주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

이 유

1. 통지내용

 가. 청구법인은 1991.3.15. ○○○○에서 설립되어 주택건설ㆍ분양업 등을 영위하는 법인으로, ‘A’라는 아파트 브랜드로 자체 사업(시행+시공)을 하거나, 계열사가 시행하는 아파트 사업에 시공사로 참여하고 있다.

나. 청구법인은 2021～2023 사업연도에 B(주) 등 도급인(이하 “시행사”라 한다)과 사이에 각 지역에 공동주택을 건설하여 인도하기로 하는 내용의 도급계약(예를 들어 ‘C1차 공사도급계약’을 들 수 있으며, C1차 공사도급계약을 이하 “쟁점공사도급계약”이라고 한다)을 체결하였다.

 ※ (통지관서 확인내용) 청구법인은 특수관계법인인 시행사와 쟁점공사도급계약 체결 시 청구법인이 ㎡당 공사금액을 결정하고 여기에 공사연면적을 곱하여 총도급(공사)금액을 결정하고 있는데, 이는 청구법인이 공종별 하청업체와 공사계약을 체결할 당시에도 동일한 방식이 적용되었다.

다. 청구법인은 시행사에 쟁점공사도급계약에 따라 공사용역을 제공하고 재료비, 노무비, 경비, 관리비 등 각종 경비 합계금액[총공사 예정비용 - 부가가치세 면제용역(국민주택 건설용역)에 해당하는 공급금액]에 당월기성율을 곱하여 당월 과세분 기성금액을 산정한 후 그 공사대금과, 부가가치세 면제용역(국민주택 건설용역)에 해당하는 공급금액에 당월기성율을 곱한 금액[당월 면세분 기성금액과 부가가치세 매입세액 불공제액 보전금(이하 “쟁점금원”이라 한다)]을 구분 기재해서 청구하여 시행사에서 해당 청구금액을 수취하였다(※ 청구법인은 쟁점금원을 하청업체에 보전금 명목으로 지급하였다고 주장한다)(아래 “거래흐름도, 쟁점금원 수취내역” 참조). (생략)

 3) 청구법인은 위 거래에서 부가가치세 과세대상 아파트(국민주택규모 초과분)와 면세대상 아파트(국민주택규모 이하분)를 함께 공급하는 건설현장의 경우, 공사준공 후 총공사금액의 정산과정에서 당초 부가가치세 면세로 분류되었던 쟁점금원 상당액에 대해 과세ㆍ면세 과세표준 안분계산(정산과정) 없이 모두 면세대상으로 분류하여 부가가치세를 신고하였다.

라. 통지관서는 2024.9.25.부터 2025.2.1.까지 청구법인의 2020～2023 사업연도 법인세 통합조사를 실시하여,

 1) 공사준공 시 쟁점금원은 국민주택규모 이하 및 초과분에 공통적으로 사용된 것으로 보아, 부가가치세 과세사용면적과 면세사용면적의 비율로 안분계산(정산)하여 과세분 사용금액을 과세표준에 산입한 후,

 2) 2025.2.3. 청구법인에 아래 내역과 같이 부가가치세 0,000,000,000원을 과세한다는 세무조사결과를 통지하였다. (생략)

마. 청구법인은 이에 대하여 2025.2.24. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 청구법인과 시행사는 쟁점금원을 국민주택 건설용역의 대가로 약정하였다.

 1) 쟁점공사도급계약서상 ‘산출내역집계표’를 보면 ‘매입세(불공제분)’라는 항목으로 쟁점금원(C 1차의 경우 00,000백만원)이 기재되어 있고, 해당 금액이 공사원가로 기재되어 있으며, 해당 항목의 비고란에 ‘전용면적 85M이하 재료비 x 10% x 매입세율’이라고 기재되어 있다. (생략)

 2) 청구법인이 위와 같이 공제받지 못한 매입세액을 공사원가에 포함하는 것은, 앞서 말씀드린 바와 같이 해당 매입세액이 면세사업(국민주택 건설용역)에 대한 매입세액으로서 불공제된다는 것을 전제로 하였기 때문이다.

  가) 즉, 위 내용은 청구법인과 시행사 간에 청구법인이 면세사업인 국민주택 건설용역을 공급하기 위해 쟁점금원 상당의 매입세액을 불공제받았다는 점, 이러한 쟁점금원은 청구법인이 국민주택 건설용역을 제공하기 위해 필수적으로 부담한 비용(원가)이므로 공사대금에 포함해야 한다는 점에 대하여 청구법인과 시행사 간 합의가 있었음을 명확하게 보여준다.

  나) 따라서 청구법인과 시행사가 쟁점금원을 그 비용이 발생한 용역(국민주택 건설용역)에 대한 대가로 합의하였다는 점은 위와 같은 산출내역집계표의 기재상 명확하다.

나. 쟁점금원의 발생원인(매입세액 불공제)을 고려할 때, 쟁점금원이 과세사업인 일반주택 건설용역에 대한 대가라고 볼 수 없다.

 1) 쟁점금원은 청구법인이 매입세액을 불공제 당한 것을 보전하기 위한 금액이다. 즉, 청구법인은 면세사업인 국민주택 건설용역을 제공함에 따라 매입세액을 불공제받았다.

 2) 이처럼, 쟁점금원의 발생원인은 매입세액 불공제이고, 매입세액 불공제는 청구법인의 면세사업(국민주택 건설용역)에서 발생한 것이므로, 이러한 쟁점금원의 발생원인을 고려할 때 쟁점금원이 과세사업인 일반주택 건설용역에 대한 대가라고 볼 수는 없다.

다. 일반적인 건설용역의 계약 관행을 고려하더라도 쟁점금원을 일반주택 건설용역 대가로 볼 수는 없다.

 1) 공동주택 건설용역의 경우 일반적으로 일반주택 건설용역과 국민주택 건설용역이 모두 포함되어 있는 경우가 많은데, 다른 공동주택 건설용역에서 국민주택 건설용역 관련 매입세액 불공제액을 어떠한 방식으로 공사대금에 반영하는지를 살펴보는 것이 의미가 있다.

 2) 대표적으로, 국가와 지방자치단체가 시행사가 되는 경우 법률에 의하여 공사대금을 결정해야 한다. 즉, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하 “국가계약법”이라 한다)과 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하 “지방계약법”이라 한다)이 적용된다.

 3) 그런데 국가계약법, 지방계약법은 아래와 같이 수급인이 국민주택 건설용역을 제공함에 따라 매입세액 불공제된 금액을 공사원가에 포함하여야 한다고 명확하게 규정하고 있다(국가계약법 시행규칙 제11조 제3항, 지방계약법 시행규칙 제11조 제3항).(생략)

 4) 위와 같은 국가계약법 및 지방계약법에 따라, 국가나 지방자치단체가 시행사가 되는 경우의 공사도급계약도 쟁점공사도급계약과 완전히 동일한 방식으로 체결된다. 즉, 수급인의 매입세액 불공제분이 국민주택 건설용역의 원가에 포함되어 결정되며, 이러한 일반적인 건설용역의 계약 관행을 고려하더라도 쟁점금원을 일반주택 건설용역 제공에 대한 대가로 볼 수는 없다.

라. 통지관서는 쟁점공사도급계약상 요약표의 의미를 오해하였다.

 1) 쟁점공사도급계약 표지에는 다음과 같이 전체적인 계약 내용이 요약되어 표로 기재되어 있다(아래 참조). (생략)

 2) 통지관서는 쟁점공사도급계약서상 ‘공급금액’이 항목별로 나뉘어 있는 것이 아니라 전체 금액으로만 기재되어 있으므로, 여기에 포함되어 있는 각 항목들(특히, 쟁점금원)은 독립적인 의미를 가지지 못한다고 보아 이 건 과세예고통지를 한 것으로 이해된다.

 3) 그런데 이는 위 공사도급계약서의 내용을 오해한 것이다. 위 공사도급계약서상 내용은 앞서 사실관계에서 설명드린 사례의 [표①]에서 전체 ‘공급가액 합계’와 ‘부가가치세 합계’만을 기재한 것에 불과하다(앞서 언급한 [표①]의 굵은 선 박스 부분). 따라서 쟁점공사도급계약서상 집계금액만 보고 공급가액이 별도의 항목 구분 없이 단일하게 결정되었다고 볼 수는 없다.

 4) 그리고, 위 공사도급계약서의 ‘부가가치세’ 항목을 보면 이러한 부분이 보다 명확하게 확인된다. 앞서 언급한 [표①]에서 보시듯, 쟁점공급계약서상 계약금액(위 굵은 선 박스 부분)의 항목만 보면 부가가치세가 왜 이렇게 산정되었는지 알 수 없다.

  가) 앞서 언급한 [표①]의 예에서, 공급가액이 1,070이면 일반적으로 부가가치세가 그 10%인 107로 산정되어야 하지만, [표①]에서 부가가치세는 30만 기재되어 있다.

  나) 따라서 [표①]만 보아서는 부가가치세 산정이유를 알 수 없고, 당사자들이 실제로 약정한 각 항목을 반영한 구체적인 산정내역을 보아야 알 수 있는데, 실제로 쟁점공사도급계약서상 공사대금은 별도의 ‘산출내역집계표’(붙임1. 참조)에 의하여 구체적으로 확인ㆍ약정되어 있었고, 해당 내용 중 결론 부분만 쟁점공사도급계약서상 계약금액란에 집계되어 기재된 것이다.

 5) 나아가, 계약금액란에 기재된 부가가치세 금액 자체가 당사자가 위 [표①]의 내용을 구체적으로 합의하였다는 것을 보여주는 것으로, 그 이유는 당사자가 위 [표①]의 각 항목별로 구체적으로 합의하지 않는다면 최종적인 부가가치세 금액(위 [표①]의 30)이 산정될 수 없기 때문이다.

 6) 따라서 단지 쟁점공사도급계약서의 표지에 기재된 계약금액만 보고 쟁점금원이 일반주택 건설용역에 대한 대가라고 볼 수는 없다.

마. 통지관서의 주장에 따른다면 ‘발코니 확장대가’ 등 부가가치세 과세대상인 항목까지 과세사업과 면세사업에 안분하여 부가가치세를 과세하여야 한다는 납득하기 어려운 결론에 도달한다.

 1) 통지관서의 주장은 결국 공사금액의 개별 항목은 무시해야 하고 전체 공사금액만 중요하게 보아야 한다는 것이다. 즉, 전체 공사금액에 전체 과세사업 비율을 적용하여 부가가치세 과세표준을 산정해야 한다는 취지이다.

 2) 그런데 위 [표①]에서 말씀드린 것처럼 공사금액 항목에는 (i) 일반주택 건설용역과 국민주택 건설용역 모두에 해당하여 안분이 필요한 항목([표①]의 ‘재료비’ 항목), (ii) 국민주택 건설용역에만 해당하는 항목([표①]의 ‘매입세액 불공제’ 항목), (iii) 일반주택 건설용역(즉, 과세사업)에만 해당하는 항목([표①]의 ‘발코니 확장’ 항목)이 모두 포함되어 있다.

 3) 통지관서 주장처럼 위와 같은 항목 구분이 모두 의미 없는 것이라면 위 (ii) 항목뿐만 아니라 위 (iii) 항목도 모두 의미가 없다고 보아야 하고, 전체 공급가액(1,070)만 의미가 있다고 보아야 한다.

 4) 이렇게 통지관서의 논리에 따라 전체 공급가액(1,070)에 과세비율([표①]에서 2/9)을 적용하여 부가가치세를 산정하면 부가가치세는 23.7(=1,070 x 2/9 x 10%)로 산정되어, 오히려 최초에 산정한 부가가치세 30보다 작아진다.

 5) 이처럼 통지관서의 주장과 같이 각 항목별 구분을 무시해야 한다면 ‘발코니 확장대가’ 등 부가가치세 과세대상임이 분명한 부분까지도 과세사업과 면세사업에 안분하여 부가가치세를 과세해야 한다는 납득하기 어려운 결론에 도달한다.

바. 통지관서의 주장에 따르면 국민주택 건설에서 발생한 비용 중 일부가 일반주택 원가에 반영되어 결과적으로 일반주택과 국민주택의 분양가격이 왜곡되는 사회 전체적인 문제가 발생한다.

 1) 통지관서의 주장은 결국 아래 [그림]과 같이 청구법인이 매입세액 불공제 당한 70의 금액이 일반주택․국민주택 건설용역 전체에 대한 원가에 해당한다는 것이다(이해의 편의를 위해 발코니 확장 부분은 제외하고 설명드린다).(생략)

 2) 통지관서 주장에 따르면 청구법인이 시행사에 공급하는 일반주택 건설용역의 공급가액은 216(= 200 + 70 x 2/9), 부가가치세는 21.6이 되고, 국민주택 건설용역의 공급가액은 754(= 700 + 70 x 7/9)가 된다.

 3) 그렇다면, 시행사의 입장에서 일반주택의 취득원가는 216이고, 국민주택 취득원가는 754가 되므로, 시행사는 수분양자들에게 위와 같은 원가에 의하여 일반주택․국민주택 분양가를 결정해야 하며, 그 결과 수분양자 중 일반주택 수분양자는 과다계상된 분양가에 일반주택을 취득해야 하고, 국민주택 수분양자는 과소계상된 분양가에 일반주택을 취득할 수 있는 분양가 왜곡 현상이 발생하는바, 이러한 측면에서도 통지관서의 주장은 합리적이라 보기 어렵다.

3. 통지관서 의견

가. 청구법인이 주장하는 쟁점금원은 계약상 시행사에 지급의무를 도출할 수 없으며 단지 계약된 도급총액에서 청구법인의 의사에 따라 자의적으로 산출되어 부가가치세 면세대상으로 분류된 문제점이 있으며, 하청업체에 대한 운영실태 등을 종합적으로 고려할 때 청구법인이 실제 하청업체에 쟁점금원을 지급하였다고 단정할 수 없고 그 금액도 손실분 이상으로 과도하게 산출된 점, 청구법인의 도급금액을 과/면세 실질에 맞게 원가를 배분할 수 없으므로, 이에 부수되어 산출되는 쟁점금원은 그 당위성을 인정할 수 없다.

나. 국세청 해석사례에 의하면, 순공사비 총액은 과/면세 실질 귀속을 확인할 수 없는 경우 과/면세 면적비율로 안분하여 현장별 부가가치세 과세표준을 산출하는 것이 타당하므로, 통지관서가 쟁점금원을 과/면세면적비율로 안분하여 누락된 부가가치세 과세표준을 산출하여 부가가치세를 결정한 것은 정당하다.

다. 쟁점금원을 과세사업인 일반주택 건설용역에 대한 대가로 볼 수 없다는 청구주장에 대하여

 1) 통지관서는 쟁점금원을 과세사업 관련 공사이므로 과/면세 면적비율로 안분해야한다는 의미가 아니다.

 2) 현장별 순공사비의 구성상 세부원가 별로 과/면세 귀속에 대한 원가구분이 불가능하며, ‘원가’ 중심이 아닌 ‘총액주의’ 중심의 관리실태로 인해 청구법인은 쟁점금원을 정확히 산출하지 못하고 추정한 직접재료비ㆍ경비에 면적당 공사비가 일정하다는 전제로 면세면적비율을 곱하여 산출한 이상 쟁점금원이 면세공사에 귀속되어 부가가치세 면세 대상이라는 청구법인의 주장은 합리적이지 않다.

 3) 결국 통지관서는 총도급금액 중 별도항목을 제외한 순공사비 구성내역상 과/면세공사에 투입된 원가의 구분이 불가능하므로, 청구법인이 지급의 당위성도 확인할 수 없는 쟁점금원을 임의로 산출하여 면세라 주장하는 것을 용인할 수 없을 뿐 쟁점금원이 과세사업에 귀속되는 것이라는 청구법인의 주장은 논점을 오인한 것에 불과하다.

라. 통지관서가 공사도급계약상 요약표의 의미를 오해한 것이라는 청구주장에 대하여

  통지관서는 단순히 공사도급계약을 보고 이러한 결정을 내린 것이 아니라 첫째, 계약상 청구법인이 시행사에 쟁점금원을 청구할 계약상 의무가 없는 점, 둘째, ‘원가’ 중심이 아닌 ‘총액’ 관리중심의 업무관리 실태로 인한 순공사비는 과/면세 원가구분이 불가능한 점, 셋째, 쟁점금원을 과/면세 면적비율로 인한 추산치로 산출하여 면세용역에 직접적으로 귀속된다고 볼 수 없는 점, 넷째, 청구법인이 자의적으로 공사 직접원가를 높게 추산할 경우 쟁점금원이 과다 산출되어 결과적으로 부가가치세를 과소납부하게 되는 비합리성을 종합적으로 고려한 결과일 뿐으로 청구법인은 통지관서의 과세논리를 오인한 것이다.

마. 국민주택건설에 발생한 비용 중 일부가 일반주택원가에 반영되므로 결과적으로 일반주택과 국민주택 분양가격이 왜곡되는 것이다라는 청구주장에 대하여

 1) 분양가 상한제 도입 이후, 시행사는 현장발생원가를 추정하여 심의에 제출하나, 발생원가를 근거로 분양가격이 도출되는 구조가 전혀 아니므로 분양가격 왜곡이라는 문제는 당초 발생할 수가 없는 사항이며, 청구법인의 주장은 전제부터 잘못되었다.

 2) 통지관서가 주장하는 논점은 원가를 왜곡하는 것이 아닌 부가가치세 문제이며, 마치 청구법인측이 법인세 측면의 원가로 논리를 오인하는 것이 아닌가 생각된다. 청구법인은 현장별 주택건설과 관련된 원가관리가 매우 부정확하였으며, 청구법인측의 논리는 ‘하청업체⇒ 시공사(청구법인)⇒시행사’간 하단부터 ‘원가’중심의 철저한 관리가 가능하여야 그나마 주장할 수 있는 사항이다.

  가) 청구법인의 모든 논리는 ‘원가’가 철저히 관리되었다는 전제하에 가능한 것이나, 청구법인은 현장원가 관리에 일체 관심을 두고 있지 않고 관리도 불가능하였기에 과/면세 모든 사항을 과/면세 면적비율로 배분할 수밖에 없었다.

  나) 청구법인의 항목별 원가는 추정에 근거한 것으로 실제 직접적으로 공종별 투입원가를 지출한 하청업체의 철저한 원가관리 없이는 청구법인이 이러한 원가를 관리하는 것이 당초 불가능한 것이다.

  다) 통지관서는 도급금액을 어떻게 배분하여 정당한 부가가치세를 산출해야 하는 것인가에 대한 의문에서 시작하여 본 결론을 도출한 것으로, 청구법인 측이 주장하는 원가왜곡이라는 측면은 본 사항의 본질을 전혀 이해하지 못한 것에 불과하며, 원가의 왜곡은 청구법인이 자행한 것으로 통지관서는 이러한 청구법인의 원가관리실태상 기존의 부가가치세 신고내역을 인정할 수 없는 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 시행사에 청구하여 지급받은 쟁점금원은 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역과 관련된 것으로 부가가치세 과세ㆍ면세에 공통사용된 것으로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 부가가치세법 제29조【과세표준】(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정되기 전의 것)

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

   1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

   2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

   6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

  ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

 1-1) 부가가치세법 시행령 제63조【과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산】(2023.9.26. 대통령령 제33735호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제29조제8항에 따른 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액으로 계산한다.

  ② 제1항에도 불구하고 제81조제4항제3호, 같은 조 제5항 또는 제82조제2호를 적용받은 재화 또는 제83조에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 법 제29조제8항에 따른 면세사업등(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 사용면적비율이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다.

  ③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화의 공급가액 전부를 과세표준으로 한다.

   1. 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우. 다만, 해당 재화의 공급가액이 5천만원 이상인 경우는 제외한다.

   2. 재화의 공급가액이 50만원 미만인 경우

   3. 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 시작하여 직전 과세기간이 없는 경우

 2) 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 2-1) 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17, 2018.2.13, 2019.2.12>

  ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

   1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

   2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

   3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

  ③ 제1항을 적용할 때 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자 및 「한국철도공사법」에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다.

  ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

   1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

   2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

   3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

  ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

  ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 3) 부가가치세법 제52조【대리납부】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조, 제53조, 제53조의2 및 제60조제1항에서 "국외사업자"라 한다)로부터 국내에서 용역 또는 권리(이하 이 조 및 제53조에서 "용역등"이라 한다)를 공급(국내에 반입하는 것으로서 제50조에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제53조에서 같다)받는 자(공급받은 그 용역등을 과세사업에 제공하는 경우는 제외하되, 제39조에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 용역등을 공급받는 경우는 포함한다)는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여야 한다. <개정 2020.12.22, 2023.12.31>

   1. 「소득세법」 제120조 또는 「법인세법」 제94조에 따른 국내사업장(이하 이 조에서 "국내사업장"이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인

   2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역등을 공급하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)

  ③ 제1항과 제2항을 적용할 때 공급받은 용역등을 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하여 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우의 안분계산방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 3-1) 부가가치세법 시행령 제95조【대리납부】

  ① 법 제52조제1항에 따라 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서와 함께 부가가치세를 징수한 사업장 또는 주소지 관할 세무서장에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행(그 대리점을 포함한다. 이하 같다) 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

   1. 용역등 공급자의 상호·주소·성명

   2. 대리납부하는 사업자의 인적사항

   3. 공급가액 및 부가가치세액

   4. 그 밖의 참고 사항

  ② 법 제52조제1항을 적용할 때 비거주자 또는 외국법인으로부터 공급받은 용역등이 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우 그 면세사업등에 사용된 용역등의 과세표준은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업에 공급가액이 없으면 그 과세기간에 대한 안분 계산은 제81조제4항과 제82조를 준용한다.

 4) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】(2023.6.9. 대통령령 제19430호로 개정되기 전의 것)

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. <개정 2017.12.19, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.6.9, 2020.12.29, 2021.12.28, 2022.12.31>

  4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

 4-1) 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】(2023.6.7. 대통령령 제33499호로 개정되기 전의 것)

  ④ 법 제106조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다. <개정 2002.12.30, 2003.11.29, 2005.2.19, 2007.9.27, 2009.2.4, 2010.2.18, 2011.1.17, 2018.2.13, 2021.2.17>

   1. 「주택법」 제2조제1호에 따른 주택으로서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모(기획재정부령으로 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다) 이하인 주택

   2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」ㆍ「전기공사업법」ㆍ「소방시설공사업법」ㆍ「정보통신공사업법」ㆍ「주택법」ㆍ「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것. 다만, 「소방시설공사업법」에 따른 소방공사감리업은 제외한다.

다. 사실관계

1) 청구법인의 법인등기사항증명서상 업종현황 및 주주현황 (생략)

 2) 청구법인의 2021.1기～2023.2기 과세기간 과ㆍ면세대상 용역 등 제공에 대한 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. (생략)

 3) 통지관서가 확인한 아파트 등 건설현장에서의 거래정황 내용과 청구법인이 시행사에 청구하는 기성금청구금액 산출과정에 대한 내용은 다음과 같다. (생략)

가) 청구법인(시공사)은 특수관계인인 시행사와 주택건설도급계약(VAT 면세대상 국민주택 및 VAT 과세대상 국민주택초과분, 근린생활시설, 발코니확장, 모델하우스 운영 등)을 일괄체결하고, 건설용역을 제공한 뒤 매월 공사수행정도에 따라 기성청구를 하여 공사대금을 수취하였다.

   (1) 당 도급계약은 청구법인이 추정한 가실행원가에 이익을 가산하여 도급금액을 결정한 것으로, 세부원가를 산출하여 이익을 가산하는 형태가 아닌 공사비 총액으로만 계약금액을 결정한 것이다.

   (2) 이후 결정된 계약금액을 토대로 산출내역집계표를 작성하는데, 공종ㆍ원가별 세부 수치를 확인할 수 있으나 해당 금액은 청구법인의 추산치이며, 준공 시 하청업체와 확정금액으로 수정한 바 없다.

   (3) 이는, 청구법인은 하청업체와 ‘총액’으로만 정산할 뿐 하청업체의 발생원가에 관심을 두지 않았고, 하청업체 역시 구체적인 원가관리가 불가능하기 때문이다.

  나) 기성금 청구방식

     ①(공정확인서)매월 공사감리자가 작성한 공정확인서상 당월 공정도를 통해 당월 기성분 공정률 확정함.

     ②(기성금액확정)도급총액 중 별도 기성을 하는 발코니확장공사 및 모델하우스 설치를 제외한 잔여액에 당월 공정률을 곱해 당월분 기성액 확정

     ③(안분)도급총액 중 ‘쟁점금원’을 제외한 금액에 당월 공정률과 과세면적비율을 곱하여 VAT 과세분 과세표준액을 결정한 후, 세금계산서 발행, 기성액 중 과세분을 제외한 잔여액에 대해서는 계산서 발행

     ④(준공기성)준공정산 후 ‘(현장 최종확정 도급액-쟁점금원)× 과세면적비율’과 기신고 VAT과세표준을 비교하여 준공기성분에 대한 VAT과세표준 결정 (생략)

  다)산출내역집계표(붙임1. 자료 참조)의 항목별 설명 및 검토의견 (생략)

 4) 공사현장별 총공급면적 대비 면세공급면적 비율 내역은 다음과 같다. (생략)

 5) 쟁점공사도급계약서(C1차 공사도급계약서) 내용은 다음과 같다. (생략)

 6) 이 건 과세전적부심사청구에 대한 심리일 현재 심리담당은 청구주장과 관련 다음의 사항을 보정요구하였는데, 청구인은 다음과 같이 관련 자료를 제출하였다. (생략)

 7) 청구인이 사전열람 후 추가로 제기한 주장은 다음과 같다. (생략)

 8) 통지관서가 사전열람 후 추가로 제시한 의견은 다음과 같다. (생략)

라. 판단

 1) 관련 법리

  가) 「부가가치세법」(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제29조제8항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다”라고 규정하고 있다.

  나) 「부가가치세법 시행령」(2023.9.26. 대통령령 제33735호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제63조제2항에서는 ‘제1항에도 불구하고 제81조제4항제3호, 같은 조 제5항 또는 제82조제2호를 적용받은 재화 또는 제83조에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 법 제29조제8항에 따른 면세사업등(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 과세표준에 포함되는 공급가액은 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 과세사용면적비율에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 사용면적비율이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다’라고 규정하고 있다.

  다) 「부가가치세법」제52조 및 같은 법 시행령 제95조에 따르면, 비거주자 또는 외국법인으로부터 국내에서 용역 또는 권리를 공급받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여야 하고(「부가가치세법」제52조제1항), 이때 공급받은 용역등을 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하여 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 과세사용면적비율에 따라 과세표준을 안분계산할 수 있도록 규정하고 있다(「부가가치세법」제52조제3항, 「부가가치세법 시행령」제95조제2항).

 2) 쟁점금원은 부가가치세 과세ㆍ면세에 공통사용된 것으로 보는 것이 타당한지에 대한 판단

  가) 관련 법리와 다음의 사정들을 종합하여 볼 때, 쟁점금원이 과세ㆍ면세 부분에 공통사용된 것으로 보고 과세ㆍ면세사용면적비율로 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 산정한 통지관서의 결정은 타당하다.

     ① 통지관서가 한 청구법인 소속 경영관리팀 D과장과의 문답내용 등 조사내용에 따르면, 청구법인은 시행사에서 협의된 공사금액을 수령한 후 청구법인 자체적으로 공사비내역별로 지출하고 있음을 알 수 있고, 공사금액 확정 시에도 총금액을 확정한 후, 직접재료비, 노무비, 경비, 제세공과금 등을 임의로 추산ㆍ배분(시스템에 비용을 입력하면 자동으로 배분되는 방식)하고 있을 뿐 정확하게 공사비별 원가를 산출하고 있지는 않고 있는 것으로 보인다(산출내역집계표는 이러한 공사원가에 대한 세부항목의 추정치를 보여주는 것으로 보인다).

     ② 청구법인은 하청업체에서 매입한 재료비 등과 관련 부가가치세가 면제되는 공급금액에 해당하는 쟁점금원이 부가가치세가 면제되는 국민주택건설 용역에만 사용된 것이라고 주장하고 있으나, 쟁점금원과 관련된 재료비 등이 정확히 국민주택건설 용역에 해당한다는 사실을 증명하는 구체적이고 신뢰성 있는 증빙자료를 제시하고 있지는 못하며, 단지 하청업체가 부가가치세 매입세액을 불공제받은 금액을 보전해 주기 위해 시행사에서 해당 금원을 수취하여 지급하고 있다고 주장만 하고 있을 뿐으로 쟁점금원이 면세용역인 국민주택건설용역에만 사용된 것이라고 보기 어렵다.

     ③ 쟁점금원의 구성항목 중 경비항목을 살펴보면, 그 산출방식은 ‘재료비× 면세면적비율×10%(VAT)’인데, 쟁점금원은 하청업체가 청구법인에 주택건설용역을 공급하기 위해 재료를 매입할 때 100% 관련 매입세액을 부담하나, 주택건설공급 중 면세주택에 투입되는 재료는 면세전용으로 매입세액을 불공제 받는 불이익이 있어, 이를 보상하기 위한 비용이라고 주장한다. 그런데, 이와같이 청구법인이 과세ㆍ면세면적비율을 곱하여 산출한 부가가치세는 과세ㆍ면세분 건설용역에 대한 원가를 구분경리한 사실이 없어 실질에 따른 구분이 불가능하여 시스템상 자동 안분계산되는 방식으로 추산한 것으로 보인다(청구법인 소속 경영관리팀 D과장의 문답서, 하청업체 관계자의 진술내용 등 참조). 그렇다면 위 산출방식을 통해 산출된 쟁점금원 역시 과세ㆍ면세사용 부분에 대한 정확한 실지귀속이 불분명한 것으로 보이므로 공사준공 후 부가가치세 과세표준 계산과정에서 과세사용면적과 면세사용면적의 비율로 과세표준을 안분계산하는 것이 합리적으로 보인다.

     ④ 위의 내용을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점금원이 하청업체에 대한 보전금이라고 주장하나, 쟁점금원은 당초 예정적으로 부가가치세 면세부분으로 분류하였던 것으로 공사준공 후에는 전체 과세 및 면세사용면적비율로 다시 안분계산하는 것이 타당해 보이는바, 이러한 계산과정에 따라 과세표준을 산정한 통지관서의 결정은 합리적으로 보인다.

  나) 따라서, 쟁점금원에 대해 공사준공 후 과세ㆍ면세 사용면적비율로 안분계산하여 이중 과세사용면적비율에 해당하는 금원을 과세표준에 산입하여 한 통지관서의 이 건 세무조사결과통지는 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.