1. 사실관계

○질의법인은 ’73.5월 설립한 호텔, 리조트, 면세점, 테마파크 및 골프장을 운영하고 있는 법인임

- 질의법인은 ’18사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 법정신고기한까지 신고·납부한 이후, 수정신고·경정청구 및 세무조사에 따른 처분 등으로 과세표준 및 세액의 증감변동이 있었음

                                                                           (단위: 억원)

○질의법인은 당초 ’18사업연도 법인세 신고 시 발생한 법인세 차감납부할세액 1,756억원을 2회에 걸쳐 ’19.4.1.(‘1차’) 878억원, ’19.4.30.(‘2차’) 878억원 납부하였고, ’21.4.6.(‘3차’) 수입배당금 익금불산입에 대한 수정신고로 2억원 추가납부하였으며

- 법인부분조사 결과 ’21.12.23.(‘4차’) 1,540억원^* 증액경정, ’22.2.3.(‘5차’) 이월결손금 직권정정에 따른 1억원 납부, ’23.1.13.(‘6차’) 법인통합조사 결과에 따라 221억원을 납부함

2. 질의요지

○법정신고기한 내 법인세를 신고·납부한 이후 동일 사업연도의 세무조사로 인한 증액경정 처분이 있었던 경우로서

- 증액경정 처분 이후 경정청구로 인해 감액경정됨에 따라 발생한 국세환급가산금의 기산일

3. 관련법령

○ 국세기본법 제51조 【국세환급의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

○ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】

① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

○ 국세기본법 시행령 제43조의3 【국세환급가산금】

① 법 제52조제1항에서 "대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 하며, 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다.

2. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세환급금: 감면 결정일

3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 발생한 국세환급금: 개정된 법률의 시행일

4.｢소득세법｣ㆍ｢법인세법｣ㆍ｢부가가치세법｣ㆍ｢개별소비세법｣ㆍ｢주세법｣, ｢교통ㆍ에너지ㆍ환경세법｣ 또는 ｢조세특례제한법｣에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우: 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 해당 법정신고기일) 또는 신청을 한 날부터 30일이 지난 날(세법에서 환급기한을 정하고 있는 경우에는 그 환급기한의 다음 날). 다만, 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다.

5. 삭제 <2021.2.17.>

② 법 제52조제1항에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말한다. 다만, 납세자가 법 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송을 제기하여 그 결정 또는 판결에 따라 세무서장이 국세환급금을 지급하는 경우로서 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 40일 이후에 납세자에게 국세환급금을 지급하는 경우에는 기본이자율의 1.5배에 해당하는 이자율을 적용한다.

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때