[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.2.11. 설립되어 2015.2.26.부터 울산광역시 남구 OOO 소재 A병원(이하 “쟁점병원”이라 한다)을 운영하면서 ｢의료법｣에 따라 적법하게 개설된 병원인 것처럼 국민건강보험공단을 기망하여 2015.3.24.～2018.10.24. 기간 중에 요양급여비용 OOO원을 수취한 혐의(「의료법」 위반)로 쟁점병원의 이사장이자 병원 설립․운영 등을 총괄한 비의료인인 B 등을 기소하였는바, B는 법원으로부터 유죄 판결(징역 4년)을 받았다.

나. 처분청은 2024.4.24.～2024.8.27. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 제공한 의료용역이 「부가가치세법」 제26조 제1항 제5호에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인에게 2024.6.3. 아래 <표1>과 같이 2017년 제1기 부가가치세 OOO원과 2024.11.11. 2017년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 총합계 OOO원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.

<표 삽입을 위한 여백>

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.26. 이의신청을 거쳐 2025.2.3. 심판청구를 제기하였다¹⁾.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인의 수입금액은 의사면허를 소지한 의료인의 적법한 진료에 따른 것이므로 이에 대해 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다. 「의료법」 위반 형사재판에서 쟁점병원이 속칭 ‘사무장병원’으로 밝혀졌더라도 B는 병원의 자금조달과 인사업무 및 행정업무를 주도하였을 뿐 진료행위를 하지 않았음을 확인할 수 있으므로 청구법인의 수입금액에 대해 부가가치세 과세대상으로 본 이 건 처분은 부당하다.

 (2) 가사 쟁점병원의 수입금액이 부가가치세 과세대상이라면 실제 쟁점병원의 운영자인 B를 납세의무자로 하여야 한다. 실질과세원칙에 따르면 처분청은 B가 쟁점병원을 운영하였다고 판단하고, B가 청구법인 명의를 차용하여 쟁점병원을 운영한 것이므로 B를 개인 사업자로 간주하여 부가가치세를 부과하여야 한다.

 또한, 청구법인의 진료수입금액이 부가가치세 과세대상이라면 이와 관련하여 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 공제하여야 한다. 매출만 과세하고 관련 매입세액을 공제하지 않으면 「부가가치세법」에 의한 사업자가 아닌 「소득세법」상 면세사업자가 면세사업에 공한 재화를 과세사업을 전환할 경우 잔존기간에 대해 수취한 세금계산서상 부가가치세에 대하여 매입세액으로 공제하는 법리에 반하게 된다.

 (3) 국민건강보험공단으로부터 지급된 요양급여는 국민건강보험공단의 요양급여 지급결정이 취소되지 않는 이상 부가가치세 면제대상이 아니라고 판단할 수 없다.

「부가가치세법 시행령」제35조에 따른 부가가치세 면제대상은 「국민건강보험법」상 요양급여 대상인지 여부에 따라 면세 여부를 판단하는데, ‘사무장병원’이라 하더라도 국민건강보험공단이 지급결정을 함으로써 요양급여 지급청구권을 갖고, 그 지급결정이 취소되지 않았다면 그 결정에 따라 지급된 요양급여는 법률상 원인 없는 부당이득이라고 할 수 없다고 판시하였는바(대법원 2020.9.3. 선고 OOO 판결), 국민건강보험공단의 지급결정이 취소되지 않은 요양급여를 처분청이 부가가치세 면제대상이 아니라고 판단할 수 없는 것이다.

 가사 국민건강보험공단으로부터 지급받은 요양급여가 부가가치세 과세대상이더라도, 국민건강보험공단으로부터 이 건 과세기간의 요양급여에 관하여 부당이득환수결정 통보를 받았는바, 부가가치세 과세대상이 없으므로 관련 부과처분을 취소하여야 한다.

 국세청 예규(서면-2017-법령해석 소득-OOO)에 따르면 ‘의료업자가 사업소득으로 신고한 금액 중 「국민건강보험법」제57조에 따라 환수되는 금액은 그 환수가 확정되는 날이 속하는 과세기간의 총수입금액에서 차감하는 것이며, 환수가 확정되는 날이란 환수결정 통지서가 해당 의료업자에게 도달한 날을 의미’하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

 (4) 처분청은 청구법인을 「부가가치세법」상 미등록사업자로 간주하여 부가가치세 무신고자로 판단하여 7년의 부과제척기간을 적용하였으나, 청구법인은 쟁점병원을 설립할 때 정상적인 절차를 통하여 울산광역시청의 허가를 얻어 고유번호로 사업자등록을 신청하여 「법인세법」에 따른 신고를 하였다. 단지 국민건강보험공단의 조사에 의하여 ‘사무장병원’으로 밝혀진 것이므로 이는 부득이한 정당한 사유가 있었으므로 5년의 부과제척기간을 적용해야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 「의료법」을 위반하여 개설된 의료기관이 제공한 의료용역은 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다. 「부가가치세법」제26조 및 같은 법 시행령 제35조에서 「의료법」에 따른 의사 등이 제공하는 용역을 부가가치세 면세대상 의료보건용역으로 규정하고 있는데, 이는 국민의 건강을 보호하고 증진하는 의료보건용역은 「의료법」에서 규정한 자격을 갖춘 자가 법률에 의하여 의료기관을 개설하여 의료서비스를 제공하는 경우에만 면세대상으로 하겠다는 취지로서, 부가가치세가 면제되는 의료보건용역은 「의료법」에 규정하는 의사가 공급의 주체가 되어 「의료법」에 따라 적법하게 제공하는 것을 의미한다.

 비의료인인 B가 청구법인을 실제 운영하고 의사를 고용하여 「의료법」 위반으로 형사처벌을 받은 이상, 청구법인이 제공한 의료보건용역은 부가가치세가 면제되는 용역으로 볼 수 없으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

 (2) 청구법인은 B를 납세의무자로 하여 부가가치세를 부과하여야 한다고 주장하나, B가 청구법인을 실질적으로 운영하였다고 하여 청구법인의 법인격을 부인할 수 없고, 의사면허가 있는 의료인들에 의하여 적법하게 의료행위가 이루어졌으며 수입금액의 대부분은 쟁점병원의 운영비용 등에 사용되었고, 일부 청구법인에서 B에게 유출된 금액은 이를 소득처분의 대상에 해당되는 것이고, 「의료법」 위반을 회피하기 위하여 청구법인의 명의를 차용한 것이므로 청구법인을 납세의무자로 한 이 건 처분은 타당하다.

 또한, 청구법인이 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 공제해야 한다고 주장하나, 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로서 사업자등록증을 교부받은 것은 「부가가치세법」제8조에 따른 사업자등록에 해당하지 않으므로 청구법인이 비영리법인으로 사업자등록을 하고 있던 기간 중 수취한 매입세금계산서는 「부가가치세법」제8조에 따른 사업자등록을 하기 전의 매입세액이므로 청구법인의 매출세액에서 공제 대상인 매입세액이라고 볼 수 없다.

 (3) 요양급여에 대하여 환수가 실제로 이루어지기 전까지 청구법인이 이미 지급받은 급여에 대해 경제적 이익을 향유했다고 볼 수 있고, 청구법인이 지급받은 급여를 반환하는 경우 후발적 경정청구를 통해 구제받을 길이 열려 있고, 이처럼 위법한 행위를 통해 얻은 이익에 대해 과세하지 않으면 적법한 거래행위보다 더 우대하는 결과를 초래하게 되어 조세정의에 어긋나는 점 등을 종합하여 보면, 국민건강보험공단으로부터 환수결정 통보를 받은 요양급여 역시 실제 환수가 이루어지기 전까지는 부가가치세 과세대상에 해당한다.

 (4) 「의료법」을 위반한 의료보건용역은 부가가치세 과세대상이고, 청구법인은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않았으므로 「국세기본법」 제26조의2 제1항에 따른 부과제척기간 7년을 적용한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 사무장병원인 청구법인이 제공한 의료보건용역에 대하여 과세대상으로 보아 관련 매입세액 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

①-1 (부가가치세 과세대상인 경우) 실질과세원칙에 따라 쟁점병원의 실제 운영자가 납세의무자라는 청구주장의 당부

② 국민건강보험공단으로부터 환수 결정된 요양급여(OOO원)는 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

③ 부과제척기간 7년을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2016.1.19. 법률 제13805호로 개정된 것)

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

(중략)

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

제43조(면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례) 사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

 (2) 부가가치세법 시행령(2016.8.31. 대통령령 제27472호로 개정된 것)

제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위) 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조 제3항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

 가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대ㆍ축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)

 나. 색소모반ㆍ주근깨ㆍ흑색점ㆍ기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술

 (3) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

 (4) 국민건강보험법(2018.12.11. 법률 제15874호로 개정된 것)

제57조(부당이득의 징수) ① 공단은 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람이나 보험급여 비용을 받은 요양기관에 대하여 그 보험급여나 보험급여 비용에 상당하는 금액의 전부 또는 일부를 징수한다.

② 공단은 제1항에 따라 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여 비용을 받은 요양기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 요양기관을 개설한 자에게 그 요양기관과 연대하여 같은 항에 따른 징수금을 납부하게 할 수 있다.

1. 「의료법」 제33조 제2항을 위반하여 의료기관을 개설할 수 없는 자가 의료인의 면허나 의료법인 등의 명의를 대여받아 개설ㆍ운영하는 의료기관

③ 사용자나 가입자의 거짓 보고나 거짓 증명 또는 요양기관의 거짓 진단에 따라 보험급여가 실시된 경우 공단은 이들에게 보험급여를 받은 사람과 연대하여 제1항에 따른 징수금을 내게 할 수 있다.

④ 공단은 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람과 같은 세대에 속한 가입자(속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람이 피부양자인 경우에는 그 직장가입자를 말한다)에게 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람과 연대하여 제1항에 따른 징수금을 내게 할 수 있다.

⑤ 요양기관이 가입자나 피부양자로부터 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 요양급여를 받은 경우 공단은 해당 요양기관으로부터 이를 징수하여 가입자나 피부양자에게 지체 없이 지급하여야 한다. 이 경우 공단은 가입자나 피부양자에게 지급하여야 하는 금액을 그 가입자 및 피부양자가 내야 하는 보험료등과 상계할 수 있다.

 (5) 의료법(2015.12.29. 법률 제13658호로 개정된 것)

제33조(개설 등) ① 의료인은 이 법에 따른 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료업을 할 수 없으며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 의료기관 내에서 의료업을 하여야 한다.

(중략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원ㆍ병원ㆍ요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원ㆍ요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

(중략)

3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인”이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 쟁점병원은「의료법」에 따라 적법하게 개설된 병원인 것처럼 국민건강보험공단을 기망하여 요양급여 OOO원(2015.3.24.～2018.10.24.)을 부당하게 수취한 혐의(「의료법」 위반)에 대한 형사재판에서 비의료인인 B는 징역 4년, 의료인인 C은 징역 2년 6월(집행유예 3년)을 선고받았고, 2024.11.14. 대법원에서 확정되었다.

  형사재판의 1심(울산지방법원 2023.2.10. 선고 OOO 판결) 판결문을 보면 다음과 같은 범죄사실이 기재되어 있다. ²⁾

   1) 피고인 B는 울산광역시 남구 OOO에 있는 건물의 실질적인 소유자로 위 건물에 개설한 A병원의 이사장으로서 병원의 설립, 운영 등을 총괄하는 역할을, 피고인 C은 피고인 B의 처남으로 피고인 B로부터 월 급여를 받으며 의사 면허를 빌려주는 역할을 각 담당하는 방법으로 속칭 ‘사무장병원’을 개설하기로 모의하였다.

   2) 피고인 B는 A병원을 운영하던 중 C과 분쟁이 발생하자 D(B와 내연관계)를 이사장으로 내세워 의료법인(청구법인)을 설립한 후 계속하여 ‘사무장병원’을 운영하기로 마음먹었다.

   3) 피고인 B는 2015.1.2. 청구법인 발기인 창립총회를 개최하여 이사장 D를 선정한 후 2015.1.27. 울산시청에 의료법인 설립허가신청을 하고, 기존 A병원의 자산을 증여, 기부채납 받는 등의 형식으로 시설을 갖추고 의사, 간호사, 직원 E 등을 고용한 뒤 2015.2.10. 울산시청으로부터 설립허가 통보를 받고 2015.2.26. 쟁점병원을 개설한 다음 의사 및 간호사 등으로 하여금 환자를 치료하게 하는 방법으로 그 무렵부터 2018년 10월경까지 쟁점병원을 운영하였다. 이로써 피고인 B는 의사 등이 아닌 자로서 의료기관을 개설․운영하였다.

  4) 피고인 B는 2015.3.5. 쟁점병원에서 위와 같이 사무장병원을 개설하고 운영하면서 마치 위 병원이 「의료법」에 따라 적법하게 개설된 병원인 것처럼 피해자 국민건강보험공단에 요양급여를 청구하여 피해자를 기망하고 2015.3.25.～2018.10.24.까지 총 996회에 걸쳐 청구법인 명의의 기업은행 계좌로 요양급여 등의 명목으로 합계 OOO원을 송금 받았다.

 (나) 국민건강보험공단은 2019.5.2. 청구법인에게 2019년 4월 이후 분의 요양급여 지급보류 결정을, 2019.5.27. 2015.2.26.～2019.4.14. 기간 분의 요양급여 OOO원(8건)을 환수 결정하여 통보하였다. ³⁾

 청구법인은 위 국민건강보험공단의 처분에 대해 불복하여 관련 행정소송을 진행 중이고, 심리일 현재까지 국민건강보험공단은 청구법인으로부터 위 요양급여를 환수하지 못하고 있는 것으로 나타난다.

 (다) 청구법인은 보건업을 영위하므로 면세사업자로 구분되고, 그 외에 다른 과세사업을 위한 별도의 사업자 등록을 하지 않았는바, 처분청은 이 건 처분을 할 때 직권으로 사업자등록을 과세사업자로 정정하지 않았다.

 (라) 청구법인의 거래처는 청구법인을 ‘공급받는 자’로 기재하여 세금계산서를 신고하였고, 2017년 제1기～2023년 제2기 과세기간 매입세금계산서 합계표 내역은 <표2>와 같으며, 처분청은 해당 매입세액을 전부 불공제하여 이 건 처분하였으나 사업자 미등록․위장등록 가산세를 적용하지 않았다.

<표2> 청구법인의 매입세금계산서 합계표

(단위: 천원)

OOO

 (마) 청구법인은 법인사업자로서 법인세 신고를 하였으나 법정신고기한 내 부가가치세 신고를 하지 않은 것으로 나타난다. 다만 청구법인은 2020.7.8. 2017년 제1기 및 제2기, 2018년 제1기 과세기간의 간주임대료에 대한 부가가치세를 기한 후 신고하였을 뿐이다.

 (바) 청구법인은 2025.2.12. 설립허가 취소로 해산되었고, 해산되기 전까지 대표이사는 D이었으며, B는 2019.2.12. 이사직을 사임하였다가 2021.12.10. 다시 취임하였다.

「의료법」 위반 형사판결문은 B와 C이 2013.7.1. 쟁점병원을 설립하여 2018년 10월경까지 운영한 사실에 대해서 ‘사무장병원’으로 판단한 것이나, 처분청은 그 이후에도 형사판결문에서 인정한 사실관계와 동일하게 운영한 것으로 보아 쟁점병원이 계속하여 ‘사무장병원’이었다는 의견이고, 청구법인은 이와 다른 사실관계를 제출하지 않았다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①과 쟁점①-1에 대하여 살피건대,

   1) 청구법인은 의사면허를 소지한 의료인의 적법한 진료에 따른 수입금액이므로 이에 대한 부가가치세가 면제되어야 하고 청구법인이 수취한 매입세금계산서상 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나,

  「부가가치세법」 제26조 및 같은 법 시행령 제35조에서 부가가치세가 면제되는 의료보건용역은 「의료법」에 규정하는 의사등(「의료법」의 규정에 의하여 의료기관을 개설한 자를 포함한다)이 공급의 주체가 되어 「의료법」의 규정에 따라 적법하게 제공하는 의료보건 용역을 의미하는바, 의료인이 아닌 B가 쟁점병원의 이사장으로서 의료인을 고용하여 자기의 책임과 계산하에 병원 운영을 총괄한 것에 대하여 「의료법」위반으로 형사처벌을 받은 점(울산지방법원 2023.2.10. 선고 OOO 판결)에 비추어, 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

   또한, 「부가가치세법」 제8조의 사업자등록은 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미하고, 같은 법 제39조에서 사업자등록 이전의 매입세액은 공제하지 않는다고 규정하고 있는바, 청구법인은 면세사업자로서 과세사업자로 사업자등록 정정신청을 하기 전까지는 「부가가치세법」 제8조에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없는 점, 쟁점병원이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 「부가가치세법」 제39조의 ‘제8조에 따른 등록’을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 없는 점(대법원 2004.3.12 선고 OOO 판결 등 다수, 같은 뜻임)에 비추어 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

   2) 청구법인은 청구법인의 진료수입금액이 부가가치세 과세대상이더라도 쟁점병원의 실제 운영자인 B 개인에게 부가가치세가 부과되어야 한다고 주장하나,

   의료보건 용역을 공급한 주체는 청구법인이고, 쟁점병원의 진료수익은 청구법인에게 귀속된 점, 쟁점병원의 소득이 결과적으로 B에게 귀속되었다고 하더라도 이는 「의료법」 위반을 회피하기 위한 불법적인 수단과 방법을 활용하는 과정에서 발생한 점에 비추어 볼 때, 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 국민건강보험공단으로부터 환수 결정된 요양급여는 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하나,

  국민건강보험공단에 의한 요양급여 환수 결정은 위법소득을 몰수 또는 추징함으로써 범죄행위로 인한 이득을 박탈하여 부정한 이익을 보유하지 못하게 하려는 취지와 유사한 점, 환수처분에 의한 환수가 실제로 이루어지기 전까지는 납세자가 이미 지급받은 요양급여에 대한 경제적 이익을 향유하고 있다고 볼 수 있는 점, 일단 위와 같은 요양급여에 대해 과세하더라도 향후 실제로 납세자가 위 요양급여를 반환하는 경우 후발적 경정청구를 통해 구제받을 수 있는 점에 비추어, 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대,

｢국세기본법｣ 제26조의2 제1항은 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년이 끝난 날 후에는 국세를 부과할 수 없다는 부과제척기간을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항은 부가가치세 부과제척기간의 기산일에 대해 해당 부가가치세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날로 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제14호 및 제15호는 ‘과세표준’을 세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세물건의 수량 또는 가액으로, ‘과세표준신고서’를 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서로 정의하고 있는바, 청구법인이 쟁점병원에서 공급한 의료보건용역은 부가가치세 과세대상이고, 청구법인은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 점에 비추어, 처분청이 청구법인에게 국세부과제척기간 7년을 적용하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.