이 쟁점직원의 연구보고서나 연구실적 수행 여부를 확인할 수 있는 구체적인 자료 제출을 하지 않았고, 사전열람시 청구법인이 추가로 제출한 자료로는 쟁점직원이 연구 전담 업무를 수행하였다는 사실이 입증되었다고 보기 어려운 점,

쟁점직원이 기업 부설연구소의 전담 인원으로 신고되어 있지만 신고 사실 만으로는 세액공제 대상이 되는 것은 아니고, 쟁점직원의 경력 및 나이 등을 살펴볼 때 쟁점직원이 연구 전담 업무를 수행하지 않은 것으로 보아 쟁점직원에 대한 인건비를 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에서 제외하는 것이 타당하다는 통지관서의 주장이 일리 있는 점 등,

위와 같은 사정과 법리를 종합하여 살펴보면, 통지관서가 쟁점직원에 대한 인건비를 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 세액공제액 14백만원을 부인한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(쟁점7) 미환류소득의 과세대상 소득 계산시 증가된 법인세액등을 차감해서 계산하여야 한다는 청구 주장의 당부

조세특례제한법 시행령 제100조의32【투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례】 제4항에서는 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다고 규정하면서, 2호에서는 다음 각 목에 따른 금액의 합계액으로 하며 가목에서 해당 사업연도의 법인세액(「법인세법」 제57조에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액을 열거하고 있다.

  조세심판원 심판례(조심2020부0164, 2020.10.22.)에서는 미환류소득에 대한 법인세 계산시‘해당 사업연도’의 소득은 각 사업연도의 소득에서‘해당 사업연도’의 법인세액, 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액을 차감하도록 규정하고 있는 바, 해당 사업연도의 법인세액등은 미환류소득에 대한 법인세의 계산 대상이 되는 사업연도에서 발생한 소득에 부과되는 법인세액등을 의미하는 것으로 해석된다고 결정하였다.

  통지관서는 세무조사로 증가되는 법인세액등을 미환류소득에 대한 법인세 계산시 사업연도 소득에서 차감하지 않는 것으로 파악되고, 통지관서 또한 이를 인정하여 과세전적부심사청구 결정 후 증가되는 법인세액 등을 사업연도 소득에서 차감할 예정이므로 통지관서가 세무조사 결과 통지시 세무조사로 증가되는 법인세액등을 사업연도 소득에서 차감하지 않은 것은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구 주장이 일부 쟁점에 대해 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.