1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2022. 1. 3. 원고에게 한 제1심 판결 별지 1 기재 각

법인세 및 농어촌특별세 부과처분 중 각 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을

모두 취소한다.

이 유

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등

원고 항소이유는 제1심 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든

증거와 소송자료(항소심에 추가로 제출된 서증인 갑 제19 내지 28호증 포함)를 원고

주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단(이익잉여금이 있었음에도 배

당을 전혀 실시하지 아니하였던 원고에 대한 피고의 이 사건 인건비 부인액은 대표이

사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기

위하여 보수 형식을 취한 것으로 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입 대상이 되

고, 이 사건 인건비 부인액을 손금에 산입하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다는 판

단)은 정당한 것으로 인정된다.

이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 강조

하거나 추가하는 주장 등에 관하여 아래와 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는

제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조

본문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심 판결문 제9면 제14행 “앞서 든 증거” 뒤에 “, 갑 제9, 28호증 각 기재”를

추가한다.

○ 제1심 판결문 제10면 제1행 끝 부분에 다음 내용을 추가한다.

『원고 주장처럼 당시 원고(법인인 주식회사이다. 이하 같다)의 등기상 대표이사였

던 박ㅇㅇ에 대한 인건비 지급이 상법상 주주대표소송 대상이 될 수 있었다고 하더라

도, 앞서 인정한 것과 같이 박ㅇㅇ을 제외한 나머지 소액주주들이 원고의 임직원들로

구성되어 있었던 이상, 원고의 임직원들인 소액주주들이 당시 원고의 지배주주였던 ㅇㅇ에게 주주대표소송 등을 통한 책임을 자유롭게 추궁할 수 있었을 것이라고 단정하

기는 어려우므로, 이 부분 원고 주장 사정을 근거로 ㅇㅇ이 당시 자신과 다른 임원

들의 보수를 자유롭게 정할 수 없었을 것이라고 판단하기는 어렵다.』

○ 제1심 판결문 제10면 제8행 끝 부분에 다음 내용을 추가한다.

『앞서 인용한 대법원 2015두60884 판결은, 해당 사건 쟁점(법인이 지배주주인 임

원에게 지급한 보수가 그 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다 주로 법인에

유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수 형식을 취한 것에 불과한지) 판단 기

준으로 ‘다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부’를 명시하고 있으며, 원고는 이 사건 처

분 대상기간인 2017 내지 2020 사업연도에 수백억 원 내지 약 1천억 원에 이르는 이

익잉여금이 있었음에도 배당을 전혀 실시하지 아니하였고, 그에 따라 해당 사업연도의

이익잉여금 중 상당 부분이 박ㅇㅇ에 대한 보수로 지급되어 동일한 금액이 배당금으로

지급되었을 경우 발생하는 법인세 상당액이 절감된 것으로 보인다. 박ㅇㅇ이 지배주주

가 되기 전이나 그 지배주주 지위를 상실한 후에도 원고가 배당을 실시하지 아니하였

다거나, 원고의 배당이 이루어지지 아니하더라도 누적 이익잉여금이 증가할 경우 주주

들이 보유한 주식 가치 역시 증가하는 것으로 볼 수 있다거나, 원고가 상장되지 아니

한 비상장회사라는 등 사정들만으로 달리 판단하기도 어렵다.』

○ 제1심 판결문 제10면 제16행 끝 부분에 다음 내용을 추가한다.

『앞서 인용한 대법원 2015두60884 판결은 해당 사건 쟁점 판단 기준으로 ‘보수의

증감추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성’을 명시하고 있다. 만약 원고 주장처럼

법인세법령에서 별다른 예외사유가 없는 한 원칙적으로 임원 보수를 손금으로 인정하

고 있고, 이 사건 인건비 부인액이 원고의 사업실적에 연동되지 아니하는 ‘기본급’에

해당할 여지가 있어 이는 원고의 재량이나 사적 자치 영역에 해당하며, 법인세법령이

나 상법에서 임원 보수 지급액 변동에 대한 구체적인 근거를 요구하고 있지도 아니하

다는 등 이유만으로 이 사건 인건비 부인액이 법인세법령상 손금불산입 대상(실질적

이익처분에 의한 보수)에 해당하지 아니한다고 판단한다면, 다른 법인들로서는 원고처

럼 임원에게 ‘기본급’ 형태로만 고액의 보수를 지급하는 방식으로 위 법인세법령상 손

금불산입에 관한 규제를 손쉽게 회피할 수 있게 되어, 법인세법 제19조 제2항(손비는

일반적으로 인정되는 통상적인 것으로 한다), 같은 법 제26조 제1호(인건비 중 과다하

거나 부당하다고 인정하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다)의 취지에 명백히 어긋나

는 결과를 초래하므로 부당하다.』

○ 제1심 판결문 제11면 제2행 끝 부분에 다음 내용을 추가한다.

『원고의 2018. 4. 1.자 업무전결표(갑 제9호증)에서 ‘회장’과 ‘사장’의 결정･승인 권

한을 다르게 정하고 있다거나, 다른 회사들의 경우에도 대표이사인 회장에게 대표이사

인 사장보다 더 많은 수준의 인건비를 지급하고 있다는 등 원고 주장 사정들을 모두

고려하더라도, 박ㅇㅇ이 이 사건 처분 대상기간 당시 공동대표이사인 허ㅇㅇ보다 4.6배 내지 5.7배가량 많은 보수를 받을 정도로 월등하게 원고의 사업 성장 및 유지에 더 많은 기여를 하였다거나, 직무집행상 통상적인 대표이사 역할을 넘는 특별한 기여를 하였다고 볼 만한 근거가 부족하다¹⁾. 이와 다른 전제에 선 허ㅇㅇ 작성 진술서(갑 제28호증) 역시 원고, 박ㅇㅇ, 허ㅇㅇ 사이 관계, 이 사건에서 확인되는 구체적이고 객관적인 정황 등에 비추어 증거법칙상 이를 쉽게 믿기 어렵다²⁾). 나아가 허ㅇㅇ이 2017년 6월경 원고로부터 상당한 주식매수선택권을 부여받았다는 원고 주장에 따른다고 하더라도, 박ㅇㅇ은 당시 공동대표이사인 허ㅇㅇ보다 1.54배 내지 2.65배가량 많은 보수를 받았다는 것이므로[2025. 1. 14.자 원고 준비서면 제22 내지 24면(전자소송기록뷰어상 면수 기준, 이하 모든 소송자료에 대하여 같다)], 이를 앞서 또는 뒤에서 인정한 사정들과 함께 고려하면 박ㅇㅇ이 받은 보수를 일반적으로 용인되는 보수라고 인정하기 어려움은 마찬가지이다.』

○ 제1심 판결문 제11면 제16행 “없다” 뒤에 다음 괄호를 추가한다.

『(대법원 2023. 4. 13.자 2023두32341 판결로 확정된 서울고등법원 2022. 12. 14.

선고 2022누35888 판결 취지 등 참조. 이는 원고와 비교업체의 매출 규모, 매출 성장

률, 대표이사 개인이 회사에서 차지하는 역할 및 비중 등을 비롯한 원고 주장 사정들

을 모두 고려하더라도 마찬가지이고, 원고와 비교업체의 매출 구조가 근본적으로 다르

다고 보기도 어렵다)』

○ 제1심 판결문 제12면 제13행 “보이는 점” 뒤에 다음 내용을 추가한다.

『, ④ 박ㅇㅇ이 원고 지배주주 지위를 상실한 2018. 12. 18. 후 원고의 새로운 지

배주주인 ㅇㅇㅇ법인이 원고 주장처럼 박ㅇㅇ에게 원고 대표이사 직무를 그대로 수행하게 하면서 종전과 동일한 보수를 지급하였다고 하더라도, 앞서 판단한 것과 같이 이 사건 인건비 부인액이 원고의 사업실적에 연동되어 책정되지 아니하였고, 박ㅇㅇ이 원고 대표이사로 재직하는 동안 원고에게 실질적인 영향력을 행사해 온 것으로 보이는 이상, 종전 원고 지배주주인 박ㅇㅇ과 새로운 원고 지배주주인 위 ㅇㅇㅇ법인 사이에는 다양한 거래와 법률관계 등이 존재할 수 있어 이 부분 원고 주장 사정만으로 이 사건 인건비 부인액이 박ㅇㅇ의 지배주주 지위와는 무관하게 원고에 대한 직무집행과 경영성과에 기초하여 지급된 것이라고 단정하기는 어려우며[따라서 위 ㅇㅇㅇ법인이 새로운 원고 지배주주가 된 후 박ㅇㅇ에게 지급된 연 16억 원(또는 박ㅇㅇ의 원고 대표이사 직무 수행을 추가로 고려한 연 20억 원)가량이 박ㅇㅇ에 대한 적정 급여액이었다고 보기도 어렵다], 이는 전세계에 거점을 두고 활동하는 글로벌 사모펀드 운용사인 어피ㅇㅇㅇㅇㅇ가 설립한 위 ㅇㅇㅇ법인이 철저한 시장경제 논리에 따라 최대한의 이익을 위해 움직이고, 투자기업의 불필요한 비용 지출을 삭감하여 효율화하는 등 경영구조를 개선해 기업 가치를 제고시키는 투자 전략을 취하고 있다는 등 원고 주장 사정들을 모두 고려하더라도 마찬가지인 점, ⑤ 박ㅇㅇ은 원고 지배주주 지위를 상실한 2018. 12. 18. 후에도 2021년경까지 여전히 원고 지분 25.52%를 가지고 있었고, 이는 주주총회 보통결의 요건을 충족하여 단독으로 원고의 임원 선임, 임원 보수한도 승인, 배당 등 전반적인 사항을 결정하기에 충분한 지분인 점』

○ 제1심 판결문 제12면 마지막 행 끝 부분에 다음 내용을 추가한다.

『따라서 박ㅇㅇ이 원고 대표이사 직무를 수행하는 기간에 이 사건 인건비를 지급

받았다는 등 원고 주장 사정들을 모두 고려하더라도, 앞서 판단한 것처럼 이 사건 인

건비 전체가 박ㅇㅇ의 직무집행에 대한 정상적인 대가에 해당하지 아니하여 손금불산

입 대상에 해당하는 이상, 원고 주장처럼 적어도 박ㅇㅇ이 지배주주가 아니었던 기간

에 박ㅇㅇ에게 지급된 인건비는 원고의 손금에 산입되어야 한다거나, 박대용의 적정

급여액에 대한 증명책임이 원고가 아닌 피고에게 있다고 판단하기는 어렵다.

자) 앞서 인용한 대법원 2015두60884 판결은 ‘법인이 “지배주주”인 임원에게 보

수를 지급한 경우’에 관한 일반적인 법리를 선언하였고, 이를 “1인 주주”에만 적용되는 법리라고 한정하지 아니하였다. 따라서 위 대법원 판결의 구체적인 사안이 이 사건과는 달리 “1인 주주”에 관한 것이라거나, 이 사건에서 원고가 법인세 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적인 의도가 명백하게 드러나는 내부 자료 등이 남아 있지 아니하다는 등 위 대법원 판결 사안의 구체적인 사실관계와 일부 차이가 있다는 것(2024. 10. 23.자 원고 준비서면 제34 내지 37면) 등을 비롯한 원고 주장 사정들만으로는 위 대법원 판결의 판시 취지가 이 사건에 적용될 수 없다고 판단하기는 어렵다.

차) 원고와 같이 지배주주 등이 존재하는 회사는 그 특성상 지배주주 등이 자의

적으로 스스로 보수를 확대 계상해 법인 자금을 보수 명목으로 손쉽게 유출하고 법인

의 조세부담을 부당하게 감소시킬 가능성이 존재하여, 법인세법령은 임원 등의 보수에

대하여 앞서 인용한 관련 규정을 마련하여 둔 것이므로, 공평과세와 조세정의 실현을

위해 그러한 위험을 방지할 수 있도록 위 관련 규정은 엄격하게 지켜질 필요가 있

다.』

2. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 같

아 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.