주 문

이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 세무조사결과 통지내용

가.A 주식회사(이하 “청구법인①”이라 한다)는 B㈜(舊C산업, 이하 “B”이라 한다)가 영위하는 사업 중 건설사업부 부문을 2021.1.4. 인적분할하여 신설된 법인으로 ‘D’, ‘E’ 브랜드를 사용하며, 2024년 기준 시공능력 5위의 건설업체이다.

나.U 주식회사(이하 “청구법인②”이라 하며, 청구법인①과 함께 “청구법인들”이라 한다)는 B이 영위하는 사업 중 석유화학사업 부문을 2021.1.1. 물적분할하여 신설된 법인으로 플라스틱 원료, 합성유 등을 제조 ㆍ판매하고 있다.

다.㈜C(이하 “C”이라 한다)은 1994.10.1. 설립된 비상장법인으로 정보통신 역무제공, 시스템 및 소프트웨어의 개발 판매업 등을 영위하고 있고, F(청구인) 회장의 지분이 52.26%인 C이 B의 지분 42.28%를, B이 청구법인①의 지분 20.93%를 보유하고 있고, C과 B이 각각 청구법인②의 지분 11.1%와 88.9%를 가지고 있다.

라.청구법인들과 C은 IT운영계약을 체결하고 C으로부터 IT시스템 운영 및 유지보수 용역, 코러스 서비스, IDC(Internet Data Center) 운영 및 유지보수 용역 등을 제공받았으며, 이 중 시스템 운영 및 유지보수(System Management, 이하 “SM용역” 또는 “쟁점용역”이라 한다)에 대하여 2021 사업연도부터 2023 사업연도까지 청구법인①는 45,747,465,317원, 청구법인②는 15,826,721,227원을 지급하였다.

마.조사청은 2021사업연도부터 2023사업연도까지에 대하여 법인통합 세무조사를 실시하고, SM용역과 관련하여 비교 대상업체의 원가가산율을 적용하여 재계산한 시가를 초과하여 지급한 6,068,557,305원(청구법인①)과 3,091,784,082원(청구법인②)에 대하여 ｢법인세법｣상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인① 법인세 1,922,671,196원, 청구법인② 법인세 586,178,810원을 과세한다는 세무조사 결과를 통지하였고, 또한 상기의 거래를 통해 특정 법인의 지배주주인 청구인에게 ｢상속세 및 증여세법｣(이하 “상증세법”이라 한다)상 증여의제 규정을 적용하여 청구법인들로부터 3,897,992,004원의 이익을 증여받은 것으로 판단하고 증여세 629,027,594원을 과세한다는 세무조사 결과를 통지하였다.

바.청구법인들과 청구인은 이에 대하여 2025.3.27., 2025.5.9.과 2025.4.11.에 각각 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2.청구주장

가.조사청 답변의 요지

조사청은청구법인들이 C에게 용역을 공급받으면서 쟁점용역 대가를 고가로 산정하였다면서, 그 근거로 다음의 사유들을 제시하였다.

1)C은 청구법인들에게 쟁점용역을 제공하기 위해 절반에 가까운 인력을 외주업체로부터 조달하였는데, 이 과정에서 외주업체에게 지급한 금액(‘원가’)과 청구법인①에게 제시한 견적을 비교하면 청구법인들은 C의 원가에 약 100% 가까운 마진을 붙여 지급하였다.

2)청구법인①은 C 외에 특수관계 없는 타법인과도 계약을 통해 IT용역을 제공받은 적이 있는데, 용역공급업체 중 ㈜G(이하 “G”이라 한다) 과의 계약 시 견적 대비 40% 할인을 적용하여 직접 계약하기도 하였다.

3)조사청은 비교대상 업체 4곳(이하 “쟁점4개업체”라 한다)을 선정하여 원가가산율을 계산한 후 통계학적으로 이상치를 제거하고 사분위법(3/4)을 적용하여 원가가산율을 계산하는 등 노력하였으므로, 조사청이 제시한 금액이 SM용역의 적정 시가이다.

나.조사청 답변에 대한 여러 의문점

조사청 답변서의 요지는 조사청이 선정한 쟁점4개업체의 용역대가만이 쟁점용역의 적정 시가이고, 청구법인들과 C이 한국소프트웨어산업협회 에서 공표하는 소프트웨어 기술자의 평균임금을 반영하는 등 합리적인 방법으로 산정한 쟁점용역 대가는 특수관계자 간 고가 거래라는 것이다.

이러한 조사청 답변에는 여러 가지 문제가 있는데, 우선 본건 거래는 30년 동안 동일한 방식으로 이루어졌고 그 동안 국세청에서 단 한 차례도 용역 대가에 대해 문제 삼지 않았음에도 조사청은 납득하기 어려운 사유를 제시하며 쟁점용역을 고가 거래로 보았다.

조사청은 객관적인 지표를 기초로 산정한 쟁점용역 대가를 부인하고, 조사청이 특정한 쟁점4개업체만이 쟁점용역의 시가라는 것인데, 문제는 쟁점4개업체는 건설업ㆍ석유화학 관련 시스템을 운영하지 않는 업체들로서 대부분 어플리케이션과는 무관한 인프라(통신장비, 컴퓨터 관련 판매/임대) 관련업을 영위하고 있는 등 쟁점용역인 건설업 비즈니스 프로세스 시스템 (어플리케이션)과는 그 성격이 전혀 달라 비교대상이 될 수 없다.

즉, 조사청은 쟁점4개업체를 잘못 선정하였고, 시가 산정도 법령에서 규정한 방식을 따르지 않았다.

그 밖에도 조사청이 설시한 여러 근거들, 즉 청구법인①이 G과 계약하면서 견적 대비 40%의 할인을 적용하였는데 본건 거래 시에는 17%의 할인을 적용하였다거나, 쟁점용역 관련 외주인력이 50%에 가까우므로 외주 업체를 직접 사용하라는 주장 등은 본건 거래 전반에 대한 이해의 부족에서 비롯된 주장으로 보인다.

특히 조사청이 제시한 내용 중 ①청구법인이 원가에 100%에 가까운 마진을 붙였다거나, ②한국소프트웨어산업협회에서 고시한 IT시스템 운용자와 IT지원 기술자의 인건비 차이율을 C 직원의 인건비에 가중치를 주어 가산하였다는 주장 등은 조사청이 무슨 자료를 근거로 주장하는 것인지 확인이 불가하므로, 조사청에서 주장의 근거를 밝혀 줄 것을 요청한다.

요컨대, 조사청이 선정한 쟁점4개업체의 용역대가만이 쟁점용역의 적정 시가라는 주장은 시가 산정의 기본 원칙인 “유사한 용역제공 거래란, 상당히 정형화되어 있거나 그렇지 않다고 하더라도 해당 거래와 상당 부분이 공통되어 유사하다고 볼 수 있는 구체적 사례들로 제한되어야 한다”는 원칙에 위배됨이 분명하고(대법원2024두58609, 2025.2.12. 등), 달리 쟁점 용역 대가가 경제적 합리성에 반한다는 명백한 근거도 없으므로 본건 과세 예고통지는 취소되어야 한다.

다.조사청 주장에 대한 구체적인 반박

1)[본건 거래의 경위] C은 청구법인들의 전산시스템에 대한 전문적인 업무경험 및 능력을 보유한 유일한 업체로, C과 청구법인은 30년 동안 동일한 방식으로 용역 계약을 체결하여 왔다.

C은 청구법인들의 전산시스템에 대한 전문적인 업무경험 및 능력을 보유한 유일한 업체이다.

청구법인들은 2021.1월 인적ㆍ물적분할로 설립되었지만, 그 이전인 1995년부터 C과 IT운영계약을 체결하여 IT시스템 운영 및 유지보수, 코러스 서비스, IDC 운영 및 유지보수 용역 등을 공급받아 왔고, C은 약 30년간 청구법인①이 사용하는 전체 시스템 71개의 대부분인 67개(약 94%)를, 청구법인②가 사용하는 전체 시스템 약 60개 중 45개(약 75%)를 직접 개발 또는 관리·운영하여 왔기 때문에, 청구법인들의 시스템에 대해 가장 높은 전문성을 보유하고 있었다.

이러한 배경에서, C이 청구법인들의 시스템 전반에 대해 가지는 전문성 및 우위성을 요약하면 다음과 같다.

가)청구법인의 경영정보(영업비밀/경영전략 등) 보호 측면

IT직원들은 시스템 개발 및 유지보수 단계에서 회사의 핵심 정보에 쉽게 접근이 가능하므로, ‘보안’기술은 회사가 IT업체를 선정할 때 가장 중점을 두는 항목으로, 대부분의 대형 그룹사들이 대규모 시스템 개발 시 제3의 법인이 아닌 계열사에게 IT공급 거래를 위탁하는 것도 보통 그러한 이유 때문이다.

C은 B그룹사로서 ‘보안정책 표준화’에 의거하여 청구법인들과 동일한 수준으로 정보보호 활동을 수행하는 법인이며, 이러한 C의 보안성은 다년간 운영 수행실적을 보유하여 충분하게 검증되어 있는바, 30여년간 본건 시스템을 운용하는 과정에서 정보 유출 등 사고가 발생한 사례가 단 한 차례도 없었다.

C이 보유한 높은 수준의 보안기술은 과학기술정보통신부와 한국 인터넷진흥원(KISA)이 공동 주최한 사이버 위기대응 훈련에서 정보보안 우수기업으로 선정된 것만 보더라도 이를 확인할 수 있다.

C은 2004년부터 시작된 사이버보안 모의훈련에 참여하여 왔는데, 특히 2024년에는 역대 최대인 총 556개의 기업, 23만여명이 참여한 훈련 에서 DDoS 공격 탐지 및 대응 분야에서 우수한 성과를 인정받아 정보 보안우수기업 6개사에 이름을 올리는 성과를 거두기도 하였다.

이상과 같은 C의 보안성은 국내 최고 수준에 이르렀다는 평가를 받고 있는바, 청구법인은 C에게 쟁점용역 전반을 믿고 맡길 수 있었다.

나)건설업 및 석유화학 분야의 특수성 및 복잡성 측면

① 건설산업은 수주-견적-구매-조달-공사-재무 등 전 분야에 걸친 정보를 연계하고, 수시로 변하는 내⸱외부의 요인들을 반영한 원가, Risk 등이 종합적으로 분석된 경영정보가 IT시스템을 통해 제공되어야 하므로 복잡성이 높은 산업 분야이다.

IT시스템에 문제가 발생하는 경우 잘못된 경영정보에 따른 (대규모 수주사업 특성상 수주 실패 또는 수주 오류로 인한 막대한 경영 손실 발생 등) 위험도가 높다는 특수성도 존재한다.

또한 청구법인②는 기초소재부터 친환경, 의료용 신소재 등 고부가 스페셜티 제품 등을 개발하고 있는데, 이러한 사업이 차질 없이 진행되기 위해서는 IT시스템이 뒷받침되어야 한다.

②C은 대규모 수주산업(건설) 및 장치산업(화학)에 대한 전문성을 갖춘 IT기업으로서 청구법인들은 사업경쟁력 확보를 위하여 사업노하우를 시스템에 반영하고자 십수년에 걸쳐 대부분의 IT시스템을 C과 함께 자체적으로 개발하였다.

청구법인들의 노하우가 반영된 시스템 개발을 타 업체에 맡기는 것은 정보유출 위험은 물론, 시스템 개발ㆍ관리의 난이도가 높아 운용 과정 에서 혼란이 야기될 가능성이 상당히 높은바, 청구법인들로서는 그러한 위험을 감수할 이유가 없다.

다)그룹사 중장기 IT 전략수립 및 그룹 표준화 이행 측면

C은 B그룹사 IT부분의 중장기 발전 전략방향과 IT를 활용한 그룹 경쟁력 향상 방안에 대한 연구, 검토를 수행하는 법인이며, 이러한 관점에서 C은 무려 30년 동안 청구법인①의 효율적 공사원가 분석ㆍ 관리, 수주관리, 하도급업체 관리, 청구법인②의 효율적 소재, 원료 관리 등을 할 수 있도록 하는 방안을 제안하고 IT전략 수립을 지원해 왔으며, 이를 실현시키기 위한 개별 시스템의 개발, 유지보수 역할 수행 등으로 청구법인들이 체계적으로 IT부문을 관리할 수 있도록 지원하였다.

특히 C은 B그룹사로써 그룹 표준의 PC보안, 문서보안 등 표준화된 정보보호 체계 내에 있으며 이에 따라 서비스를 제공하는 과정 에서 발생할 수 있는 표준 준수 및 사고에 대한 추적 및 통제가 가능하므로 청구법인 정보보호 정책 준수를 위한 업체로서 적합하다고 인정되었다.

이상과 같이 청구법인은 C만이 가지는 청구법인 전산시스템에 대한 특수성ㆍ전문성뿐 아니라, 지난 30여년간 단 한 차례의 보안사고나 현업 내부에서의 문제 제기 등이 없었고, 국세청에서 수차례 세무조사를 받아 왔음에도 쟁점용역의 적정성에 대해 전혀 문제된 적이 없었기 때문에 이러한 점 등을 종합적으로 고려하여 C과 수의계약 방식으로 본건 거래를 체결하였다.

2)[쟁점용역 대가의 산정방식] 청구법인들과 C은 객관적인 지표를 토대로 합리적으로 쟁점용역 대가를 산정하여 왔다.

가)쟁점용역은 청구법인들을 위한 특정 용역이므로, 불특정다수인 사이에 일반적으로 거래되는 ‘시가’라는 개념이 존재하기 어렵다.

｢법인세법｣상 ‘시가’란 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’을 의미한다.

청구법인①은 국내 3 내지 8위권 대형 건설사이며 청구법인②는 국내 대형 석유화학사로서, 쟁점용역의 성격은 청구법인들의 사업정보, 노하우 및 C 그룹사 전체적인 방향성을 반영한 맞춤형 IT공급이므로, 기본적 으로 본건과 비교 가능한 ‘유사한 상황’을 찾기가 어렵고, 특히 청구법인들과 같은 대형 그룹사들은 대규모 시스템 개발 시 보안 및 그룹사 측면에서의 통일성ㆍ전문성을 위해 계열사와 IT 공급거래를 하기 때문에, 본건과 ‘유사한 상황’을 전제로 한 ‘청구법인들 또는 C이 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’ 또는 ‘제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’을 상정하기가 어렵다.

이처럼 쟁점용역 자체의 시가는 산정하기 어렵지만, 쟁점용역 대가 역시 IT 기술자들의 인건비를 기초로 산정되고, 관련 법령에서 정한 소프트웨어개발비 산정기준 등이 있기 때문에 쟁점용역 대가 산정을 위해 해당 내용을 확인할 필요가 있다.

한국소프트웨어산업협회는 ｢소프트웨어진흥법 시행령｣ 제38조에 따라 매년 ‘소프트웨어 기술자 평균임금’(이하 “표준단가”라 한다)을 공표하는데 (소프트웨어산업의 발전과 품질 보장을 위한 적정 대가의 기준을 제시하기 위한 목적), 이는 전체 소프트웨어 사업자 중 일부를 표본 조사하여 조사 대상 인원의 노임의 가중평균을 산출한 수치로써, 소프트웨어 업계의 일반화된 거래가액의 평균치라고 할 수 있다.

다수의 ITO 거래에 있어서 위 표준단가를 활용하여 인건비를 산정하고 있는 것이 업계 관행으로, 한국소프트웨어산업협회가 매년 공표 하는 표준단가는 일종의 가이드라인으로써 시장에 참여하는 업체들이 이를 반드시 준수하여야 할 의무가 있는 것은 아니지만, 한국소프트웨어산업 협회는 관련 법령에 따른 실태 조사를 거쳐 표준단가를 공표하고 있다는 점에서 그 객관성이 충분히 인정된다.

대법원 역시 본건 거래와 유사한 사안에서, ｢소프트웨어개발 촉진법｣에 따라 소프트웨어 개발비용에 대한 적정한 대가의 산정기준을 정하기 위하여 고시된 과학기술처 1989.4.24. 고시 제89-3호 ｢소프트웨어개발비 산정기준｣을 적용하여 소외회사가 실제 개발한 전산프로그램의 크기 및 난이도 등에 따라 산출된 소요공수(소요인력)를 기초로 직접인건비, 직접 경비, 제경비 및 기술료 등을 합하여 산정한 개발비는 그 산정근거와 산정방식, 금액 등에 비추어 합리성이 인정된다고 판단한 바 있다(대법원 97누8953, 1998.9.18. 참조).

또한 서울고등법원은 위 대법원 판시와 유사한 이유를 들어 비계열사에 대한 용역대가를 시가로 보아 과세한 부과처분이 위법하다고 판단하였는데(서울고등법원 2017누36764, 2017.6.20.), 구체적으로 H주식회사(이하 “H”이라 한다)가 I주식회사(이하 “I”)로부터 ITO 용역을 제공받고 표준 단가에 따라 책정된 용역대가를 지급한 사안에서, 과세관청은 I가 비계열사에 대하여 적용한 단가를 시가로 보고 이보다 높은 가액을 지급한 H의 용역대가 일부를 손금부인하여 법인세를 부과 하였으나, 법원은 “I와 H 사이의 거래 상황과 I와 비계열사 사이의 거래 상황이 서로 다르다고 볼 여지가 있고, I의 비계열사들에 대한 거래가격이 ‘일반적으로 거래된 가격’으로 보기에 부족하고 더 나아가 I와 H 사이의 거래가 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 단정 하기 어렵다고 보아 해당 부과처분이 위법하다”고 판단한 바 있다.

요컨대 해당 용역의 시가를 찾기 어려운 상황에서 납세자가 객관적인 지표인 한국소프트웨어산업협회가 고시한 표준단가를 활용하여 용역대가를 책정하였다면 그 합리성이 인정되므로, 이를 함부로 부인하는 것은 위법하다.

나)청구법인들과 C은 ‘객관적인 지표’를 토대로 합리적으로 쟁점용역 대가를 산정하였다.

청구법인들과 C은 본건 ‘용역’대가를 산정하기 위해 한국소프트웨어 협회에서 고시하는 표준단가를 참고하였다.

구체적으로 청구법인①과 C은 2019년 대외적으로 공시된 객관적인 자료인 한국소프트웨어산업협회에서 공표하는 소프트웨어 기술자 평균 임금을 적용하여 산정한 직접인건비에 간접비(제경비 및 기술료 등)를 더한 인건비 단가에 할인율(약 17%)을 적용한 계약단가로 계약대금을 산정하였다.

한국소프트웨어산업협회는 2019년부터 등급별(4단계) 단가를 공표하지 않고 직종별 단가로 변경하였기 때문에 청구법인①과 C은 기존 등급별 단가 체계로 2019년 인건비 단가를 산정하였고 이를 기초로 물가상승률 등을 반영하였다.

다만 C의 기술자들은 4단계보다 2단계 체계로 등급이 구분되었기 때문에 쟁점용역 대금 산정 시 실질에 맞게 2단계로 변경하면서 2021, 2022, 2023 사업연도의 쟁점용역 대금을 정하였다.

2019년 기준 총인원 구성은 96명(매니저 6명, 일반 90명) 이었는데, 기존 4등급 체계 기준으로 위 6명을 제외한 90명(특급 26명, 고급 26명, 중급 30명, 초급 8명)은 모두 일반 단가를 기준으로 적용하였다.

한국소프트웨어산업협회에서 게시한 ① 2019년 SW기술자 임금실태 조사(통계승인 제37501호) 자료, ②SW사업 대가산정 가이드(2019년 2차 개정판)에는 IT기술자의 월평균임금을 기준으로 한 간접비 반영비율을 공시 하였는데, 청구법인①과 C은 해당 공시금액보다 오히려 다소 낮은 83% 내지 92% 수준으로 쟁점용역 대가를 정하였다.

구체적으로 SW사업 대가산정 가이드(PDF 기준 15면)에서는 “투입 공수방식 운영비”의 구성 항목을 “①직접인건비, ②제경비(=직접 인건비의 110%～120%),③기술료[=직접인건비+제경비)의20%～40%],④ 직접경비”로 구분하고 있는데, 해당 가이드에서 명시한 제경비 및 기술료 비율의 중간값 및 하한값을 각각 적용하면 다음과 같이 산정된다.

위 표에서 보는 것처럼 제경비 및 기술료 비율의 중간값인 115%와 30%를 각각 적용할 경우 할인율이 17%(=협회 공시금액 대비 83% 수준)이고, 각 비율을 가장 낮게 적용(110% 및 20%)하더라도 8%(=협회 공시금액 대비 92% 수준)의 할인을 적용한 것이 되어, 한국소프트웨어산업 협회에서 공시한 단가보다 쟁점용역 단가가 낮다.

또한 한국소프트웨어산업협회에서 공표한 IT시스템 운용자의 단가 (상위 20%, 하위 20%)를 청구법인① 투입인력에 대입하여 할인율을 산출 하였을 때도 약 37%　할인된 63% 단가로 계약하는 등 합리적인 수준으로 계약을 체결하였다.

2019년 이후 청구법인①과 C은 다음 사정을 고려한 임금상승률 등을 반영하여 매년 계약을 체결하였다.

청구법인①의 인건비 계약단가와 청구법인이 조사한 각 인상률은 다음과 같다.

대표적으로 2021년도의 경우 청구법인①이 조사한 인건비 인상률은 동종사 평균 2.6%, SW기술자 노임단가 기준 5.0%, 생산자 물가지수 기준 0.2% 각각 모두 상승하였음에도 본건에서는 관리자급과 일반 인력의 인상률을 모두 동결시키고, 인원수는 감소시켜 전체 거래금액이 오히려 낮아졌다.

참고로 청구법인①과 유사한 규모의 건설사인 G건설사의 경우 특수 관계 없는 L업체와 쟁점용역과 유사한 SM용역 공급계약을 체결하였는데, 확인되는 바에 의하면 해당 계약에서 G건설사는 인건비 단가를 10단계로 구분하여 용역대가를 산정하였다.

※ 2024년 이전 단가는 청구법인①이 확인한 2025년 적용 단가를 기준으로 연도별 인상률을 역산하여 산정

위 표에서 보는 것처럼 G건설사가 비특수관계자인 L법인과 본건 유사 SM용역 공급계약 시 용역대가 산정기준인 인건비가 쟁점용역 대가 산정기준인 인건비 대비 높은 수준임을 확인할 수 있다.

청구법인①이 조사한 2021년 동종사들의 인건비 계약단가를 보더라도, 쟁점용역 대가 산정 관련 인건비는 동종사와 유사한 수준이었다.

청구법인①은 이러한 동종사 단가 조사를 통해 매년 C과 가격 협상을 통해 합리적으로 본건 거래가액을 산정ㆍ지급하여 왔다.

청구법인①은 건설IT 시스템의 전문성⸱복잡성을 고려하여 다음과 같이 서비스 종류별 단가산정 방식을 세분화하고, 각 서비스별로 실제 투입 되는 운영공수를 파악하여 매년 협상에 따라 결정된 계약단가를 곱하는 방식으로 본건 거래가액을 투명하게 산정하고 있다.

그 밖에도 청구법인①은 IT센터 운영에 대한 철저한 관리를 통해 원가절감을 지속적으로 도모하고 있고, 그 결과 아래와 같이 매년 본건 거래가액이 감소되고 있음이 확인된다.

또한, 청구법인②와 C은, 청구법인②가 C산업 석유화학 사업부였던 2019년부터 ‘서비스 대가 산정방식’으로 운영계약을 맺어 왔다.

청구법인②와 C은 매년 대외적으로 공시된 객관적인 자료인 한국소프트웨어산업협회에서 공표하는 소프트웨어 기술자 평균임금(전년도)를 그대로 적용하여 계약대금을 산정하였다.

구체적으로 쟁점용역 대가에 포함된 ‘인건비’ 중 ‘운영관리’ 및 ‘개선관리’ 서비스와 관련하여, 2021ㆍ2022년의 경우 각각 직전년도(2020ㆍ 2021년)에 공시된 서비스 단가를 그대로 사용하였고, 2023년의 경우 한국 소프트웨어산업협회는 직전연도의 서비스 단가에 6.9%의 인상률을 적용 하여 공시하였으나, 청구법인②와 C은 보다 합리적인 수준에서 거래 가액을 정하기 위해 협회가 적용한 인상률보다 오히려 낮은 수준인 4.9%의 인상률만 적용하여 거래를 체결하였다.

다)소결론

이상의 점을 종합적으로 보면, 청구법인들이 독립기업으로서 원가 절감을 위해 최선의 노력을 다하고 있다는 것과 C에게 부당하게 이익을 분여할 의도가 없다는 사실을 확인할 수 있다.

따라서 객관적인 지표를 활용하여 상호 협의를 통해 쟁점용역 대가를 산정하여 온 본건 거래에 대하여, 조사청이 부당행위계산 부인 규정을 적용하려는 것은 잘못된 과세라 사료된다.

3)[조사청 제시 시가의 문제점] 쟁점4개업체는 쟁점용역과 전혀 동일 ㆍ유사하지 않은바, 쟁점용역의 시가가 될 수 없다.

가)조사청 주장의 요지

조사청은 청구법인들과 C의 용역계약 거래 중 쟁점용역인 ‘SM 용역’이 고가로 공급되었다면서 그 근거로 본건 거래는 외주인력 비율이 50%에 달하는 점, 청구법인들이 인건비 등급을 4단계에서 2단계로 조정한 점, 청구법인①이 G과 계약하면서 견적 대비 40%의 할인을 적용 하였지만, 본건 거래 시에는 17% 할인을 적용한 점, 청구법인들은 원가에 100%에 가까운 마진을 붙여 지급한 점, 한국소프트웨어산업협회에서 고시한 IT시스템 운용자와 IT지원 기술자의 인건비 차이율을 C 직원의 인건비에 가중치를 주어 가산한 점을 들고 있다.

그러면서 조사청이 선별한 쟁점4개업체를 지표로 산정한 금액만이 쟁점용역의 객관적인 ‘시가’라고 주장하는바, 우선 조사청이 선별한 쟁점 4개업체의 지표가 쟁점용역의 시가가 될 수 없는 이유를 설명하고, 그 외 조사청 논리에 대해 하나씩 반박하겠다.

나)｢법인세법｣상 부당행위계산 부인을 적용하기 위한 ‘시가’의 개념 및 법리 등

(1)관련 법령 및 법리

｢법인세법｣ 제52조제1항의 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서는 ‘건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’인 ‘시가’를 기준으로 판단해야 한다(｢법인세법｣ 제52조 제2항).

｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항은 ‘시가’의 범위와 관련하여 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따를 것’을 규정하고 있으며, ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세 관청에 있다(대법원 2013두10335, 2013.9.27. 참조).

즉, 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는 ‘시가’는 ① ‘해당 거래와 유사한 상황’이 반드시 전제되어야 하고, 그와 같은 상황에서 ② ‘일반적ㆍ 계속적으로 거래된 가격’에 해당하여야 한다.

따라서 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호는 다른 용역공급거래 에서 사용된 수수료율을 시가로 보기 위해서는, 다른 용역공급거래와 문제 되는 거래 사이에 ‘유사성’이 확인 및 인정될 것을 요구하고 있고, 근본적인 거래의 목적이나 동기, 계약의 구조가 다른 거래에 대하여 같은 종류의 용역이라는 이유만으로 비교대상으로 삼아 ‘시가’를 일률적으로 정하여 부당 행위계산부인을 적용하는 것은 인정될 수 없다.

(2)‘유사한 상황’에 관한 법원의 확립된 입장

대법원 역시 과세관청이 주장하는 비교 대상 거래의 가액이 쟁점 용역에 적용되는 ‘시가’가 되려면, ①비교대상용역과 쟁점용역이 유사한 상황 에서 이루어졌고, ②비교대상용역의 가액 내지 수수료율이 일반적으로 거래된 가액 내지 수수료율임이 확인되어야 하고, 이에 대한 입증책임은 처분청이 부담한다는 확립된 입장에 서 있다(서울고등법원 2017누36764, 2017.6.20.).

특히, “유사한 상황”이란 단순히 당해 거래의 기초가 된 계약과 비교대상 거래의 기초가 된 계약이 그 내용에 있어 유사하다는 것을 의미 하는 것이 아니라, 각 거래 당시의 청구법인자들이 처한 구체적 상황, 즉 청구법인자들이 영위하는 사업의 종류, 그 밖에 지배구조 및 재무상태, 나아가 각 계약 체결 및 거래의 목적 등 제반 사정에 있어 유사하다고 평가할 수 있는 상황을 의미한다(서울고등법원 2017누36764 2017.6.20., 서울행정법원 2016구합62658¹⁾, 2017.4.21. 등).

따라서 비교대상용역들과 쟁점용역이 ‘유사한 상황’에서 이루어 졌다고 할 수 있으려면, 단순히 계약의 종류가 유사하다는 점을 넘어야 하고, 본건 비교대상용역들과 쟁점용역이 (i)용역의 내용 내지 구성요소, (ii)용역의 품질 수준, (iii)용역을 제공받는 수요자의 특성, (iv)용역을 제공 하는 인력의 구성, (v)용역을 제공받은 시기, (vi)용역 수행 과정에서 가지는 위험부담, (vii)시장환경 및 경제상황 등의 측면에서 유사하다는 점을 구체적ㆍ개별적으로밝혀야한다(서울고등법원2012누1312²⁾2012.5.30., 서울고등법원 2011누4192³⁾ 2012.5.30. 등).

다)쟁점4개업체는 쟁점용역의 시가 산정 지표가 될 수 없다.

(1) 쟁점4개업체 선정 경위

대법원은 단순히 동종업체(시스템 운영 및 유지보수)라는 것만을 근거로 비교대상업체의 사업 부문별 전체 공사를 평균하여 산출한 것은 ‘시가’로 인정될 수 없다는 입장으로(대법원2024두58609, 2025.2.13. 등), 조사청이 쟁점용역의 ‘시가’를 제시하기 위해서는 유사한 개별 용역거래를 추출하여 개별로 평가하였어야 하는데, 조사청은 무려 5개월 간 진행된 세무조사에서도 쟁점용역과 ‘유사한’ 용역을 선별하지 못하였다.

가령 조사청은 세무조사 과정에서 IT서비스 업체 5곳(한국후지쯔, K, 대보정보통신, 인성정보, 유니포인트)을 임의로 선별한 다음, 위 업체들이 C 및 쟁점용역과 구체적으로 어떠한 유사성이 있는지 밝히지 못한 채 단순히 위 업체들의 ‘시스템 운영 및 유지보수’에 대한 매출액 및 매출원가를 조사한 다음 이를 기초로 원가가산율을 계산하여 쟁점용역의 ‘시가’를 산정하였다.

그 밖에도 조사청은 ｢법인세법｣에서 규정하는 용역제공의 ‘시가’ 계산방식을 정확히 적용하지도 않았고, 이에 대해 청구법인 측에서 즉각 문제를 제기하자, 조사청은 해당 업체들의 ‘시가’ 주장을 철회하기도 하였다.

그러나 조사청은 세무조사를 종결할 무렵, 쟁점용역의 시가 산정을 위한 비교대상 업체라면서 다시 쟁점4개업체를 일방적으로 선정 하였는데, 어떠한 근거에서 쟁점용역의 시가가 될 수 있는지 구체적인 근거도 전혀 제시한 바 없다.

(2) 쟁점4개업체에 대한 요약

C이 수행하는 용역은 비즈니스 프로세스를 효율적으로 관리하기 위한 시스템(어플리케이션) 운영이 중심인데 반해, 청구법인 측이 사후적 으로 검증한 결과, 본건 비교대상 업체들은 대부분 어플리케이션 운영과는 무관한 인프라(통신장비, 컴퓨터 관련 판매/임대) 관련업을 수행하고 있고, 주요 거래처 중 청구법인들과 같은 업종은 포함되어 있지 않다.

(3) 쟁점4개업체는 쟁점용역의 비교대상업체가 될 수 없다.

(가)쟁점4개업체는 C 및 쟁점용역과 전혀 유사하지 않다.

쟁점용역은 국내 대형 건설사ㆍ석유화학사의 비즈니스 프로세스를 효율적으로 관리하기 위한 시스템(어플리케이션) 운영이 중심이나, 쟁점4개 업체는 이와 무관한 인프라(통신장비, 컴퓨터 관련 판매/임대) 관련업을 영위하고 있다.

따라서 주요 업종이 다른 쟁점4개업체가 청구법인들 규모의 대형 건설사ㆍ석유화학사에게 쟁점용역과 동일한 수준의 용역을 제공할 능력이 있을지 심히 의문이고, 특히 K, L, H의 경우 주요 거래처가 정부, 공공기관이고, 거래 분야도 공공, 국방, 교육, 방송통신 등으로 건설업과는 전혀 일치하는 면이 없으며, 일반적으로 정부, 공공 기관에 제공하는 IT 용역은 입찰을 통해 이루어지는데, 보통 최저가 낙찰제로 진행된다.

따라서 정부, 공공기관을 주요 거래처로 하는 업체들은 영업 이익률이 비교적 낮을 수밖에 없는바, 이들 업체들과 사기업을 주요 거래처로 하는 C은 제공하는 용역의 업종뿐 아니라 거래처 측면에서 보더라도 비교 대상 군으로 볼 수가 없는 것이다.

(나)조사청은 자의적인 방법(청구법인들에게 가장 불리한 방법)으로 쟁점4개업체를 선정하였다.

조사청은, SM용역의 적정 시가를 찾기 위하여 C이 청구법인들에 제공한 IT용역과 대응되는 원가를 산출하여 SM용역의 매출, 매출원가를 확인하였으며, 이후 ① C의 SM용역 분야인 ‘컴퓨터, 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업’을 영위하는 업체를 추출한 후 ② 감사의견이 부적정하고　특수관계 매출 비중이 10% 이상인 업체를 제외하였으며, ③ 추출한 업체의 사업보고서, 감사보고서, 홈페이지 등을 통해 실제 SM용역을 제공하고 구분 손익이 되어 있는 업체인지 확인하여 비교대상업체를 선정하였다고 주장한다.

이후 위 방법을 통해 선정된 4개 업체의 원가가산율을 계산한 후 통계학적으로 이상치를 제거하여 데이터 분석에 유의미한 사분위법(3/4)을 적용하여 4개업체의 원가가산율을 계산하였다고 밝힌 바 있다.

일반적으로 비교대상업체를 선별하면서 특수관계 비중을 제외할 때는 특수관계 매출액/매입액 비중을 종합적으로 고려하지, 조사청과 같이 특수관계 매출액의 비중만 고려하지는 않다.

또한 조사청은 추출한 업체의 사업보고서, 감사보고서, 홈페이지 등을 통해 실제 SM용역을 제공하고 구분 손익이 되어 있는 업체인지 확인하여 비교대상업체를 선정하였다고 주장하나, 일반적으로 IT기업들은 재무제표에 SI/SM용역을 구분하여 표시하지 않고, SI/SM용역은 일괄 제공 되어 전체로서 이익률을 계산하기 때문에 SM용역만 구분한 회사를 비교 대상업체로 선정한다면 그 범위가 지나치게 축소되어 오히려 왜곡된 이익률이 산출될 수 있다는 문제가 있다.

즉, 조사청 선정방법은 본건과 비교대상업체를 선별함에 있어 부정확한 선정방법이라 사료된다.

청구법인들은 조사청 선정방법에 일부 문제가 있다는 점을 확인 하고 조사청 선정방법과 대체로 동일하되, 일부 선정방식을 수정할 필요가 있는 부분을 정정하여 비교대상업체를 확인하여 보았다.

우선 특수관계 매출/매입 비중을 모두 고려할 경우, 쟁점4개업체 중 K과 L은 제외되었다.

또한 2023 사업연도 한 해의 총원가 가산율만 보더라도, 조사청이 선정한 쟁점4개업체의 경우 K은 4.7%, L은 4.1%, J은 5.3%, H은 1.0%으로 총원가 가산율이 상당히 낮은 것과 대비하여, 청구법인이 위 조건하에서 확인한 바로는 N가 21.1%, O이 20.0%, P는 42.0% 수준으로, 조사청이 발췌한 쟁점4개업체들과 총원가 가산율에 상당한 차이가 있었다.

이처럼 총원가가산율이 유의미하게 낮은 업체들이 비교대상업체로 선정된 것으로 보아, 비교대상업체 선정 시 조사청의 자의가 개입된 것이 아닌지 의문마저 드는 결과가 추출되었다.

즉, 쟁점4개업체는 C 및 쟁점용역과 전혀 유사하지 않을 뿐 아니라, 조사청 선정방법을 따라가 보더라도 납득하기 어려울 정도로 총원가 가산율이 유의미하게 낮은 업체들의 집합체인바, 쟁점4개업체를 쟁점용역의 비교대상업체라고 볼 수 없음은 명확한 상황이다.

간접비를 제외하더라도, 조사청이 업종과 거래기간, 거래 규모, 용역의 종류 등이 매우 다르면서 총원가가산율이 유의미하게 낮은 업체만 Cherry Picking 했는지 여부를 확인하기 위해, 조사청의 비교 대상 선정 방법대로 유사한 업체를 확인해본 결과, 2023 사업연도 한 해의 총원가 가산율(간접비 제외)만 보더라도, 조사청이 선정한 쟁점4개업체인 K은 22.4%, L은 21.3%, J은 29.1%, H은 9.6%으로 총원가 가산율이 상당히 낮은 것과 대비하여, 같은 조건을 적용할 경우 R가 34.7%, O이 31.9%, P는 101.4% 수준으로, 조사청이 발췌한 쟁점4개업체들과 총원가가산율에 상당한 차이가 있었다.

그 외에도 청구법인이 추가로 확인해 본 결과, Q는 3개년 (2021ㆍ2022ㆍ2023) 평균 88.7%, S는 28.7% 등으로 확인되는바, 조사청이 선정한 쟁점4개업체와 유사한 사업을 영위하는 법인 중에서도 훨씬 높은 총원가가산율을 보이는 법인들이 분명 존재하고 있다.

그럼에도 불구하고, 조사청은 총원가가산율이 유의미하게 낮은 4개 법인을 선별적으로 발췌하여 본건 거래의 시가 관련 비교대상 업체라고 주장하고 있으니, 그 신빙성이 현저히 떨어질 수 밖에 없는 상황이다.

요컨대, 조사청이 선정한 쟁점4개업체는 본건 거래와 직접적인 비교대상으로서의 유사성이 없을 뿐 아니라, 조사청이 선정한 방법대로 적용하여 보더라도 비교대상업체 간 원가가산율에 심각한 차이(H 9.6% ～P 101.4%)가 발생할 뿐이므로, 그 자체로서 본건 거래와 시가 관련하여 비교대상에 해당하지 않음이 확실하다는 점이 오히려 증명될 뿐이다.

따라서 조사청으로서는 총원가가산율이 유의미하게 낮은 쟁점4개 업체와, 그 외 청구법인이 조사청 선정방법대로 확인하였을 때 총원가 가산율이 28.7 내지 101.4% 수준에 있는 N, O, T, Q, S 등과 어떠한 점에서 근본적으로 차이가 있는지에 대해 입증하지 못한다면, 조사청이 선정한 쟁점4개업체의 총원가 가산율을 기초로 산정한 시가성에 심각한 문제가 있음이 더욱 확실시 된다고 할 것이다.

(다)조사청은 쟁점4개업체의 원가 등 산정 시 법인세법령이 정한 시가 산정방법을 적용하지 않았다.

｢법인세법｣상 용역제공의 시가 산정방법에 관한 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호는 다음과 같이 규정하고 있다.

위 규정에 의하면, ‘쟁점용역의 원가Ⓐ’와 ‘원가Ⓐ’와 ‘제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률Ⓑ’을 곱한 금액을 합한 금액Ⓒ을 쟁점용역의 시가로 볼 수 있다(Ⓒ = Ⓐ + (Ⓐ × Ⓑ)).

한편 위 규정은 ‘원가’의 정의를 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함)이라고 규정하여, 원가 산정 시 직접비뿐 아니라 간접비 까지 모두 포함할 것을 요구하고 있으나, 조사청은 쟁점4개업체의 ‘원가’ 산정 시 ‘간접비’를 반영하지 않았다.

즉, 법령이 정한 시가 산정방법을 적용하지 않은 것이며, 이에 대해 조사청은 쟁점4개업체의 간접비를 확인할 수 없었다거나, 간접비를 반영하는 대신 다른 청구법인에 유리한 지표를 반영하였으니 간접비를 반영 하지 않아도 무방하다고 주장할지 모른다.

그러나 위 규정은 납세자가 기초로 삼은 거래금액을 부인하고, 법령이 정한 방식으로 새롭게 시가를 제시하여 과세근거로 삼는 규정이기 때문에 조사청이 임의로 계산식을 만들어낼 수 없다.

만약 조사청이 비교대상업체의 간접비를 확인할 수 없었다면, 해당 업체들은 비교대상군에서 제외됨이 마땅하고, 조사청이 법령이 정한 방식과 다른 산식을 적용하여 조사청의 자의가 개입된 ‘시가’를 도출 하였다면 그 자체로 법령 위반이고, 이를 쟁점용역의 ‘시가’의 근거로 삼을 수는 없다.

(라)소결론

조사청이 선정한 쟁점4개업체들은 대부분 어플리케이션 운영 과는 무관한 인프라(통신장비, 컴퓨터 관련 판매/임대) 관련업을 수행하고 있고, 주요 거래처 중 청구법인들과 같은 업종은 포함되어 있지 않았으며, 통상 비교대상업체를 선별하면서 특수관계 비중을 제외할 때는 매출액/ 매입액 비중을 종합적으로 고려하여야 함에도 조사청은 그렇게 하지 않았을 뿐 아니라, 조사청이 선정한 비교대상업체들은 납득하기 어려울 정도로 총원가가산율이 유의미하게 낮고, 용역제공에 소요된 금액 중 간접비를 제외하여 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항에 따라 산정하지 않았다는 점 등을 볼 때, 조사청이 선정한 쟁점4개업체를 쟁점용역의 비교 대상업체로 그대로 사용할 수는 없는 상황이다.

처분청이 시가 산정을 위한 비교대상을 선정함에 있어서 업종과 거래기간, 거래 규모, 용역의 종류 등이 다를 경우 비교 대상으로 삼을 수 없음이 ｢법인세법｣ 및 기존 여러 선례 상 분명함에도, 조사청이 굳이 위 총원가가산율이 유의미하게 낮은 쟁점4개업체만을 Cherry Picking하여 비교대상업체로 선정한 이유는 오로지 앞서 설명한 바와 같이 위법하게 수집한 2024년 생성 이메일에 기재된 내용을 바탕으로 과세를 추진하기 위해 무리한 방식을 적용한 것으로 보일 뿐이다.

특히, 법원은 “유사한 개별 용역거래를 특정하여 수익률을 산출 하지 않고, 사업부문별 전체 용역 또는 유사하지 않은 거래를 포함한 산술 평균 수익률은 법령에 따른 보충적 시가 산정방법으로 보기 어렵고, 이러한 방식을 객관적이고 합리적인 방법으로 볼 수 없으며, 국제조세조정법의 정상가격 산출방법을 법인세법의 시가 산정에 그대로 유추적용할 수는 없다고 봄이 타당하다“는 취지를 분명히 하였는바(대법원2024두68609 2025.2.13.), 이러한 판례의 입장에 비추어 보더라도 조사청의 시가 산정 방식이 얼마나 자의적이고 법인세법상 시가 산정 방식에 위배되는지를 충분 하게 확인할 수 있다.

4)그 밖의 조사청 주장의 위법·부당성

가)쟁점용역에 참여한 외주인력 비율이 50%에 달하기 때문에 건설업 및 석유화학업 분야의 전문성이 없어도 된다거나, 청구법인이 외주업체와 직거래하면 된다는 등의 조사청 주장에 대하여,

(1)IT분야에서 외주인력을 활용하는 것은 지극히 자연스러운 일이다.

조사청은 쟁점용역을 제공하는 외주인력이 50%에 달한다는 점을 문제 삼았으나, IT업계에서 외주인력을 활용하는 것은 지극히 자연스러운 방식이며, IT기업들은 기술적 전문성을 바탕으로 자체 IT팀이 있음에도 외주업체에 IT업무를 위탁하는 경우가 많다.

① 대표적인 이유는 효율성 때문인데, IT기업들은 대체로 프로젝트 단위로 업무를 수행합니다.

만약 정규직 개발자를 대거 고용하였는데 프로젝트 종료로 일감이 줄어든다면 해당 인력들은 잉여인력이 되어 고정비용이 계속 소요될 수밖에 없는 반면 외주업체를 활용하면 필요할 때만 외주업체를 통해 서비스를 이용하고 비용을 지불하므로 고정비를 줄일 수 있다.

또한②IT외주를 맡기면 IT기업은 핵심 업무에 집중할 수 있으며, 이 경우 자체 인력은 기업 내부에서 제품 개발 및 기획에 집중하고, 인프라 관리나 기타 IT 지원 업무는 외주업체에게 위탁할 수 있다.

IT기업은 일반 기업으로부터 위탁받은 프로젝트성 용역도 수행 하지만, 기업의 핵심 기술 개발을 소홀히 할 수 없기 때문에 용도 및 상황에 따라 인력을 운영하는 것이다.

일례로 농협정보시스템은 2015년 1～6월 수주한 26건의 개발용역 중 무려 80%를 외주업체를 통해 용역을 공급한바, 쟁점용역에 외주인력이 약 50% 참여한 것은 정보시스템 업계 실무상 전혀 이상하지 않다[만약 IT기업들이 모든 인력을 정규직(자체) 인력으로 수행한다면, 인건비 상승 으로 인하여 결과적으로 용역대가가 폭등할 것은 자명한 사실이다].

쟁점용역에 참여한 외주인력 비율이 높기 때문에 C이 불필요 하다는 취지의 조사청 주장은 실무와 동떨어진 주장이다.

조사청은 쟁점용역에 참여한 외주인력 비율이 높기 때문에, 청구 법인이 외주인력과 직접 계약을 체결하면 되고 C은 불필요하다는 취지로 주장하나, 일반적으로 IT업체들은 시스템을 구축하면 자연스럽게 자신들이 구축한 시스템의 유지보수까지도 함께 수행한다.

본건 거래는 소위 ‘시스템 통합’이라 불리는 SI(System Integration) 용역을 통해 시스템을 구축한 다음, ‘시스템 유지보수’를 위한 SM(System Maintenance)용역을 제공한 거래이다.

물건을 제조한 제조업체에서 사후 A/S까지 수행하는 것과 동일 한데, 제조업체는 해당 물건의 모든 구조를 파악하고 있기 때문에 A/S까지 직접 담당하는 것이 훨씬 효율적이기 때문이다.

그렇기 때문에 IT기업들은 SI(시스템 통합)을 저가로 일단 수주한 다음, SM(시스템 유지보수)로 장기간 수익을 확보하는 구조로 사업을 영위한다.

SI 사업은 인건비, 외주비 등 초기 비용 부담이 크기 때문에 영업 이익률이 낮거나 적자지만, IT기업들 입장에서는 레퍼런스 확보 및 추후 SM계약을 위한 투자 성격을 지니고 있는 반면 SM 사업은 이미 구축한 시스템을 장기간 유지보수하는 것이므로, 인력 투입 방식이 정형화 되어 있고 리스크가 낮기 때문에 외주비율도 높은 편이다.

이러한 방식은 비단 C뿐 아니라, 대다수 SI업체들이 취하는 구조이다.

C은 본건 시스템을 구축한 SI사업자로서 쟁점용역을 염두에 두고 비교적 적은 마진을 보면서 SI 구축을 한 것인데, 쟁점용역의 외주 비율이 높기 때문에 C이 불필요하다는 조사청 주장은 IT업계의 운영 실무와 맞지 않은 것이다.

C이 쟁점용역 제공 과정에서 외주업체를 사용할지, 몇 %를 사용할지 여부는 청구법인들이 관여할 문제가 아니기도 하다.

청구법인들로서는 쟁점용역의 결과를 차질 없이 제공받기만 하면 족할뿐, C이 쟁점용역을 전체적으로 주관하고 쟁점용역 제공에 대한 모든 책임을 C이 부담하는 상황에서, C이 외주인력을 사용한다고 하여 청구법인들이 이를 금지할 이유가 없다.

쟁점용역 대금은 인건비(인원수)를 기준으로 산정되기 때문에, C이 외주인력을 활용하였다고 해서 청구법인들이 부담하여야 할 용역대금이 상승하는 것도 아니며, 청구법인들 입장에서는 본건 시스템을 가장 잘 아는 전문가인 C의 책임하에 쟁점용역이 안전하게 실시되면 족한 것이다.

다) C을 배제한 채 제3업체로부터 직접 용역을 제공받는다면, 쟁점 용역의 수준 및 결과가 담보되기 어렵다.

청구법인들이 C과 계약을 체결할 때는 용역의 과정 및 결과에 대해 C이 모든 책임을 부담하나 조사청이, 청구법인들이 직거래하였어야 한다면서 언급한 업체들은 C과 비교하였을 때 규모나 업종면에서 모두 유사하지 않기 때문에 청구법인들이 C을 배제하고 이들 업체들과 직거래 하기에는 위험부담이 너무 큰 상황이다.

특히 청구법인들과 같은 대형 업체의 경우 시스템 통합 용역이 대규모로 이루어지고 작업 내용도 상당히 복잡하고 어렵기 때문에, 청구 법인들이 구축한 시스템을 청구법인들의 관여나 지침 없이 제3의 업체가 단독으로 담당한다면 시스템에 활용된 기술 및 구조를 새롭게 숙지해야 하는 비용, 유지보수가 제대로 되지 않을 경우에 대한 위험 등이 추가로 발생하게 된다.

청구법인들은 이러한 추가 비용이나 위험을 부담할 이유가 없고, 무엇보다 C과의 30년간의 거래기간 동안 단 한 차례의 문제도 발생하지 않고 원활하게 시스템을 활용한 상황에서, 청구법인들이 굳이 C을 제외 하고 규모가 작은 외주업체와 직접 계약을 체결해야만 할 이유도 없다.

라)참고로, 국세청 역시 특정업체(L)로부터 10년 동안 NTIS 유지 보수 용역을 공급받은바, 전산시스템 유지보수에 있어 전문성이 고려되지 않아도 된다는 조사청 주장은 전산시스템 운영 현실과 동떨어진 주장으로 보인다.

조사청은 쟁점용역 공급 과정에서 외주인력이 참여하였다는 이유로, 건설업ㆍ석유화학 시스템 분야의 전문성을 존중하지 않아도 된다는 취지로 주장하는데 정작, 국세청 역시 특정업체로부터 10년 동안 NTIS 유지보수 용역을 공급받아 온 사실을 여러 기사들을 통해 확인할 수 있다.

국세청은 2010년부터 약 5년 동안 국세청 국세행정시스템을 구축 하였는데, 해당 시스템의 유지관리를 특정업체가 독점하고 있다는 지적이 있었다.

위 기사는, 일반적으로 공공기관의 입찰방식은 최저가 낙찰제로 진행되는데, 2019ㆍ2020년 경쟁 입찰 당시 L 컨소시엄이 최저가로 입찰하지 않았음에도 국세청은 L 컨소시엄과 사업을 진행하였고, 이에 대해 국회의 지적을 받았다는 내용이다.

참고로 L은 2016년 국세청 NTIS 유지보수 사업을 수주하면서, “세법 적용 등 업무 특성상 다른 기관과 민간 분야에서 유사 사업을 찾기가 힘들어 국세업무 경험이 풍부한 L이 적격성 평가에서 좋은 점수를 받았다”고 설명한바 있다.

위 국세청 NTIS 사례에서 볼 수 있듯이, 특정 분야의 시스템을 개발 및 유지·보수한다는 것은 해당 분야에 대한 상당한 전문성을 필요로 하는 일이며, 따라서 국세청도 2019ㆍ2020년 경쟁 입찰 당시, L 컨소시엄이 최저가 입찰을 하지 않았음에도 L 컨소시엄의 전문성 및 상당 기간 NTIS 시스템 유지보수업무를 담당하여 온 점을 고려하여 가장 적임자였던 L 컨소시엄에게 사업을 발주한 것이다.

특히 위 사례에서 L 역시 단독으로 NTIS 시스템을 유지ㆍ 보수한 것이 아니라 “컨소시엄”을 구성하여 유지보수 업무를 수행한바, 이와 같은 대규모 시스템 유지보수의 경우 주된 사업자를 두면서 외주 업체들과 협업한다는 사실 또한 확인할 수 있다[조사청의 논리대로라면 (국세청과 L이 특수관계에 있지는 않지만) 국세청은 L에게 고가로 용역을 공급받은 것이다].

따라서 쟁점용역 공급 시 C 외 외주인력이 사용되었기 때문에 청구법인들이 외주업체와 직거래하였어야 한다거나, 쟁점용역은 전문성이 불필요하다는 조사청 주장은 국세청 NTIS 사례만 보더라도 전혀 전산 시스템 운영 현실이 고려되지 않은 주장임을 확인할 수 있다.

나)청구법인들이 인건비 등급을 2단계로만 적용하여 C에게 고가 지급하였다는 취지의 조사청 주장에 대하여

조사청은 청구법인들이 인건비 등급을 기존 4단계에서 2단계로 조정하여 C에게 고가로 용역대금을 지급하였다는 취지로 주장하는데, 이는 전혀 사실이 아니다.

청구법인들이 C에게 지급한 2단계 등급을 4단계 등급으로 변환 하여 보면, 오히려 C에게 지급하여야 할 인건비 금액이 상승함을 확인할 수 있다.

요컨대 청구법인들과 C이 인건비 등급 조정을 통해 C에게 용역 대금을 고가로 지급하였다는 조사청 입장은 사실과 다르며, 그 결과값을 보더라도 입증되는바 본건 과세가 실제 데이터에 근거하였다기 보다 추측에 기반한 과세라는 점을 보여주는 사례라 할 것이다.

다)청구법인①이 G과 계약하면서 견적 대비 40%의 할인을 적용 하였지만, 본건 거래 시에는 17% 할인을 적용한 것은 문제라는 조사청 주장에 대하여

조사청은 청구법인①이 G과 직접 계약할 때는 견적 대비 40%의 할인을 적용하였지만, 본건 거래 시에는 17%의 할인을 적용하였기 때문에 쟁점용역 대가가 고가라는 취지로 주장한다.

우선, G은 쟁점용역과 같은 SM용역 공급업체가 아니다.

조사청이 언급한 위 G과의 계약은 청구법인①과 G이 플랜트 배관 자동화 관련 공동연구개발 용역을 수행한 것인데, 청구법인①과 G은 인력을 공동으로 투입하되 청구법인①이 G에 비해 비용을 추가 부담하였기 때문에 할인율을 40% 적용하여 계약하였다.

본건 거래와 G과의 거래는 성격이 다르다는 뜻이다.

5)U(청구법인②)의 경우

가)청구법인②는 대부분 청구법인①과 사실관계 및 주장이 동일하나,

(1)청구법인②는 쟁점용역 대가 산정 시 ‘객관적인 지표’인 한국소프트웨어 산업협회가 ｢소프트웨어진흥법｣ 제10조제3항제4호에 따라 매년 공표하는 직전연도 ‘소프트웨어사업 대가기준(서비스 단가)’를 그대로 적용하여 금액을 정하였다(2021ㆍ2022년).

(2)2023년의 경우 한국소프트웨어산업협회가 공시한 금액(인상률 6.9%) 보다 오히려 낮은 수준인 4.9%의 인상률만 적용하여 계약을 체결하였다.

나)조사청은 청구법인②가 인건비를 2단계로 구분·적용하였다고 주장 하나, U은 한국소프트웨어산업협회가 공시한 서비스 단가 자체를 적용하였고, 단계별 인건비를 적용하지 않았으므로, 조사청은 사실관계를 잘못 파악한 것으로 보인다.

다.절차적 하자에 관한 주장

1) 본건 세무조사의 범위

조사청은 2024.9.25.부터 2025.2.11.까지 청구법인들에 대한 법인통합 조사를 실시하였고, 조사대상 사업연도는 2021사업연도부터 2023사업연도 까지이며 C 역시 청구법인들과 조사대상 사업연도가 동일하다.

2)조사청은 세무조사 과정에서 본건 세무조사 대상 사업연도 외의 자료인 C 소속 직원들의 내부 이메일을 아무런 법적 근거 없이 확보하였고, 본 건 청구법인들의 과세전적부심사청구에 대한 답변서(이하 “조사청 답변서”라 한다)에 과세를 정당화하는 근거자료로 활용하였다.

이 이메일은 발신일이 2024.1.16.이고, 이메일 내용도 청구법인들에 대한 조사대상 사업연도와 직접 관련 없는 “IT사업부 24년 프로젝트에 대한 회계팀 내부거래 심의의견”으로 청구법인들과 C의 조사대상 사업연도를 벗어나 있음이 분명하게 확인된다.

3)조사청이 C의 세무조사 과정에서 조사대상 외의 기간에 작성된 자료를 예치한 다음, 해당 자료를 청구법인들에 대한 과세의 근거로 삼은 것은 중대한 절차적 하자에 해당한다.

가)세무조사권 남용에 관한 국세기본법 규정

      ｢국세기본법｣은 ‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야’한다고 정하면서 조사권의 남용을 금지하고 있으며(｢국세기본법｣ 제81조의4제1항), ‘세무 공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부 등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부 등의 제출을 요구해서는 아니된다’고 규정하고 있다(｢국세기본법｣ 제81조의4제3항).

      또한 ｢국세기본법｣에 따르면 세무공무원은 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서만 장부 등을 일시보관 할 수 있다(｢국세기본법｣ 제81조의10제2항).

      이러한 ｢국세기본법｣의 규정 체계에 따른다면, 세무공무원이 세무 조사에 필요한 최소한의 범위를 넘어서거나, 조사대상 세목 및 과세기간과 직접 관련이 없는 장부 등의 제출을 요구하는 경우 이는 조사권의 남용에 해당된다.

나)｢국세기본법｣ 제81조의4제3항의 입법 취지 등

     ｢국세기본법｣ 제81조의4제3항은 2017.12.19. 신설되었는데, 해당 규정이 신설되기 전에도 ｢국세기본법｣은 납세자의 권익 보호 등을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 실시하도록 하고, 명백한 조세 탈루 혐의가 있는 등의 경우 외에는 재조사를 금지하는 등 세무조사권 남용금지 원칙을 규정하고 있었다.

그러나 이러한 원칙에도 불구하고 세무조사 과정에서 무차별적으로 장부 등의 자료 제출을 요구하여 납세자에게 과도한 부담을 야기하고 있다는 지적이 지속적으로 제기되자, 세무조사와 관련 없는 장부 등의 제출요구를 명시적으로 금지하여 세무조사권 남용금지 원칙이 보다 철저히 준수될 수 있도록 하고, 만약 세무공무원이 조사대상 외의 사업연도의 자료 제출 요구를 하고 그에 근거하여 과세처분을 하는 경우 납세자가 그 위법성을 다툴 수 있도록 하기 위해 ｢국세기본법｣ 제81조의4제3항이 신설되었다.⁴⁾

다)조사청이 C의 세무조사 과정에서 C의 동의 없이 조사대상 사업연도 외의 자료를 예치한 것은 ｢국세기본법｣에서 금지하는 세무조사권 남용에 해당한다.

(1)C에 대한 세무조사의 절차적 위법 사유

조사청은 C의 동의 없이 조사 대상사업연도가 아닌 2024년도의 사업부 수익률과 관련된 내용이 기술된 2024년에 작성된 이메일 자료까지 함께 예치대상에 포함하여, 이에 대해 C은 즉각 이의를 제기하였고, 조사청은 조사대상 사업연도 외의 자료는 삭제하겠다는 답변까지 하였으나, 조사청은 실제로 삭제하지 않고 임의 보관한 것에 그치지 않고, 과세의 근거로 삼았다는 점이 확인되었다.

앞서 본 ｢국세기본법｣ 규정에 의하면, 조사청이 C의 조사대상 사업연도 외의 자료를 C의 동의 없이 예치한 행위는 ｢국세기본법｣ 제81 조의4 제3항에 정면으로 위배됨이 명백하다.

(2)적법절차의 원칙은 세무조사권 행사에서 마땅히 준수되어야 한다.

(가)대법원은 세무조사의 남용을 금지하는 위 조항의 법규적 효력을 인정하는 입장에서, ｢국세기본법｣ 제7장의2에 규정된 세무조사 절차와 관련된 법률을 명시적으로 위반한 경우에는 중대한 절차 하자를 인정하면서, ‘｢국세 기본법｣ 제81조의4제1항을 위반한 조사권 남용의 경우 세무조사는 위법하고 과세처분 역시 위법하다’고 판시하였고(대법원2016두47659,2016.12.15.), 세무 공무원 세무조사권의 행사에서도 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 한다.”고 보아(대법원 2012두911 2014.6.26.), 세무조사에 대해서도 적법절차의 원칙이 지켜져야 한다는 확립된 입장에 서 있다.

(나)이를 종합하면, 세무조사에 있어 적법절차의 원칙은 단순히 형식적인 차원에서만 지켜지면 충분한 것이 아니고 반드시 실질적으로 보장되어야 하며, 이를 통하여 절차의 적법성뿐만 아니라 절차의 적정성이 지켜져야 함을 알 수 있다

(3)조사청이 세무조사 개시통지서에 명시한 ‘조사대상 외의 기간의 자료’를 C의 동의 없이 예치한 행위는 적법절차 원칙에 심각하게 위배 된다.

(가)세무조사는 그 목적을 달성하는 데 최소한의 범위에서 납세자의 동의와 승인을 전제로 하여 이루어지는 임의조사의 성격을 가지는바, 단순한 세무조사 절차에서 조사 상대방의 동의나 승인에 의하지 아니한 강제수사 및 조사의 일종인 압수·수색은 허용되지 않는다(대구지방법원 2018구합23284 판결⁵⁾ 등).

따라서 세무공무원이 자료를 예치하기 위해서는 납세자의 동의나 승인이 필요하고, 납세자가 조사기간 외의 자료를 예치하는 것에 부동의 하면서 삭제를 요청하였다면 조사청은 해당 자료를 예치할 수 없으며, 만약 이미 예치가 된 상태라면 반드시 삭제를 해야 하고, 과세의 근거로 삼을 수 없다. 특히 예치된 자료가 조사대상 기간 외의 자료라면, 납세자의 동의 없는 예치의 위법성은 더욱 중대하게 된다.

라)C의 동의 없이 조사대상 사업연도가 아닌 2024년 이메일 자료를 수집하여, 청구법인의 본건 과세의 근거로 활용하는 것 역시 적법절차의 원칙에 위배된다.

(1)C에 대한 위법수집증거는 청구법인의 과세자료로도 사용할 수 없다.

(가)앞서 언급한 것처럼, 조사청은 C의 동의 없이 조사대상 사업 연도와 관련 없는 이메일을 위법하게 수집하여 곧바로 거래상대방인 청구법인에 대한 과세근거로 사용한바, C과 청구법인 모두 조사대상 기간이 2021 사업연도부터 2023 사업연도까지로 동일한 상황에서 2024년 이메일 자료에 기초한 본건 과세 역시 절차적 하자가 중대하다.

(나)특히 해당 이메일 자료는 청구법인이 전혀 개입되지 않은, C의 공식 문서가 아닌 직원 개인 의견이 반영된 내부 검토 이메일에 불과하며, 이메일 내용 또한 2024년과 관련된 내용인바, 해당 이메일 내용이 곧바로 청구법인이 C에게 고가로 용역대금을 지급하였다는 근거가 되는 것도 아니다. C의 원가 정보를 확인할 수 없는 청구법인으로서는 C과 매년 협상을 거쳐 합리적인 수준에서의 용역대가를 지급했다고만 생각 하였을 뿐이다.

(2)C에 대한 세무조사에서 위법하게 수집한 증거를 기초로 청구 법인의 과세의 근거를 확보한 것은 일종의 ‘독수독과(毒樹毒果)’로서, 적법 절차 원칙에 위배된다.

(가)C에 대한 세무조사 대상 기간 외에 생성된 자료를 C의 동의도 없이 예치한 것은 ｢국세기본법｣ 제81조의4 등 규정에 위배되며, 이는 형사소송절차에서 위법수집증거와 그 실질이 동일하다.

이와 관련하여, 최근 대법원은 A에 대한 위법수집증거를 기초로 얻은 2차 증거를 B에 대한 유죄의 증거로 사용할 수 없다는 점을 재차 확인하였는데, 구체적으로 A와 B사이의 카카오톡 대화가 담긴 B의 휴대폰 압수수색 과정이 위법하다면 1차적 증거인 휴대전화 내 전자정보 역시 위법수집증거로서 증거능력이 없고, 이를 기초로 수집된 2차적 증거를 A의 유죄의 증거로 사용할 수 없다는 취지이다(대법원 2024도12689 2025.1.9.).

(나) 본건의 경우 조사청은 C에 대한 세무조사 과정에서 위법하게 획득한 2024년 이메일 자료를 토대로 청구법인과 C 사이에 고가 용역거래가 있었던 것으로 의심한 다음, 해당 이메일에 기초하여 청구 법인에 대한 세무조사 과정에서 C에게 지급한 2021 사업연도부터 2023 사업연도까지 용역 대금이 적정하지 않았을 것이라는 근거로 활용한 것으로 보인다.

(다)특히 청구법인과 C 사이의 본건 거래는 무려 30년 동안 동일한 방법으로 이루어졌고, 그 동안 단 한 차례도 국세청의 지적을 받은 바가 없었으나, 그럼에도 본건 세무조사에서 조사청이 갑자기 고가 용역 거래로 문제 삼은 것은 C의 2024년 이메일 자료가 확인되었기 때문으로, 조사청이 해당 이메일 자료를 토대로 청구법인에 대한 무리한 과세를 추진한 것이 비교적 명백한 상황이다.

(3)절차적 하자가 존재함이 분명한 이상, 쟁점 이메일 내용을 배제 하고 과세처분이 가능하다고 상정하더라도 무효한 과세처분에 해당된다.

대법원 판례 및 ｢국세기본법｣ 제81조의4제3항의 입법 경위 등에서 확인한 것처럼, 세무조사권 남용금지의 근거 규정인 ｢국세기본법｣ 제81 조의4를 위반한 세무조사는 위법하고, 과세처분 역시 위법하다.

3)소결론

    본건 과세예고통지는 실체적 하자도 중대할 뿐만 아니라, 조사청이 과세의 근거를 뒷받침하기 위하여 위법하게 수집된 이메일을 활용한 이상 절차적 하자 또한 존재함이 명백하므로, 본건 과세예고통지는 전체적으로 무효(위법)하다고 할 것이다.

라.결론

청구법인과 C은 쟁점용역의 시가라는 것이 존재하기 어려운 상황 에서, 가장 객관적인 지표이자 일반적으로 활용되는 한국소프트웨어 협회에서 고시한 인건비(표준단가)를 활용하여 쟁점용역 대가를 매년 협상 하여 왔다.

이에 무려 30년에 걸친 본건 거래 동안, 쟁점용역대가에 대해 단 한 차례도 국세청의 지적을 받은 사실이 없다.

또한 청구법인의 규모나 업종, 쟁점용역의 성격 등과 유사한 사례 로서 “G건설사–L업체(비특관자)” 사이의 SM용역 공급계약 시 인건비 수준 (2021～2025)을 고려하더라도, 쟁점용역 대금 산정의 기초가 되는 인건비와 유사하거나 오히려 본건 인건비가 다소 낮은 수준인바, 이와 같은 실제 비교대상 수준에 있는 사례를 배제한 채 본건과 전혀 유사하지 않은 사례들을 들면서 쟁점용역 대금이 고가라고 주장하는 것은 비합리적이라 사료된다.

특히 국세청은 국세행정시스템(NTIS)에 대한 유지·관리 계약도 실제 진행해 본 입장으로, 비교적 고가의 IT업체와 8년 동안 시스템의 유지·관리 계약을 체결하여 온바, 특정 분야의 전산시스템에 대한 전문성·보안성 등이 얼마나 중요한지 잘 아실 것으로 사료된다.

그러나 본건에서 조사청은 C과 규모 및 업무 내용이 전혀 다른 쟁점4개업체를 쟁점용역의 비교대상업체로 선정하였는데, 해당 업체들의 선정방법에도 문제가 있을 뿐 아니라, 시가 산정과 관련하여 관련 법령이 정한 원가 산정방식을 그대로 적용하여 금액을 계산하지도 않은 위법 또한 있다.

“거래 당사자들이 객관적인 지표를 활용하여 매년 협상을 거쳐 정해진 쟁점용역 대가(실제 동종 건설사가 지급한 인건비와 유사하거나 오히려 낮은 수준)”와, “C과 주요 업종이 다르고, 청구법인 규모의 대형 건설사 에게 쟁점용역과 동일한 수준의 용역을 제공할 능력이 있을지 심히 의문인 쟁점4개업체들을 동일 군으로 묶어 조사청이 자의적으로 산정한 금액” 중 어느 것이 더욱 합리적인 금액인지에 대해 부디 면밀히 살펴 주시어 부당한 과세가 이루어지지 않도록 하여 주시기를 부탁한다.

이상과 같은 이유로 본건 과세예고통지는 위법·부당하므로, 본건 과세예고통지를 취소하여 주시기 바란다.

3. 통지관서(조사청) 의견

가.조사청이 조사대상 사업연도외의 자료를 수집하여 과세근거로 삼았다는 주장은 타당하지 않다.

1)조사청이 과세의 근거자료로 삼은 이메일 자료가 2024년 1월에 작성된 문서이기는 하나, 그 내용은 조사대상 기간 내 C의 IT사업부 SM영업 이익에 대한 논의를 다루고 있으므로 해당 자료가 임의적으로 조작된 자료가 아닌 객관성 및 신빙성이 인정되는 자료임이 확인되는 이상 세무조사에 충분히 활용할 수 있는 자료이며, 일시보관 동의서에도 C은 조사청에서 실시하는 세무조사와 관련하여 장부·서류를 일시보관하는 것에 대해서 동의한 바 있다.

    또한, 조사청은 착수 당일 C과 일시보관 예치 범위와 관련하여, 법정신고기간 마감일인 조사대상연도의 다음 해 3월 말일(법인세 국세부과 제척기간 기산일)까지를 전산자료 일시보관 대상기간으로 구두로 합의하여 약 한 달 동안 조사팀 담당 조사관이 세무대리인과 C 직원의 입회하에 조사청에서 확보한 전산자료에 대한 보안정책을 C의 사업장에서 해제 하기도 하였다⁶⁾[C 회사 내부 보안 정책상 회사 보안프로그램 (DRM) 으로 C에서 작성된 문서에 대한 보안정책을 해지하지 않는 이상 해당 전산자료를 볼 수가 없음].

2)이 외에도 조세쟁송(행정소송)과 그 목적과 성질이 엄연히 다른 형사 소송에서 요구되는 엄격한 적법절차 원칙의 수준을 세무조사 과정에 적용하여 일부 청구법인들이 주장하는 위법 사실이 있었다는 사유만으로 당해 처분을 취소하기는 어렵다는 것이 기존 심판례로도 확인할 수 있는바, 일부 미미한 자료가 존재하는 이유만으로 일시보관에 동의한 C에 대한 세무조사의 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어렵다(수원지방법원 2018 구합69975판결, 조심 2018구1162 등).

3)마지막으로 청구법인들이 주장하는 2024년 생성된 이메일 자료는 조사 기간 동안 C의 확인하에 해당 이메일 자료를 가져온 것이며, 이와 같은 행위가 실질적으로 전혀 조사가 없었던 경우와 같거나 선량한 풍속 기타 사회질서에 위반되는 방법으로 과세처분의 근거가 되는 자료를 수집한 것이라고 보기 어려우므로 세무조사결과통지 처분 자체가 위법하다고 보기 어렵다(청주지방법원 2023구합52661 판결 등).

4)따라서 청구법인들은 ‘필요 최소한의 범위’ 또는 ‘조사권 남용’이라는 불확실한 개념을 사용하여 중대한 절차적 하자에 대해 주장하고 있는바, 이는 근거 없는 주장이다.

나.사실관계

1)특수관계법인 C에게 지급한 IT운영비 지급 관련

청구법인들과 청구법인들의 관계사인 C은 IT운영계약을 맺고 있으며 각각의 서비스에 대하여 다른 방식으로 단가를 산정하고 있고, 조사대상 기간 중 매년 단가의 변동이 있을 뿐 동일한 방식으로 계약을 하였으며, 청구법인① 계약기간은 각 연도 3월 1일부터 차년도 2월 말까지로 연도별 실지급액과 계약금액의 차이가 있다.

C은 청구법인들에게 용역을 제공하기 위해 절반에 가까운 인력을 외주업체로부터 조달하였고, 이 과정에게 외주업체에게 지급한 금액과 청구 법인에게 제시한 견적을 비교해 보면 청구법인은 C의 원가에 약 100%에 가까운 마진을 붙여 지급한 것으로 확인되며, 청구법인들은 외주업체와 직접 계약할 수 있음에도 C을 통해 계약하였다.

청구법인①은 C 이외에 특수관계가 없는 타법인과도 계약을 통해 IT 용역을 제공받은 사실이 있으며, 용역공급업체 중 ㈜G과의 계약 시 견적 대비 40% 할인을 적용하여 직접 계약⁷⁾한 사실도 확인된다.

C이 청구법인①에 제공하는 기성고 조서를 확인한바, SM용역 인력 중 50% 이상의 인원은 외주인력으로 확인되며, C 건설IT팀 팀장 V은 문답 시 조사팀의 외주인력 투입비율에 대한 질문에 외주인력 투입비율은 매년 50% 정도로 매년 거의 유사하다고 답한 사실이 있다.

청구법인들과 C의 용역계약 거래 중 ‘IT시스템 운영 및 유지보수 (SM용역)가 쟁점이 되는 거래이며, IDC 사용료와 코러스 서비스 사용료는 단순히 사용자 수와 장비의 수량에 따라 청구되는 것으로 SM용역에는 해당되지 아니하여 쟁점거래에서 제외되었다.

청구법인①은 C과 계약을 체결하고 매월 기성고 조서에 따라 C에 용역대가를 지급하였고, 조사대상 기간 중 청구법인①이 C에 지급한 쟁점 금액은 45,594,705,155원과 그 외 추가적으로 정산하여 지급한 152,760,163원을 포함하여 총 45,747,465,318원을 지급하였다.

청구법인①은 쟁점거래 시 건설·플랜트 동종사들의 계약단가를 조사하여 쟁점용역 대가의 적정성을 확인하고 이를 C과 가격협상에 유리하게 활용하는 등 다양한 노력을 기울여 용역대가를 산정한 것이라고 주장하고 있으나, 납세자의견서를 검토한바 동종사들의 인건비만을 참고한 것으로 확인되고, 단가 구분을 위한 세부 등급은 두단계로 정해진 것으로 확인되며, 동종사가 SM용역만을 제공하는지 그 외 용역을 함께 제공하였는지는 확인 되지 않는다.

청구법인①은 납세자의견서에서 C과의 용역대가 산정을 2019년 한국 소프트웨어산업협회에서 공표하는 소프트웨어기술자 평균임금을 적용하여 산정한 직접인건비에 간접비를 더한 인건비 단가에 할인율(약 17%)를 적용한 계약단가로 계약하여, 이후 매년 동종사들의 소프트웨어 기술자 ①평균 임금인상률, ②한국소프트웨어산업협회에서 공시하는 기술자 평균 임금인상률, ③통계청이 작성하는 생산자 물가지수를 참고하여 매년 계약을 갱신 하였다고 밝혔다.

또한, 청구법인①은 2021년 건설·플랜트 동종사들의 계약단가를 조사하여 거래가액의 적정성을 확인하고, C과 가격협상에 유리하게 활용하려는 등 다양한 노력을 기울이고, 이러한 동종사 단가 조사를 통해 매년 C과 가격협상을 통해 합리적으로 거래가액을 산정하고 있다고 주장하고 있다.

이에 더하여 청구법인①은 C이 오랜기간 청구법인 및 계열사의 전산 용역을 수행해왔고 청구법인의 IT시스템을 안정적으로 운영하고 오류 발생 시 신속·정확히 대응할 수 있는 업체가 C 외에는 없는 상황으로 청구 법인의 필요에 의해 C과 계속 거래할 수밖에 없는 상황이라고 설명하고 있다.

하지만 기성고 조서 및 C 건설IT의 팀장 V의 진술⁸⁾에 의하면 청구법인①에 용역을 제공하는 외주인력이 50% 이상으로 확인되는바, SM용역에 대하여 반드시 C을 통해 외주법인의 인력을 관리하고, C 에게 대금을 지급해야 하는지는 의문이 들 수밖에 없다.

다.조사청 의견

1) 쟁점용역은 ｢법인세법｣ 제52조의 부당행위계산의 부인에 해당한다.

｢법인세법｣상 부당행위계산부인을 적용하기 위한 과세요건으로는거래당사자들이 조세법상 특수관계에 있는 자에 해당하여야 하며 경제적 합리성을 무시하여 감소된 조세부담이 있어야 한다.

여기서 대법원은 부당행위계산부인에 있어서 조세회피의 목적이나 의도가 있어야 한다는 주관적 요건이 필요 없다는 입장을 취하고 있는데 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우라 함은 법인이 행한 거래행태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻하는 것이므로 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 부당 행위계산에 해당하는 것은 아니라고 판시하였다(대법원 1996.7.12. 선고, 95 누7260 판결 유사).

이러한 부당행위계산에 있어서 부정행위와 달리 조세부담의 회피에 관한 주관적 요건이 불필요하다고 보는 것은 부당행위계산은 실질과세 원칙에 터 잡아 있는 것으로서 공평과세의 원칙을 구현하기 위한 방편으로 보아 그 결과가 납세자에게 그다지 가혹하다고 보지 않기 때문인 것으로 보이며 부당 행위계산 제도는 법에서 열거한 요건을 충족한다면 과세가 가능하다고 볼 수 있다.

부당행위계산부인의 첫 번째 요건은 거래의 당사자가 ｢법인세법｣상 특수관계인에 해당해야 한다는 것으로서 ｢법인세법｣ 제2조제12호에서는 “‘특수관계인’이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배 관계 등 대통령령 으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다”라고 규정하고 있다.

하부 법령인 ｢법인세법 시행령｣ 제2조에서는 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배 관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”를 보다 구체적으로 열거하고 있는데 이 중 8항 7호에서 “해당 법인이 ｢독점 규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사”라고 규정하고 있는바, 청구법인들은 사업보고서 제출 시 지배기업을 C이라고 명시하였고, C 에서 인적 분할되어 설립된바, 특수관계인에 해당한다.

두번째로는 쟁점거래가 경제적 합리성이 결여되어야 할 것으로 여기서 경제적 합리성을 판단하는 구체적 기준이 무엇인가가 문제될 수 있는데, 이는 사회통념상 경제인으로서의 행위와 비교하여 불합리, 부자연스러운 행위계산이 부인의 대상이 된다는 것으로서 이에 세법은 기본적으로 행위 계산의 이념성을 경제적 합리성을 그 주체의 이념형으로서 합리적인 경제인의 존재를 각 전제하고 있다는 것이 그 바탕에 깔려있다고 보아야 한다.

특히 그 일차적 기준으로 고려되어야 할 것은 ｢법인세법｣ 제52조 제2항, ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항 등에서 규정하고 있는 ‘시가’로 보아야 할 것이다.

즉, 당해 거래가 시가와 부합한다면 다른 요소를 고려할 필요 없이 경제적 합리성이 있는 행위로 보아야 할 것이지만 시가와 상당히 차이가 나는 가액으로 거래가 이루어진 경우에는 당해 거래가 이루어진 경위 등 다른 사정을 종합하여 경제적 합리성 유무를 판단하여야 하여야 한다.

더 나아가 경제적 합리성을 시장경제 체제에서 기업의 최대목표인 이윤의 극대화 및 시장점유율의 확대를 말하는 것으로 풀이한다면 기업이 경제적으로 합리적인 이유 없이 용역을 시가보다 고가로 매입하는 행위는 경제적 합리성을 결여한 행위로 볼 수 있다.

청구법인들은 경제적 합리성을 결여한 고가의 용역대금 지급을 통해 ｢법인세법｣상 과세소득을 감소시키고 C에 이익을 분여하는 방식으로 법인세 부담을 감소시킨 사실이 확인되므로 쟁점거래는 부당행위계산부인 요건을 모두 충족한다.

구체적으로 살펴보자면, 청구법인①은 본건 거래 시 건설·플랜트 동종사 들의 계약단가를 조사하여 쟁점용역 대가의 적정성을 확인하고 이를 C과 가격협상에 유리하게 활용하는 등 다양한 노력을 기울여 쟁점용역 대가를 산정하였기 때문에, 청구법인①이 C에게 부당하게 과다한 용역 대가를 지급하였다고 볼 수 없다고 주장한다.

하지만, 청구법인①은 동종사의 원가가산율을 고려하지 않고 단순히 동종사의 인건비 계약단가만을 참고하였음이 납세자의견서를 통해 확인 되며, 청구법인①은 쟁점용역의 적정 시가를 산정하기 위한 평가를 하지 않았음이 확인된다.

실제 청구법인①이 비교대상으로 삼은 W건설에 SM용역을 제공 하는 W이노베이트(舊W정보통신)는 조사대상기간인 2021년에서 2023년의 원가 가산율은 28 내지 37%로 확인된다.

반면, 청구법인①의 원가가산율은 52 내지 53%로 확인되어 청구법인 ①은 단순히 인건비만 고려하였음이 확인할 수 있다.

또한, 동종사의 경우 3단계에서 5단계로 구분하여 직급·등급별로 인건비 차등단가를 산정하였으나, 청구법인들의 경우 단순히 관리자와 일반 2단계의 차등단가로 분류한 점, 동종사가 SM용역만을 제공하는지 SI용역을 함께 제공하는지 확인되지 아니한 점 등 충분한 고려가 이루어지지 않은바 경제적 합리성이 인정된다고 할 수 없다.

 C이 청구법인들에 제공하는 인력 상당수는 외주직원으로 확인되는데 C이 제출한 도급 외주비교표상 C이 계약하여 청구법인들에 제공하는 외주업체는 조사기간 중 변동이 크게 없고, C은 외주업체의 견적에 45% 이상의 마진을 붙여 청구법인들에 제공하고 있다.

또한, 청구법인①이 외주업체 중 한 곳인 ㈜G과 맺은 플랜트 계약서⁹⁾를 검토한바, 견적 대비 할인율을 40%를 적용하여 계약한 것으로 확인되나, C과는 2019년 계약 시 한국소프트웨어산업협회에서 공표하는 기술자 평균임금에서 약 17% 할인율을 적용하여 계약한 이후 2020년 3% 인상, 2021년 인건비 동결, 2022년ㆍ2023년은 각 5%의 인상을 하였다고 납세자의견서에 의하여 답하였다.

청구법인①이 외주법인과 직접 계약한 사례 및 C의 도급 외주 비교표를 통해 살펴본바, 청구법인①은 외주업체와 직접 계약하였다면 원가를 크게 절감할 수 있었고, 실제 SM용역을 제공하는 ㈜G과 직접 계약을 맺은 사례가 있음에도 C을 통한 계약을 고집하여, 청구법인①이 C과 외주 법인 각각 계약하였을 때보다 높은 단가를 지급하고 있음을 확인할 수 있다.

  이와 같이 청구법인들과 C 간의 계약은 경제적 합리성이 없는 부당 행위거래에 해당한다.

2)쟁점용역에 대해 지급한 대가는 적정한 시가가 아니다

청구법인①은 건설·플랜트 동종사들의 계약단가를 조사하여 용역대가의 적정성을 확인하고 이를 C과의 가격협상에 유리하게 활용하는 등 다양한 노력을 기울여 용역대가를 산정하였기 때문에 부당하게 과다한 용역대가를 지급하였다고 볼 수 없다고 주장하나, 이는 적정한 시가로 볼 수 없다.

청구법인들은 쟁점용역의 적정 시가를 산정하기 위한 평가를 하지 않았고, ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항에 따르면 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’ 라고 규정되어 있으며, ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호에서는 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역 제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 비율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액으로 규정하고 있다.

하지만 청구법인들은 특수관계자인 C과 거래하면서 적정 시가를 평가받은 사실도 없으며, 유사한 제3자 간 거래를 참고하지도 아니한바 적정 시가에 해당된다고 볼 수 없다.

또한, 앞에서 서술한 바와 같이 C의 이익률이 시가 대비 높다는 사실은 C 회계팀에서도 인지하고 있던 사실이 이메일 내용으로도 확인된다.

3) 조사청이 산정한 시가는 적정 시가에 해당한다.

쟁점용역과 같이 용역공급의 시가를 산정하기 위해서는 먼저 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항의 시가가 적용되어야 하며, 이러한 시가에는 특수 관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격을 포함한다.

이러한 시가가 불분명한 경우에는 감정평가사 등이 평가한 감정가액을 적용하고, 시가 및 감정가액이 없을 경우에는 ｢상속세 및 증여세법｣의 보충적 평가액을 적용하되 이러한 가액들이 모두 불분명하거나 없을 경우에 한해 조사청이 계산한 바와 같이 원가가산율을 통한 시가를 적용할 수 있다.

법원에서도 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항의 시가 및 감정가액 등을 알 수 없는 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호에 의한 보충적 평가 방법을 적용할 수 있다고 보고 있다.

또한 법원은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호에 의한 보충적 평가 방법을 적용할 경우 당해 용역과 유사한 용역제공거래에서 실현된 것을 그 요건으로 하고 있으므로 그와 같은 실례가 존재하지 않는 경우에는 당해 용역의 내용 등 제반 조건을 고려하여 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 산정한 수익률을 기준으로 산정한 가액도 시가로 볼 수 있다고 판시한 바 있다.

이에 따라 조사청은 SM용역의 적정 시가를 찾기 위하여 C이 청구법인들에 제공한 IT용역과 대응되는 원가¹⁰⁾를 산출하여 SM용역의 매출, 매출원가를 확인하였으며, 이후 ①C의 SM용역 분야인 ‘컴퓨터, 프로 그래밍, 시스템 통합 및 관리업’을 영위하는 업체를 추출한 후, ②감사 의견이 부적정하고 특수관계 매출 비중이 10% 이상인 업체를 제외 하였으며, ③추출한 업체의 사업보고서, 감사보고서, 홈페이지 등을 통해 실제 SM용역을 제공하고 구분 손익이 되어 있는 업체인지 확인하여 비교 대상업체를 선정하였다.

  이후 위 방법을 통해 선정된 4개 업체의 원가가산율을 계산한 후, 통계학적으로 이상치를 제거하여 데이터 분석에 유의미한 사분위법(3/4)을 적용하여 4개 업체의 원가가산율을 계산하였다.

청구법인①은 C이 건설·플랜트에 특화된 용역을 제공하기 때문에 타업체가 제공하는 일반적인 SM용역과는 다르다고 주장하는바, 기성고 조서로 확인되는 용역제공자 중 C 직원으로 확인되는 인원에 대하여 외주업체에 비해 건설·플랜트 사업에 특화된 전문성이 있다는 점을 고려 하여 한국소프트웨어산업협회에서 고시한 IT시스템 운용자와 IT지원 기술자의 인건비 차이율을 C 직원의 인건비에 가중치를 주어 가산 하였다.

조사청은 확인한 자료를 토대로 C의 원가에 비교대상 업체의 원가가산율(3/4분위)을 반영한 가액을 청구법인①이 특수관계인에게 최대한 지급할 수 있는 적정한 시가로 보아, 조사대상기간 중 적정 금액을 초과한 금액을 C에게 과다지급한 것으로 보아 과세예고를 통지하였다.

조사팀이 비교대상으로 삼은 업체들은 건설·플랜트와 관련한 SM용역을 전적으로 제공하는 사업자는 아니지만, 청구법인의 SM용역 인력 또한 50% 이상의 인력이 외주인원이라고 C의 IT직원이 문답서에 의하여 답하였고, 기성고 조서로 확인되는 인력을 보아도 실제 50% 이상의 인원이 외주 인력으로 확인¹¹⁾되는 등 비교대상업체와 청구법인①에 용역을 제공하는 C의 외주인력 간 전문성에 대한 유의미한 차이는 없는 것으로 판단된다.

또한, 청구법인들은 C이 청구법인들의 특성에 맞춘 용역을 제공 한다고 주장하는바, C 소속으로 확인되는 직원의 경우 건설·석유화학에 대한 전문성이 있다고 보아 해당 직원의 급여에 가중치¹²⁾를 주어 원가를 가산하여 주는 방식으로 차이를 조정하였고, 건설·석유화학 외의 용역을 제공하는 비교대상 SM용역 제공업체와 청구법인들이 C으로부터 제공 받은 용역거래의 유사성을 확보한바, 청구법인들의 주장처럼 조사청이 비교대상으로 삼은 업체와 C의 용역이 유사성이 없다는 주장은 타당하지 않으며 조사팀이 제시한 시가는 적정하다고 판단된다.

 청구법인들은 청구법인들이 시가의 적법·타당성을 문제 삼자 조사팀에서 쟁점용역의 시가를 종결 직전의 시가와 다르게 임의로 변경하였다고 하나, 이는 조사팀 자체적으로 보다 타당한 대가를 산출하기 위해 변경한 것일 뿐이다.

4) 조사청이 제시한 쟁점4개업체는 쟁점용역과 동일·유사성이 확보됨

가)청구법인들은 청구법인에 용역을 제공하는 C과 조사청의 비교 대상4개 업체가 주요업종 및 거래내용이 다르기에 비교대상이 될 수 없다고 하나, 조사청이 사업보고서 및 홈페이지 등을 통해 확인한 비교대상업체들의 업무분야는 다음과 같다.

위와 같이 비교대상업체들은 SM용역(System Management)을 제공 하고 있으며, 위 업체들이 전적으로 건설업에 관련된 용역을 제공하지는 않지만 이미 구축된 시스템을 유지보수한다는 측면에서 본다면 청구법인들이 C으로부터 제공받는 SM용역과 위 업체들이 제공하는 SM용역이 크게 다르다고 할 수 없을 것이다.

또한, 조사청은 보다 높은 유사성과 동일성을 확보하기 위해 기성고 조서에 확인되는 C 직원의 인건비에 가중치를 부여하였다.

나)조사청은 청구법인들에게 가장 불리한 방법으로 비교대상업체를 선정하지 않았다.

(1)조사청은 비교대상업체를 선정함에 있어서 ①C의 SM용역 분야인 ‘컴퓨터, 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업’을 영위하는 업체를 추출한 후, ②감사의견이 부적정하고 특수관계 매출 비중이 10% 이상인 업체를 제외하였으며, ③추출한 업체의 사업보고서, 감사보고서, 홈페이지 등을 통해 실제 SM용역을 제공하고 구분 손익이 되어 있는 업체인지 확인하여 비교대상업체를 선정하였다.

제3자 간 거래를 참고 시에 누구나 확인 가능한 자료를 바탕으로 비교대상업체를 선정하여야 하는바 감사보고서나 사업보고서 등을 통해 구분손익이 확인되는 업체를 선정한 것일 뿐, 청구법인들에게 불리한 방법 으로 비교대상업체를 선정한 것이 아니다.

(2)또한, 조사청이 특수관계 비중 시 매출만을 비교하였다고 하여 비교대상이 타당하지 않다고 하나, 비교대상업체의 특수관계거래 비중 계산 시 매출액과 매출원가를 모두 반영하여 계산한 비율은 다음과 같다.

 *영업과 무관한 기타수익 비용 등 제외

   비교대상 선정 시 일반적으로 특수관계 비율은 30% 이하를 적용 하지만 조사청은 보다 보수적인 방법으로 비율을 계산하였고, 청구법인들의 주장처럼 매출원가의 비중을 함께 고려하더라도 특수관계거래 비율은 15% 이하로 비교대상업체의 선정에 있어 문제는 없는 것으로 판단된다.

위 4개업체 외의 동일 업종군 중 비교대상업체로 선정되지 않은 업체는 위에서 설명한 바와 같이, 감사의견이 부적정하거나 특수관계 비율이 높은 업체, 또한 제3자 간 거래를 참고 시에 누구나 확인 가능한 구분손익이 되어 있지 않은 경우에 해당하여 제외되었다.

다)청구법인들은 조사청의 비교대상업체의 총원가가산율이 낮기 때문에 비교 대상으로 삼을 수 없다고 하나, 청구법인들이 예시로 든 업체들은 구분 손익이 되어 있지 않아 SM용역과 SI용역이 구분되지 않는바 비교 대상이 될 수 없다.

또한, 청구법인은 조사청이 간접비를 반영하지 않았다고 하나, 이 또한 잘못된 주장이다.

｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호에 따르면 ‘당해 용역제공에 소요된 금액(직접비와 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)’, 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률 (기업회계 기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)‘ 명시되어 있다.

기업회계기준에 따르면 매출원가의 구성은 직접재료비, 직접인건비, 간접비(시설 유지비, 감가상각비 등)가 포함되는 것이며, 그 외 용역의 제공과 관련 없는 영업비나 마케팅비, 본사 인건비 등은 매출원가에 포함 되지 않고 별도의 판매관리비로 분류되는 것이다.

이러한 기업회계기준에 따르면 법령에 기재된 직접비와 간접비는 매출원가를 의미하는 것이며, 조사청은 기업회계기준에 따른 직·간접비를 반영한 수익률에 따라 비교하였기에 청구법인들의 주장처럼 간접비를 반영 하지 않았다는 주장은 잘못된 주장이다.

라)청구법인들은 G-건설사와 L법인의 사례를 들어 청구법인들의 인건비가 적정하다고 하나 이는 2025년의 계약으로 조사대상기간인 2021년에서 2023년에 해당하지 않는 바 적절한 비교대상이 아니다.

라.결론

1)조사청이 조사대상 사업연도 외의 자료를 수집하여 과세근거로 삼았다고 하나 위에서 설명한 바와 같이 그 내용은 조사대상 기간 내 C의 IT사업부 SM영업이익에 대한 논의를 다루고 있고, 임의적으로 조작된 자료가 아니며, C과도 조사대상연도의 다음 해 3월 말일(법인세 국세부과 제척기간 기산일)까지로 전산자료 일시보관 대상기간으로 합의하였으며,

  C의 회사 내부 보안정책으로 인하여 조사청에서 전산파일 내용의 확인이 불가능한바, 약 1개월간 조사팀 담당조사관이 C 사업장에서 세무 대리인과 C 직원의 입회하에 조사청에서 확보한 전산자료(이메일 포함)의 보안정책을 해지한바 위법 자료를 통한 과세가 아니다.

2)청구법인들은 조사청의 비교대상이 잘못되었다고 하나 조사청은 비교 대상업체 선정 시 감사보고서 및 사업보고서 등으로 업무 분야가 확인되고 구분손익이 되어 있어, 누구나 확인 가능한 자료를 바탕으로 비교대상을 선정하였고, 법령에 따라 시가를 산정한바 조사청이 산정한 시가는 적정 시가에 해당한다.

3)이상의 조사청의 의견과 같이 청구인에 대한 소득처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1)조사청이 자의적이고 부당한 방법으로 쟁점용역의 시가를 산정 하였다는 청구주장의 당부

2)(쟁점① 기각시)조사청의 세무조사는 절차적 하자가 중대하여 본 건 과세예고통지는 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세 표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부 등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

2) 국세기본법 제81조의 10 【장부등의 보관 금지】

①세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙 조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다.

②제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의 6 제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다.

3) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산부인”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수 관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단 되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

 3-1) 법인세법 시행령 제2조【정의】

⑧법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

7.해당법인이 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

 3-2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

①법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정 되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7.금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결 납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

3-3)법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

②법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

④제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

2.건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액 에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

다. 사실관계

1)청구법인 및 청구인 기본사항

가)청구법인들 및 C의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

나)C그룹의 지배구조는 다음과 같다.

2)조사청이 통지한 세무조사 결과의 주요내용은 다음과 같다.

3)｢소프트웨어 사업대가기준 고시(지식경제부)｣는공공기관 및 민간에서 소프웨어 사업을 수행할 때 대가를 산정하는 기준과 방법을 명시한 것으로 2012년 2월 폐지되었으며, 이후에는 한국소프트웨어산업협회가 매년 “소프트웨어 사업 대가산정 가이드”를 공표하고 있으며, 공공기관 예산ㆍ집행 지침 등에 준용되고 있다.

 ※ 투입공수 : 소프트웨어 개발 및 유지보수 작업에 필요한 인력의 작업량을 시간단위로 표현한 것.
1인 1개월 전일 투입량을 Man-month(맨먼스)라고 표현하며, 흔히 1MM으로 표기

4)한국소프트웨어산업협회에서 공표한 2018년, 2020년, 2021년 적용 “SW기술자 평균임금”은 아래와 같다((2019년은 공표하지 않음).

5)청구법인들과 C의 IT운영계약 관련 서비스별 단가 산정 방식은 아래와 같다.

6)청구법인①은 C과의 용역대가 산정을 2019년 한국소프트웨어산업협회 에서 공표하는 소프트웨어기술자 평균임금을 적용하여 산정한 직접인건비에 간접비를 더한 인건비 단가에 할인율(약 17%)을 적용한 계약단가로 계약하고, 이후 매년 동종사들의 소프트웨어 기술자 평균 임금인상률, 한국소프트웨어 산업협회에서 공시하는 기술자 평균 임금인상률, 통계청이 작성하는 생산자 물가 지수를 참고하여 매년 계약을 갱신하였다는 의견서를 조사 시 제출한 바 있다.

한국소프트웨어산업협회는 2019년부터 등급별(4단계) 단가를 공표하지 않고 직종별 단가로 변경하였는데, 청구법인①과 C은 기존 등급별 단가 체계로 2019년 인건비 단가를 산정하였고 이를 기초로 물가상승률 등을 반영하였으며, 2019년 기준 총인원 구성은 96명(매니저 6명, 일반 90명)으로 기존 4등급 체계 기준으로 6명을 제외한 90명(특급 26명, 고급 26명, 중급 30명, 초급 8명)은 모두 일반 단가를 기준으로 적용하였다.

* 총 96명 중 6명은 특급 단가 17,641,220원, 90명은 기존 4단계 전체 금액을 산정한 후 인원수로 나눈 일반 단가 13,206,029원을 각각 적용하였음

쟁점용역 대금 산정 시 C의 기술자들은 2단계 체계로 등급을 구분하여 2021ㆍ2022ㆍ2023 사업연도의 쟁점용역 대금을 정하였다.

한국소프트웨어산업협회에서 게시한 2019년 SW기술자 임금실태 조사(통계승인 제37501호) 자료, SW사업 대가산정 가이드(2019년 2차 개정판) 에는 IT기술자의 월평균임금을 기준으로 한 간접비 반영비율을 공시하였는데, 청구법인①과 C은 해당 공시금액보다 다소 낮은 83% 내지 92% 수준 으로 쟁점용역대가를 정하였다고 한다.

7)청구법인②와 C은 매년 대외적으로 공시된 객관적인 자료인 한국 소프트웨어산업협회에서 공표하는 소프트웨어 기술자 평균임금(전년도)를 그대로 적용하여 계약대금을 산정하였다고 하며, 쟁점용역 대가에 포함된 ‘인건비’ 중 ‘운영관리’ 및 ‘개선관리’ 서비스와 관련하여, 2021ㆍ2022년의 경우 각각 직전년도(2020ㆍ2021년)에 공시된 서비스 단가를 그대로 사용 하였고, 2023년의 경우 한국소프트웨어산업협회는 직전연도의 서비스 단가에 6.9%의 인상률을 적용하여 공시하였으나, 청구법인②와 C은 4.9%의 인상률만 적용하여 거래를 체결하였다.

8)청구법인들은 건설사 및 석유화학사로서 업종 특성상 복잡한 시스템을 운영하고 있다면서 아래와 같은 시스템 구성도 등을 제시하였다.

9)아래 내용은 C이 제출한 ‘도급 외주 비교표’를 조사청이 정리한 것이며, C 건설IT팀 팀장 V의 진술에 따르면 외주인력 투입비율은 매년 50% 정도로 매년 거의 유사하다고 한다.

10)조사청은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제4항제2호¹³⁾에 의한 보충적 평가 방법을 적용하여 SM용역에 대한 시가를 다음과 같이 산정하였다.

가)조사청은 SM용역의 적정 시가를 찾기 위하여 C이 청구법인들에 제공한 IT용역과 대응되는 원가¹⁴⁾를 산출하여 SM용역의 매출, 매출원가를 확인하였으며, 이후 ①C의 SM용역 분야인 ‘컴퓨터, 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업’을 영위하는 업체를 추출한 후, ②감사의견이 부적정하고 특수관계 매출 비중이 10% 이상인 업체를 제외한 후, ③추출한 업체의 사업보고서, 감사보고서, 홈페이지 등을 통해 실제 SM용역을 제공하고 구분 손익이 되어 있는 업체인지 확인하여 비교대상업체를 선정하였다.

나)조사청이 비교대상업체를 선정하는 과정에서 검토하였던 ‘컴퓨터, 프로 그래밍, 시스템 통합 및 관리업’을 영위하는 업체 내역은 다음과 같다.

다)특수관계인인 C과 감사보고서 및 사업보고서, 홈페이지 등을 통해 확인된 유사 용역을 제공한 4개 법인의 매출액과 매출원가, 매출이익률, 원가가산율은 다음과 같다.