사 건

2024구합50643 부가가치세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAAAA

피 고

**세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 13.

판 결 선 고

2025. 4. 10.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가, 2022. 1. 7. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 38,338,090원, 2019년 제1기 부가가치세 160,735,590원, 2019년 제2기 부가가치세 25,281,480원, 2020년 제1기 부가가치세 29,261,820원, 2020년 제2기 부가가치세 344,395,590원의 각 부과처분(각 가산세 포함), 2022. 8. 1. 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 84,698,800원,2020 사업연도 법인세 60,778,980원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 4. 12. 설립되어 2018. 9.경부터 의약품 도매업 등을 영위하는 회사이다.

나. **지방국세청장은 원고의 매입처인 주식회사 BBBB(이하 ‘BBBB’이라 한다)의 부가가치세 경정청구에 관하여 검토한 결과, 원고가 2018년 제2기부터 2020년 제1기까지의 과세기간 동안 BBBB으로부터 재화를 공급받지 않고 세금계산서를 수취한 혐의가 있다며 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2016년 제2기 및 2017년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간 동안 아래 표 및 별지 1 기재와 같이 ➀ 재화 및 용역을 공급하지 않고 또는 재화 및 용역을 공급하였으나 과다하게 4,603,621,705원의 매출세금계산서를 발급하고, ➁ 재화 및 용역을 공급받지 않고 또는 재화 및 용역을 공급받았으나 과다하게 13,605,551,389원의 매입세금계산서를 수취하였다고 판단하였다.

라. 이에 따라 피고는 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보고 그 부분에 해당하는 매출세액을 감액ㆍ익금불산입하고 매입세액을 불공제ㆍ손금불산입하여, 원고에게 아래 표 기재와 같이 부가가치세 및 법인세를 각 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 ➀ BBBB, CCCC, 주식회사 DDDDDD(이하 ‘DDDDDD’이라한다), 주식회사 EEEEE(이하 ‘EEEEE’라 한다), 주식회사 FFFF(이하 ‘FFFF’이라 한다)과 실제로 의약품 매입거래를 하였고, ➁ CCCC, 주식회사 GGGG(이하 ‘GGGG’이라 한다), 주식회사 HHH(이하 ‘HHH’이라 한다)과 실제로 의약품 매출거래를 하였으며, ➂ HHH, JJJJJJJJ와 실제로 용역 공급거래를 하였다. 따라서 원고가 위 매출처 및 매입처와 발급 또는 수취한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)는 허위세금계산서가 아니다.

나. 관련 법리

1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받은 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 않는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

2) 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

나. 인정사실

1) 이 사건 세금계산서 중 일부 약품의 유통경로는 다음 그림과 같다.

2) 원고의 실제 운영자는 ■■■이고, ■■■의 동생 ▲▲▲은 DDDDDD의 대표이며, ■■■의 배우자 ◇◇◇은 DDDDDD의 전 대표이자 JJJJJJJJ의 대표이다. CCCC의 대표는 ※※※이고, ※※※의 동생 §§§은 HHH의 대표이다. HHH와 FFFF의 대표는 모두 ☆☆☆이고, 위 ◇◇◇은 FFFF의 전 감사였다.

3) 원고, DDDDDD, FFFF 등은 서울 ***구 **동 소재 건물의 같은 층을 칸막이로 구분하여 의약품 보관창고로 함께 사용하였다.

4) ■■■는 피고의 조사과정에서 ‘원고의 사실과 다른 세금계산서 수수행위를 한 사람은 본인이다’, ‘BBBB, CCCC, DDDDDD, EEEEE, FFFF과의 의약품 매입거래는 과세표준을 조정하기 위한 자전거래이다’, ‘CCCC, GGGG, HHH과의 의약품 매출거래는 과세표준 조정을 위한 자전거래이다’, ‘HHH, JJJJJJJJ와의 용역 공급거래에 관하여 거래처명은 없는 단순 일자별 약품 판매대행 자료외에 출할 수 있는 구체적인 소명자료는 없다’는 취지로 진술하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 5, 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 구체적 판단

위 인정사실, 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 재화 또는 용역을 공급하지 않고 작성되었거나 재화의 공급이 있더라도 반품을 전제로 실질적 소유권이나 처분권의 이전 없이 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있고, 원고가 제출한 증거만으로는 재화 또는 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 사실을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1) 공통되는 사정

가) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자측으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 시인하는 내용의 확인서 등을 작성ㆍ교부받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서 등의 증거가치를 함부로 부정하여서는 아니 된다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조). 원고의 실제 운영자 ■■■에 대한 피고의 조사과정에서 HHH, JJJJJJJJ를 제외한 나머지 매입처 및 매출처와의 거래가 자전거래에 해당한다는 취지로 진술한 심문조서(을 제5호증)가 작성되었고, 위 조서가 ■■■의 의사에 반하여 강제로 작성되었다는 등의 특별한 사정은 확인되지 않으므로, ■■■의 진술은 신빙성이 높다.

나) 원고는 이 사건 세금계산서에 따라 매입처 및 매출처와 실제로 의약품 공급거래 또는 용역거래가 있었음을 확인할 수 있는 공급계약서, 대금지급내역 등 객관적 증빙자료를 제대로 제출하지 못하고 있다.

다) 원고를 실제 운영한 ■■■, DDDDDD의 대표 ▲▲▲, JJJJJJJJ의 대표이자 DDDDDD의 전 대표 및 FFFF의 전 감사 ◇◇◇ 사이에, CCCC의 대표 ※※※과 HHH의 대표 §§§ 사이에 각각 밀접한 인적 관계가 있다. 이는 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 정상적으로 이루어지지 않았음을 상당한 정도로 뒷받침한다.

2) 거래처별 검토

가) BBBB과의 매입거래에 관하여 보건대, BBBB이 원고 등에게 실물거래 없이 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고 스스로 수정신고를 한 점에 앞서 본 사정들을 종합해 보면, BBBB과의 이 사건 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

나) CCCC과의 매입 및 매출거래에 관하여 보건대, 원고와 CCCC 사이에 발행된 세금계산서는 대부분 바로 다음 과세기간에 발행금액 그대로 전부 취소하는 의미의 수정세금계산서가 발급되었다는 점에서 이례적일 뿐만 아니라, 해당 매출에 대한 계약금 등 금융자료를 확인할 수 없다. 나아가 갑 제7호증의 기재에 의하면 CCCC이 2020. 12. 21. 발행한 액면금 120,000,000원의 어음 및 2021. 1. 4. 발행한 액면금 100,000,000원의 어음을 원고가 배서양도받고 2021. 2. 28. CCCC에 250,000,000원을 송금한 사실은 확인되나 위 어음의 원인관계를 알 수 있는 자료는 없고, 원고의 주장처럼 CCCC에 금전을 대여하였음을 인정할 자료도 제출되지 않았다. 여기에 앞서본 사정들을 종합해 보면, CCCC과의 이 사건 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

다) DDDDDD과의 매입거래 및 HHH과의 매출거래에 관하여 보건대, 원고와 DDDDDD은 같은 창고를 칸막이로 구분하여 의약품 보관창고로 함께 사용하였고 재화의 이동도 확인되지 않는 점, 원고는 HHH에 의약품을 공급하였다면서 운송장(갑 제11호증)을 제출하였으나 위 운송장에 의하더라도 구체적인 물품 내역이 확인되지 않는 점 등에 앞서 본 사정들을 종합해 보면, DDDDDD 및 HHH과의 이 사건 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

라) EEEEE와의 매입거래 및 GGGG과의 매출거래에 관하여 보건대, 원고와 EEEEE, 원고와 GGGG 사이에 각 발행된 세금계산서는 바로 다음 과세기간에 발행금액 그대로 전부 취소하는 의미의 세금계산서가 발급되었다는 점에서 이례적인 점, 원고는 GGGG에 의약품을 공급하였다가 반품받았다면서 운송장 및 반품운송장(갑 제10호증의 2)을 제출하였으나 위 각 운송장에 의하더라도 구체적인 물품 내역이 확인되지 않는 점 등에 앞서 본 사정들을 종합해 보면, EEEEE 및 GGGG과의 이 사건 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

마) FFFF과의 의약품 매입거래에 관하여 보건대, 원고와 FFFF 사이에 발행된 세금계산서는 대부분 바로 다음 과세기간에 발행금액 그대로 전부 취소하는 의미의 수정세금계산서가 발급되었다는 점에서 이례적인 점, 원고와 FFFF은 같은 창고를 칸막이로 구분하여 의약품 보관창고로 함께 사용하였고 재화의 이동도 확인되지 않는 점 등에 앞서 본 사정들을 종합해 보면, FFFF과의 이 사건 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다고 판단된다.

바) HHH와 용역 공급거래에 관하여 보건대, HHH는 보안문서 수집, 운반, 보관, 파쇄를 주 업종으로 하는 업체로서 의약품 유통과는 관련이 없는 점, HHH의 대표 ☆☆☆은 의약품 도소매업을 영위하는 FFFF의 대표이므로 HHH가 별도로 원고와 의약품 판매대행계약을 체결하고 수수료까지 지급할 특별한 이유도 없는 점 등에 앞서 본 사정들을 종합해 보면, HHH와의 이 사건 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

사) JJJJJJJJ와 용역 공급거래에 관하여 보건대, 원고가 제출한 JJJJJJJJ의 송금내역(갑 제15호증)에 의하더라도 해당 금원이 원고의 주장처럼 용역대금 명목으로 지급된 것인지 확인할 수 없고, 원고와 JJJJJJJJ 간의 위탁계약서(갑 제14호증)는 위탁수수료 산정방식에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않은 점 등에 앞서 본 사정들을 종합해 보면, JJJJJJJJ와의 이 사건 세금계산서의 기재내용도 사실과 다르다고 판단된다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.